💻جلسه اول - مدلسازی سلول ها بوسیله ساخت شبکه های متابولیکی آنها با استفاده از داده های بیان ژن (معرفی - نصب)🦠🧬

#Genome_scale_metabolic_networks
#Cell_modeling
#Cancer_modeling
#Microorganism_modeling
#Metabolic_phenotype_prediction
#Cobra_toolbox

🆔@BioUT

🆔@BioUT

سخنرانی علمی📜
عنوان:
Computational methods for integrative inference of
genome-scale gene regulatory networks 🧬
سخنران :🧑‍🎓
آقای دکتر علیرضا فتوحی سیاه پیرانی
دکتری زیست شناسی محاسباتی از دانشگاه ویسکانسین

زمان:
⏰ 10 ساعت (با تاخیر)
📆 1399 /12 /04 دوشنبه
آدرس:🏢
https://join.skype.com/iHRB4dmZy0yp58

Journalling for self-awareness

Journalling will also make you more self-aware. A few minutes of contemplative writing in the morning or evening are enough to wrangle all of your self-sabotaging thoughts into the lights where they can be changed. Journalling doesn’t have to be complicated.

لینک منبع
Dr. Kimberly Stearns

🆔@BioUT

What is few-shot learning?

As the name implies, few-shot learning refers to the practice of feeding a learning model with a very small amount of training data, contrary to the normal practice of using a large amount of data.

لینک منبع

Following is an amazing example of few-shot learning in bioinformatics

https://www.nature.com/articles/s43018-020-00169-2

🆔@BioUT

🆔@BioUT

🌀 اولین دوره مسابقه Optimizer

🕙زمان برگزاری: تیرماه ۱۴۰۰
📅 پایان ثبت‌نام: ۳۰ فروردین ۱۴۰۰

♨️ سوال مسابقه از هم‌اکنون از طریق وب‌سایت رویداد قابل دسترسی است.

📝 برای اطلاعات بیشتر و ثبت نام می‌توانید به سایت مسابقه مراجعه نمایید.

💠 همچنین می‌توانید ما را از طریق شبکه‌های اجتماعی دنبال نمایید:
📢 کانال تلگرام
📷 صفحه اینستاگرام
🌐 صفحه لینکدین

🆔 @optimizer_math

🆔@BioUT

🎙 با توجه به اینکه برخی دوستان موفق به شرکت در جلسه نشدن در تلاش هستیم فیلم جلسه رو تهیه کنیم و در کانال قرار بدیم 🎥

ممنون از توجه شما همراهان

🆔@BioUT

#مقاله_جدید_ما
(دکتر جعفری)

عنوان:
ارزیابی مجدد عبارت «اعتبار آزمایشی» در حیطه داده های بزرگ: یک استدلال مفهومی

چکیده:
بسیاری از محققانی که در زمینه هایی مانند بیوانفورماتیک و ریاضیات زیستی کار می کنند، در بسیاری موارد با این پرسش مشهور مواجه می شوند که: آیا نتایج خود را "به طور آزمایشی تأیید کرده اید؟"
این سوال ، که عمدتا توسط افراد خارج از حوزه محاسبات مطرح می شود، اغلب با یک بدبینی یا بدگمانی نسبت به نتایج بدست آمده از مدل های محاسباتی، ریاضیاتی یا آماری همراه هست. ما در این مقاله ادعا می کنیم که اگرچه استفاده ترکیبی از مجموعه های متعامد روش های محاسباتی و تجربی در یک مطالعه علمی منجر به افزایش اطمینان به یافته ها می شود، ولی استفاده از عبارت "اعتبار آزمایشی" صحیح نیست و برای رسیدن به این مقصود کمکی نمی کند.

مجله:
Genome Biology

لینک های دسترسی


@JafaRiLab

🆔@BioUT

واقعا که همینه 😂👍👌

https://twitter.com/PhilippBayer/status/1364745849440333824?s=20

🆔@BioUT

All biology is computational biology

Abstract
Here, I argue that computational thinking and techniques are so central to the quest of understanding life that today all biology is computational biology. Computational biology brings order into our understanding of life, it makes biological concepts rigorous and testable, and it provides a reference map that holds together individual insights. The next modern synthesis in biology will be driven by mathematical, statistical, and computational methods being absorbed into mainstream biological training, turning biology into a quantitative science.


https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.2002050

🆔@BioUT

موضوع این هفته: ژن درمانی در بیماران سی اف

سخنران: دكتر وحید خدامی (عضو هیات علمی دانشگاه علوم پزشكي تهران، مرکز تحقیقات سلول درمانی کودکان)


👈جامعه هدف:
پزشکان، رشته های مرتبط با این بیماری، بیماران سی اف و والدین آنها

🎤برگزار کننده:
بنیاد بیماری سی اف ایران (ICFF)

با همکاری:
دانشگاه علوم پزشکی تهران (مرکز طبی کودکان)

🗓 جمعه

⏰زمان : 9 تا 10 شب

🚩برای ورود می بایست ابتدا در صورت روشن بودن فیلترشکن آن را خاموش کرده سپس لینک زیر را کپی، و در مرورگر گوگل کروم وارد نمایید. لازم به ذکر است پس از ورود، گزینه میهمان را انتخاب کنید.

لینک ورود به جلسه:
https://www.skyroom.online/ch/virtualtums/children-hospital-pediatrics

🆔@BioUT

Whole-genome doubling-aware copy number phylogenies for cancer evolution with MEDICC2

Abstract
Chromosomal instability (CIN) and somatic copy number alterations (SCNA) play a key role in the evolutionary process that shapes cancer genomes. SCNAs comprise many classes of clinically relevant events, such as localised amplifications, gains, losses, loss-of-heterozygosity (LOH) events, and recently discovered parallel evolutionary events revealed by multi-sample phasing. These events frequently appear jointly with whole genome doubling (WGD), a transformative event in tumour evolution, which generates tetraploid or near-tetraploid cells. WGD events are often clonal, occuring before the emergence of the most recent common ancestor, and have been associated with increased CIN, poor patient outcome and are currently being investigated as potential therapeutic targets.

لینک دسترسی به نسخه اولیه

🆔@BioUT

Multimodal pooled Perturb-CITE-seq screens in patient models define mechanisms of cancer immune evasion.

شناسایی مقاومت به ایمونوتراپی سرطان بوسیله تکنولوژی جدید توالی یابی تک سلولی

پژوهشگران با استفاده از perturb-CITE-seq پروتئینی که باعث مقاومت در ایمونوتراپی بود را شناسایی کردند.

TUMOR + T CELLS
In the study, the researchers grew melanoma cells and tumor-attacking T cells from the same patient together in the same dish. They then used Perturb-CITE-seq to introduce alterations in 750 different genes in the melanoma cells. By analyzing RNA levels and expression of 20 key proteins in both the melanoma cells, the team observed how each gene perturbation affected the relationship between cancer cells and T cells. The scientists collected these data for 218,000 cells and also developed a computational model to analyze the data on a single-cell level.

لینک مقاله


🆔@BioUT

🆔@SciMagTel

نمونه کار طراحی برای گروهی از محققین بین المللی برجسته حوزه علوم اعصاب و ژنتیک دانشگاه شهید بهشتی و جمهوری چک

🆔@SciMagTel

اطلس ارگانوئیدها 🧠❤️
The Organoid Cell Atlas

ارگانوئیدهای انسانی کاربردهای فراوانی در مسائل زیست پزشکی دارند. این ساختارهای سه بعدی کشت شده سلولی بیانگر خصوصیات مهم تکوین و عملکردی زیستی هستند. ما را قادر میسازند تا مسائل فیزیولوژیکی و پاتوفیزیولوژیکی را بررسی کنیم و در نتیجه میتوانیم تا مطالعات تداخلی که در خصوص انسان محدودیت هایی را شامل میشوند را انجام دهیم. به عنوان مثال میتوان روی ارگانوئیدها دستورزی های ژنتیکی و دارویی را در مدل های بافتی انجام داد که بیانگر زیست شناسی انسان هستند و ما را قادر میسازند تا بتوانیم تکوین را در مراحل اولیه و شکل گیری بیماریها مطالعه کنیم ...

لینک مقاله


🆔@BioUT

Happy 🥧 day 😉
March 14 = 3.14

🆔@BioUT

طنز_زیست_محاسباتی 😝😁

🆔@BioUT

Integrated cross-study datasets of genetic dependencies in cancer

آزمایشات زنده مانی سنجی کریسپر به طور گسترده در خصوص تعداد زیادی رده های سلولی انجام شده است و هدف از آن یافتن درمانهای جدید به منظور درمان دقیق سرطان هاست (precision cancer therapy). با این وجود تجمیع نایج این آزمایشات بسیار ضروری است تا به نقشه کلی از هتروجنیتی سرطان ها و نقاط ضعف آنها برسیم. در این تحقیق دو دیتا ست بزرگ نتیجه آزمایشات زنده مانی سنجی کریسپر روی رده های سلولی که در موسسه برود و سنگر انجام شده اند را با یکدیگر تجمیع کردیم و با توجه به آنالیز های آماری صورت گرفته دیتا ست نتیجه قدرت آماری بالاتری به منظور مذکور در خصوص سرطان ها و ساب تایپ هایشان به دست آورد.

CRISPR-Cas9 viability screens are increasingly performed at a genome-wide scale across large panels of cell lines to identify new therapeutic targets for precision cancer therapy ...



لینک مقاله


🆔@BioU

💻 آخرین و به روزترین آموزشهای بیونفورماتیک و بیولوژی محاسباتی و مقاله نویسی توسط دانشجویان دکتری تخصصی بیورانفوماتیک دانشگاه تهران 🦠 🧬

#R_programming
#Python_programming
#MATLAB_programming
#Statistical_analysis
#Constraint_based_metabolic_networks_modeling
#Computational_genomics
#Computational_oncology
#Machine_learning
#Data_Science

هم اکنون عضو شوید 👇👇👇
🆔@BioUT