تیمی به سرپرستی Shoukhrat Mitalipov از دانشگاه Oregon Health & Science University برای اولین موفق به ویرایش جشهای ژنوم جنین انسان شدند

@learning_NS

‌ (http://jametan.com/t/46bd87d79931839488.mp4)

📍University of Tehran Bioinformatics and Systems Biology Club📍

تماس با ادمین جهت طرح سوالات و ارسال مقالات کلیدی
@SysBiology

آدرس کانال:
@BioUT
📍کلوب بیوانفورماتیک وسیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT

(http://jametan.com/t/57a538749931839488.png)

@BioUT
📍توجه توجه لینک اصلاح شده است📍

📍آموزش مجازی سیستم عامل لینوکس📍
امروزه تقریبا هر کار جدی در زمینه Bioinformatics, Systems Biology و dh Systems Medicine بخواهید انجام بدید می بایست با سیستم عامل لینوکس انجام بدید. برای یادگیری به لینک زیر مراجعه کنید:
https://training.linuxfoundation.org/free-linux-training

عضویت در کانال Systems Biology and Bioinormatics دانشگاه تهران:
@BioUT

ارتباط با ادمین:
@SysBiology

@BioUT کانال سیستم بیولوژی و بیوانفورماتیک دانشگاه تهران —- رگزایی یا آنژیو ژنز یکی از مکانیسم های تومورهای سرطانی است تا مواد غذایی و اکسیژن مورد نیاز را دریافت کنند

‌ (http://jametan.com/t/b5a1af449931839488.png)
📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

https://news.1rj.ru/str/BioUT

مطلب: 📄 مقاله آموزشی
موضوع: Explain Bioinformatics to Your Grandmother
اینجوری بیوانفورماتیک رو برای مادربزرگتون توضیح بدید

@BioUT
📍Explain Bioinformatics to Your Grandmother📍

چیکار داری می کنی ؟ این سوالی که مرتبا ازتون پرسیده می شه حالا میخواد مهمونی آخر هفته باشه دورهمی همسایه ها باشه، یا جمع فامیل. به طور کلی مخاطب قرار دادن جمعی در خصوص مباحث علمی و جذبشون کردن کار سختیه. به هر حال ساده یا سخت باید سالها این کار رو بکنید و نه تنها برای فامیل و دوستان حتی همکارانتون. خب حالا وقتشه که بودنید نه تنها توانایی درس دادن مهم هست بلکه توضیح دادن کارتون برای دیگران هم بسیار پر اهمیت است. در این مقاله راهنماییتون میکنیم که چطوری به چنین مباحثی موفق ورود کنید.

https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1003305


📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
@BioUT

👇👇👇👇

اینجوری بیوانفورماتیک رو برای مادربزرگتون توضیح بدید

@BioUT
What is cancer ?
سرطان چیست ؟
📍کانال سیستم بیولوژی و بیوانفورماتیک دانشگاه تهران 📍

(http://jametan.com/t/41689c0d9931839488.png)

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

https://news.1rj.ru/str/BioUT

مطلب: 📄 مقاله کلیدی
موضوع: Network propagation: a universal amplifier of genetic association
اطلاعات نشر: NATURE REVIEWS | GENETICS VOLUME 18 | SEPTEMBER 2017 | 551


شبکه های بیولوژیکی منابع غنی برای کشف ژن ها و ماژول های ژنی که بیماری ها را کنترل می کنند هستند. مبنای تجزیه شبکه ها، ژن هایی هستند که فنوتیپی یکسان را ایجاد می کنند، بر همین اساس می توان از سیگنال های ژنی استفاده کرد یا آنها را ترکیب کرد. اخیرا تعداد زیادی تکنیک های بیوانفورماتیکی برای آنالیز شبکه های ژنتیکی ایجاد شده اند، که بر مبنای random walks, information diffusion resistance electrical هستند. این رویکردها به خوبی توانسته اند ژن های مرتبط با بیماری ها، ماژول های ژنتیکی و اهداف دارویی را شناسایی کنند. در حقیقت، تمامی رویکردهای یاد شده اساس ریاضی یکسانی دارند و روش های قدرتمند تغییر شکل دادن داده ها برای مطالعات ژنتیکی هستند.



📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

@BioUT 📍 کلوب بیوانفورماتیک وسیستم بیولوژی دانشگاه تهران 📍

@BioUT
📍 کلوب بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران 📍

(http://jametan.com/t/1d5e38eb9988912509.png)
📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT
مطلب: 📄مقاله مروری
ترجمه: 📝دارد

موضوع: Early Diagnosis of Complex Diseases by Molecular Biomarkers, Network Biomarkers and Dynamical Biomarkers

اطلاعات نشر: Medicinal research reviews, 2014 - Wiley Online Library

Abstract: Many studies have been carried out for early diagnosis of complex diseases by finding accurate and robust biomarkers specific to respective diseases. In particular, recent rapid advance of high-throughput technologies provides unprecedented rich information to characterize various disease genotypes and phenotypes in a global and also dynamical manner, which significantly accelerates the study of biomarkers from both theoretical and clinical perspectives. Traditionally, molecular biomarkers that distinguish disease samples from normal samples are widely adopted in clinical practices due to their ease of data measurement. However, many of them suffer from low coverage and high false-positive rates or high false-negative rates, which seriously limit their further clinical applications. To overcome those difficulties, network biomarkers (or module biomarkers) attract much attention and also achieve better performance because a network (or subnetwork) is considered to be a more robust form to characterize diseases than individual molecules.But,both molecular biomarkers and network biomarkers mainly distinguish disease Samples from normal samples,and they generally cannot ensure to identify predisease samples due to their static nature, thereby lacking ability to early diagnosis. Based on nonlinear dynamical theory and complex network theory, a new concept of dynamical network biomarkers (DNBs, or a dynamical network of biomarkers) has been developed, which is different from traditional static approaches, and the DNB is able to distinguish a predisease state from normal and disease states by even a small number of samples, and therefore has great potential to achieve “real” early diagnosis of complex diseases. In this paper, we comprehensively review the recent advances and developments on molecular biomarkers, network biomarkers, and DNBs in particular, focusing on the biomarkers for early diagnosis of complex diseases considering a small number of samples and high-throughput data (or big data). Detailed comparisons of various types of biomarkers as well as their applications are also discussed.

موضوع: تشخیص زود هنگام بیماری های پیچیده با استفاده از بیومارکرهای ملکولی، بیومارکرهای شبکه ای و بیومارکرهای پویا

خلاصه: مطالعات بسیاری برای تشخیص زود هنگام بیماری های پیچیده از طریق یافتن بیومارکرهای صحیح و مقاوم (قابل اتکا در شرایط مختلف) و منحصر به بیماری انجام شده است. پیشرفت های اخیر در حوزه ی روش های توالی یابی با خروجی زیاد باعث شده مطالعات تئوری و آزمایشگاهی روی یافتن بیومارکرهای شتاب بی سابقه ای به خود بگیرد. به صورت سنتی، استفاده از بیومارکرهای ملکولی به علت آسانی در اندازه گیری به صورت بالینی نیز عملیاتی شده است. ولی بسیاری از آن ها از مشکلاتی مانند خطاهای بالای نوع یک و دو و نیز عدم پوشش وسیع رنج می برند. برای غلبه بر آنها بیومارکرهای شبکه ای یا ماژول ها اهمیت زیادی یافته اند و عملکرد بهتری به همراه داشته اند، زیرا شبکه ها یا زیر شبکه ها دارای ساختار مقاوم تری نسبت به تک ملکول ها برای مشخص کردن بیماری دارند. ولی اصولا بیومارکرهای ملکولی یا شبکه ای برای تفکیک داده های بیمار از سالم مورد استفاده قرار می گیرند. در واقع این روش ها عموما قادر به تفکیک داده ی مربوط به حالت پیش از وقوع بیماری نیستند، زیرا ماهیت استاتیک یا ایستا دارند. لذا برای تشخیص زود هنگام وقوع بیماری نمی توانند مفید باشند. برای این منظور بر پایه ی تئوری دینامیک غیرخطی و شبکه های پیچیده، مفهوم جدیدی با نام بیومارکرهای شبکه ای پویا توسعه یافته است. این روش قادر به تفکیک داده های سالم، بیمار و پیش از وقوع بیماری با تعداد کمی نمونه می باشد. لذا این روش پتانسیل بالایی برای تشخیص زود هنگام واقعی دارد. در این مقاله مروری جامع بر پیشرفت ها و توسعه های انجام شده روی بیومارکرهای ملکولی، بیومارکرهای شبکه ای و به صورت ویژه بیومارکرهای دینامیک با قابلیت تشخیص زودهنگام بیماری و تعداد کم نمونه و استفاده از روش های با خروجی داده ی زیاد انجام شده است. مقایسه بین روش ها و نیز کاربردهای آن ها نیز انجام شده است.

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍

تشخیص زود هنگام بیماری های پیچیده با استفاده از بیومارکرهای ملکولی، بیومارکرهای شبکه ای و بیومارکرهای پویا

توالی یابی ایلومینا

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران📍
https://news.1rj.ru/str/BioUT

@biout

جلسه دفاع دکتری بیوانفورماتیک

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران 📍

@biout

جلسه سخنرانی دکتر شکرگزار - IBB دانشگاه تهران - 29 مهر ساعت 13:00

📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران 📍

@biout

سمینار یک روزه Data Science - IPM - 30th November
📍کانال بیوانفورماتیک و سیستم بیولوژی دانشگاه تهران 📍