📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT

مطلب: 🖐 خوش آمدگویی
با سلام خدمت دوستان و اهالی علم خصوصا علاقمندان به بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی
به امید خدا از این هفته قصد داریم کانال یسوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران رو راه اندازی کنیم و با مطالب مفید و کاربردی در خدمتتون باشیم، لطفا ما رو در این راه تنها نگذارید و کمکمون کنید تا مطالب مقیدتری براتون در کانال قرار بدیم.

با تشکر
تیم مدیریت کانال بیوانفورماتیک دانشگاه تهران

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

📍کانال سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT
مطلب: 📄تعریف کلیدی
ترجمه: 📝دارد
منبع: Wikipedia

موضوع: Bioinformatics and Systems Biology

Bioinformatics /ˌbaɪ.oʊˌɪnfərˈmætɪks/ ( listen) is an interdisciplinary field that develops methods and software tools for understanding biological data. As an interdisciplinary field of science, bioinformatics combines computer science, statistics, mathematics, and engineering to analyze and interpret biological data.

موضوع: تعریف بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی
بیوانفورماتیک شاخه ای بین رشته ای از علوم می باشد که روش ها و ابزارهایی برای آنالیز داده های زیستی را توسعه می دهد. بیوانفورماتیک ترکیبی از علوم کامپیوتر، آمار، ریاضیات و مهندسی است تا بتوان به آن داده های زیستی آنالیز و تفسیر نمود.




📍کانال سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

https://news.1rj.ru/str/BioUT
هم اکنون در مرکز تحقیقات بیوشیمی - بیوفیزیک دانشگاه تهران

📍 کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران 📍

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT
مطلب: اطلاعیه
نوع: موقعیت تحصیلی 👩‍🎓👨‍🎓
کشور: آلمان 🇩🇪🇩🇪🇩🇪

• موقعیت دکترا
Doctoral student in neurogenetics with emphasis on quantitative bio-imaging
Max Planck Research Unit for Neurogenetics, Frankfurt am Main
https://www.mpg.de/11407173/doctoral-student
• موقعیت پسا دکترا
Max Planck Institute of Molecular Physiology, Dortmund
https://www.mpg.de/11402935/postdoc-position-at-the-mpi-and-cgc
• موقعیت دکترا
PhD position – Bioinformatic analysis of epigenomic data
Max Planck Institute for Molecular Genetics, Berlin
https://www.mpg.de/11399864/phd-position-bioinformatic-analysis-epigenomic-data
• موقعیت پسا دکترا
Max Planck Institute for Biology of Ageing, Cologne
https://www.mpg.de/11385939/postdoctoral-research-fellow-2
• موقعیت دکترا
Doctoral Student or Postdoc - Mathematics, Computational Biology, Computer Science
Max Planck Institute for Dynamics of Complex Technical Systems, Magdeburg
https://www.mpg.de/11341438/phdpostdoc


📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

(http://jametan.com/t/4473cb069988912509.png)
📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT
مطلب: 📄مقاله کلیدی
ترجمه: 📝دارد

موضوع: Advancements in Next-Generation Sequencing
اطلاعات نشر: Annu. Rev. Genom. Hum. Genet. 2016. 17:95–115
Abstract: The term next-generation sequencing is almost a decade old, but it remains the colloquial way to describe highly parallel or high-output sequencing methods that produce data at or beyond the genome scale. Since the introduction of these technologies, the number of applications and methods that leverage the power of genome-scale sequencing has increased at an exponential pace. This review highlights recent concepts, technologies, and methods from next-generation sequencing to illustrate the breadth and depth of the applications and research areas that are driving progress in genomics.

موضوع: پیشرفت های NGS
خلاصه: عبارت NGS عمری به قدمت حدود 10 سال دارد، ولی این عبارت به صورت عامه به روش های توالی یابی بسیار موازی با قابلیت تولید حجم خروجی زیاد در ابعادی به مرتبه ی ژنوم یا فراتر از آن اطلاق می گردد. از زمان معرفی این تکنولوژی، کاربردها و روش های بسیاری که قدرت توالی یابی در مقایس ژنوم را گسترش می دهند، با نرخ نمایی افزایش یافته اند. این مقاله مروری با تاکید بر برخی مفاهیم، تکنولوژی ها و روش های NGS سعی بر روشن کردن عمق و محدوده ی کاربردهای NGS در حوزه ژنومیکس دارد.
شکل زیر خلاصه ای از روش های توالی یابی نسل دوم است. دسته ی اول روش هایی هستند که در حال حاضر تجاری سازی شده اند. دسته ی دوم روش هایی هستند که در فاز مطالعاتی قرار دارند و دسته ی سوم روش های که تقریبا منسوخ شده اند می باشند.

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

(http://jametan.com/t/c16100959988912509.png)
📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT
قسمت دوم

همچنین لیست زیر آدرس وبلاگ ها و سایت هایی که در زمینه اطلاع رسانی در مورد تکنولوژی NGS عموما مورد استفاده قرار می گیرند را نشان می دهد.

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

(http://jametan.com/t/cebd479c9988912509.png)
📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT
قسمت سوم

برای مقایسه روش های مختلف NGS معیارهای بسیاری مطرح می باشند، به عنوان مثال قیمت به ازای هر اجرا یا قیمت برای توالی یابی یک نوکلئوتید، هزینه ی آماده سازی نمونه برای توالی یابی، طول خوانش ها و میزان تولید خوانش یا داده به ازای هر اجرای دستگاه برخی از این موارد هستند. البته مهم ترین پارامترها برای مقایسه روش ها طول خوانش ها و میزان حجم تولید داده به ازای هر اجرا می باشد. در شکل زیر این موارد برای روش های توالی یابی تجاری امروزی آمده است. البته روش Roche 454 به جهت اینکه از نظر پیدایش روش های NGS اهمیت بسیاری دارد جهت مقایسه آورده شده است و باید در نظر داشت که روشی منسوخ شده می باشد.

با توجه به اینکه شرکت های مختلف در سال های اخیر دستگاه های مختلفی ارائه کرده اند، ولی دستگاه HiSeq X شرکتillumina که در 2015 روانه ی بازار گردید،بیشترین خروجی داده در هر اجرا را داشته و تنها دستگاهی در حال حاضر است که توالی یابی ژنوم انسان را به صورت دقیق و با قیمتی حدودا کمتر از 1000 دلار انجام می دهد. قابل توجه است که این دستگاه در سال 2016، 200 عدد فروش داشته است که اهمیت و کاربرد توالی یابی NGS را نشان می دهد. همچنین بعد از پروژه هایی مانند پروژه ی 1000 ژنوم، اکنون پروژه هایی در سطح جمعیت ها آغاز شده است که از آن ها می توان به پروژه ی 100000 ژنوم وزارت بهداشت انگلستان و پروژه 100000 ژنوم آسیا (Genomeasia) اشاره کرد. البته اینگونه پروژه های حجیم تنها به انسان مربوط نمی شود، به عنوان مثال دانشگاه کالیفرنیا به همراه شرکت Agilent و FDA آمریکا از سال 2012 پروژه ی توالی یابی 100000 میکروارگانیزم بیماری زا را برای مقابله ی سریع با بیماری ها و شیوع آن ها آغاز کرده اند.

اهمیت طول خوانش ها: اکثر روش های NGS که داده های خروجی حجیمی تولید می کنند داری عیب طول کوتاه خوانش می باشند به عنوان مثال طول خوانش در آن ها بین 30 تا 300 می باشد. این طول کوتاه خوانش باعث مشکلاتی در تفسیر بیولوژیکی ژنوم به خصوص در حالتی که ژنوم مرجع وجود نداشته و یا ناقص است می گردد. در این حالت باید بدون توجه به رفرنس ژنوم، خوانش ها را به گونه ای منطقی بر اساس هم ترازی پشت سر هم قرار داد(Denovo Sequencing). در روش illumine برای بهبود این مشکل از روش Paired End (PE) استفاده شده است که هر ملکول DNA از دو طرف مخالف توالی یابی می شود و با توجه به اینکه طول قطعه ی توالی شونده تقریبا معلوم است، فاصله بین دو خوانش مستقیم و برعکس هر ملکول معلوم بوده و برای حل مشکلاتی که در Denovo Sequencing به وجود می آید مانند تعدد گپ ها و یا Bubble (چند هم ترازی ممکن قابل قبول) استفاده می گردد. ولی اساسا مسئله گپ در Denovo Assembly بسیار جدی و مشکل زا است و با وجود این ترفند نیز مشکلات جدی و اساسی بر آن وارد است. همچنین این مورد نیز باید در نظر داشت که برای رسیدن به پزشکی شخص گرایانه (Personalized Medicine) نیاز است که ژنوم هر فرد و تغییرات آن موجود باشد و نمی توان به ژنوم مرجعی که مربوط به افراد دیگر بوده و نیز بسیاری از جاهای آن هنوز تفصیر بیولوژیکی دقیق ندارند استفاده کرد. پس به نظر می آید، روش ناگزیر برای حل این مسئله افزایش طول خوانش ها و بهبود روش های اسمبلی کردن ژنوم باشد. در این زمینه دو تکنولوژی تجاری که خوانش های با طول بلند و حجم داده ی زیاد تولید می نمایند، شرکت های Oxford Nanopore و Pacific Bioscience می باشند که هر دو از روش Single-molecule Sequencing استفاده می نمایند. منتهی روش روش تشخیص توالی ها کاملا متفاوت است. Oxford Nanopore از حفره هایی در ابعاد نانو برای تشخیص توالی نوکلئوتید ها بهره می گیرد در حالی که PacBio از روش تشخیص نوری و بر اساس توالی یابی بر اساس سنتز بهره می جوید.

در سال های آینده به نظر میرسد اهمیت بیشتری به طول خوانش ها داده شود و همچنین روش های مبتی بر تک سلول Single cell نیز توسعه ی بیشتری یابند. همچنین استفاده از مواردی مانند Whole Genome Sequencing به جای Whole Exome Sequencing بیشتر خواهد شد. در واقع Whole Exome Seq نشان داده شده است که تنها شامل 25 درصد از جهش های مرتبط با علل بیماری یا نقص است و بسیاری از جهش های تاثیر گذار در نواحی غیر کد شونده و تنظیمی اتفاق می افتد، لذا whole genome sequencing گزینه ی بسیار بهتری می باشد.



📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

‌ (http://jametan.com/t/147fab619931839488.png) 📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT
مطلب: 📄مقاله کلیدی
ترجمه: 📝دارد
قسمت اول

موضوع: Personalized Oncology Suit: integrating next-generation sequencing data and whole-slide bioimages
اطلاعات نشر: Dander et al. BMC Bioinformatics 2014, 15:306
Abstract: Cancer immunotherapy has recently entered a remarkable renaissance phase with the approval of several agents for treatment. Cancer treatment platforms have demonstrated profound tumor regressions including complete cure in patients with metastatic cancer. Moreover, technological advances in next-generation sequencing (NGS) as well as the development of devices for scanning whole-slide bioimages from tissue sections and image analysis software for quantitation of tumor-infiltrating lymphocytes (TILs) allow, for the first time, the development of personalized cancer immunotherapies that target patient specific mutations. However, there is currently no bioinformatics solution that supports the integration of these heterogeneous datasets.
Results: We have developed a bioinformatics platform – Personalized Oncology Suite (POS) – that integrates clinical data, NGS data and whole-slide bioimages from tissue sections. POS is a web-based platform that is scalable, flexible and expandable. The underlying database is based on a data warehouse schema, which is used to integrate information from different sources. POS stores clinical data, genomic data (SNPs and INDELs identified from NGS analysis), and scanned whole-slide images. It features a genome browser as well as access to several instances of the bioimage management application Bisque. POS provides different visualization techniques and offers sophisticated upload and download possibilities. The modular architecture of POS allows the community to easily modify and extend the application.
Conclusions: The web-based integration of clinical, NGS, and imaging data represents a valuable resource for clinical researchers and future application in medical oncology. POS can be used not only in the context of cancer immunology but also in other studies in which NGS data and images of tissue sections are generated. The application is open-source and can be downloaded at http://www.icbi.at/POS.

موضوع: مجموعه نرم افزاری انکولوژی شخصی: تجمیع اطلاعات NGS و تصاویر پزشکی
خلاصه: اخیرا Cancer immunotherapy با تایید چند درمان خاص وارد فاز رنسانسی چشم گیری شده است. پلتفرم های درمان سرطان به خوبی توانسته اند در امر مبارزه با تومور و حتی درمان کامل موارد متاستاتیک ظاهر شوند. علاوه بر این پیشرفت های تکنولوژیکی در NGS همانند پیشرفتهای تصویر برداری پزشکی از مقاطع مختلف بافتها و نرم افزارهای تجزیه و تحلیل تصاویر به منظور بررسی کمی نفوذ تومور-لمفوسیتها (TILS) برای اولین بار امکان هدف قرار دادن موتاسیون های خاصی را در personalized cancer immunotherapies می دهد. در حال حاضر هیچ راه حل بیوانفورماتیکی برای تجمیع این داده های ناهمگن وجود ندارد.
نتایج: ما پلتفورم بیوانفورماتیکی انکولوژی شخصی Personalized Oncology Suite (POS) توسعه دادیم که تجمیع داده های کلینیکی، NGS و تصاویر از مقاطع مختلف بافت را ممکن می سازد. POS یک پلتفورم تحت وب با قابلیت مقیاس پذیری، انعطلاف پذیری و گسترش است. پایگاه داده بر مبنای گردآوری داده های از منابع گوناگون تشکیل شده است. Pos داده های کلینیکی، ژنومیکی و تصاویر پزشکی را در خود نگهداری می کند. داراری ویژگی های یک مرورگر ژنوم و دسترسی به اطلاعات تصاویر پزشکی است. POS از تکنیک های آشکار سازی مختلفی و همچنین ارسال و دریافت پیچیده ای بهر می برد. ماژولار بودن POS باعث شده به راحتی قابل اصلاح و گسترش باشد.

نتیجه گیری: تجمیع تحت وب اطلاعات کلینیکی، NGS و تصاویر پزشکی منبع ارزشمندی برای محققین کلینیکی و دارای کاربردهای در آینده انکولوژی می باشد. POS نه تنها در مورد ایمنی شناسی سرطان ها بلکه در هر موردی که اطلاعات NGS و تصاویر پزشکی وجود داشته باشند موثر واقع می شود. نرم افزار متن باز بوده و از آدرس http://www.icbi.at/POS قابل دانلود می باشد.





ادامه دارد....

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT

مطلب: اطلاعیه
نوع: کنفرانس و کارگاه

• عنوان:Biodetection and Biosensors
موضوع: Nano materianls, Lab-on-a-Chip, Microfluidics, Biomarkers and Immunotechnologies, NGS for pathogen detection, Rapid biodetection, Single cell and single molecule analysis
زمان و مکان: 10-11 اکتبر 2017، کمبریج، انگلستان
اطلاعات بیشتر: https://selectbiosciences.com/conferences/index.aspx?conf=BDB2017
• عنوان: IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology
موضوع: computational intelligence, bioinformatics, systems biology, bioengineering
زمان و مکان: 23-25 آگوست 2017، منچستر، انگلستان
اطلاعات بیشتر: http://www.cibcb.org
• عنوان: Whole-Cell Modeling Summer School
موضوع: cutting-edge training in large-scale dynamical modeling and model integration.
زمان و مکان: 4-7 سپتامبر 2017، بارسلونا، اسپانیا
اطلاعات بیشتر: http://www.wholecell.org/school-2017
• عنوان: Summer School on RNA-protein interactions RNA Structure and Biology workshop
موضوع: ,current advances in RNA and protein structure analyses identification of ncRNAs
زمان و مکان: 2-6 اکتبر 2017، برونو، جمهوری چک
اطلاعات بیشتر: https://www.ceitec.eu/rna-protein-interactions/
• عنوان: Quantitative principles in biology
موضوع: Cellular networks and regulation, Evolutionary dynamics, Cellular decisions and patterning, Variability and limits
زمان و مکان: 2-4 نوامبر 2017، هایدلبرگ، آلمان
اطلاعات بیشتر: https://www.embl.de/training/events/2017/QUN17-01/programme/index.html
• عنوان: Cancer Genomics
موضوع: Systems biology and drivers of cancer، Cancer immunogenomics، Cancer genome and epigenome، Cancer genome medicine، Structural genomics and cancer
زمان و مکان: 5-8 نوامبر 2017، هایدلبرگ، آلمان
اطلاعات بیشتر: https://www.embl.de/training/events/2017/CAN17-01/index.html
• عنوان: Genomic Medicine 2017 Benelux
موضوع: NGS, Bioinformatics
زمان و مکان: 14-16 نوامبر 2017، بروکسل، بلژیک
اطلاعات بیشتر: https://biotexcel.com/event/genomic-medicine-2017-benelux/#workshop

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍