🔹️ اولین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

طراحی و کشف دارو

💊 جلسه سوم : ارتباطات دارو- اثر جانبی

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: میلاد بشارتی فرد

⏰ چهارشنبه، ۵ آبان ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه

🧑🏻‍🔬 #یافتن_ارتباط_دارو_اثر_جانبی

تشخیص واکنش‌های نامطلوب دارویی به عنوان یک معیار کیفیت در کشف دارو شناخته می‌شود. اگرچه اثرات جانبی داروها در مراحل مختلف آزمایشگاهی بررسی می‌شوند اما این آزمایش‌ها پر‌هزینه و زمان‌بر هستند. از این رو روش‌های محاسباتی به عنوان جایگزینی برای روش‌های آزمایشگاهی در بررسی اثرات نامطلوب دارویی پیشنهاد شدند. روش‌های محاسباتی و یادگیری ماشین می‌توانند به‌طور کار‌آمد مشخصه‌های دارو و اثرات جانبی را برای پیش‌بینی اثرات جانبی داروها تجزیه و تحلیل کنند.
در این سمینار، ما به بررسی چالش‌های اساسی موجود در این مساله و راه‌‌کارهایی که می‌تواند در رفع آن‌ها مفید باشد، می‌پردازیم.

👨🏻‍💻#ارائه_دهنده : #میلاد_بشارتی_فرد

⏰ چهارشنبه، 5 آبان 1400، ساعت 18

@CBRC_aut

🔹 اولین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

طراحی و کشف دارو

💊 جلسه چهارم : یافتن ترکیبات مناسب در فرآیند کشف دارو

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: مهدی پیکان حیرتی

⏰ چهارشنبه، 12 آبان ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه

🧑🏻‍🔬 #یافتن_ترکیبات_مناسب_در_فرآیند_کشف_دارو

هر یک از مراحل کشف دارو شامل هزینه های مادی و زمانی زیادی است. رویکرد های محاسباتی، به خصوص هوش مصنوعی، برای تسهیل هر یک از این مراحل استفاده می‌شوند.
تاکنون روش‌های محاسباتی، به ویژه یادگیری ماشین، سهم بسزایی در کشف داروها داشته است.
یکی از فازهای کشف دارو "بهینه سازی لید (lead optimization)" است. هدف از این مرحله افزایش تعداد ترکیبات دارویی مناسب برای بهبود اثربخشی، کاهش سمیت یا افزایش جذب دارو است. یافتن ترکیبات دارویی مناسب، نیاز به رویکردی برای استخراج ویژگی های خاص از ساختارهای دارویی دارد تا بتوان در نهایت ترکیبات مناسب را از ساختارهای مختلف انتخاب کرد.
متأسفانه الگوریتم های قدیمی تر برای استخراج ویژگی ها از مولکول های دارو، قابلیت یادگیری نداشتند؛ اما روش های جدید مبتنی بر یادگیری ماشین، قابلیت پیش بینی فعالیت زیستی داروها را دارند.
در این سمینار یکی از روش های استخراج ویژگی از ساختارهای دارویی بررسی شده و چالش‌های پیش روی این مسئله نیز بررسی می‌گردد. تمرکز اصلی این روش، استخراج ویژگی به طور مستقیم از ساختارهای مولکولی بر اساس رویکردهای یادگیری عمیق است. نتایج نشان می دهد این روش ها قدرت یادگیری ساختارها متناسب با فعالیت زیستی آنها را دارند.

👨🏻‍💻#ارائه_دهنده : #مهدی_پیکان_حیرتی

⏰ چهارشنبه، 12 آبان 1400، ساعت 18

@CBRC_aut

🔹 اولین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

طراحی و کشف دارو

💊 جلسه پنجم : پیش‌بینی سمیت کاندید دارویی

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: محمد فراهانچی

⏰ چهارشنبه، ۱۹ آبان ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه

🦠 #پیش‌بینی_سمیت_کاندید‌های_دارویی

سم‌شناسی محاسباتی به منظور مدلسازی و پیش‌بینی اثرات نامطلوب ترکیبات شیمیایی، کاربردهای فراوانی دارد. در طی چند سال اخیر ظهور روش های جدید یادگیری ماشین و به طور همزمان مطرح شدن ملاحظات زیست-محیطی از سوی نهاد‌های دولتی روح تازه‌ای بر پیکر این مبحث دمیده‌اند. از طرفی هزینه‌های سنگین فرآیند کشف دارو، تشخیص و حذف زودهنگام کاندید‌های دارویی نامحتمل را بیش از پیش پر اهمیت کرده‌ است.
در این سمینار ضمن تعریف و تشریح چالش‌های امروز این مسئله، به معرفی و پیاده‌سازی راه‌حل و برخی ملاحظات مرسوم آن خواهیم پرداخت.

👨🏻‍💻#ارائه_دهنده : #محمد_فراهانچی

⏰ چهارشنبه، ۱۹ آبان 1400، ساعت 18

@CBRC_aut

تمامی ویدئوهای مربوط به دوره "طراحی و کشف دارو" از سلسله سمینارهای آزمایشگاه زیست‌شناسی محاسباتی CBRC بارگذاری شده است.
هم اکنون با کلیک بر روی لینک زیر، می‌توانید آن‌ها را مشاهده نمایید:

🌐 https://www.aparat.com/playlist/1321340/Weekly_Online_Seminars_-_2021_-_Drug_Discovery_and_Desig

📢 دومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC


دومین دوره از این جلسات، با موضوع " طراحی پروتئین"برگزار می‌گردد.

📝 سرفصل ارائه ها به شرح زیر می باشد:

📊 بررسی نقش ژن های ضروری در پایداری شبکه های بر هم کنش پروتئین-پروتئین

🧬 طراحی معکوس پروتئین با استفاده از ماتریس بلوسام

🧫 پیش بینی بی نظمی پروتئین

🦠 بررسی تعامل پروتئین - متابولیت با استفاده از شبکه متابولیک

💻 بررسی تعامل پروتئین - متابولیت با استفاده از یادگیری عمیق

📅از چهارشنبه، ۲۶ آبان ماه ۱۴۰۰

@cbrc_aut

🔹 دومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

طراحی پروتئین

📊 جلسه اول : نقش ژن‌های ضروری در پایداری شبکه‌های برهمکنش پروتئین-پروتئین

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: دکتر جواد رضایی

⏰ چهارشنبه، ۲۶ آبان ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه

📊 #نقش_ژن_های_ضروری_در_پایداری_شبکه_های_برهمکنش_پروتئین_پروتئین

در شبکه هاي زیستی نظیر شبکه‌هاي برهمکنش پروتئین-پروتئین، یافتن ژن‌ها و محصولات ژنی ضروري یک مسئله بسیار مهم به شمار میرود. شبکه‌هاي زیستی، نمونه‌هایی از یک سیستم پیچیده هستند که در آنها عملکرد سیستم، از نحوه تعامل بین مولفه‌هاي تشکیل دهنده‌اش تاثیر می‌پذیرد.
یکی از چالشهاي اساسی در رابطه با شبکه‌هاي پیچیده زیستی، یافتن مولفه‌هاي موثر و مهم آن‌ها است. براي سنجش اهمیت یک مولفه، معیارهاي بسیار زیادي نظیر معیارهاي مرکزیت، می‌توان در نظر گرفت. با این وجود، هیچ یک از این معیارها به عنوان یک معیار استاندارد و قطعی در سنجش میزان اهمیت یک مولفه در شبکه به حساب نمیآیند.
از این رو در مطالعات اخیر براي تشخیص میزان اهمیت یک مولفه، از میزان تخریبی که حذف آن مولفه میتواند در سیستم به وجود بیاورد، به عنوان یک معیار اصلی استفاده می‌شود.
در این سمینار، مسئله “پیدا کردن گرههاي حیاتی شبکه” مورد مطالعه قرار گرفته و دو الگوریتم جدید براي شناسایی گره‌هاي حیاتی که در پایداري شبکه موثر هستند، ارائه میگردد. نتایج به دست آمده، نمایانگر عملکرد بسیار بهتر الگوریتم‌هاي معرفی شده در حل مسئله بالا هستند. در حالی که الگوریتم پایه، مسئله را بر روي شبکه‌هایی با اندازه حداکثر 50 گره حل می‌نماید، الگوریتم پیشنهادي، مسئله را بر روي گراف‌هایی با 500 گره نیز به خوبی حل می‌نماید. همچنین، با ارائه یک الگوریتم ژنتیک براي حل مسئله نامبرده در شبکه‌هاي برهمکنش پروتئین-پروتئین، تعریفی جدید از گره‌هاي مرکزي یک شبکه ارائه کرده و قانون مرکزیت-کشندگی از نگاهی متفاوت مورد بررسی قرار می‌گیرد.

🧑🏻‍💻#ارائه_دهنده : #دکتر_جواد_رضایی
⏰ چهارشنبه، ۲۶آبان ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

📝📌 پیش سمینار دوره " طراحی پروتئین"

در این ارائه با مفاهیم اولیه زیستی پروتئین از قبیل ساختارهای اصلی و عملکرد این درشت مولکول آشنا می‌شویم.

جهت مشاهده روی لینک زیر کلیک کنید:
🌐 https://aparat.com/v/cQIjS

@CBRC_aut

🔹 دومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

طراحی پروتئین

🧬 جلسه دوم : طراحی معکوس پروتئین با استفاده از ماتریس بلوسام

👨🏻‍💻 ارائه دهنده: امین رحمانی

⏰ چهارشنبه، ۳ آذر ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه

🧬 #طراحی_معکوس_پروتئین_با_استفاده_از_ماتریس_بلوسام

طراحی پروتئین یک مسئله شناخته شده است که در آن سعی داریم دنباله ای را پیدا کنیم که به یک ساختار سوم معین مربوط می شود.
در این ارائه، ما توسعه‌ای را برای مدل یادگیری عمیق وانگ ارائه می‌کنیم که از اطلاعات تکاملی در ماتریس جایگزینی Blosum62 برای در نظر گرفتن احتمال جایگزینی اسید آمینه هنگام طراحی یک دنباله استفاده می‌کند.

🧑🏻‍💻 #ارائه_دهنده: #امین_رحمانی
⏰ چهارشنبه، ۳ آذرماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

بزرگترین رویداد بین‌المللی بیوانفورماتیک کشور
با همکاری انجمن بیوانفورماتیک ایران و پردیس‌های بین‌المللی دانشگاه تهران و دانشگاه علوم پزشکی تهران در جزیره کیش
اولین کنفرانس بین‌المللی و دهمین کنفرانس ملی بیوانفورماتیک ایران
سوم تا پنجم اسفندماه 1400
مهلت ارسال چکیده مقالات: یکم بهمن ماه
وبسایت همایش: icb10.ut.ac.ir
ما را در شبکه‌های اجتماعی دنبال بفرمایید :
لینکدین:
https://www.linkedin.com/in/iranian-bioinformatics-society-ibis-8b9a65120/
تلگرام:
https://news.1rj.ru/str/IranianBioinformaticsSociety
@IranianBioinformaticsSociety

🔹 دومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

طراحی پروتئین

🧬 جلسه سوم : پیش‌بینی بی نظمی پروتئین

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: فاطمه مردانی

⏰ چهارشنبه، ۱۰ آذر ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه
🧬 #پیش_بینی_بی_نظمی_پروتئین


یک پروتئین ذاتا بی‌نظم، پروتئینی است که فاقد ساختار سه بعدی ثابت یا منظم است. یافتن پروتئین‌های ساختاری ناپایدار یا پروتئین‌های نامنظم، یک مسئله مهم در طول سه دهه گذشته بوده است. روش‌های آزمایشگاهی معمولاً زمان‌بر و پرهزینه هستند و به همین دلیل نیاز است تا از روش‌های محاسباتی برای پر کردن شکاف بین توالی‌ها و ساختارهای کشف‌شده برای یافتن پروتئین‌های ذاتا بی‌نظم استفاده شود.
در این سمینار مدلی ارائه می‌شود که با استفاده از روش‌های محاسباتی، بی‌نظمی پروتئین‌ها را پیش بینی کند.

👩🏻‍💻 #ارائه_دهنده: #فاطمه_مردانی
⏰ چهارشنبه، ۱۰ آذرماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

🔔پنجمین شماره از نشریه "به توان سلول" منتشر شد.✨
🧬🔬🧫🧪

🔅صاحب امتیاز: انجمن سلول‌های بنیادی و پزشکی بازساختی دانشگاه الزهرا تهران

🔅سال دوم، شماره پنجم، پاییز ۱۴۰۰

🔅مدیرمسئول و سردبیر:
شایسته مقدم‌راد

•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•°•

🔰در این شماره خواهید خواند:

🌀نقش اگزوزوم‌ها در پزشکی بازساختی

🌀کاشفان ایدز: دو دانشمند افسانه‌ای

🌀هوش مصنوعی به جنگ کرونا می‌رود

🌀سلول بنیادی، پایانی بر کابوس بیماری EB

🌀 ذخیره‌سازی اطلاعات روی DNA

🌀دارورسانی هدفمند

🌀نقش HSP70 در حفاظت از تاردیگریدها

🌀زیست نگار

🧬📚✨
📚نشریه دانشجویی به توان سلول
📚@Btavancell_AUT

🔹 دومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC

طراحی پروتئین

🧬 جلسه چهارم : بررسی تعامل پروتئین-متابولیت با استفاده از شبکه متابولیک

👩🏻‍💻 ارائه دهنده: فیاض سلیمانی

⏰ چهارشنبه، ۱۷ آذر ماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

👥 شرکت در این جلسات برای عموم آزاد و رایگان است.

🌐 لینک برگزاری: http://meeting.aut.ac.ir/bioinformatic

@CBRC_aut

📝 #خلاصه_ارائه
🧬 بررسی تعامل پروتئین-متابولیت با استفاده از شبکه‌های متابولیک

شبکه‌های متابولیک در سطح ژن برای میکروارگانیسم های مختلف به سرعت در حال دسترسی‌پذیری هستند. در نتیجه ابزارهای محاسباتی گوناگونی  به خصوص برای بهینه‌سازی ریاضی درحال توسعه هستند که کمک قابل ملاحظه‌ای برای آنالیز شبکه‌های متابولیکی می‌کنند.
در این ارائه ابتدا تعاریف و مفاهیم پایه‌ای شبکه‌های متابولیک بیان می‌شود. در ادامه پایگاه داده BiGG برای استفاده از شبکه‌های در سطح ژن معرفی می‌گردد. سپس  نحوه مدلسازی شبکه‌های متابولیک با استفاده از ماتریس استکیومتری بیان می‌شود. سپس مسئله تعامل بین متابولیت و پروتئین بیان گردیده و روش‌های آزمایشگاهی و محاسباتی بررسی می‌شوند و پایگاه داده مورد نیاز برای مسئله، STITCH مورد بررسی قرار می‌گیرد.

🧑🏻‍💻#ارائه_دهنده : #فیاض_سلیمانی
⏰ چهارشنبه، ۱۷ آذرماه ۱۴۰۰، ساعت ۱۸

@CBRC_aut

تمامی ویدئوهای مربوط به دوره "طراحی پروتئین" از سلسله سمینارهای آزمایشگاه زیست‌شناسی محاسباتی CBRC بارگذاری شده است.
هم اکنون با کلیک بر روی لینک زیر، می‌توانید آن‌ها را مشاهده نمایید:

🌐https://www.aparat.com/v/cQIjS?playlist=1383510&Weekly_Online_Seminars_-_2021-_Protein_Desig

📢 سومین دوره از سمینارهای هفتگی آزمایشگاه زیست محاسباتی CBRC


🔔 سومین دوره از این جلسات، با موضوع "RNA"برگزار می‌گردد.



📝 سرفصل ارائه ها به شرح زیر می باشد:

🔹 ابزار CRISPER

🔸 طراحی سه بعدی RNA

🔹 تنظیم اپی ژنیتیکی بیان ژن در سرطان

🔸 تعامل پروتئین و RNA

🔹 رمزگذار RNA

🔸 Read Mapping

🔹 شناسایی توالی‌های کات به وسیله یادگیری ماشین


📅 از چهارشنبه، ۸ دی ماه ۱۴۰۰

@cbrc_aut