مراحل موردنیاز در یادگیری اصول RNAseq

برای یادگیری اصولی و کاربردی پردازشهای مربوط به RNAseq نیاز است که کاربران هنگام شروع یادگیری در این مرحله به چند فرایند خیلی مهم دقت داشته باشند.
1- پیدا کردن داده مناسب برای پردازش. همانطور که می دانید در بانک SRA بیش از میلیون ها خوانش RNAseq شرکت های ایلومینا، پک بایو، نانوپور، و... وجود دارد که برای نمونه های مختلف گیاهی و جانوری و ... ثبت شده است. در هر مرحله شما بایستی داده ای انتخاب کنین که مناسب با رشتتون و هدف کارتون هستش. چون هر نوع داده که در SRA وجود داره تفاسیر خاص خودش داره. لذا وقتی در ورکشاپی شرکت میکنن اگر دیتاها خارج از فیلد کاری شما هستش قاعدتا هیچ وقت تفاسیر کاربردی مربوطه رو یاد نمیگیرین. زیرا برای هر سمپلی که میخاین پردازش کنین اطلاعات تفسیری منحصر به فردی وجود داره و باید متناسب با تخصصتون و نیازتون این پردازش ها رو یاد بگیرین.

2- کنترل کیفی داده ها. دقت کنین که ابزارهای مختلفی برای کنترل کیفی داده ها در پلتفرم های مختلف وجود دارند. سعی کنین همیشه بهترین ابزار رو با توجه به نوع داده ای که انتخاب می کنین برای پردازش محاسباتی رو ران کنین در غیر این صورت در مرحله کنترل کیفی ممکنه خیلی از اطلاعاتتون رو از دست بدین یا اصلا کنترل کیفی صحیحی انجام ندین.

3- در مرحله اسمبلی داده های RNAseq خیلی مهمه که اسمبلر مناسبی برای این کار انتخاب کنین. اگر از ابزارهای بی ربط یا کیفیت پایین استفاده کنین ممکنه خوانش هاتون به دقت اسمبل یا مونتاژ نشن و در نتیجه موقع انجام مراحل بعدی با مشکل مواجه بشین. دقت داشته باشین که برای داده های ژنوم اسمبلرهای اختصاصی وجود دارد و برای داده های اگزوم و rnaseq هم همینطور. حتی اگر خوانش های یک طرفه یا دو طرفه داشته باشین بازهم اسمبلر مربوطه باهم متفاوته در نتیجه همیشه قبل از اینکه اسمبلی کنین ی ابزار مناسب با توجه به ماهیت داده ها انتخاب کنین.

4- در مرحله انوتیشین و مپ کردن داده ها خیلی مهمه که یک نقشه ژنومی اپدیت شده برای داده های خوانشی rnaseqتون انتخاب کنین تا بتونین براساس اون خروجی های لازمه رو پردازش کنین در غیر این صورت اصلا نمیتونین مرحله مپینگ و انوتیشن رو به دقت انجام بدین.

5- بعد از انوتیشن باید خروجی هاتون با ی سری مسیرهای زیستی مقایسه کنین. بهتره خیلی سعی کنین که دیتابیس های خیلی مهم و کاربردی رو تو فیلدی ک دارین کار میکنین پیدا کنین. و اخرین نسخه اون ابزارهایی ک دارین برای این کار استفاده می کنین رو دانلود و نصب کنین. اینطوری هم کیفیت کارتون میره بالا و هم اینکه در تفاسیر خطا ندارین.

6- مرحله تفسیر نتایج خیلی مهمه. برای این مرحله جز خودتون و تلاشتون واقعیتش اینه کسی نمیتونه کمکتون کنه. سعی کنین زیاد مقاله بخونین و به کاری ک میخاین انجام بدین کامل مسلط باشین تا بدونین هدفتون چی هستش در کل که با توجه به اون خروجی هاتون رو پردازش کنین.

7- تمرین و تکرار فراوان
@irbioinformatics

کامندهای پرکاربرد و پایه ای در لینوکس که باید بلدشون باشین
@irbioinformatics

🔖گزارشی از یک کیس جالب


🚩در نشریه معتبر پزشکی BMJ در بخش بیماری‌های دستگاه گوارش، یک گزارش جالب و عجیب منتشر شده است.

یک مرد ۴۶ ساله، بعد از آسیب انگشت شست دست خود، مجبور شد که مدت ۳ هفته تمام سفالکسین بخورد.اما یک هفته بعد از پایان دوره درمان دارویی، اطرافیان او متوجه تغییرات شخصیتی عجیب در او که پیش از آن سابقه نداشت شدند. او دچار دوره‌های سرخوشی و افسردگی و رفتارهای خشونت‌آمیز می‌شد.

با توجه به این علایم پزشکان به او مدتی داروی ضد افسردگی دادند. مصرف این داروها ادامه داشت تا اینکه یک بار به خاطر تخلف رانندگی پلیس‌ها خودروی او را متوقف کردند و طبعا تست الکل روی او انجام شد و نشان داد که رانندگی حین مستی داشته است.
بررسی بیشتر نشان داد که سطح الکل خون ۲۰۰ میلی گرم در دسی لیتر بوده که به میزان قابل ملاحظه‌ای از آستانه مجاز بالاتر بود.اما این مرد اصرار داشت که اصلا الکلی مصرف نکرده است. سرانجام «عمه» این مرد که حرفش را باور کرد. یک دستگاه پرتابل آنالیز تنفس که میزان تقریبی الکل خون را نشان می‌دهد، برای او خرید و این دو متوجه شدند که بسیار اوقات میزان الکل بدن این شخص بالاست!

❓چه اتفاقی افتاده بود؟ آیا مرد سر همه کلاه می‌گذاشت و مخفیانه الکل می‌خورد و اصلا چرا این را مخفی می‌کرد یا داستانی دیگر در کار بود.

🚩آنها به ناچار به پزشکی در اوهایو رفتند، پزشکی که قبلا مورد مشابهی داشت. مشخص شد که مخمرهایی در درون روده باریک و بخشی از روده بزرگ به نام سکوم، جا خوش کرده‌اند و به صورت طبیعی کار تخمیر و تبدیل کربوهیدرات به الکل را انجام می‌دهند.

🚩بررسی‌های اولیه نشان داد که دو میکروارگانیسم Saccharomyces #cerevisiae و S. boulardii در درون روده او هستند.

🚩آزمایش‌های نشان دادند که در پی دادن غذاهای حاوی کربوهیدرات، این مخمرها فعال می‌شوند و ظرف ۸ ساعت، سطح الکل ۵۷ میکروگرم در دسی لیتر را در بدن او را ایجاد می کنند!

🟢چیزی که رخ داده بود این بود که آنتی بیوتیک سفالکسین میکروب‌های نرمال روده این مرد را٫ تغییر را داده بود و با کشتن عده‌ای از آنها، شرایط را برای جایگزین شدن مخمر در بدن او فراهم کرده بود!

🍾به این مورد، سندرم ABS یا سندرم مشروب‌سازی خودکار یا سندرم تخمیر روده‌ای می‌گویند.

برای درمان اولیه دستور محدود کردن غذاهای کربوهیدارتی و داروهای ضدمخمر به او داده شد. اما این درمان موفقیت‌آمیز نبود.

درست همین جا بود که این مرد به نویسندگان کیس ریپورت نشریه BMJ معرفی شد. آنها ارگانیسم‌های دیگری مانند کاندیدا آلبیکنس و C. parapsilosis را هم پیدا کردند، داروهای ضد مخمر را عوض کردند و پروبیوتیک لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس را هم تجویز کردند. این درمان به تدریج پاسخ داد و حالا که یک سال و نیم از آن زمان می‌گذرد، کارخانه مشروب‌سازی داخل بدن بیمارشان از کار افتاده است!

⭐️البته این نخستین گزارش در مورد این سندرم عجیب نبوده است.


➡️https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK513346/

➡️https://bmjopengastro.bmj.com/content/6/1/e000325

مصوبه هیات وزیران در خصوص واردات و تعرفه رجیستری آیفون:
سود بازرگانی واردات آیفون ۹۶درصد تعیین شد

+خود اپل انقدر سود نمیکنه 😂😂
یعنی متد اداره کشور رو نشون نویسنده‌های money heist بدی، جیغ می‌کشن فرار می‌کنن

زندگی مث شطرنجه! با ارامش بازی کن
@irbioinformatics

#دانستنی‌ها
ترکیب میکروبیوتای دهان به طور قابل توجهی در نواحی مختلف دهان، مانند زبان، لوزه‌ها و حلق، متفاوت است. این تنوع، به همراه نبود پروتکل‌های استاندارد برای انتخاب محل نمونه‌برداری و شرایط آن، انجام مطالعات مقایسه‌ای در محیط‌های پژوهشی مختلف را به چالش می‌کشد. در نتیجه، تحلیل میکروبیوم دهان و مقایسه نتایج بین مطالعات همچنان بسیار پیچیده است.
@irbioinformatics

#دانستنی‌ها
بیان ژن فرآیندی است که طی آن دستورالعمل‌های موجود در DNA به یک محصول عملکردی مانند پروتئین تبدیل می‌شوند. به عبارت دیگر، این روش شامل استخراج اطلاعات از یک ژن و استفاده از آن برای تولید یک محصول ژنی کاربردی است. این یک فعالیت بیولوژیکی حساس است که حتی یک تغییر کوچک در الگوی بیان ژن می‌تواند به تغییر در کل فرآیند بیولوژیکی منجر شود
@irbioinformatics

این مقاله مروری به بررسی جدیدترین پیشرفت‌ها در زمینه چسب‌های مولکولی تخریب‌کننده (Molecular Glue Degraders, MGDs) می‌پردازد و مواردی از جمله کشف MGDs، محدوده اهداف دارویی، کاندیداهای بالینی، مدل‌سازی محاسباتی و فضای فیزیکوشیمیایی آن‌ها را مورد توجه قرار می‌دهد.
@irbioinformatics

Advances in molecular glues: exploring chemical space and design principles for targeted protein degradation
https://news.1rj.ru/str/IRBioinformatics/1166

معرفی ROBERT
ROBERT: Bridging the Gap Between Machine Learning and Chemistry
علاوه بر پاسخگویی به نیازهای فناوری، ادغام یادگیری ماشین (ML) در جوامع انسانی به پایداری نیز کمک کرده است، از طریق پذیرش پروتکل‌های دیجیتالی‌شده. با وجود این مزایا و ابزارهای در دسترس فراوان، فاصله‌ی زیادی در پیاده‌سازی ML وجود دارد که مانع از به‌کارگیری گسترده پروتکل‌های آن در جوامع شیمی محاسباتی و تجربی شده است. در این پژوهش، ابزار ROBERT معرفی شده است، نرم‌افزاری که به دقت برای دسترسی بیشتر شیمیدانان با هر سطح مهارت برنامه‌نویسی به ML طراحی شده است و در عین حال نتایجی هم‌تراز با متخصصان این حوزه ارائه می‌دهد

#اخبار‎_دارویی
📌 در اوایل اکتبر ۲۰۲۴، یک تیم پژوهشی داروی جدیدی را برای درمان سل (TB) شناسایی کرد؛ گامی حیاتی در مقابله با این بیماری، به‌ویژه انواع مقاوم به دارو.

📌 این مطالعه که توسط انجمن میکروب‌شناسی آمریکا منتشر شده، بر هدف قرار دادن یک مسیر مولکولی خاص در مایکوباکتریوم توبرکلوزیس، باکتری مسئول سل، تمرکز دارد.

📌 مهار این مسیر می‌تواند مقاومت باکتریایی را کاهش داده و یک رویکرد درمانی جدیدی ارائه دهد که شاید بتواند در برابر گونه‌های مقاوم به درمان‌های متداول نیز مؤثر باشد.

📌 این کشف با توجه به افزایش جهانی موارد سل با مقاومت چند دارویی، که پروتکل‌های درمانی فعلی را به چالش کشیده، بسیار حائز اهمیت است.

📌 یافته‌های حاصل از این پژوهش راه را برای توسعه درمان‌هایی باز می‌کند که می‌توانند نتایج درمانی را بهبود بخشند، نرخ بقای بیماران را افزایش دهند و از گسترش سویه‌های مقاوم جلوگیری کنند.
@irbioinformatics

در سال‌های اخیر، پیشرفت‌های چشمگیر در زیست‌شناسی مولکولی و فناوری‌های ژنومی منجر به رشد چشمگیری در اطلاعات زیستی شده است. هم‌زمان با سیل اطلاعات ژنومی، نیاز به ابزارهایی برای ذخیره‌سازی و مدیریت داده و توسعه نرم‌افزارهایی برای تحلیل، تجسم، مدل‌سازی و پیش‌بینی مجموعه داده‌های بزرگ نیز افزایش یافته است.
@irbioinformatics
رویکردها و کاربردهای بیوانفورماتیک در زیست‌فناوری گیاهی شامل طیف گسترده‌ای از ابزارها و روش‌های محاسباتی برای تحلیل داده‌های زیستی و ژنتیکی گیاهان است. این رویکردها به درک بهتر ژنوم گیاهان، پیش‌بینی عملکرد ژن‌ها، شناسایی ژن‌های مقاوم به بیماری‌ها و افزایش مقاومت گیاهان به تنش‌های محیطی کمک می‌کنند. همچنین، کاربردهای #بیوانفورماتیک در اصلاح نژاد گیاهان، طراحی محصولات کشاورزی با ویژگی‌های مطلوب و بهبود بهره‌وری گیاهان در تولید محصولات کشاورزی پایدار نقش مهمی دارند. برای کسب اطلاعات بیشتر این مقاله را مطالعه کنید
@irbioinformatics