📌 انتخاب بایومارکرهای کاندید با استفاده از Feature selection

🔴 توضیحات ◀️

🔴 وقتی با داده‌های اُمیکس (RNA-seq, microarray, proteomics و …) کار می‌کنیم، معمولا با هزاران ژن و فقط چند ده یا چند صد نمونه سر و کار داریم. این یعنی اگه همه ژن‌ها وارد یک مدل یادگیری ماشین بشن، مدل overfit می‌شه، نتایج فیک می‌شن و بایومارکر واقعی پیدا نمی‌شه؛ در نتیجه تفسیر بیولوژیکی سخت می‌شه و هزینه‌ی آزمایشگاهی بالا می‌ره.

🟢 اینجاست که feature selection وارد می‌شه؛ با این متود، از بین ژن‌هایی که وارد مدل یادگیری ماشین شدند، ژن‌هایی انتخاب می‌شن که بیشترین قدرت تشخیصی بین تومور و نرمال رو دارن که بهشون می‌گیم Candidate Diagnostic Biomarkers.

🟠 برای feature selection می‌تونیم از الگوریتم‌های مختلفی استفاده کنیم؛ مثل LASSO، RF، SVM-RFE، XGBoost، AdaBoost، Boruta، BRT و ... . برای یادگیری هر کدوم از این الگوریتم‌ها، نیازه که اول مفاهیم یادگیری ماشین رو بلد باشیم و در نهایت تئوری پشت هر الگوریتم رو یاد بگیریم. اما خبر خوب اینه که در R پکیج‌هایی داریم که با چند خط کد ساده، می‌شه feature selection رو با انواع مختلفی از الگوریتم‌ها انجام داد و در نهایت به‌عنوان خروجی، یک لیستی از ژن‌ها رو به دست آورد که بیشترین قدرت تشخیصی و کمترین نویز رو دارن و در نهایت بهترین کاندیدها برای ساخت مدل تشخیصی هستن.

🟣 برای هر الگوریتم، پکیج‌های مختلفی تو R داریم که پکیج‌های زیر، پرکاربردترین پکیج‌ها هستن:
LASSO ➡️ glmnet
RF ➡️ randomForest
SVM-RFE ➡️ e1071
Boruta ➡️ Boruta
XGBoost ➡️ xgboost
AdaBoost ➡️ adabag
BRT ➡️ gbm
دوستان اگه می‌خواید کدهای مربوط به هر الگوریتم رو به‌صورت بهینه و ساده تو پست‌های بعدی بذارم، پست رو شِیر کنید و ری‌اکشن بزنید.



✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

✅ هموفیلی A؛ ژنتیک (پارت ۲) (بسیار مهم؛ احتمال طرح تست برای کنکور بعد).

💯 مباحث از جزوه جامع و جمع‌بندی امری اکسترکشن.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#امری
#بیماری‌های_تک‌ژنی
#پارت۲۲

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

✅ هموفیلی B (بسیار مهم؛ احتمال طرح تست برای کنکور بعد).

💯 مباحث از جزوه جامع و جمع‌بندی امری اکسترکشن.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#امری
#بیماری‌های_تک‌ژنی
#پارت۲۲

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

💯 پاسخ تست.
💯 مباحث از جزوه جرد.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس جرد، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_جرد


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📌 انوتیشن‌ها کلاسترها در آنالیز Single cell با استفاده از پکیج

🔴 توضیحات ◀️

🔴 معمولا موقع انوتیشن کلاسترها به صورت automated و با استفاده از پکیج، SingleR پرکاربردترین و معتبرترین پکیجی هست که می‌شه ازش استفاده کرد. اما علاوه بر SingleR، پکیج‌های دیگه‌ای هم توسعه پیدا کردن که با استفاده از دیتابیس‌های مستقل، می‌تونن به‌عنوان ابزارهای مکمل در انوتیشن سلول‌ها به‌کار برن؛ از جمله scMayoMap و EasyCellType.

🟢 کدهای پکیج SingleR ←

library(SingleR)
library(celldex)
library(SingleCellExperiment)
ref <- HumanPrimaryCellAtlasData(ensembl = F)

mylabels <- SingleR(test = as.SingleCellExperiment(srobj_clus),
                    ref = ref,
                    labels = ref$label.main)
View(data.frame(table(mylabels$labels)))
View(data.frame(mylabels$scores))

srobj_clus$CellTypes <- mylabels$labels
DimPlot(object = srobj_clus,
        reduction = "umap",
        label = T,
        group.by = "CellTypes") +
  NoLegend()

* به‌طور خیلی ساده، SingleR از یک دیتای رفرنس pre-annotated استفاده می‌کنه و پروفایل بیانی این دیتا رو با پروفایل بیانی دیتای خودمون مقایسه می‌کنه و در نهایت لیبل‌ها رو ترنسفر می‌کنه.

🟠 کدهای پکیج scMayoMap ←

devtools::install_github("chloelulu/scMayoMap")
library(scMayoMap)
scMayoMap.obj <- scMayoMap(data = markers,
                           database = scMayoMapDatabase,
                           tissue = "prostate")
class(scMayoMap.obj)
View(scMayoMap.obj$res)
plt <- scMayoMap.plot(scMayoMap.object = scMayoMap.obj)

🟣 کدهای پکیج EasyCellType ←

BiocManager::install("EasyCellType")
BiocManager::install("org.Mm.eg.db")
library(EasyCellType)
markers_easy <- markers[, c("gene", "cluster", "avg_log2FC")]
colnames(markers_easy) <- c("gene", "cluster", "score")
markers_easy <- markers_easy[order(markers_easy$score, decreasing = TRUE), ]
View(markers_easy)
data(cellmarker_tissue)
View(cellmarker_tissue$Human)
easy_annot <- easyct(data = markers_easy,
                     db = "cellmarker",
                     genetype = "symbol",
                     species = "Human",
                     tissue = "Prostate",
                     p_cut = 0.5,
                     test = "GSEA",
                     scoretype = "pos")
class(easy_annot)

* توجه کنید که آبجکت markers نتیجه‌ی تابع FindAllMarkers طبق پایپ‌لاین Seurat هست.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📌 برنامه‌ریزی دو ماهه (پارت اول)

🔴 توضیحات ◀️

🔴 دوستان تو این پست در مورد مهم‌ترین فصل‌های امری و شروعی دوباره صحبت شد. با توجه به این موضوع تصمیم گرفتم یه برنامه دو ماهه برای دوستانی که مطالعه کمی داشتن یا نیاز به مرور کنار برنامه اصلی‌شون دارن، تنظیم کنم.

🟢 این برنامه‌ریزی بر اساس پست‌های درسی کانال طراحی شده، اما می‌تونید بجاش کتاب یا جزوه خودتون رو مطالعه کنید. بر اساس این برنامه فصل‌های ۲، ۳، ۶، ۹، ۱۴، ۱۷، ۱۸ و ۱۹ که مهم‌ترین فصل‌های ژنتیک هستن، تو این دو ماه مطالعه و مرور می‌شن.

🟠 مباحث رو می‌تونید از طریق هشتگ‌ها تو لیست کانال دنبال کنید. لینک پست اول ۵ فصل برنامه‌ریزی 👈🏻
پست اول فصل الگوهای توارث
پست اول فصل ژنتیک مولکولی
پست اول فصل سایتوژنتیک
پست اول فصل ناهنجاری‌های کروموزومی
پست اول فصل اختلالات تک‌ژنی

🟡 دوستان پست رو برای بقیه فوروارد کنید تا همه بتونن از این برنامه‌ریزی استفاده کنن.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#مشاوره

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

❗️ ژن‌های تو، خاطرات والدینت را حمل می‌کنند! ❗️

والدین فقط DNAشون رو به فرزند نمی‌دن، بلکه وضعیت روحی، تغذیه، استرس و سبک زندگی‌شون هم‌ می‌تونه قابل توارث باشه. روی DNA یک لایه‌ی نامرئی به نام اپی‌ژنوم وجود داره که تعیین می‌کنه ژن‌ها روشن یا خاموش باشن. این لایه تجربه‌های زندگی رو ذخیره و از طریق اسپرم و تخمک به جنین منتقل می‌کنه.

☠️ قحطی هلند (۱۹۴۴)
مادرانی که در دوران بارداری گرسنگی شدیدی رو تحمل کردن، فرزندانی به دنیا آوردن که متیلاسیون ژن IGF2شون تغییر کرده بود و تا ۶۰ سال بعد هم خطر دیابت، چاقی و بیماری قلبی بالاتری داشتن.

😰 استرس شدید پدر
در مطالعات Cell و Nature Neuroscience نشون داده شده که استرس، الگوی بیان miRNAهای اسپرم رو تغییر می‌ده. این miRNAها بعد از لقاح، رشد مغز جنین را بازبرنامه‌ریزی می‌کنن؛ نتیجه‌ش می‌شه افزایش ریسک اضطراب و افسردگی در نسل بعد.

🚬 سیگار کشیدن پدر
فرزندان ِپدران سیگاری، متیلاسیون غیرطبیعی ژن‌های تنفسی دارن و بیشتر مستعدِ آسم و مشکلات ریوی‌ هستن.

😴 کم‌خوابی و شب‌بیداری مزمن والدین
تو این حالت، ژن‌های ساعت زیستی (CLOCK / BMAL1) در جنین دچار اختلال اپی‌ژنتیکی می‌شن و در نتیجه، ریسک اختلالات خواب و افسردگی در آینده بالا می‌ره.

🧪 بنابراین تو فقط نتیجه‌ی ژنتیک نیستی؛ تو خروجی سبک زندگیِ نسل قبل هستی؛ بدنت ممکنه بارهایی رو حمل کنه که هرگز در زندگی خودت اتفاق نیفتادن، اما در DNA تو نوشته شدن. و حالا سؤال مهم اینه که سبک زندگی امروز تو، چه چیزی رو در ژنِ نسل بعد خواهد نوشت؟


😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#رازهای_ژنتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

🔹 بررسی تست ⇐

✏️ هنگام مواجهه با یک وضعیت پزشکی جدی، ضروری است که مراجعه‌ی فوری پزشکی را به تعویق نندازیم.

✅ Embrace: در آغوش گرفتن، پذیرفتن
❌ Put off: به تعویق انداختن، عقب انداختن
❌ Prioritize: در اولویت قرار دادن
❌ Enhance: تقویت کردن
🔊 Face: مواجه شدن، روبرو شدن
🔊 Serious: جدی
🔊 Medical: پزشکی
🔊 Condition: وضعیت، بیماری
🔊 Essential: ضروری، حیاتی
🔊 Seek: جستجو کردن
🔊 Prompt: فوری، سریع
🔊 Attention: توجه، رسیدگی، مراقبت

🔹 این واژه‌ها رو اشتباه حفظ نکنید: Put off به معنی به تعویق انداختن - Put out به معنی خاموش کردن - Put up و Put on هم بر اساس جمله‌ای که در آن به‌کار رفتند، معانی مختلفی دارند:
Put up the flag → نصب کردن، بالا بردن
He put me up for the night → اسکان دادن
They put up a candidate → پیشنهاد دادن
I can't put up with him → تحمل کردن
Put on your coat → پوشیدن
He put on weight → اضافه کردن (وزن)
She put on a smile → تظاهر کردن
Put on the light → روشن کردن
They put on a concert → برگزار کردن

💯 مباحث و تست‌ از جزوه لغات زبان پزشکی.

🖥 جهت مطالعه لغات بیشتر، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #لغات_زبان


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ و تهیه جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_زبان

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠