آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی – Telegram
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
1.57K subscribers
1.57K photos
40 videos
423 files
716 links
Iranian Researchers Bioinformatics Academy


Our sister channel:
✅️ https://news.1rj.ru/str/apply_for_future

Our Instagram link:
✅️ https://www.instagram.com/irbioinformatics/

📬 Admin: @h3nrasouli
Download Telegram
هدف از انجام محاسبات دینامیک مولکولی پس از انجام داکینگ مولکولی چیست؟
در طراحی محاسباتی دارو، ما با دقت سه معیار را برای تحلیل کمپلکس‌های پروتئین-لیگاند پس از انجام MD ردیابی می‌کنیم: حالا بیاید این پارامترها را به طور خلاصه مرور کنیم:
اول: : RMSD(Root Mean Square Deviation) – به منظور بررسی پایداری کمپلکس: آیا کمپلکس پایدار است؟
دوم 🌊 RMSF : (Root Mean Square Fluctuation) – به منظور بررسی انعطاف‌پذیری: زنجیره جانبی کدام آمینواسیدها بیشتر حرکت می‌کنند
سوم: 🎯 Rg (Radius of gyration) – به منظور پایش فشردگی: آیا پروتئین در حال تا خوردن یا باز شدن است؟
@irbioinformatics
👍2🔥2💅1
#اخبار_بیوتکنولوژی

دانشجوی کارشناسی ارشد رشته مهندسی بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس موفق به کسب مقام سومی در المپیاد علمی دانشجویی کشور شد.


انجمن علمی دانشجویی گروه بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس، کسب مقام سوم المپیاد دانشجویی رشته بیوتکنولوژی را به سرکار خانم مهندس پانته‌آ شمسایی، ورودی ۱۴۰۳ کارشناسی ارشد تبریک عرض می‌کند.

این موفقیت نشان‌دهنده تلاش و پشتکار این محقق گرامی گروه بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس است و امیدواریم در ادامه مسیر علمی‌شان، موفقیت‌های بیشتری کسب نمایند. از خداوند متعال برای شما پژوهشگر گرامی آرزوی توفیق روزافزون داریم.
@irbioinformatics
3👍2🤩2
اهمیت آنزیم FAN1 در بیماری هانتینگتون

آنزیم FAN1 یک آنزیم وابسته به DNA است که برای سلامت انسان حیاتی است. یک جهش در FAN1 که آرژینین در موقعیت 507 را به هیستیدین (Arg507His) تغییر می‌دهد، باعث تسریع در بروز بیماری هانتینگتون (HD) می‌شود که یک اختلال غیرقابل درمان است. تأثیر این جهش بر ساختار و عملکرد FAN1 پیش‌تر نامشخص بود.

با استفاده از میکروسکوپ کرایو-الکترونی (cryoEM) و روش‌های بیوشیمیایی، پژوهشگران دانشگاه توماس جفرسون دریافتند که آرژینین 507 برای تعامل FAN1 با پروتئین دیگری به نام PCNA حیاتی است. جهش Arg507His باعث تضعیف کمپلکس FAN1-PCNA می‌شود و توانایی آن‌ها را در پردازش ساختارهای خاص DNA مرتبط با بیماری هانتینگتون مختل می‌کند. این اختلال مانع از ترمیم مؤثر DNA توسط FAN1 می‌شود و به پیشرفت سریع‌تر بیماری منجر می‌گردد.
👍3
آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی
هدف از انجام محاسبات دینامیک مولکولی پس از انجام داکینگ مولکولی چیست؟ در طراحی محاسباتی دارو، ما با دقت سه معیار را برای تحلیل کمپلکس‌های پروتئین-لیگاند پس از انجام MD ردیابی می‌کنیم: حالا بیاید این پارامترها را به طور خلاصه مرور کنیم: اول: : RMSD(Root…
سوال در خصوص خروجی های شبیه سازی MD: دوست عزیزی در پاسخ به این پست کانال سوال زیر را مطرح کردند و در ادامه می توانند جواب سوال مذکور را مطالعه نمایند. با تشکر تیم ادمین کانال

مقدارشون چقدر باید باشه که بگیم کمپلکس پایدار هست یا در حال باز شدن هست یا بسته شدن؟

در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم‌افزار GROMACS، پارامترهای RMSD، RMSF و Rg هر کدام نشان‌دهنده ویژگی‌های خاصی از سیستم هستند. بازه‌های این مقادیر به ساختار، نوع مولکول و زمان شبیه‌سازی بستگی دارد. در حالت کلی، بازه‌های معمول برای این پارامترها عبارتند از:

RMSD (Root Mean Square Deviation):

بازه معمول: 0.1 تا 3 نانومتر
مقدار RMSD نشان‌دهنده تغییرات در ساختار سه‌بعدی مولکول در طول زمان شبیه‌سازی است. در صورتی که مولکول پایدار باشد، این مقدار معمولاً در بازه 0.1 تا 0.5 نانومتر نوسان می‌کند. برای سیستم‌های بزرگتر یا مولکول‌های با تحرک بالا، مقدار آن می‌تواند به 1 تا 3 نانومتر هم برسد.
RMSF (Root Mean Square Fluctuation):

بازه معمول: 0.05 تا 1.5 نانومتر
این مقدار نشان‌دهنده نوسانات باقی‌مانده‌های منفرد (residues) در طول شبیه‌سازی است. معمولاً نواحی انعطاف‌پذیرتر مثل لوپ‌ها و زنجیره‌های جانبی بزرگتر RMSF بیشتری دارند (0.5 تا 1.5 نانومتر)، در حالی که نواحی منظم مثل هلیکس‌های آلفا یا صفحات بتا ممکن است مقادیر کمتری داشته باشند (0.05 تا 0.3 نانومتر).

Rg (Radius of Gyration):

بازه معمول: 1 تا 4 نانومتر
شعاع ژیراسیون نشان‌دهنده فشردگی کلی ساختار است. مقدار Rg بستگی به اندازه و شکل پروتئین یا کمپلکس مولکولی دارد. پروتئین‌های کوچک و فشرده ممکن است Rg در بازه 1 تا 2 نانومتر داشته باشند، در حالی که مولکول‌های بزرگتر یا ساختارهای بازتر Rg بیشتری (3 تا 4 نانومتر یا بیشتر) خواهند داشت. این مقادیر به ساختار دقیق پروتئین و زمان شبیه‌سازی وابسته است و در طول شبیه‌سازی نوساناتی خواهند داشت.

@irbioinformatics

انتشار این مطلب با ذکر نام کانال مجاز است.
👍5
🔰Writing a scientific article: A step-by-step guide for beginners


Ecarnot et all, 2015 (Link)

دانلود فایل مقاله (کلیک کنید)

----------------------------------
🆔Join us:

https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics
👍3
همۀ تغییرات بزرگ وقتی شروع میشه که
شما تصمیم می گیرید مثل همه نباشید ❤️
🔥5👍3
#اخبار_بیوتکنولوژی
اخیرا مقاله چاپ شده است که در آن با استفاده از الگوریتم deep learning به چگونگی برهمکنش miRNA-mRNA پرداخته است و از روشی جدید به نام SMTRI برای این نوع برهمکنش ها پرده برداشته است روش SMTRI بر اساس یک رویکرد نوآورانه و هوشمند است که ویژگی‌های ساختاری خاصی را که تعاملات miRNA-mRNA را مشخص می‌کنند، در نظر می‌گیرد و از یک نمایش عددی از این کمپلکس‌های RNA استفاده می‌کند. با استفاده از الگوریتم‌های یادگیری عمیق، SMTRI قادر است ترکیبات پیشرو را انتخاب کند که به طور خاص به برآمدگی‌های ساختاری RNA که در هسته کمپلکس RISC شکل می‌گیرند، متصل شوند و بدین ترتیب راه جدیدی برای طراحی مولکول‌های کوچک هدف‌گیری عملکرد miRNA باز می‌کند. در مقاله دیگری اهمیت این روش توضیح داده شده است که می توانید در اینجا مطالعه کنید
👍4
#بیوگرافی
آیا اولین شغل شما آینده‌تان را شکل داد؟

برگزیده ای از داستان زندگی لویس بروس برنده نوبل شیمی در سال 2023 برای سنتز و طراحی کوانتوم دات ها...
@irbioinformatics
"پدرم در دوران رکود بزرگ با سختی‌های فراوان دانشگاه را به پایان رساند. [...] او برای من کاری به‌عنوان منشی در فروشگاه لوازم‌ یدکی محلی پیدا کرد. در کنار تحصیل در دبیرستان، هفته‌ای ۲۴ ساعت در آنجا کار می‌کردم. فروشگاه لوازم‌ یدکی قطعاً تجربه ارزشمندی برای پسر درون‌گرا، خجالتی و کتاب‌دوستی مثل من بود. یاد گرفتم چگونه با افراد مختلف برخورد کنم، چگونه از ابزار استفاده کنم و با دستانم ماشین‌ها را باز و بسته کنم. لوییس بروس"
ادامه این داستان را در اینجا بخوانید
👍7
نشانگر مولکولی (Molecular Marker) یک قطعه کوچک از DNA است که در ژنوم موجودات زنده قرار دارد و برای شناسایی تفاوت‌های ژنتیکی بین افراد یا گونه‌ها مورد استفاده قرار می‌گیرد. این نشانگرها معمولاً به بخش‌های خاصی از DNA مرتبط هستند که تنوع ژنتیکی زیادی دارند و به عنوان یک نقطه مرجع برای بررسی ویژگی‌های ژنتیکی مختلف مانند تنوع گونه‌ها، انتقال صفات ژنتیکی و یا تشخیص بیماری‌ها استفاده می‌شوند.
یکی از مهمترین نوع مارکرها مارکرهای بر مبنای واکنش PCR می باشند. در فایل پیوست می توانید نحوه عملکرد و جزییات این مارکرها را مطالعه کنید.
@irbioinformatics
👍6
سازماندهی چهار بعدی ژنوم یا 4D Nucleome (4DN)
این ویدیو بررسی می‌کند که چگونه برنامه "نوکلئوم 4 بعدی" (4DN) به بررسی سازماندهی سه‌بعدی DNA در هسته سلول می‌پردازد و چگونه این سازماندهی در طول زمان (بعد چهارم) تغییر می‌کند. بررسی سازماندهی ۴ بعدی DNA نیازمند توسعه ابزارهای جدیدی است تا بتوان تفاوت‌های سازماندهی DNA در سلول‌های مختلف و همچنین تغییرات سازماندهی در هسته یک سلول منفرد را در طول زمان مشاهده کرد

مشاهده ویدیو
@irbioinformatics
برای کسب اطلاعات بیشتر در خصوص 4D Nucleome (4DN) از اینجا مطالعه نمایید
👍6
اعتبارسنجی (Validation) در صنعت داروسازی
@irbioinformatics
#اعتبارسنجی در صنعت #داروسازی یکی از مهم‌ترین فرآیندها برای اطمینان از کیفیت، ایمنی و اثربخشی داروهاست. این فرآیند شامل تایید و مستندسازی این موضوع است که روش‌ها و #تجهیزات مورد استفاده در تولید داروها به‌طور مداوم به نتایج پیش‌بینی‌شده و استانداردهای لازم دست می‌یابند. اعتبارسنجی شامل بخش‌های مختلفی از جمله اعتبارسنجی فرآیندهای تولید، روش‌های آزمایشگاهی، سیستم‌های رایانه‌ای و تجهیزات فنی است. هدف از اعتبارسنجی این است که اطمینان حاصل شود هر داروی تولیدشده با رعایت تمامی مقررات و استانداردهای بین‌المللی تولید شده و مصرف آن برای بیماران #ایمن و موثر است
برای مطالعه بیشتر در خصوص اعتبار سنجی یا validation در صنعت داروسازی می توانید جزوه زیر را مطالعه کنید.
👍6
Dr.Rajinikanth _Pharmaceutical Validation.pdf
1.2 MB
اعتبارسنجی (Validation) در صنعت داروسازی
@irbioinformatics
در فرآیند اعتبارسنجی، ابتدا روش‌ها و فرآیندها مورد ارزیابی دقیق قرار می‌گیرند و سپس به‌صورت مستمر نظارت و بهبود داده می‌شوند. برای مثال، در اعتبارسنجی فرآیند تولید، مراحل مختلف تولید دارو از جمله تهیه مواد اولیه، فرمولاسیون، بسته‌بندی و توزیع تحت کنترل و نظارت دقیق قرار می‌گیرند تا از تکرارپذیری و کیفیت مطلوب اطمینان حاصل شود. همچنین، اعتبارسنجی شامل ارزیابی و کالیبراسیون منظم تجهیزات تولیدی است تا هرگونه خطا یا نقص در فرآیند به حداقل برسد. این اقدامات برای تضمین رعایت استانداردهای سازمان‌های نظارتی همچون FDA و EMA بسیار حیاتی است و به صنعت داروسازی کمک می‌کند تا داروهای ایمن و موثر به بازار عرضه کند.
👍5
#دانستنی_ها
فرض کنید الان دارویی طراحی کرده اید که یک انزیمی را مهار می کند و پس از مطالعات فراوان حالا می خواهید مهارکننده خود را که پس از مطالعات بیوانفورماتیکی و اکسپریمنتال کارایی آن را ازموده اید به صورت قرص در مقیاس انبوه تولید نمایید؟ حال چه باید کرد؟ چه ادوات و تجهیزاتی لازم است و این ادوات و تجهیزات بایستی تحت چه استانداردها و فرآیندهایی در کنار یکدیگر اسمبل شوند تا بتوانید یک داروی موفق تولید کنید؟ برای پاسخ به این سوالات و صدها سوال مشابه باید اول بصورت کلی با خط تولید داروهای جامد آشنایی داشته باشید تا بتوانید در اینده با دید بهتری مهار کننده های که امروز در قالب مقاله و تز روی انها کار میکنید به صورت صنعتی تولید نمایید و روانه بازار کنید. در ادامه اطلاعات کاربردی در این زمینه ارائه شده است.
👍6