‌ (http://jametan.com/t/cd122c4b9931839488.png)

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT

مطلب: 📄مقاله کلیدی
ترجمه: 📝دارد
قسمت اول

موضوع: Genetic variation and the de novo assembly of human genomes
اطلاعات نشر: NATURE REVIEWS | GENETICS VOLUME 16 | NOVEMBER 2015 | 627

Abstract: The discovery of genetic variation and the assembly of genome sequences are both inextricably linked to advances in DNA‑sequencing technology. Short‑read massively parallel sequencing has revolutionized our ability to discover genetic variation but is insufficient to generate high‑quality genome assemblies or resolve most structural variation. Full resolution of variation is only guaranteed by complete de novo assembly of a genome. Here, we review approaches to genome assembly, the nature of gaps or missing sequences, and biases in the assembly process. We describe the challenges of generating a complete de novo genome assembly using current technologies and the impact that being able to perfectly sequence the genome would have on understanding human disease and evolution. Finally, we summarize recent technological advances that improve both contiguity and accuracy and emphasize the importance of complete de novo assembly as opposed to read mapping as the primary means to understanding the full range of human genetic variation.



موضوع: تنوع ژنتیکی و دنوو اسمبلی ژنوم انسان

خلاصه: اکتشاف تنوع ژنتیکی و اسمبل کردن توالی ژنوم هر مدیون پیشرفتایی هستند که در تکنولوژی های توالی یابی DNA بوجود آمده است. توالی یابی موازی تعداد بالای توالی های کوتاه انقلابی در توانایی های ما در کشف تغییرات ژنتیکی بوجود آورد، اما با این وجود برای اسمبل های با کیفیت بالای ژنومی یا حل کردن معضلات ساختاری کروموزوم ها کافی نبود. تفکیک کامل تنوع ژنتیکی تنها بواسطه اسمبلی دنوو ژنومی میسر می باشد. در اینجا به مرور رویکردهای مختلف اسمبلی، ماهیت گپ و توالی های گم شده و بایاس در فرایند اسمبلی می پردازیم. در این مقاله برایتان توضیح خواهیم داد که برای یک اسمبلی دنوو با تکنولوژی های کنونی با چه چالش هایی روبرو هستیم و توانایی توالی یابی صحیح ژنومی چگونه ما را قادر به درک بهتر تکامل و بیماریهای انسانی می کند. و نهایتا خلاصه خواهیم کرد پیشرفت ها در تکنولوژی های اخیر را که هم پیوستگی و هم دقت را در سایه اسمبلی دنوو برایمان به ارمغان می آوردند که نقطه مقابل خوانش توالی از روی نقشه برای یافتن تنوع های ژنتیکی هستند.





ادامه دارد....

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

👆👆👆 قسمت قبلی 👆👆👆

‌ (http://jametan.com/t/162d147d9931839488.png)


📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT
مطلب: 📄مقاله کلیدی
ترجمه: 📝دارد
قسمت دوم

موضوع: Personalized Oncology Suit: integrating next-generation sequencing data and whole-slide bioimages
اطلاعات نشر: Dander et al. BMC Bioinformatics 2014, 15:306

Background
Cancer immunotherapy has recently entered a remarkable renaissance phase with the approval of several agents for treatment [1]. Cancer immunotherapies that involve the use of the adaptive immune system, such as anti-checkpoint antibodies and adoptive T-cell therapies, have demonstrated profound tumor regressions including complete cure in patients with metastatic cancer. Technological advances in next-generation sequencing (NGS) as well as the development of devices for scanning whole-slide images from tissue sections and image analysis software for quantitation of tumor-infiltrating lymphocytes (TILs) allow, for the first time, the development of personalized cancer immunotherapies that target patient specific mutations. The use of NGS technologies to characterize tumor samples enables one not only to comprehensively study the interactions between human cancers and the immune system, but also to identify targets for patient stratification. Moreover, the quantitation of TILs will improve therapeutic efficacy, even in the absence of immunotherapy. It will enable a precise characterization of the immune infiltrates in the tumor and will help to identify mechanisms of tumor regression and disentangle the complex tumor-immune cell interactions. For example, understanding the molecular basis of the interactions between cytotoxic chemotherapeutics or targeted anti-cancer agents and the immune system is essential for the development of optimal therapeutic schemes and in the long run will result in clinical benefit for the patients. However, the real value of the disparate datasets can be truly exploited only when the data are integrated. In our experience it is of utmost importance to establish a local database hosting only the necessary data. Only pre-processed and normalized data will be stored in a dedicated relational database whereas primary data are archived at separate locations including public repositories [2]. To this end, a database that integrates clinical, NGS, and bioimaging data would be extremely helpful for clinical cancer research and in near future also for routine applications in medical oncology. However, to the best of our knowledge there is currently no application that supports this integration. As of today there are different applications integrating either clinical data and NGS data or bioimages (Table 1) but no integrated solution has been created. We therefore developed the bioinformatics platform Personalized Oncology Suite (POS) to overcome this bottleneck and support the researchers working in this exciting field.


موضوع: مجموعه نرم افزاری انکولوژی شخصی: تجمیع اطلاعات NGS و تصاویر پزشکی

Bio UT, [21.07.17 22:14]
به تازگی Cancer immunotherapy با تایید برخی درمان ها وارد دوره چشمگیر رنسانسی شده است. Cancer immunotherapies هایی که از adaptive immune system بهرمند می شود مانند anti- checkpoint antibodiesو درمانهای adoptive T-cell نشان داده است که در تحلیل تومورها و حتی درمان کامل در تومورهای متاستاتیک موثر است. همچنین پیشرفت های تکنولوژیکی در NGS همانند پیشرفتهای تصویر برداری پزشکی از مقاطع مختلف بافتها و نرم افزارهای تجزیه و تحلیل تصاویر به منظور بررسی کمی نفوذ تومور-لمفوسیتها (TILS) برای اولین بار امکان هدف قرار دادن موتاسیون های خاصی را در personalized cancer immunotherapies می دهد. کاربرد تکنولوژی های NGS برای شناسایی نمونه های تومور ما را قادر می ساز تا نه تنها برهمکنش های بین سرطانهای انسانی و سیستم ایمنی را مورد مطالعه قرار دهیم بلکه به شناسایی اهداف برای دسته های گوناگون بیماران نیز کمک می کند. علاوه بر این مقدار TIL ها موعید اثربخشی درمان است حتی در غیاب immunotherapy. همچنین ما را قادر خواهد ساخت تا متوجه نفوذ عوامل ایمنی در تمور شویم و کمک خواهد کرد تا ببینیم مکانیزیم تحلیلی تومور و تفاوت های برهمکنش کمپلکس سلول تومور-ایمنی چیست. به عنوان مثال، فهمیدن مکانیزم ملکولی برهمکنش میان عوامل سیتوتکسیک شیمی درمانی یا همان targeted anticancer agents و سیستم ایمنی بسیار ضروری است تا بتوان راه های مناسبتری را توسعه دهیم و در دراز مدت منجر به منفعت کلینیکی برای بیماران شود.
هر چند که ارزش حقیقی دیتاست های متفرقه زمانی در دسترس خواهد بود که داده ها با یکدیگر تلفیق شوند. طبق تجربه ما امر پیاده سازی دیتابیس محلی برای نگهداری داده های ضروری بسیار مهم است. و تنها داده های پیش پردازش شده و نرمال شده در دیتابیس های رابطه ای خاص نگهداری می شوند در حالی که داده های اولیه در نقاطی مجزا مانند public repositories آرشیو می شوند. بدین منظور پایگاه داده ای که اطلاعات کلینیکی، NGSو تصاویر پزشکی را تجمیع کند به شدت کمک کننده خواهد بود برای تحقیقات کلینیکی سرطان و حتی درمانهای medical oncology در آینده نه چندان دور. با وجود این آگاهی هنوز چنین نرم افزاری وجود خارجی ندارد. نرم افزارهایی برای تجمیع داده ها وجود دارد (جدول 1) اما هیچ راه حلی برای نحوه تجمیع ایجاد نشده است. بنابراین ما Personalized Oncology Suite (POS) نرم افزار بیوانفورماتیکی را برای غلبه بر این مشکل و حمایت فعالیت های محقیقین این حوزه راه اندازی کردیم.

ادامه دارد....

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

(http://jametan.com/t/2406cc509988912509.png)
📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT


مطلب: گزارش
نوع: تکنولوژی/مروری
مرجع: https://www.technologynetworks.com/microfluidics/articles/single-cell-isolation-trends-technologies-limitations-applications-289361
فرمت فایل گزارش: pdf👇🏼👇🏼👇🏼👇🏼👇🏼👇🏼👇🏼👇🏼👇🏼

عنوان: روش های جداسازی تک سلول (Single Cell) ، محدودیت ها و کاربردها

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

عنوان گزارش: روش های جداسازی تک سلول (Single Cell) ، محدودیت ها و کاربردها

👆👆👆گزارش ترجمه شده 👆👆👆

https://news.1rj.ru/str/BioUT
خبر مهم 📡📣

📍 ترجمه رایگان مقالات کلیدی شما در زمینه سیستم بیولوژی و بیوانفورماتیک در اسرع وقت 📚📑📝 برای مدت محدود از امروز📍

تماس با ادمین جهت طرح سوالات و ارسال مقالات:
@Sysbiology

عضویت:
@BIOUT

📍 کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران 📍

(http://jametan.com/t/57a538749931839488.png)
@BioUT
📍آموزش مجازی سیستم عامل لینوکس📍
امروزه تقریبا هر کار جدی در زمینه Bioinformatics, Systems Biology و dh Systems Medicine بخواهید انجام بدید می بایست با سیستم عامل لینوکس انجام بدید. برای یادگیری به لینک زیر مراجعه کنید:
http://www.ee.surrey.ac.uk/Teaching/Unix/

عضویت در کانال Systems Biology and Bioinormatics دانشگاه تهران:
@BioUT

ارتباط با ادمین:
@SysBiology

‌ (http://jametan.com/t/ddd956129931839488.png)
📍آموزش Medical Statistics📍
موضوع: کتاب 📕
تماس با ادمین جهت طرح سوالات و ارسال مقالات:
@Sysbiology

عضویت:
@BIOUT

📍 کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران 📍

Medical Statistics Made Easy

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT

‌ (http://jametan.com/t/9df8c2719931839488.png)

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT
مطلب: 📄مقاله آموزشی

موضوع: آنالیز کمی تعداد کپی های ژن با استفاده از روش RT-PCR

اطلاعات نشر: Curr Protoc Hum Genet. 2014 Jan 21; 80: 7.21.1–7.21.8.
Published online 2014 Jan 21. doi: 10.1002/0471142905.hg0721s80

Abstract: Quantitative real-time PCR is PCR visualized in real time by the use of fluorescent or intercalating dyes used to measure gene expression or gene quantification including contiguous gene deletions or duplications. A simple method is described to quantify DNA copy number from human samples.

آدرس: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3949243/

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

(http://jametan.com/t/1c197aed9931839488.png)

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

https://news.1rj.ru/str/BioUT

مطلب: 📄 معرفی کنفرانس
موضوع: کنفرانس توالی یابی نسل جدید و کاربردهایش در کلینیک (تایوان 2017)
ثبت نام: https://selectbiosciences.com/conferences/index.aspx?conf=NGSCA2017
Next Generation Sequencing in the Clinic Asia 2017

This conference is being held co-located and concurrently with the Select Biosciences Lab-on-a-Chip & Microfluidics Asia 2017 - Point-of-Care Diagnostics & Global Health Asia 2017 Conference. Speakers, Delegates, Sponsors and Exhibitors have full and complete access to all conference tracks for maximal scientific exchange and networking.

This conference is being held in one of the hubs of trade and commerce in Asia — Taipei, Taiwan. Just a short flight from most business destinations in Asia and a nonstop flight from the United States, UK and Across Europe, Taipei is an excellent meeting place and venue to bring together academics and industry participants from Asia, Europe and the United States to focus on an exciting area of research: Next Generation Sequencing and its Clinical Applications in Tumor Sequencing, Circulating Tumor DNA (ctDNA) analysis, Non-Invasive Prenatal Testing (NIPT), and Companion Diagnostics (CDx) development.

This conference brings together key opinion leaders, established researchers as well as junior investigators for oral presentations, poster presentations as well as an exhibition to bring to the researchers the most up-to-date technologies and products from companies to accelerate their research.

Academics from across Asia, Europe and the United States as well as Industry Participants from companies large and small would find this two-day conference extremely valuable as a learning and networking experience.

The exhibit hall is co-located with all the conference tracks and open November 30-December 1, 2017.

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

👆👆👆چهارشنبه 11 مرداد ساعت 10:30 👆👆👆
دانشکده فناوریهای نوین پزشکی دانشگاه علوم پزشکی تهران

@BioUT فراخوان مقاله مجله طب تولید مثل ایران
کسب اطلاعات بیشتر در صفحه ژورنال:
civilica.com/Journal-JR_IJRM.html

‌ (http://jametan.com/t/cfef756f9931839488.png)

https://www.biochemistry.org/Events/tabid/379/Page/1/MeetingNo/SA207/view/Conference/Default.as

@BioUT
کنفرانس سنتتیک بیولوژی انگلستان 2017

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

https://www.findaphd.com/

سایتی بسیار خوب برای یافتن موقعیت تحصیلی دکترا و بورسیه

تیمی به سرپرستی Shoukhrat Mitalipov از دانشگاه Oregon Health & Science University برای اولین موفق به ویرایش جشهای ژنوم جنین انسان شدند

@learning_NS

‌ (http://jametan.com/t/46bd87d79931839488.mp4)

📍University of Tehran Bioinformatics and Systems Biology Club📍

تماس با ادمین جهت طرح سوالات و ارسال مقالات کلیدی
@SysBiology

آدرس کانال:
@BioUT
📍کلوب بیوانفورماتیک وسیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍