Мы уже упоминали, что использование искусственного интеллекта уже давно стало трендом в биотехе 📈, и сегодня расскажем об одном из подобных стартапов.

Место: Цюрих, Швейцария🇨🇭
Отрасль: #Software #Bioinformatics
Основатели: Стеф ван Грикен
Год: 2021
Последнее финансирование: €5.5M 🤑

😓 Cradle Bio предоставляет сервис, основанный на машинном обучении, который позволяет предсказывать эффективные структуры белков и улучшать существующие.

Один из основателей Cradle поясняет, что такие модели, как AlphaFold 🧑‍💻, умеют предсказывать структуру белка по последовательности аминокислот. Cradle решает обратную задачу: по заданным функциям и свойствам подбирает последовательности аминокислот, которые могут дать белки с необходимыми структурами.

❗️Одна из основных сложностей для проекта заключается в том, что данных о связи функций белков с их структурой не так уж много для успешного обучения глубоких нейросетевых моделей. Поэтому база данных Cradle основана преимущественно на данных их собственной лаборатории 🧫, в которой синтезировались и тестировали разнообразные белки.

Сейчас особый тренд набирает предсказание функциональных особенностей белков, например, их термостабильность 🌡 и другие свойства. Оставляйте комментарии под постом, если Вам интересно узнать про это подробнее 👇😍

Сегодня говорим об очень интересном стартапе, чье название переводится как "кузнец" ⚒, а сами они занимаются разработками по таргетному лечению металлоферментов 🧲!

Место: Сан Диего, США
Отрасль: #Medicine #Biotechnology
Основатель: Закари Циммерман
Год: 2017
💲Финансирование: не раскрывается (главный спонсор - Eli Lilly)

💉Blacksmith Medicines — это биотехнологическая компания, которая разрабатывает платформу для создания медицинских препаратов, которые взаимодействуют с металлосодержащими ферменты.

📌Металлосодержащиме ферменты — это ферменты, которые связанны с металлом (или по-другому с кофактором). Чаще всего металлические ионы нужны для того, чтобы структурировать фермент, что обеспечивает его активность. Примерно 30% всех известных ферментов содержат металлические кофакторы. Причём они равномерно распределены среди всех основных классов энзимов.

🧫 Для создания своих препаратов, например, высокоэффективных ингибиторов, используют технологии CRISPR\Cas9, специально нацеленных на металлосодержащие ферменты. Это позволяет производить эффективный поиск новых ферментов и валидации уже найденных. Перед оценкой in vivo созданные препараты анализируются компьютерными методами (in silico) при помощи молекулярного моделирования и докинга (способ предсказания связывания нескольких молекул на компьютере).

🧐 Платформа позволяет заметно ускорить подбор новых медицинских препаратов, нацеленных на определённые ферменты, содержащие ионы металла. Таким образом можно создавать новые ингибиторы, специализированные красители и многие другие типы веществ.

⚡️ Всем легкой пятницы и отличных выходных! Сегодня говорим о стартапе Atomic AI, которые, как следует из названия, используют искусственный интеллект в своих проектах 🧑‍💻

Место: США, Стэнфорд
Отрасль: #Software #AI
Основатели: Рафаэль Тауншенд
Год: 2021
Последнее финансирование: $35M 🤑

Atomic AI ещё один стартап, сделавший ставку на искусственный интеллект в области биотеха. На этот раз под прицелом оказались молекулы РНК: Atomic AI разрабатывают систему, которая смогла бы предсказывать третичную структуру РНК молекул так, как это делает AlphaFold для белков.

📌 Основная цель разработки модели, как часто бывает в этой области — поиск новых лекарственных препаратов💉. Кроме того, в ходе поиска новых возможных форм РНК молекул могут быть обнаружены возможные структуры с интересными свойствами, способные стать новыми молекулярными инструментами.

Что интересно, основой для обучения первой из моделей, разработанных Тауншендом, стали всего 18 структур РНК 😲, найденных в статьях обпубликованных с 1994 по 2006 год. И даже на столь малом объёме информации модель смогла показать результат, превосходящий уже существующие алгоритмы. После этого уже с помощью своей лаборатории Atomic AI дополнили базу данных намного большим числом структур, и на этой основе был создан PARSE: Platform for AI-driven RNA Structure Exploration, наиболее актуальная из разработок стратапа 👍.

Сегодня говорим об интересном агротех стартапе Bloomfield Robotics 💻!

Место: Питтсбург, США
Отрасль: #Agriculture #AI
Основатели: Марк ДеСантис
Год: 2019
Финансирование: 16.2M$ 🤑

🍇 Bloomfield Robotics — это компания, разрабатывающая специальные камеры и софт для оценки состояния сельскохозяйственных культур на поле 🍀. В настоящее компания сконцентрирована только на винограде. Использование компьютерного зрения и глубокого обучения позволяет анализировать рост и состояние растений автоматически.

📸 Основным продуктом копании являются специальные камеры, которы можно прикрепить на транспортное средство или сельхоз техзнику. В ходе проезда между рядами грядок камера производит съёмку растений в широком разрешении, что позволяет заметить наличие физического повреждения и следов различных заболеваний 💉.

📌Полученные фотографии обрабатываются ПО с применением глубокого обучения, которое предоставляется компанией. Для каждого растения на фотографии происходит оценка по различным метрикам. Дополнительно рассчитывается статистика по всей каждой грозди винограда, лозе, полю или даже всему винограднику.

🌞 Оценка состояния поля может производится в любой сезон. В компании были разработаны различные метрики для каждого месяца в году, что позволяет точно оценивать рост винограда и состояние всего виноградника. Возможно в будущем компания расширит область применения своего продукта и на другие сельскохозяйственные культуры.

Друзья, сегодня на очереди очень интересный проект Fodzyme, который занимается производством особых БАДов для помощи людям с проблемами в пищеварении 💊!

Место: США, Массачусетс, Сомервиль
Отрасль: #Pharmacology, #Foodtech
Основатели: Энжи Лю, Дэвид Хэчуэл
Последнее финансирование: 1.5M$ 🤑

🥝 Kiwi Biosciences - молодая компания, которая разрабатывает и выпускает под брендом Fodzyme препараты для людей с нарушением пищеварения. Последнее финансирование компания получила осенью 2021 года.

📌 Препараты Fodzyme помогают людям, которым необходимо ограничивать потребление FODMAP (термин, означающий “олигосахариды, дисахариды, фруктоза, полиолы” - короткоцепочечные углеводы, которые плохо всасываются в кишечнике). Например, такая диета необходима тем, кто страдает синдромом раздражённого кишечника.

Fodzyme - это набор энзимов (лактаза, альфа-галактозидаза и др. 🧪), который можно смешивать с пищей, чтобы облегчить усвоение олигсахаридов, таким образом снимая значительную часть ограничений в питании. Довольно оригинальное решение в том, что при таком подходе ферменты начинают работать уже в момент пережевывания пищи - и успевают сделать значительную часть работы ещё до попадания в желудок, что позволяет избежать проблемы их деактивации в агрессивной среде.

✅ В планах компании - разработка новых компонентов, расщепляющих ещё больший спектр FODMAP веществ в пище.

Сегодня говорим о синбио компании Future Fields 🧬

Место: Эдмонтон, Канада
Отрасль: #SyntheticBiology #Biotechnology
Основатели: Мэтью Андерсон-Барон
Год: 2017
Последнее финансирование: 18.9M$ 🤑

📌 Future Fields — это биотехнологическая компания, производящая синтетические белки в организме плодовой мушки дрозофилы (Drosophila melanogaster) 🪰

🧫 Компанией была разработана платформа EntoEngine для производства новых белков в телах насекомых, благородя чему удалось существенно снизить расходы, в сравнении с традиционными методами, в которых используют микроорганизмы. Так же отказ от использования клеточной культуры позволил сделать производство белков более экологичным и снизить количество отходов.

👍Стоит отметить, что чаще всего использование насекомых для производства белков (например, терапевтических) изучение их влияния на клетки — предпочтительнее, чем использование бактерий, так как насекомые эволюционно ближе к человеку. Поэтому вероятность того, что синтетический белок будет правильно свернут и будет выполнять свою функцию, намного выше именно в клетках насекомых. Конечно, ещё лучше использовать клетки млекопитающих, но это гораздо сложнее.

❗️Благородя разработанной платформе в компании удаётся быстро клонировать ген интереса, отвечающий за синтез белка, и внедрять его в насекомых. После чего наработанный белок выделяют и отчищают для дальнейшего использования. Так как клеточная культура не используется, то технология получается сравнительно простой в использовании.

Сегодня говорим об американском стартапе NeuroX1 🧠

Место: Остин, США
Отрасль: #Biotechnology #AI
Основатели: Макс Дордевич
Год: 2021
Финансирование: 1.8M$ 🤑


📌 NeuroX1 — это стартап в области хемоинформатики, целью которого является разработка платформы для создания препаратов, применимых для лечения нейродегенеративных заболеваний.

В настоящее время лекарств, которые могли бы действительно лечить нейродегенеративные заболевания, не существуют ❌. Создании таких препаратов все ещё остаётся проблемой для медицины. Возможным решением является использование хемоинформатики и ИИ.

🎯 В создаваемой платформе используется следующий пайплайн: модель машинного обучения учится на геномных, транскриптомных и протеомных данных для идентификации потенциальных мишеней для терапии. Далее используется модель глубокого обучения для предсказания структуры химического вещества с заданными параметрами. Таким образом, создаются совершенно новые препараты, специфичные к выбранным ранее мишеням. Полученные лекарственные вещества проходят серию испытаний на компьютере, что позволяет значительно повысить вероятность успеха в клинических испытаниях.

💉Дизайн новых лекарств на компьютере позволяет значительно снизить стоимость разработки и последующую цену самого лекарства. А использование ИИ положительно сказывается на создание работающего препарата.

💊🤖🧠💻💉Будущее медицины: как ChatGPT и нейронные сети могут произвести революцию в здравоохранении!

⚡️Как одна из самых передовых языковых моделей в мире, ChatGPT может многое предложить в области медицины и биотехнологий. Нейронные сети могут помочь биомедицинской отрасли различными способами: от улучшения разработки лекарств до помощи в уходе за пациентами. Вот лишь несколько примеров того, как ChatGPT и другие технологии нейронных сетей могут принести пользу медицинским и биотехнологическим компаниям.

👨‍🔬 Одной из областей, где нейронные сети могут быть особенно полезны, является разработка лекарств. Анализируя огромные объемы данных из различных источников, включая клинические испытания и научные публикации, нейронные сети могут помочь выявить перспективные лекарственные препараты быстрее и эффективнее, чем традиционные методы. Это может сэкономить компаниям значительное количество времени и денег, поскольку они могут сосредоточить свои ресурсы на наиболее перспективных препаратах-кандидатах.

🩺 Помимо разработки лекарств, нейронные сети также можно использовать для анализа данных пациентов и помощи в диагностике и лечении. Например, ChatGPT можно научить распознавать закономерности в медицинских записях и помогать врачам ставить более точные диагнозы. Точно так же нейронные сети можно использовать для анализа изображений медицинских тестов, таких как компьютерная томография и магнитно-резонансная томография, чтобы помочь выявить аномалии и принять решение о лечении.

👩‍⚕️ Еще одно потенциальное применение нейронных сетей в медицине и биотехнологии — персонализированная медицина. Анализируя генетические данные пациента, историю болезни и другие важные факторы, ChatGPT и другие нейронные сети могут помочь предсказать, как пациент отреагирует на конкретное лечение или лекарство. Это может помочь врачам адаптировать свои планы лечения к каждому отдельному пациенту, что приводит к лучшим результатам и меньшему количеству побочных эффектов.

🔥 В целом потенциальные применения нейронных сетей в медицине и биотехнологии обширны и разнообразны. Эти технологии, от разработки лекарств до ухода за пациентами, могут изменить наш подход к здравоохранению и произвести настоящую революцию. Поскольку ChatGPT и другие нейронные сети продолжают развиваться и совершенствоваться, мы можем ожидать еще более инновационных применений этих технологий в ближайшие годы 🔼

Не так давно в журнале Cell вышла работа коллектива учёных из Израиля, просвещённая анализу звуков, которые издают растения в различных стрессовых ситуациях 🌿

📌 Уже достаточно давно известно, что растения способны издавать вибрации которые могли бы пораждать звуки, которые способны воспринимать как растения, так и некоторые животные.

Учёным удалось выявить, что растения действительно издают разные типы звуков в ультразвуковом диапозоне при различных стрессовых ситуациях, как, например, в случаи недостатка влаги 💧, физического повреждения или вирусной инфекции 🦠. Для того чтобы классифицировать звуки и отличать их от фоновых шумов теплицы, была обучена свёрточная нейронная сеть (CNN). В ходе обучения модели удалось достичь точности классификации разных звуков в 99.7% 😨

⚡️Интересны дальнейшим перспективы, которые открывает данное исследование. К примеру, было показано что звуки при высокой и низкой степени обезвоживания различны. Это можно использовать для мониторинга в теплице. Либо можно составить библиотеку звуков для разных сельскохозяйственных культур и определять патогены или другие стрессоры в теплице\поле по издаваемым звукам. В условиях поля это особенно актуально, так как на нем трудно выявить развитие патогенов на ранних стадиях.

👀 Кажется, про митохондрии мы еще не говорили! Встречайте, Capacity Bio!

Место: Пало-Алто, США
Отрасль: #Biotechnology #Ageing
Основатели: Кеннет Хорн
Год: 2021
Финансирование: 35M💲

📌Capacity Bio — это медицинская компания, работающая в области заболеваний, связанных с нарушением функционирования митохондрий в ходе старения.

🔬 Митохондрии — это органоиды, которые отвечают за процесс дыхания клетки. Большая часть энергии, производящаяся в ходе метаболизма, образуется благородя работе этих органелл. Но из-за образования активных форм кислорода происходит также износ митохондрий. 😮‍💨

🔽Органеллы, которые исчерпали свой ресурс, уничтожаются внутри клетки путём процесса митофагии. Этот процесс так же приводит к запуску процесса деления митохондрий и их обновления. Однако из-за старения организма эффективность этого процесса снижается, что приводит к тому, что из повреждённых органелл ативные формы кислорода попадают в цитоплазму, что ведет к нарушению функционирования клетки и ее смерти.

В компании Capacity Bio происходит разработка малых молекул, специализированных пептидов и наночастиц, которые могли бы активировать процесс митофагии и тем самым возобновлять обновление митохондрий клетки. 🍀

🔝 Сегодня мы говорим о невероятно успешном сингапурском стартапе Lucence, в котором занимаются производством тестов для определения онкологических заболеваний!

Место: Сингапур
Отрасль: #Oncology
Основатели: Min Han-Tan
Год: 2016
Финансирование: 29.2M$ 🤑

📌 Основным продуктом компании Lucence на сегодняшний день является жидкостный биопсийный тест LiquidHALLMARK. Это комплексный анализ данных секвенирования нового поколения, который позволяет профилировать рак у каждого индивидуального пациента. Такая методология позволяет делать это без настоящей биопсии, то есть неинвазивно!

Такой подход важен не только для детекции рака на ранних стадиях, но также и на поздних, так как будет возможность тщательно отслеживать изменения без нужды в биопсии, а также при необходимости менять лечение.

❓ Так почему же мы написали о том, что этот стартап так успешен? В наших подборках были стартапы, которые получали значительно большее финансирование, например. Все дело в том, что этот стартап является замечательным примером того, как иностранная компания внедряется на огромный американский рынок! 😮 В феврале 2023 года компания объявила о том, что теперь тест LiquidHALLMARK для больных раком легких входит в программу национального страхования Medicare.

Получение образца ткани больного может занять больше времени, чем, например, в Сингапуре, и быть более сложным с точки зрения логистики, особенно когда пациентов необходимо срочно госпитализировать и проводить операцию. Именно делает тест-систему Lucence подходящей для такого рынка, как США.

Сегодня говорим о стартапе с большим финансированием - Orbital Therapeutics!

Место: Кэмбридж, США
Отрасль: #Biotechnology #Health Care
Основатели: Джузеппе Чиарамелла
Год: 2022
Финансирование: 270M$ 🤑

📌 Orbital Therapeutics — это биотехнологическая компания разрабатывающая препараты для лечения разнообразных заболеваний.

🧬 В компании разрабатывается особая платформа для создания препаратов на базе РНК, позволяющих производить терапию, ранее не излечимые заболевания. Лекарства, основным действующим веществом которых является РНК, имеют разнообразную природу. Они могут состоять из одиночной молекулы например, препараты, основанные на ASO (antisense oligonucleotide) которые связываются с комплементарной РНК в клетке, тем самым снижая или повышая синтез белка. Часто так же используют РНК-интерференцию, позволяющую практически полностью убрать экспрессию гена в клетке.

🧪 Другой разновидностью препаратов является модификация систем CRISPR\Cas, которая направлена исключительно на РНК. Еще применяют так называемые аптамеры, которые представляют собой РНК молекулы, способные селективно связываться с определёнными мишенями, например белками раковых клеток. По сути, это антитела имеющие не белковую природу.

❗️Так как многие болезни тем или иным образом связаны с нарушением синтеза белков и, соответственно, изменением в метаболизме, препараты на базе РНК позволяют расширить спектр заболеваний поддающихся лечению.

Всем привет! Сегодня снова говорим о стартапе, посвященном созданию терапии против рака 🤞

Место: Ванкувер, Канада
Отрасль: #Biotechnology #Oncology
Основатели: Лана Джейнс
Год: 2021
Финансирование: 148.3M💲

📌 Abdera Therapeutics — это биотехнологическая компания, работающая в области разработки новых препаратов для борьбы с раковыми заболеваниями.

Лекарственные средства, разрабатываемые компанией, основаны на технологии TAT (target α-therapy) основная суть которой заключается в использовании органических молекул, например, небольших пептидов, к которым присоединена радиоактивная частица ☢. Чаще всего органическую часть подбирают таким образом, чтобы она накапливалась в раковой клетке или прилипала к ее мембране. Альфа частицы используют по нескольким причинам. Во первых, они излучают большие объёмы энергии, нанося значительный вред ближайшим клеткам, а во вторых, их излучения имеет малую проникающую способность, что позволяет использовать лекарство локально с минимальным вредом для организма.

В Abdera Therapeutics разработана собственная платформа для быстрого дизайна препаратов с разными радиоактивным и органическими компонентом, что позволяет подстраивать получаемые вещества для различных типов опухолей.
В настоящее время в компании работают над несколькими препаратами. Один из них — это ABD-147. Он создан для лечения одной из разновидностей рака лёгких, ожидается, что он будет одобрен для использования FDA в 2024 году👏

Всем привет! Сегодня мы рассказываем о совсем необычном стартапе Strolll, в котором помогают людям с проблемами с движгательной активностью.

Место: Лондон, Англия
Отрасль: #Medtech #IT
Основатели: Йорген Эллис, Томас Финн
Год основания: 2019
Последнее финансирование: 675K€ Pre-seed 💲

🤓 Стартап Strolll готов привнести в нашу жизнь ещё немного дополненной реальности - на этот раз для того, чтобы помочь людям с неврологическими заболеваниями с двигательной реабилитацией. Strolll разрабатывают программное обеспечение для очков дополненной реальности, которое может подавать визуальные сигналы, помогающие снять “блок” с нервных путей, отвечающих за движение.

🛣 Суть заключается в том, что очки создают на полу разметку из линий, которые стимулируют работу двигательных зон мозга. Такая разметка может облегчить процесс ходьбы пациентам страдающим от последствий инсульта, симптомов болезни Паркинсона, некоторых видов деменции.

📌Прототипы уже существуют и тестируются, и результаты, которые можно видеть на видеозаписях, весьма впечатляют. Также помимо разметки для облегчения ходьбы создатели разработали варианты разметки для выполнения кинезиотерапевтических упражнений, что сделает процесс реабилитации гораздо более разнообразным и интересным для многих пациентов.

Сегодня мы говорим о стартапе, в котором спасают почки! 💉

Место: Сан-Диего, США
Отрасль: #Biotechnology #Health Care
Основатели: Бен Шепард
Год: 2020
Финансирование: 1M💲

📌Trestle Biotherapeutics — это биотехнологический стартап из США, нацеленный на лечение болезней почек с применением биоинженерии.

Заболевания почек распространены широко в мире и могут приводить к отказу этого органа. В таком случаи единственным спасении является трансплантация почек либо постоянный диализ, что значительно снижает качество жизни и так же сопряжено с многими рисками для пациента.

👀 В Trestle Biotherapeutics в настоящее время идёт разработка терапии на основе стволовых клеток, что может значительно помочь пациентам с прогрессирующими болезнями почек или их отказом. Идея заключается в создании культуры клеток органов 🧫, которые могут быть имплантированы человеку, проходящему лечение. Это поможет как отказаться от диализа, так и отодвинуть необходимость пересадки почки. В долгосрочной перспективе эти разработки могут развиться в создание полноценных заменяемых органов.