🖥 سلام دوستان. امیدوارم تو این شرایط سخت، مراقب خودتون باشید و حالتون خوب باشه؛ شاید تو این روزا خیلی حوصله برای درس و پستای علمی نداشته باشیم، اما خب نمی‌شه همین‌طوری خنثی بمونیم و فقط به خبرای بد فکر کنیم؛ به همین دلیل بعد از یه مدت کوتاه، تصمیم دارم مباحث کانال رو، چه کنکور و مشاوره و چه بیوانفورماتیک و مقاله، ادامه بدم 🌹

💻 وب‌سرور RNAfold ابزاری هست که می‌تونید ازش برای پیش‌بینی و بررسی ساختارهای ثانویه RNAهای موردنظرتون استفاده کنید.

💻 برای استفاده از این وب‌سرور وارد سایت RNAfold بشید؛ توالی RNA موردنظرتون (مثل lncRNA) رو با فرمت FASTA تو بخش Sequence input وارد کنید و در نهایت روی گزینه Proceed بزنید. در صفحه جدید شکل‌های مربوط ساختارهای ثانویه RNA موردنظر رو می‌تونید ببینید.

💻 نحوه به دست آوردن توالی RNA با فرمت FASTA:
🟢 وارد دیتابیس NCBI بشید.
🟢 در سرچ‌بار، دیتابیس Nucleotide رو انتخاب کنید.
🟢 اسم ژن موردنظر  رو در قسمت سرچ‌باکس وارد کنید و روی Search کلیک کنید.
🟢 در صفحه جدید ژن موردنظر رو انتخاب کنید.
🟢 در صفحه جدید، از آپشن‌های سمت راست، آپشن RefSeq RNAs رو انتخاب کنید.
🟢 در صفحه جدید و در قسمت بالا، روی گزینه Sent to بزنید و این گزینه‌ها رو انتخاب کنید:
Complete Record → File → Format FASTA → Create File → Copy the sequence

💻 اگه می‌خواید در مورد یک RNA خاص مقاله مروری بنویسید یا اینکه در نتیجه آنالیزتون، چندتا RNA ریپورت کردید، شکل ساختار ثانویه RNAهای موردنظرتون رو می‌تونید با این ابزار در منیوسکریپت‌‌تون قرار بدید.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

🔍 کلید نهایی کنکور کارشناسی ارشد وزارت بهداشت ۱۴۰۴ در تاریخ ۷ تیر منتشر می‌شود.


#اخبار
#کارشناسی_ارشد

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

✅ دوستان جادی عزیز دوره آموزش پایتون جامع خودش رو در سایت مکتب‌خونه، به‌خاطر شرایط جنگی رایگان کرد. برای تخفیف صددرصد، اول تیک دسترسی کامل رو بردارید؛ بعد دوره رو به سبد خرید اضافه کنید و کد PEACE رو تو بخش کد تخفیف وارد کنید. دوستانی که به برنامه‌نویسی با پایتون و بیوانفورماتیک علاقه دارن، حتما استفاده کنن.

✅ لینک دوره: آموزش پایتون جامع


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

✅ دوستان پلتفرم فرادرس هم دوره‌هاش رو رایگان کرد و می‌تونید با تخفیف صددرصد، از یکی از دوره‌هاش استفاده کنید؛ برای استفاده از این تخفیف، اول دوره موردنظرتون رو به سبد خرید اضافه کنید و بعد کد IRAN رو تو بخش کد تخفیف وارد کنید. توجه کنید که این تخفیف فقط برای استفاده از یک دوره هست؛ پس دوره‌ای که خیلی به‌دردتون می‌خوره رو انتخاب کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

📌 یکی از ابزارهایی که تو آنالیز دیتاهای NGS استفاده می‌شه، ابزار SRA toolkit در لینوکس هست؛ از این ابزار برای دانلود، مشاهده و تبدیل فایل‌های sra استفاده می‌شه؛ فایل sra فرمت مخصوص دیتابیس SRA، برای ذخیره دیتای خروجی NGS هست.

1️⃣ جهت دانلود فایل‌های sra ←

prefetch -p SRR123456

✅ کد SRR123456 آی‌دی ران مربوط به سمپل موردنظر تو دیتابیس SRA هست؛ تو این دیتابیس هر سمپل یا هر ران یک SRR مشخص داره که تو کامند بالا، باید به‌جای SRR123456 قرار بدید.

2️⃣ جهت مشاهده محتوای فایل sra ←

‌vdp-dump -R1-3 SRR123456.sra

✅ فلگ R- تعداد خطوط موردنظر برای نمایش رو مشخص می‌کنه؛ 3-1 یعنی خط اول تا سوم فایل sra؛ دقت کنید از این کامند به بعد باید خود فایل sra دانلودشده با prefetch رو به بدید.

3️⃣ جهت تبدیل فایل sra به فایل fastq برای فایل‌های single-end ←

shell
fastq-dump SRR123456.sra

✅ خروجی این کامند یک فایل fastq برای کل readها هست.

4️⃣ جهت تبدیل فایل sra به فایل fastq برای فایل‌های paired-end ←

shell
fastq-dump -f fastq --split-files

✅ خروجی این کامند دو فایل fastq برای readهای forward و reverse هست.

5️⃣ جهت تبدیل فایل sra به فایل fastq با سرعت بیشتر ←

shell
fasterq-dump --split-files -e 8 SRR123456.sra

✅ فلگ e- تعداد هسته CPU برای پردازش این کامند رو تعیین می‌کنه؛ 8 e- یعنی استفاده از هشت هسته CPU برای تبدیل فایل sra به fastq برای افزایش سرعت.

6️⃣ جهت تبدیل فایل aligned sra مستقیما به فایل sam ←

sam-dump SRR123456.sra > SRR123456.sam

✅ عموما فایل‌های sra به‌صورت خام هستند؛ اما در بعضی از مواقع، فایل sra حاوی اطلاعات alignment بوده که در این حالت می‌توانیم از کامند بالا استفاده کنیم تا فایل sra مستقیما به یک فایل sam تبدیل شود؛ فایل sam خروجی یک aligner است.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

✅ کلید نهایی آزمون علوم آزمایشگاهی ۱ منتشر شد.

🟡 سوال ۷ بیوشیمی ← گزینه الف به ب تغییر کرد.
🟡 سوال ۱۳ بیوشیمی ← گزینه د به الف تغییر کرد.
🔴 سوال‌های ۲۵، ۲۹، ۳۲، ۴۲ و ۴۴ زیست‌شناسی ← حذف شد.
🟢 سوال ۶۲ ژنتیک ← گزینه ب و ج صحیح است.
🔴 سوال‌ ۶۶ ژنتیک ← حذف شد.



کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

📌 دوستانی که می‌خوان بخش annotation سل‌تایپ‌ها یا کلاسترهای پروژه سینگل‌سل‌ رو به‌صورت دستی انجام بدن، از پنج دیتابیس CellMarker، CellSTAR، PanglaoDB، SingleCellBase و Azimuth می‌تونن استفاده کنن؛ به دیتای این پنج دیتابیس می‌تونید از طریق لینک‌های زیر دسترسی داشته باشید و سرچ‌هاتون رو از طریق این دیتاست‌ها انجام بدید.

✅ لینک دانلود دیتاست SingleCellBase
✅ لینک دانلود دیتاست CellMarker
✅ لینک دانلود دیتاست PanglaoDB
✅ دسترسی به دیتابیس Azimuth
✅ دسترسی به دیتابیس CellSTAR


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

💯 پاسخ تست: توضیحات بیماری Niemann-Pick.

🖥 جهت مطالعه مباحث فصل ژنتیک بیوشیمیایی از رفرنس امری، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #ناهنجاری‌های_بیوشیمیایی


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔡🔡🔡🔡🔡🔡🔡🔡 🔡🔡

📌 بعد از دانلود یک فایل sra و تبدیل این فایل به یک فایل fastq با استفاده از ابزار SRA Toolkit، با ابزار FastQC، می‌تونید کنترل کیفیت یا QC این فایل fastq رو انجام بدید و کیفیت سمپل موردنظرتون رو چک کنید. برای کار با این ابزار، می‌تونید از کامندهای زیر استفاده کنید:

1️⃣ جهت نصب ابزار FastQC در Ubuntu و بررسی ورژن آن←

sudo apt update
sudo apt install fastqc
fastqc --version

2️⃣ جهت انجام QC روی یک سمپل ←

fastqc -f fastq SRR123456.fastq

✅ به‌جای SRA123456.fastq، اسم یا اکسشن آی‌دی سمپل موردنظرتون که دانلود کردید رو قرار بدید. با فلگ f- هم می‌توان نوع فایل ورودی رو مشخص کرد؛ فایل ما چون به‌صورت fastq هست، اسم fastq رو جلوی این فلگ می‌نویسیم.

3️⃣ جهت انجام QC روی همه‌ی سمپل‌های موجود در دایرکتوری جاری ←

fastqc -f fastq *.fastq

✅ اگه توی دایرکتوری یا فولدر جاری، چندین فایل fastq دارید، با کامند بالا، QC همه‌ی سمپل‌ها همزمان انجام می‌شه؛ علامت * یک wildcard به معنی "هرچیزی" هست؛ fastq.* یعنی همه فایل‌هایی که آخرشون fastq. داره.

4️⃣ جهت انجام QC روی یک سمپل با مشخص کردن دایرکتوری ←

 fastqc -f fastq -o ~/Proj SRR123456.fastq

✅ با فلگ o- می‌شه دایرکتوری‌ای رو مشخص کرد که فایل‌های خروجی تو اون دایرکتوری ایجاد بشه.

5️⃣ جهت انجام QC روی یک سمپل با فرمت bam ←

 fastqc -f bam SRR123456.bam

✅ با این کامند می‌شه fastqc رو روی یک فایل با فرمت bam. ران کرد.

📃 خروجی ابزار FastQC به ازای هر سمپل، یک فایل فشرده و یک فایل html. هست؛ فایل فشرده ریپورت‌ها و پلات‌های QC یک سمپل رو به‌طور جداگانه شامل می‌شه؛ اما تمامی پلات‌های QC رو می‌تونید یک‌جا با استفاده از فایل html. ببینید؛ ‌این فایل رو می‌تونید با یک مرورگر مثل فایرفاکس باز کنید:

firefox SRR123456.html

✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

✔️ فصل سایتوژنتیک بالینی رفرنس جرد: نکات سندرم کلاین‌فلتر (این نکات، نکاتی هستن که در رفرنس امری گفته نشده یا کمتر گفته شده).

✏️ فصل مرتبط در رفرنس امری: فصل ۱۷ (ناهنجاری‌های کروموزومی)؛ سندرم کلاین‌فلتر

✏️ پست‌های درسی مرتبط از رفرنس امری:
https://news.1rj.ru/str/GeneticsAS/524
https://news.1rj.ru/str/GeneticsAS/525
https://news.1rj.ru/str/GeneticsAS/653 (تست)


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#ژنتیک
#نکات_جرد

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔡🔡🔡🔡🔡🔡🔡🔡 🔡🔡

🔍 نتایج اولیه آزمون کارشناسی ارشد وزارت بهداشت هفته اول مرداد اعلام خواهد شد.


#اخبار
#کارشناسی_ارشد

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

💯 پاسخ تست: توضیحات بیماری Ataxia Telangiectasia.

🖥 جهت مطالعه مباحث فصل ناهنجاری‌های کروموزومی از رفرنس امری، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #ناهنجاری‌های_کروموزومی


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
🔡🔡🔡🔡🔡🔡🔡🔡 🔡🔡

📝 تفسیر و جزییات نتایج FastQC (پارت اول).
🔹دوستان تفسیر نتایج دیتاهای مختلف مثل bulk RNA-seq، single cell RNA-seq، ChIP-seq، WES/WGS و ... می‌تونه تفاوت‌های کمی باهم داشته باشه اما توضیحات فایل، یک حالت کلی رو در نظر گرفته.

🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

💯 پاسخ تست.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس استراخان، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_استراخان


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

📝 تفسیر و جزییات نتایج FastQC (پارت دوم).
🔹دوستان تفسیر نتایج دیتاهای مختلف مثل bulk RNA-seq، single cell RNA-seq، ChIP-seq، WES/WGS و ... می‌تونه تفاوت‌های کمی باهم داشته باشه اما توضیحات فایل، یک حالت کلی رو در نظر گرفته.

🔒 رمز فایل (حروف بزرگ و کوچک رعایت شود): GeneticsAS


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#بیوانفورماتیک

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

درود
امیدوارم خوب باشید 🌹

📌 دوستان با توجه به اینکه تو این مدت مباحث و فایل‌های زیادی آپلود شد، لیست مباحث کانال رو آپدیت کردم و می‌تونید برای مطالعه و استفاده از مطالب، ازش استفاده کنید ← لیست کانال

📌 به امید خدا بعد از اعلام نتایج، پست‌های درسی و مشاوره‌ای و پست‌های مربوط به بیوانفورماتیک با سرعت بیشتری در کانال قرار می‌گیره.


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍

💯 پاسخ تست.

🖥 جهت مطالعه مباحث رفرنس جرد، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #نکات_جرد


✨ جهت ثبت‌نام مشاوره و برنامه‌ریزی اختصاصی و روزانه برای کنکور ارشد بهداشت و علوم ۱۴۰۵ (ظرفیت بسیار محدود) و تهیه جزوات جامع ژنتیک پزشکی امری، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares

💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : مصاحبه‌ها

😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است!

➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید.


#تست_روز

کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐)
💗💗💗💗💗💗©️💗 ⭐ 🤍🤍