شبکه‌های زیستی در بیوانفورماتیک - پست 4

سنترالیتی (Centrality) چیست؟

در آنالیز شبکه، سنترالیتی مجموعه‌ای از معیارهاست که مشخص می‌کنند کدام نودها (گره‌ها) در شبکه از نظر اهمیت یا تأثیرگذاری جایگاه ویژه‌ای دارند.

اهمیت می‌تواند به معنای:
🔹 میزان ارتباطات مستقیم
🔹 یا توانایی در انتقال اطلاعات بین سایر نودها باشد.
🔹 موقعیت استراتژیک در اتصال بخش‌های مختلف شبکه


با کمک این معیارها می‌تونیم تو شبکه زیستی‌مون بفهمیم:
🔹 کدام ژن/پروتئین نقش کلیدی (Hub) دارد؟
🔹 اگر یک نود حذف شود، شبکه چقدر آسیب می‌بیند؟
🔹 کدام نودها در انتقال سیگنال‌ها و متابولیت‌ها حیاتی‌اند؟

#شبکه‌های_زیستی
----------
🆔 @BioinfCamp

این شبکه رادیوی فرانسوی فقط موسیقی باروک پخش‌ می‌کنه.

💎 https://www.radiofrance.fr/francemusique/radio-baroque

#زنگ_تفریح
----------
🆔 @BioinfCamp

فرصت پست‌داک در فرانسه ✈️🇫🇷

توضیحات پروژه:
کار با داده‌های ژنومیک و یادگیری ماشین (مخصوصاً شبکه‌های عصبی) برای همکاری در گروه بیوانفورماتیک در مون‌پلیه، جنوب فرانسه.

جزئیات موقعیت:
مدت قرارداد: ۱۶ ماه
محل کار: CNRS
حقوق: حدود ۲۵۰۰ یورو خالص

لینک گروه پژوهشی:
https://www.igmm.cnrs.fr/en/team/ai-for-genome-interpretation/

اطلاعات بیشتر و لینک اپلای:
https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UMR5535-SARADE-101/Default.aspx?lang=EN

اگر پروفایلتان مناسب است و علاقه‌مند هستید، می‌توانید اپلای کنید. دقت کنید که چند موقعیت مشابه دیگر هم در این گروه در حال باز شدن است.

#اپلای
----------
🆔 @BioinfCamp

🧬 چرخه‌ی سلول‌های T به زبان ساده

🔹 سلول‌های T اولش naïve هستن؛ یعنی هنوز هیچ آنتی‌ژنی رو ندیدن.

🔹 وقتی با APC برخورد می‌کنن، فعال می‌شن و به سرعت تقسیم می‌شن.

🔹 نتیجه؟ تبدیل به effector T cells که با پاتوژن‌ها مبارزه می‌کنن.

🔹 بعد از پاک شدن عفونت، بیشتر این سلول‌ها می‌میرن.

🔹 فقط یه تعداد کم باقی می‌مونه که به memory T cells تبدیل می‌شن.

🔹 سلول‌های حافظه،‌ دفعه‌ی بعدی مواجه با آنتی‌ژن، خیلی سریع‌تر بهش واکنش نشون میدن.

#سیستم_ایمنی #طراحی_واکسن
----------
🆔 @BioinfCamp

شبکه‌های زیستی در بیوانفورماتیک - پست 5

Degree Centrality

در علم شبکه‌ها Degree Centrality یعنی تعداد یال‌هایی که یک گره (Node) دارد. در بیوانفورماتیک، این مفهوم برای شناسایی عناصر کلیدی در انواع شبکه‌ها کاربرد دارد.

🔹 در شبکه PPI، پروتئین با Degree بالا به عنوان Hub Protein شناخته می‌شود.

🔹 در شبکه ژنی، ژن با Degree بالا نقش تنظیم‌کننده کلیدی در بیان ژن‌ها دارد.

🔹 در شبکه متابولیکی، متابولیت با Degree بالا یک ترکیب حیاتی در مسیرهای زیستی محسوب می‌شود.

به‌طور کلی، گره‌هایی با Degree بالا نقش حیاتی در پایداری و عملکرد شبکه دارند و حذف آن‌ها می‌تواند اختلال‌های جدی ایجاد کند.

#شبکه‌های_زیستی
----------
🆔 @BioinfCamp

🧠 همیشه یه چیزی هست! (درباره حواس‌پرتی متخصصین بیوانفورماتیک)

متخصصین بیوانفورماتیک که دائما با لپ‌تاپ خود درگیر هستند، عموما دچار حواس‌پرتی میشوند. گاهی تماس‌ها، نوتیف‌ها، جلسات، شبکات اجتماعی و گاهی حتی سرچ ساده توی مستندات و مقالات، همه‌ی اینا تمرکز رو از بین می‌برن.

✅ چیکار کنیم؟
🔹 ساعت‌های طلایی تمرکزتو بشناس
🔹 حواس‌پرتی‌های حتمی رو زمان‌بندی کن
🔹 از ابزارهای بهره‌وری استفاده کن (میانبرها، regex tools، و حتی AI!)
🔹 برای وقفه‌ها برنامه‌ریزی کن (نه اینکه یهو تو توییتر گم شی!)
🔹 گاهی «هیچی انجام ندادن» بهترین کاره

#دانستنی‌ها
----------
🆔 @BioinfCamp

💡 معرفی TCRdb
پایگاه داده به‌روز شده توالی‌های T-cell receptor

🔬 یک دیتابیس جامع و به‌روز برای تحلیل میلیون‌ها توالی TCR که تحقیقات روی پاسخ ایمنی را دقیق‌تر و کاربردی‌تر می‌کند.

✨ ویژگی‌های کلیدی:
1⃣ شامل ~700 میلیون توالی TCR از 19,701 نمونه و 46 بافت مختلف
2⃣ داده‌های مرتبط با درمان‌های ایمنی، مانند PD-1 blockade
3⃣ ساخت بزرگ‌ترین مرجع توالی TCR از نمونه‌های سالم
4⃣ رابط کاربری جدید برای جستجو و دانلود انعطاف‌پذیر
5⃣ پشتیبانی از Gamma delta (γδ) T cells

🌐 TCRdb2.0 (Click Here)

#طراحی_واکسن #سیستم_ایمنی
----------
🆔 @BioinfCamp

فرآیند تمایز سلول‌های بنیادی استخراج‌شده از مغز استخوان

#دانستنی‌ها
----------
🆔 @BioinfCamp

شبکه‌های زیستی در بیوانفورماتیک - پست 6

Betweenness Centrality

🔹 تعریف:
تعداد مسیرهای کوتاه‌ترین راه (shortest paths) که از یک نود عبور می‌کنند.

🔹 تفسیر:
نشان می‌دهد نود چقدر به عنوان "پل" بین بخش‌های مختلف شبکه عمل می‌کند.

🔹 مثال‌:
در شبکه سیگنالینگ، پروتئین‌هایی با betweenness بالا گلوگاه مسیرهای سیگنالی هستند. حذف این پروتئین‌ها باعث اختلال گسترده در مسیرهای پیام‌رسانی می‌شود.

#شبکه‌های_زیستی
----------
🆔 @BioinfCamp

🔹 امروز، پس‌فردا و دو روز بعد از پس‌فردا
🔹 (۱۳، ۱۵ و ۱۷ دسامبر)
🔹 سه تا پوزیشن تو کانال انگلیسی کمپ بیوانفورماتیک می‌ذاریم.
🔹 اپلای کنید ✈

یک پوزیشن کارآموزی
یکی دکتری (PhD)
و یکی پست‌داک (Postdoc)

جزئیات رو اینجا ببینید:
@BioinfCamp_au

امتیاز مارش در بیماری سلیاک

سیستم Marsh برای توصیف تغییرات ریزبافتی روده باریک در بیماران سلیاک به کار می‌رود:

🔹 مارش 0: بافت طبیعی
🔹 مارش 1: افزایش لنفوسیت‌های داخل‌اپی‌تلیالی
🔹 مارش 2: افزایش لنفوسیت + هیپرپلازی کریپت‌ها
🔹 مارش 3 (a-c): درجات مختلف آتروفی پرزها
🔹 مارش 4: آتروفی شدید و نادر

🔍 این طبقه‌بندی به پزشکان در تشخیص، مرحله‌بندی و پیگیری پاسخ به رژیم بدون گلوتن کمک می‌کند.

#دانستنی‌ها
----------
🆔 @BioinfCamp

💥 یک مسیر جدید احتمالی برای درمان حملات صرع در بیماران مبتلا به اوتیسم

💎 از سری پست‌های پایگاهِ خبری کمپ بیوانفورماتیک!!!
💎 لطفا برای مطالعه این مطلب علمی بر روی لینک زیر کلیک کنید 👇

💎 ResBio Post - Click Here

#مقاله #بیوانفورماتیک
----------
🆔 @BioinfCamp

معرفی ScholarQA

🔹 یک ابزار پرسش‌وپاسخ تحقیقاتی بر پایهٔ هوش مصنوعی‌ که به کاربرها اجازه می‌دهد:

1⃣ دربارهٔ موضوعات علمی پرسش کنه،
2⃣ پاسخ‌ها رو بر اساس چند میلیون مقاله دریافت کنه،
3⃣ و به‌صورت خودکار مرور ادبیات انجام بده.

💎 https://scholarqa.allen.ai/chat

#معرفی_سایت #هوش_مصنوعی
----------
🆔 @BioinfCamp

موقعیت کارآموزی اعلام شد! 🇮🇹

شبکه‌های زیستی در بیوانفورماتیک - پست 7

Closeness Centrality

🔹 تعریف:
میانگین فاصله کوتاه‌ترین مسیر یک نود به همه نودهای دیگر.

🔹 تفسیر:
نودی با closeness بالا، سریع‌تر می‌تواند به همه نودها دسترسی پیدا کند.

🔹 مثال:
در شبکه متابولیک، آنزیمی که closeness بالاتر دارد، سریع‌تر به سایر متابولیت‌ها وصل می‌شود. این آنزیم‌ها معمولاً کنترل‌کننده اصلی جریان متابولیت‌ها هستند.

#شبکه‌های_زیستی
----------
🆔 @BioinfCamp

معرفی OLMo

یک خانواده از مدل‌های زبان کاملاً متن‌باز که از ابتدا تا انتها با داده‌های آموزشی متن باز و در دسترس، توسعه یافته‌اند.

در واقع OLMo یه چیزی شبیه ChatGPT هست ولی:
🔹 کاملًا رایگان و متن‌باز (Open Source)
🔹 می‌تونی کد و دیتاش رو ببینی
🔹 حتی میتونی خودت مدل رو آموزش بدی

💎 https://allenai.org/olmo

#معرفی_سایت #هوش_مصنوعی
----------
🆔 @BioinfCamp

موقعیت دکتری اعلام شد! 🇸🇪

معرفی Ambiphone

یک وب‌اپلیکیشن است که انواع صداها و موسیقی‌های محیطی را برای افزایش تمرکز و آرامش حین درس خوندن ارائه می‌دهد.

دسته‌بندی‌های موجود شامل:

🔹 صداهای طبیعت (باران، رعد و برق، موج‌ها)
🔹 موسیقی‌های محیطی
🔹صداهای شهری و محیطی (کافی‌شاپ، ترافیک)
🔹 اتمسفرهای علمی–تخیلی
🔹 پخش زنده رادیو پلیس
🔹 سیگنال‌ها و صداهای انتقالی
🔹 بیت‌های باینورال و انواع نویز

کاربران می‌توانند میکس‌های سفارشی خود را از این صداها بسازند تا تمرکز و بهره‌وری‌شان افزایش یابد.

💎 https://ambiph.one/

#زنگ_تفریح #معرفی_سایت
----------
🆔 @BioinfCamp

همراهان گرامی کمپ بیوانفورماتیک، توجه فرمایید:

تبلیغاتی که با برچسب Sponsored یا Ad در کانال مشاهده می‌کنید، به هیچ وجه مورد تأیید کمپ بیوانفورماتیک نیستند.

کمپ بیوانفورماتیک با احترام کامل به مخاطبان خود، هیچ‌گونه تبلیغی را نمی‌پذیرد. این تبلیغات به‌صورت خودکار و از سوی پلتفرم تلگرام نمایش داده می‌شوند.

#اطلاع_رسانی
----------
🆔 @BioinfCamp

شبکه‌های زیستی در بیوانفورماتیک - پست 8

Eigenvector Centrality

🔹 تعریف:
اهمیت یک نود نه فقط به تعداد ارتباطاتش، بلکه به اهمیت نودهایی که به آن متصل‌اند بستگی دارد.

🔹 تفسیر:
اگر به افراد با نفوذ وصل باشی، خودت هم مهم می‌شوی.

🔹 مثال:
در شبکه ژن-ژن، ژنی که به ژن‌های مهم متصل است، خودش هم مهم محسوب می‌شود. این روش برای شناسایی biomarker candidates در بیماری‌ها استفاده می‌شود.

#شبکه‌های_زیستی
----------
🆔 @BioinfCamp