🌟 مقایسه BLAST و Clustal Omega: دو غول تحلیل توالی‌ها! 🧬

بیوانفورماتیک بدون ابزارهایی مثل BLAST و Clustal Omega، مثل پیدا کردن سوزن در انبار کاهه! این دو ابزار، نقشه‌بردار اصلی مسیر ما در دنیای ژنتیک و پروتئین هستند.

بیایید عمیق‌تر بشناسیمشان! 👇
〰️〰️〰️〰️〰️〰️〰️〰️〰️〰️〰️
🔍 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
چی هست؟
ابزاری قدرتمند برای جستجوی توالی‌ها در بانک‌های اطلاعاتی زیستی

ویژگی‌ها:
🔺سرعت بالا: در کمترین زمان، شباهت‌ها رو پیدا می‌کنه
🔺شناسایی محلی: بخش‌هایی از توالی که بیشترین شباهت رو دارن، مشخص می‌کنه
🔺بانک اطلاعاتی عظیم: به بانک‌های NCBI متصل هست و میلیاردها توالی رو جستجو می‌کنه
🔺تنوع در کاربری: برای DNA، RNA و پروتئین

مناسب برای:
🔸کشف موجوداتی که توالی مشابه دارند
🔸بررسی ژن‌ها و پروتئین‌ها برای مطالعات تکاملی یا عملکردی
🔸تحلیل جهش‌ها و تعیین نقش ژن در بیماری‌ها
〰️〰️〰️〰️〰️〰️〰️〰️〰️〰️〰️
🔍 Clustal Omega
چی هست؟
ابزاری حرفه‌ای برای تراز چندگانه توالی‌ها (Multiple Sequence Alignment)

ویژگی‌ها:
🔹تحلیل دقیق: بهترین ابزار برای تطبیق چند توالی به‌طور همزمان
🔹درخت فیلوژنتیکی: روابط تکاملی بین گونه‌ها رو مشخص می‌کنه
🔹تعامل با ابزارهای دیگر: خروجی مناسب برای نرم‌افزارهایی مثل MEGA یا FigTree

مناسب برای:
▪️تراز کردن چند توالی ژنتیکی یا پروتئینی
▪️بررسی جهش‌های دقیق و تفاوت‌های تکاملی
▪️تحلیل الگوهای حفاظتی در توالی‌ها

این پست رو برای همکارانت ارسال کن❤️

#بیوانفورماتیک #پژوهش #آموزش

CytoTech Research Group ™

⚛️@Cyto_Tech

▪️ آیا تا به حال برای نوشتن مقاله علمی یا پایان‌نامه خود دچار سردرگمی شده‌اید؟
یا شاید در پیدا کردن خطاهای نگارشی و ساختاری زمان زیادی از دست داده‌اید؟

🎯 ابزار هوشمند PAPERPAL دقیقا همان چیزی است که نیاز دارید!
با قابلیت‌هایی مثل:

🔸 بررسی و اصلاح نگارش و گرامر
🔸 پیشنهاد عبارات حرفه‌ای و علمی
🔸هماهنگی با فرمت مجلات معتبر
🔸سازگاری با نرم‌افزارهای مدیریت منابع

دیگر نگران نوشتن و ارسال مقاله نباشید. ویدئو رو ببین تا کار با ابزار رو خیلی راحت یادبگیری ✍🏻

#هوش_مصنوعی #پژوهش #مقاله

CytoTech Research Group ™

ما را دنبال کنید ❤️
Instagram | Telegram | Eitaa

مرحله چهارم آموزش بیوانفورماتیک
طراحی پرایمر

1️⃣ قسمت اول: مقدمه‌ای بر طراحی پرایمر 🧬

امروز وارد دنیای طراحی پرایمر می‌شیم. این ابزار کوچک، کلید بسیاری از آزمایش‌های زیستی، مثل PCR هست. 🎯

💢طراحی پرایمر یعنی چی؟

پرایمرها قطعات کوتاه DNA هستن که در واکنش PCR برای تکثیر بخش خاصی از DNA استفاده می‌شن. طراحی دقیق پرایمرها تضمین می‌کنه که فقط بخش هدف تکثیر بشه. 🧪

🌟ویژگی‌های یک پرایمر خوب:

📍طول مناسب: معمولاً بین 18-24 نوکلئوتید.
📍دمای ذوب (Tm): بین 50-60 درجه سانتی‌گراد.
📍درصد GC: باید 40-60٪ باشه.
📍عدم تشکیل ساختارهای ثانویه: مثل لوپ یا دایمر.
📍تفاوت Tm در جفت پرایمرها: کمتر از 2 درجه.

⌛ابزارهای طراحی پرایمر:

🔹 ابزار Primer3: یکی از محبوب‌ترین ابزارهای طراحی.
🔹 ابزار OligoAnalyzer: برای بررسی ساختارهای ثانویه.
🔹 ابزار NCBI Primer-BLAST: طراحی و بررسی توالی‌ها به‌طور همزمان.

✨ در پست بعدی، مراحل گام‌به‌گام طراحی پرایمر رو یاد می‌گیریم.

📮 سوال یا تجربه‌ای دارید؟ برامون بنویسید!

#بیوانفورماتیک #طراحی_پرایمر #PCR

CytoTech Research Group ™

ما را دنبال کنید❤️:
Instagram | Telegram | Eitaa

قسمت دوم: مراحل گام‌به‌گام طراحی پرایمر 🧬

وقتشه طراحی پرایمر رو به صورت عملی یاد بگیریم! آماده‌اید؟ 🚀

1️⃣ انتخاب توالی هدف:

ابتدا توالی موردنظر رو از پایگاه‌هایی مثل NCBI یا ENSEMBL استخراج کنید. مطمئن بشید که ناحیه‌ای که می‌خواید تکثیر کنید، به اندازه کافی خاصه.

2️⃣ استفاده از ابزار Primer3:

🔹 وارد سایت Primer3 بشید و توالی هدف رو وارد کنید.
🔹 پارامترهایی مثل طول پرایمر، دمای ذوب (Tm) و GC Content رو مشخص کنید.
🔹 پرایمر پیشنهادی ابزار رو بررسی کنید.

3️⃣ ارزیابی پرایمر با OligoAnalyzer:

🔸 پرایمرهای پیشنهادی رو در ابزار OligoAnalyzer وارد کنید.
🔸 بررسی کنید که پرایمر ساختارهای ثانویه‌ای مثل دایمر یا لوپ نداشته باشه.
🔸 عدد دلتا جی برای دایمر ها و لوپ ها باید بزرگ تر از منفی 3 باشد
🔸 دمای ذوب و GC Content رو دوباره چک کنید.

4️⃣ بررسی با Primer-BLAST:

پرایمرها رو در Primer-BLAST تست کنید تا مطمئن بشید فقط به توالی هدف متصل می‌شن و هیچ جایی از ژنوم به اشتباه تکثیر نمی‌شه.

✨ در پست بعدی، نکات کلیدی و کاربردهای طراحی پرایمر رو توضیح می‌دیم.

📮 اگر طراحی پرایمر رو امتحان کردید، نتیجه‌هاتون رو با ما به اشتراک بذارید!

#بیوانفورماتیک #PCR #آموزش #طراحی_پرایمر

CytoTech Research Group ™

ما را دنبال کنید❤️:
Instagram | Telegram | Eitaa

قسمت سوم: آموزش مرحله‌به‌مرحله کار با OligoAnalyzer 🔍🧬

با استفاده از OligoAnalyzer می‌تونید پرایمرهای طراحی‌شده رو به‌صورت دقیق ارزیابی کنید تا مطمئن بشید عملکرد مناسبی دارن. آماده‌اید؟ 👩‍🔬👨‍🔬

---

1️⃣ ورود به OligoAnalyzer:
🔹 به سایت OligoAnalyzer بروید
🔹 از منوی ثبت نام به رایگان ثبت نام کنید و وارد اکانت خود شوید
🔹 توالی پرایمر خود را در کادر مربوطه وارد کنید

---

2️⃣ بررسی ساختارهای ثانویه:
🔸 روی گزینه "Analyze" کلیک کنید تا نتایج اولیه نمایش داده شود.
🔸 در بخش "Self-Dimer" و "Hairpin"، ساختارهای احتمالی مثل دایمر یا لوپ بررسی می‌شوند.

✅ نکات مهم:
- مقدار G∆ برای دایمرها و لوپ‌ها باید بزرگ‌تر از منفی 3 باشد (مثلاً -1.5 خوب است، اما -5 نامناسب است)
- در صورتی که مقدار G∆ کمتر از -3 بود، پرایمر را تغییر دهید

---

3️⃣ بررسی دمای ذوب (Tm):
🔹 مقدار Tm (دمای ذوب) باید بین 55-65 °C باشد
🔹 اگر Tm در محدوده مناسب نبود:
- طول پرایمر را افزایش دهید تا Tm بیشتر شود
- یا از توالی‌هایی با GC بیشتر استفاده کنید

---

4️⃣ بررسی GC Content:
🔸 میزان GC Content پرایمر باید بین 40-60٪ باشد
🔸 پرایمرهایی با GC خیلی بالا یا خیلی پایین ممکن است عملکرد ضعیفی داشته باشند

---

5️⃣ بررسی هم‌خوانی پرایمرها:
🔹 اگر از جفت پرایمر (Forward و Reverse) استفاده می‌کنید، گزینه "Hetero dimer" را انتخاب کنید و هر دو را در ابزار وارد کرده و "Calculate" را بزنید
🔹 بررسی کنید که پرایمرها با هم Dimer تشکیل ندهند. G∆ برای این حالت نیز باید بزرگ‌تر از منفی 3 باشد

---

6️⃣ ذخیره و یادداشت نتایج:
🔸 پس از تأیید نهایی، مشخصات پرایمر را یادداشت کنید:
- primer lenght
- Tm
- GC Content
- ∆G for Hairpin & Self-Dimer

---

✨ حالا پرایمرهای شما آماده‌اند برای مراحل بعدی آزمایش!

در پست بعدی، نکات کلیدی کار با ابزار مهم Primer-blast را اموزش میدهید 🔬

📮 اگر سؤالی دارید یا نیاز به راهنمایی بیشتر داشتید، زیر همین پست برامون کامنت بذارید 😊


#بیوانفورماتیک #PCR #آموزش #طراحی_پرایمر

CytoTech Research Group ™

ما را دنبال کنید❤️:
Instagram | Telegram | Eitaa

بهترین نرم‌افزارهای طراحی پرایمر و تحلیل توالی

🔬 مقایسه 3 نرم‌افزار برتر بیوانفورماتیکی: Primer3، AlleleID، GeneRunner

در این پست، جدول مقایسه‌ای کامل و جامع بین این نرم‌افزارهای محبوب برای طراحی پرایمر، پروب و تحلیل توالی را آماده کرده‌ایم.

اگر در حوزه زیست‌فناوری، زیست‌شناسی مولکولی یا تحقیقات بیوانفورماتیکی فعالیت دارید، این اطلاعات می‌تواند راهنمای مفیدی برای انتخاب بهترین ابزار برای پروژه‌های شما باشد. 👩‍🔬🧬

📊 نکات برجسته:

🔸ابزار Primer3: ابزار رایگان و سریع برای طراحی پرایمرهای PCR
🔸نرم افزار AlleleID: ایده‌آل برای طراحی پرایمرهای Real-Time PCR و تحلیل SNP
🔸نرم افزار GeneRunner: مناسب برای تحلیل ویژگی‌های بیوانفورماتیکی DNA/RNA

🌐 آیا از این نرم‌افزارها استفاده کرده‌اید؟ کدام ابزار را پیشنهاد می‌کنید؟ 🤔

#بیوانفورماتیک #زیست_مولکولی #طراحی_پرایمر

CytoTech Research Group ™

ما را دنبال کنید❤️:
Instagram | Telegram | Eitaa

🌍✨ آغاز سال 2025 میلادی مبارک! ✨🌍

در این سال نو، آرزومندیم که مسیر پیشرفت علم، نوآوری و توسعه پایدار هموارتر شود و دانشمندان، پژوهشگران و علاقه‌مندان به دانش، گام‌های موثرتری برای بهبود کیفیت زندگی بشر بردارند.

🔬 سال 2025 را به سالی مملو از اکتشافات علمی، پیشرفت‌های فناورانه و همکاری‌های بین‌المللی تبدیل کنیم.
🌟 آینده روشن با تلاش و دانایی رقم خواهد خورد!

❤️سال جدید بر همگان مبارک باد❤️

🖋 راه‌حل علمی برای تقویت محتوای مقالات شما! 🌟

ابزار Ahrefs Humaniser طراحی شده تا مقالات علمی شما را به سطحی برساند که شانس دیده‌شدن و پذیرش آن در ژورنال‌های معتبر افزایش یابد.

✨ ویژگی‌های منحصربه‌فرد Ahrefs Humaniser برای مقاله‌نویسان علمی:

1️⃣ بازنویسی هوشمند با نگاه انسانی:
متن مقاله شما را از منظر خوانایی و ساختار بهبود می‌دهد تا محتوای شما علمی‌تر و درعین‌حال خالی از ردپای هوش مصنوعی به نظر برسد.

2️⃣ تقویت شفافیت و استدلال علمی:
به شما کمک می‌کند تا جملات و استدلال‌های علمی خود را شفاف‌تر و منسجم‌تر بیان کنید.

3️⃣ افزایش شانس پذیرش در ژورنال‌های علمی:
متن بهینه‌شده با این ابزار، مطابق استانداردهای علمی و آکادمیک بهبود یافته و احتمال پذیرش مقاله در ژورنال‌های معتبر را افزایش می‌دهد.

🔥امتحان کنید: ahrefs

📣 نظر شما چیست؟
اگر از Ahrefs Humaniser استفاده کرده‌اید، تجربیات و سوالاتتان را با ما به اشتراک بگذارید

#مقاله_نویسی #هوش_مصنوعی #مقاله

CytoTech Research Group ™

ما را دنبال کنید❤️:
Instagram | Telegram | Eitaa

🎙 صدای حرفه ایی، رایگان با ابزار قدرتمند TTSMaker

🖋 متن خود را به صدای طبیعی تبدیل کنید!

ابزار TTSMaker یک ابزار کاملاً رایگان و آنلاین است که از زبان‌های مختلف، از جمله فارسی، پشتیبانی می‌کند. با استفاده از این ابزار، می‌توانید متن خود را به صدایی کاملاً طبیعی و حرفه‌ای تبدیل کرده و فایل صوتی آن را دانلود کنید.

✨ ویژگی‌های برتر TTSMaker:
🔻پشتیبانی از زبان فارسی
🔻بدون محدودیت مشخص در نسخه رایگان
🔻صدای طبیعی و واقع‌گرایانه
🔻دانلود فایل صوتی در فرمت‌های مختلف
🔻مناسب برای تولید محتوای صوتی، پادکست، کتاب صوتی و ویدیوهای آموزشی

✅ چرا TTSMaker؟
دیگر نیازی به پرداخت هزینه‌های گزاف یا استفاده از ابزارهای پیچیده نیست! این ابزار، ساده و رایگان، انتخابی ایده‌آل برای تولید صدای حرفه‌ای است.

📥 همین حالا امتحان کنید:
www.ttsmaker.com

📮برای همکاران و دوستانت ارسال کن تا اونا هم باخبر بشن 🥳

#تبدیل_متن_به_گفتار #هوش_مصنوعی #پادکست


CytoTech Research Group ™

ما را دنبال کنید❤️:
Instagram | Telegram | Eitaa

قسمت چهارم: آموزش گام‌به‌گام بررسی پرایمر با ابزار BLAST:

ابزار BLAST یکی از ابزارهای قدرتمند NCBI برای بررسی هم‌ترازی و اختصاصی بودن پرایمرهای طراحی‌شده است. در این آموزش، یاد می‌گیریم چطور پرایمرها رو به صورت دستی با BLAST بررسی کنیم.

---
🎯مراحل:

1️⃣ ورود به ابزار BLAST:

🔺وارد سایت NCBI BLAST بشید.

🔺گزینه "Nucleotide BLAST" رو انتخاب کنید.


2️⃣ وارد کردن توالی پرایمر:

🔸توالی پرایمر (Forward و Reverse) رو در بخش "Enter Query Sequence" کپی کنید.

🔸مطمئن بشید که هر پرایمر رو جداگانه بررسی می‌کنید.


3️⃣ انتخاب پایگاه داده (Database):

🔺پایگاه داده موردنظر رو انتخاب کنید؛ معمولاً از "RefSeq Representative Genomes" یا "Human Genome" استفاده می‌شه.

🔺اگر به دنبال یک گونه خاص هستید، پایگاه داده مرتبط با اون رو انتخاب کنید.


4️⃣ تنظیمات جستجو:

🔸در بخش "Program Selection"، گزینه "Highly similar sequences (megablast)" رو انتخاب کنید.

🔸اگر پرایمرتون کوتاهه (زیر 25 نوکلئوتید)، گزینه "Optimize for short sequences" رو فعال کنید.


5️⃣ اجرای جستجو (Run BLAST):

🔺روی "BLAST" کلیک کنید و منتظر نتایج باشید.


6️⃣ تحلیل نتایج:

🔸بررسی کنید که پرایمر فقط با توالی هدف هم‌ترازی داره.

🔸اگر پرایمر به سایر نواحی ژنوم اتصال داره، باید پرایمر رو اصلاح یا طراحی مجدد کنید.

🔸پارامترهایی مثل E-value و Alignment Score رو برای ارزیابی کیفیت اتصال بررسی کنید.

---

نکات مهم:

طول پرایمر: پرایمرهای خیلی کوتاه ممکنه اتصال‌های غیرخاصی داشته باشن.

میزان E-value کمتر از 0.01: نشان‌دهنده هم‌ترازی اختصاصی و باکیفیت.

عدم اتصال به نواحی چندگانه: پرایمر باید فقط با ناحیه هدف هم‌تراز بشه.

اگر سوالی دارید یا نیاز به توضیحات بیشتر هست، پیام بدید!

#آموزش #بیوانفورماتیک #طراحی_پرایمر

CytoTech Research Group ™

ما را دنبال کنید❤️:
Instagram | Telegram | Eitaa | Rubika | Soroush+

پست اول: Graphical Abstract چیست و چرا مهم است؟

📊✨ در واقع Graphical Abstract
یک تصویر علمی و خلاقانه است که پیام اصلی مقاله شما را در یک نگاه منتقل می‌کند.

اگر می‌خواهید مقاله‌تان بیشتر دیده شود و ارجاعات بیشتری بگیرد، داشتن یک Graphical Abstract حرفه‌ای و جذاب ضروری است.

🎯 چرا Graphical Abstract؟
▪️ جلب توجه مخاطبان: خوانندگان، ناشران و پژوهشگران بیشتری جذب مقاله شما می‌شوند.
▪️ افزایش ارجاعات: دیده شدن بیشتر به معنای ارجاعات بیشتر است.
▪️ ارائه سریع مفاهیم: مفهوم اصلی مقاله را در کوتاه‌ترین زمان ممکن منتقل می‌کند.

💡 اصول کلیدی طراحی:
🔺 سادگی: از شلوغی و پیچیدگی دوری کنید.
🔺 تمرکز: تنها پیام اصلی مقاله را نشان دهید.
🔺 رنگ‌های مناسب: از رنگ‌های محدود و هماهنگ استفاده کنید.
🔺 مطابقت با ژورنال: گایدلاین‌های ژورنال مورد نظر را بررسی کنید.

🛠 ابزارهای پیشنهادی برای طراحی:

1️⃣ PowerPoint
2️⃣ BioRender
3️⃣ Canva
4️⃣ Adobe Illustrator

📌 در پست بعدی، مراحل طراحی گام به گام را بررسی می‌کنیم!

#آموزش #هوش_مصنوعی

CytoTech Research Group ™

ما را دنبال کنید❤️:
Instagram | Telegram | Eitaa | Rubika | Soroush+

🎥 ابزارهای هوش مصنوعی، رایگان در دستان شما!

✨ با Merlio.app از ابزارهای هوش مصنوعی رایگان لذت ببرید:

✅ دسترسی رایگان به چت‌بات‌های هوشمند برای مکالمات سریع و حرفه‌ای
✅ بهبود و تولید تصاویر با کیفیت بالا تنها در چند ثانیه
✅ تولید متون جذاب و کاربردی با مدل‌های پیشرفته
✅ ابزارهایی مناسب برای خلاقان و تیم‌های بازاریابی

🛑 همین حالا امتحان کنید:

https://merlio.app/

📢 ویدئوی کوتاه ما را ببینید و با ما همراه شوید! 🚀

🌟 با Merlio انتخاب‌های هوشمندانه داشته باشید!

برای آگاهی سایرین از این خدمات؛ پست رو براشون ارسال کن ❤️

#آموزش #هوش_مصنوعی

CytoTech Research Group ™

ما را دنبال کنید❤️:
Instagram | Telegram | Eitaa | Rubika | Soroush+

اموزش Canva در حال آماده سازی هست، پیگیر کانال باشید، به زودی منتشر میشه.. 😍

🔍 هوش مصنوعی ChatOnAI:
دستیار هوشمند پژوهشگران و دانشجویان 🧠✨

🌟ابزار ChatOnAI، همراهی ایده‌آل برای مدیریت پژوهش، نگارش مقالات و یادگیری است. این ابزار با تحلیل داده‌ها، ویرایش متون، ترجمه علمی و ارائه ایده‌های خلاقانه، زندگی علمی شما را متحول می‌کند!

🎯 ویژگی‌ها:

✅ تحلیل داده‌ها: گزارش‌های دقیق در لحظه

✅ ویرایش و ترجمه: متون علمی را بی‌نقص کنید

✅ مقالات: کمک به تنظیم و نگارش حرفه‌ای

✅ پاسخ‌های علمی: دسترسی سریع به اطلاعات معتبر

✅ ایده‌پردازی: پیشنهادات خلاقانه برای پروژه‌ها

همین الان امتحان کنید:
https://chaton.ai

ویدئوی کوتاه ما را ببینید و با ما همراه شوید! 🚀

این پست رو برای همکارانت بفرست ❤️

#آموزش #هوش_مصنوعی #مقاله

CytoTech Research Group ™

ما را دنبال کنید❤️:
Instagram | Telegram | Eitaa | Rubika | Soroush+

پست دوم: مراحل گام به گام طراحی
✨Graphical Abstract✨

♻️ اگر می‌خواهید یک Graphical Abstract حرفه‌ای طراحی کنید، این مراحل را دنبال کنید:

🔻 پیام اصلی را مشخص کنید
ابتدا هدف اصلی مقاله را مشخص کنید. چه پیامی می‌خواهید مخاطب در نگاه اول بگیرد؟
مثال: «تاثیر داروی جدید بر کاهش سلول‌های سرطانی»

🔻 ساختار را طراحی کنید
با یک طرح اولیه شروع کنید. نمودار، تصویر یا دیاگرامی را انتخاب کنید که پیام شما را واضح نشان دهد.

🔻 رنگ‌بندی را انتخاب کنید
از رنگ‌های ساده و متناسب استفاده کنید. رنگ‌های متضاد را برای جلب توجه به عناصر کلیدی به کار ببرید.

🔻 از نمادهای مناسب استفاده کنید
به جای متن زیاد، از آیکون‌ها و نمادهای ساده استفاده کنید. این کار باعث فهم سریع‌تر محتوا می‌شود.

🔻 از گایدلاین‌های ژورنال پیروی کنید
اندازه و فرمت پیشنهادی ژورنال موردنظر را رعایت کنید تا Graphical Abstract شما بدون تغییر پذیرفته شود.

🧿 در پست سوم، نکات حرفه‌ای و اشتباهات رایج در طراحی را بررسی می‌کنیم!

#آموزش #طراحی #مقاله #canva

CytoTech Research Group ™

ما را دنبال کنید❤️:
Instagram | Telegram | Eitaa | Rubika | Soroush+