Whole-genome doubling-aware copy number phylogenies for cancer evolution with MEDICC2

Abstract
Chromosomal instability (CIN) and somatic copy number alterations (SCNA) play a key role in the evolutionary process that shapes cancer genomes. SCNAs comprise many classes of clinically relevant events, such as localised amplifications, gains, losses, loss-of-heterozygosity (LOH) events, and recently discovered parallel evolutionary events revealed by multi-sample phasing. These events frequently appear jointly with whole genome doubling (WGD), a transformative event in tumour evolution, which generates tetraploid or near-tetraploid cells. WGD events are often clonal, occuring before the emergence of the most recent common ancestor, and have been associated with increased CIN, poor patient outcome and are currently being investigated as potential therapeutic targets.

لینک دسترسی به نسخه اولیه

🆔@BioUT

Multimodal pooled Perturb-CITE-seq screens in patient models define mechanisms of cancer immune evasion.

شناسایی مقاومت به ایمونوتراپی سرطان بوسیله تکنولوژی جدید توالی یابی تک سلولی

پژوهشگران با استفاده از perturb-CITE-seq پروتئینی که باعث مقاومت در ایمونوتراپی بود را شناسایی کردند.

TUMOR + T CELLS
In the study, the researchers grew melanoma cells and tumor-attacking T cells from the same patient together in the same dish. They then used Perturb-CITE-seq to introduce alterations in 750 different genes in the melanoma cells. By analyzing RNA levels and expression of 20 key proteins in both the melanoma cells, the team observed how each gene perturbation affected the relationship between cancer cells and T cells. The scientists collected these data for 218,000 cells and also developed a computational model to analyze the data on a single-cell level.

لینک مقاله


🆔@BioUT

🆔@SciMagTel

نمونه کار طراحی برای گروهی از محققین بین المللی برجسته حوزه علوم اعصاب و ژنتیک دانشگاه شهید بهشتی و جمهوری چک

🆔@SciMagTel

اطلس ارگانوئیدها 🧠❤️
The Organoid Cell Atlas

ارگانوئیدهای انسانی کاربردهای فراوانی در مسائل زیست پزشکی دارند. این ساختارهای سه بعدی کشت شده سلولی بیانگر خصوصیات مهم تکوین و عملکردی زیستی هستند. ما را قادر میسازند تا مسائل فیزیولوژیکی و پاتوفیزیولوژیکی را بررسی کنیم و در نتیجه میتوانیم تا مطالعات تداخلی که در خصوص انسان محدودیت هایی را شامل میشوند را انجام دهیم. به عنوان مثال میتوان روی ارگانوئیدها دستورزی های ژنتیکی و دارویی را در مدل های بافتی انجام داد که بیانگر زیست شناسی انسان هستند و ما را قادر میسازند تا بتوانیم تکوین را در مراحل اولیه و شکل گیری بیماریها مطالعه کنیم ...

لینک مقاله


🆔@BioUT

Happy 🥧 day 😉
March 14 = 3.14

🆔@BioUT

طنز_زیست_محاسباتی 😝😁

🆔@BioUT

Integrated cross-study datasets of genetic dependencies in cancer

آزمایشات زنده مانی سنجی کریسپر به طور گسترده در خصوص تعداد زیادی رده های سلولی انجام شده است و هدف از آن یافتن درمانهای جدید به منظور درمان دقیق سرطان هاست (precision cancer therapy). با این وجود تجمیع نایج این آزمایشات بسیار ضروری است تا به نقشه کلی از هتروجنیتی سرطان ها و نقاط ضعف آنها برسیم. در این تحقیق دو دیتا ست بزرگ نتیجه آزمایشات زنده مانی سنجی کریسپر روی رده های سلولی که در موسسه برود و سنگر انجام شده اند را با یکدیگر تجمیع کردیم و با توجه به آنالیز های آماری صورت گرفته دیتا ست نتیجه قدرت آماری بالاتری به منظور مذکور در خصوص سرطان ها و ساب تایپ هایشان به دست آورد.

CRISPR-Cas9 viability screens are increasingly performed at a genome-wide scale across large panels of cell lines to identify new therapeutic targets for precision cancer therapy ...



لینک مقاله


🆔@BioU

💻 آخرین و به روزترین آموزشهای بیونفورماتیک و بیولوژی محاسباتی و مقاله نویسی توسط دانشجویان دکتری تخصصی بیورانفوماتیک دانشگاه تهران 🦠 🧬

#R_programming
#Python_programming
#MATLAB_programming
#Statistical_analysis
#Constraint_based_metabolic_networks_modeling
#Computational_genomics
#Computational_oncology
#Machine_learning
#Data_Science

هم اکنون عضو شوید 👇👇👇
🆔@BioUT

سال نو را به تمامی دوستان و همراهان همیشگی تبریک عرض میکنیم و آرزوی سالی خوش برای تمامی شما داریم 🌺🌺

#سال_نو_مبارک
#سال_تحول_علمی
#آموزش_های_جدید


هم اکنون عضو شوید 👇👇👇


🆔@BioUT

🆔@BioUT

۳۱ فروردین ماه، آخرین مهلت ارسال مقالات چهارمین همایش بین‌المللی و دوازدهمین همایش ملی بیوتکنولوژی ایران

چهارمین همایش بین‌المللی و دوازدهمین همایش ملی بیوتکنولوژی ایران به میزبانی انجمن بیوتکنولوژی جمهوری اسلامی ایران و با همکاری دانشگاه یزد و انجمن‌های علمی و مؤسسات پژوهشی این حوزه از ۳۱ مردادماه تا دوم شهریورماه ۱۴۰۰ با شعار «سده ۱۴۰۰: زیست فناوری برای امنیت غذایی و سلامت» برگزار می‌شود.

به گزارش روابط عمومی چهارمین همایش بین‌المللی و دوازدهمین همایش ملی بیوتکنولوژی، آخرین مهلت ارسال آثار به این همایش، 31 فروردین ماه 1400 اعلام شده است.

علاقمندان می‌توانند برای ثبت نام و ارسال مقالات به نشانی الکترونیکی
http://www.biotechcongress.ir/users/signup.php
مراجعه کنند.
اطلاعات تکمیلی در سایت همایش به نشانی
http://www.biotechcongress.ir/ قابل دسترسی است

🆔@BioUT

Emerging Computational Oncology Opportunities to Guide Precision Cancer Medicine

Inherited and environmental influences can put people at greater risk of cancer and impact their response/resistance to treatment. In this presentation, Dr. Eliezer Van Allen will describe how a patient’s cancer genome can be used to guide individualized treatment choices for precision medicine. He will examine how to identify treatment resistance mechanisms and show how certain phenotypic patterns can be paired with new modes of computation to further inform treatment decisions

ثبت نام:
https://datascience.cancer.gov/news-events/events/emerging-computational-oncology-opportunities-guide-precision-cancer-medicine

🆔@BioUT

🆔@BioUT

با عرض سلام و احترام و آرزوی سلامتی و قبولی طاعات همه دوستان عزیز،
👆سخنرانی آقای دکتر پویا ذاکری فردا یکشنبه، پنجم اردیبهشت، ساعت ۱۲ تا ۱۳:۳۰ انجام خواهد شد.

لینک سخنرانی:
https://join.skype.com/LnxIjqZTeYzf

🆔@BioUT

🆔@BioUT

👨‍🏫 Computational Biology Symposium
on behalf of Harvard university center of mathematical science and applications

✍️ Registration Link (Registration is free but required)

📆 May 3, 2021
⏰ 10:00 am - 3:50 pm

💻ZOOM PLATFORM


https://cmsa.fas.harvard.edu/computational-biology-symposium/

🆔@BioUT

🆔@BioUT

"A study in Nature generated single-cell atlases of 23 lung, 16 kidney, 16 liver and 19 heart COVID-19 autopsy donor tissue samples. The dataset explains the impact of severe SARS-CoV-2 infection, a key step towards new treatments."

https://www.nature.com/articles/s41586-021-03570-8?utm_source=twitter&utm_medium=social&utm_content=organic&utm_campaign=NGMT_USG_JC01_GL_Nature

🆔@BioUT

🆔@BioUT

https://www.ebi.ac.uk/training/events/guide-multi-omics-pathway-analysis/


Overview
How to attend
In this webinar we will discuss how to perform comparative multi-omics pathway analyses using the ReactomeGSA pathway analysis system. We will be comparing independent studies that use different 'omics approaches, as well as different 'omics measurements from the same study. Additionally, we will be looking at simple to use methods to integrate public datasets into one's own analysis. Finally, we will use the ReactomeGSA R package to improve the annotations of single-cell RNAseq data. During the webinar we will use Reactome's web interface as well as the ReactomeGSA Bioconductor R package.

🆔@BioUT

🆔@BioUT

خدمات و تعریف پروژه های بیوانفورماتیک در BioUT

1 diseased and healthy cell (inclusing metabolic and non-metabolic disease) simulation
2 Sequence assembly
3 Genome annotation
4 Computational evolutionary biology
5 Comparative genomics
6 Pan genomics
7 Genetics of disease
8 Analysis of mutations in cancer
9 Analysis of gene expression
10 Analysis of protein expression
11 Analysis of regulation
12 Analysis of cellular organization
13 Microscopy and image analysis
14 Protein localization
15 Nuclear organization of chromatin
16 Network and systems biology
17 Molecular interaction networks
18 Literature analysis (web scraping and text mining)
19 High-throughput image analysis
20 High-throughput single cell data analysis
21 Biodiversity informatics
22 Ontologies and data integration
23 Databases
24 Software and tools
25 Open-source bioinformatics software
26 Web services in bioinformatics
27 Bioinformatics workflow management systems

🆔@BioUT

نمونه کار طراحی برای یکی از محققین برجسته حوزه ایمونولوژی دستگاه تنفسی کشور عزیزمان

@scimagtel

5th series of BioUT private online-workshops

- R programming (5 compact practical session)
- Python programming (5 compact practical session)
- MATLAB programming (5 compact practical session)
- Julia programming (5 compact practical session)
- Git (1 compact practical session- on other products)
- Statistics (5 compact session)
- General Math (5 compact session)
- Constraint based metabolic networks modeling (5 compact practical session)
- Computational genomics (5 compact practical session)
- Machine learning (5 compact practical session)

🆔@BioUT


#Bioinformatics #computational_biology #ArtificialIntelligence #Python #MachineLearning #R #Julia #Git #Statistics #Math

🆔@BioUT

Nature

Applications of single-cell multi-omics techniques in molecular biology, genetic...

Date: September 22, 2021 Time: 9am PDT / 12pm EDT / 5pm BST / 6pm CEST
Price: Free

https://www.nature.com/webcasts/event/applications-of-single-cell-multi-omics-techniques-in-molecular-biology-genetics-and-cancer-research/

🆔@BioUT