New Scientist - November 2, 2024

‏اولین تانکِ محیطِ زیست دوست!
شرکت هیوندای از اولین تانک جنگی با سوخت هیدروژنی رونمایی کرد که به محیط زیست کمترین اسیب را وارد می‌کند
این‌مثل اینه که ‏مثلا یه جلادی خیلی مودب باشه و قبل‌از گردن زدن دستاشو بشوره و به مقتول بگه «با اجازه»😂🤏🪓

عکس شماره ۱: یک اسکن از دهان موش نشان می‌دهد که چگونه و چه زمانی سقف دهان در مدل موش شکل می‌گیرد تا حفره‌های دهانی و بینی را جدا کند. این تحقیق می‌تواند به روشن‌تر شدن مسئله شکاف کام، که یک نقص مادرزادی رایج در انسان‌ها است، کمک کند.

عکس شماره ۲: یک مدل از قلب، ریه‌ها و رگ‌های خونی گوسفند در دهه ۱۹۶۰ توسط دکتر وسلی اندرسون، دامپزشک دانشگاه مینه‌سوتا، ساخته شد. او از روشی به نام پلاستی‌سازی استفاده کرد که منجر به ایجاد یک مدل پلاستیکی دقیق از ساختارها و رگ‌های داخلی شد. این مدل به محققان در ساخت «دستگاه‌های کمکی بطن» کمک کرد که پس از آسیب قلب، در پمپاژ خون به آن کمک می‌کنند.

عکس شماره ۳: از دهه ۱۹۵۰ تا ۱۹۷۰، محققان در مؤسسه ملی دیابت و بیماری‌های گوارشی و کلیوی از این کلاهک‌ها برای جمع‌آوری داده‌هایی درباره مصرف اکسیژن استفاده کردند. سپس از این داده‌ها برای مطالعه نحوه مصرف انرژی توسط بدن انسان استفاده شد.

عکس شماره ۴: این قورباغه سمی که به نام Phyllobates aurotaenia نیز شناخته می‌شود، توسط دکتر جان دیلی، بیوشیمی‌دان NIH، جمع‌آوری شد. او در حال مطالعه شیمی سموم بود تا چگونگی اثر سموم بر انسان‌ها را بررسی کند و روشی که ممکن است به آن‌ها کمک کند را کشف کند. دکتر دیلی ترکیب شیمیایی اپیباتیدین را کشف کرد. اگرچه اپیباتیدین درد را کاهش می‌دهد، اما ۲۰۰ برابر قوی‌تر از مورفین است و به همین دلیل هرگز به‌عنوان یک درمان دارویی توسعه نیافت.
@irbioinformatics

یک کتاب فوق العاده عالی برای درک ماهیت ژنتیک و عملکرد ژن ها

✅دریافت فایل کتاب(کلیک کنید).

Understanding Genetics

#دانستنی‌ها
در حوزه بیوتکنولوژی و پزشکی، اصطلاحات نانوبادی و VHH اغلب به‌طور جایگزین برای توصیف آنتی‌بادی‌های تک دامینی (single-domain) استفاده می‌شوند. این نسخه‌های کوچک‌تر از آنتی‌بادی‌های سنتی به‌عنوان سنگ‌بنای نوآوری‌های علمی از تشخیص تا درمان‌های سلولی و ژنی شناخته شده‌اند. اما این نام‌ها از کجا آمده‌اند و چه معنایی برای توصیف آن‌ها دارند که آن‌ها را در پژوهش‌ها و کاربردهای درمانی امروزی به این اندازه محوری کرده است؟ ادامه داستان را در اینجا بخوانید...
@irbioinformatics

نرم افزار Molli: یک نرم افزار بر پایه پایتون برای ساخت و تحلیل کتابخانه‌های مولکول‌های مجازی

ایجاد و مطالعه مجموعه‌های بزرگ از مولکول‌های مجازی برای تحقیقات حوزه شیمی دارویی، از کشف داروهای جدید تا طراحی داروهای پیشرفته، بسیار مهم است. با این حال، روش‌های سنتی برای ساخت این کتابخانه‌ها می‌توانند پیچیده باشند و اغلب جزئیات مهمی درباره مولکول‌ها را از دست می‌دهند. اینجاست که Molli، ابزاری جدید که توسط Alexander S. Shved و همکاران توسعه داده شده است، وارد می‌شود.
@irbioinformatics
نرم افزار Molli، به اختصار "Molecular Library Toolkit,"، یک نرم‌افزار مبتنی بر پایتون است که ایجاد، مدیریت و تحلیل مجموعه‌های بزرگ مولکولی در ابعاد سه‌بعدی را آسان می‌کند. ویژگی‌های کلیدی Molli شامل توانایی آن در تولید کتابخانه‌های مولکولی سه‌بعدی به‌طور مستقیم از طرح‌های دوبعدی، همراه با حفظ دقت استریوشیمی، و پشتیبانی از یکپارچگی با ابزارهای شیمی محاسباتی مانند OpenBabel، RDKit، ORCA، NWChem و xTB/CREST برای بهینه‌سازی هندسی و محاسبه خواص است.

#دانستنی‌ها
آیا می‌دانستید که ذره‌ای در جهان وجود دارد که به‌قدری گریزان است که به نام "ذره شبح" شناخته می‌شود؟
@irbioinformatics
ذره نوترینو تقریباً هرگز با ماده تعامل ندارد - در واقع، حدود ۱۰۰ میلیارد نوترینو در هر ثانیه از روی ناخن شما عبور می‌کنند بدون اینکه حتی متوجه شوید. خورشید منبع اصلی نوترینوها بر روی زمین است.

این ذره اولین بار توسط برنده جایزه نوبل، ولفگانگ پائولی، پیش‌بینی شد و وجود آن در سال ۱۹۵۶ توسط فردریک رینس و کلاید کوان اثبات شد. رینس برای این کشف، جایزه نوبل فیزیک سال ۱۹۹۵ را دریافت کرد.

ممنوعیت واردات آیفون‌های جدید (جدا از مقوله حق استفاده از آنتن) و بعد آزادسازی مشروط اون‌ها با تعرفه‌های سنگین (در صورت انجام)، نشون‌دهنده‌ی سیاست‌های اقتصادی دولته که سعی می‌کنه از تقاضای مردم ارزش بکشه و خودش رو توی این بازار به نوعی «شرکت شبه‌اپل» نشون بده. یعنی به جای اینکه مردم به راحتی از اپل خرید کنن، دولت با این سیاست‌ها از خریدارهای داخلی پول درمیاره.

دولت با اعمال تعرفه‌های بالا و شرایط سخت گمرکی، سودی بیشتر از حاشیه سود خود محصول به‌دست میاره! به زبان ساده، دولت به جای اینکه به اصول بازار و رقابت تکیه کنه، از طریق تعرفه‌ها درآمدی رو که معمولاً به جیب اپل می‌رفت، برای خودش جذب می‌کنه و این اصلا خوب نیست...

پارامتر PAE یا Predicted aligned error در نرم افزار آلفافولد2
تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران

پارامتر PAE یا Predicted aligned error در نرم افزار آلفافولد2
تهیه و تدوین: ح. رسولی، دانشجوی دکتری بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس تهران
@irbioinformatics
خطای هم‌ترازی پیش‌بینی‌شده (PAE) معیاری از میزان اطمینان AlphaFold2 در موقعیت نسبی دو رزیدیو در ساختار پیش‌بینی‌شده برای توالی اعمال شده به نرم افزار است. PAE به‌عنوان خطای موقعیتی مورد انتظار در رزیدیوی آمینواسیدی X، که بر حسب آنگستروم (Å) اندازه‌گیری می‌شود، تعریف شده است، اگر ساختارهای پیش‌بینی‌شده و واقعی بر روی رزیدیوی آمینواسیدی Y هم‌تراز شوند.
@irbioinformatics

بنابراین، پارامتر PAE عملاً معیاری از میزان اطمینان AlphaFold2 از قرارگیری مناسب دامین ها و دقت موقعیت نسبی دامین ها در ساختار پیش‌بینی‌شده است.
یک امتیاز PAE پایین بین دو رزیدیو از دو دامین مختلف به معنای خطای پیش‌بینی‌شده کم است. این به نوبه خود به این معناست که AlphaFold2 به موقعیت این رزیدیوها اطمینان دارد. برعکس، امتیاز PAE بالا به این معناست که AlphaFold2 به موقعیت نسبی آن‌ها اطمینان ندارد.
نادیده گرفتن امتیاز PAE می‌تواند به تفسیر نادرست موقعیت نسبی دامین ها منجر شود. یک نمونه از این مورد، پروتئین checkpoint protein 1 حدواسط اسیب DNA (شناسه AlphaFold: AF-Q14676-F1) است. دو دامین آن به نظر می‌رسد که در فضای سه‌بعدی به هم نزدیک هستند، اما PAE نشان می‌دهد که موقعیت این دامین ها در ساختار پروتئین اساساً تصادفی است.
نمودار PAE همیشه یک خط قطری سبز تیره دارد که از بالا-چپ به پایین-راست کشیده شده است. این خط نمایانگر رزیدیوهایی است که در مقابل خود هم‌تراز شده‌اند، جایی که اطمینان به‌طور تعریف‌شده همیشه بالا است، بنابراین اطلاعات مفیدی ارائه نمی‌دهد و می‌توان آن را نادیده گرفت. اطلاعات مربوط به صحت ساختار پروتئین، از نظر جهت‌گیری‌های نسبی، در نواحی دور از خط قطری موجود در پلات قرار دارد.

پارامتر PAE می‌تواند به‌صورت یک نمودار PAE قابل‌تفسیر به تصویر کشیده شود. هر ساختار پروتئینی پیش‌بینی‌شده در پایگاه داده ساختار پروتئینی AlphaFold (AFDB) همراه با یک نمودار PAE است. این نمودار یک گراف دو بعدی است که رزیدیوهای پروتئینی در امتداد محورهای آن قرار دارند. در هر مربع، سایه سبز نشان‌دهنده خطای فاصله مورد انتظار به آنگستروم (Å) برای یک جفت رزیدیو است. یک مربع سبز تیره نشان‌دهنده پیش‌بینی خوب (خطای کم) است، در حالی که یک مربع سبز روشن در این گراف نشان‌دهنده پیش‌بینی ضعیف (خطای بالا) است.
@irbioinformatics

این متن دیدم خیلی قشنگ بود: مضمون کلیش اینه: به عنوان یک دانشجوی دکترا، خودتان را بپذیرید. از افراد معمولی مشاوره نگیرید. نسبت به انجام کار خوب و کمک به بشریت وسواس داشته باشید. همواره کنجکاو باشید. به شدت یاد بگیرید. این‌ها ویژگی‌های مثبت هستند.
@irbioinformatics

گفتم بذار جای تاکسی پیاده برم، هم ارزون‌تره هم سالم‌تر؛ تو راه بستنی، شیرکاکائو کیک و بادو‌م‌زمینی خوردم، نه ارزون شد نه سالم!

😂