ماشین مجازی Qeum
ابزار Qeum یکی از ابزارهای مناسب برای نصب سیستم های عامل مختلف کنار هم روی یک کامپیوتر یا لپتاپ است. این ابزار رایگان است و یک محیط عالی و ساده و سبک را برای مدیریت سیستم های عامل فراهم می اورد. در نتیجه هنگامی که از این نرم افزار مجازی ساز استفاده می کنید به راحتی می توانید توزیع های مختلف سیستم عامل لینوکس را نصب کنید، نرم افزار های دلخواه خود را اجرا کنید و با حداکثر توان در جهت یادگیری اقدام نمایید. در مقایسه با Vitrualbox این ماشین مجازی امکانات مشابهی دارد ولی محیط گرافیکی آن ب قدری ساده است و عمدتا پیچدگی خاصی برای کار با سیستم عامل نصب شده در آن ایجاد نمی کند.
برای دسترسی به آرشیو بیلدهای 64 بیتی به اینجا مراجعه کنید
برای دسترسی به آرشیو بیلدهای 32 بیتی به اینجا مراجعه کنید
ابزار Qeum یکی از ابزارهای مناسب برای نصب سیستم های عامل مختلف کنار هم روی یک کامپیوتر یا لپتاپ است. این ابزار رایگان است و یک محیط عالی و ساده و سبک را برای مدیریت سیستم های عامل فراهم می اورد. در نتیجه هنگامی که از این نرم افزار مجازی ساز استفاده می کنید به راحتی می توانید توزیع های مختلف سیستم عامل لینوکس را نصب کنید، نرم افزار های دلخواه خود را اجرا کنید و با حداکثر توان در جهت یادگیری اقدام نمایید. در مقایسه با Vitrualbox این ماشین مجازی امکانات مشابهی دارد ولی محیط گرافیکی آن ب قدری ساده است و عمدتا پیچدگی خاصی برای کار با سیستم عامل نصب شده در آن ایجاد نمی کند.
برای دسترسی به آرشیو بیلدهای 64 بیتی به اینجا مراجعه کنید
برای دسترسی به آرشیو بیلدهای 32 بیتی به اینجا مراجعه کنید
👍4
طریقه نصب: (بخش اول: نصب مبتدی و پیشرفته)
ماشین مجازی Qeum را می توان به دو صورت نصب کرد:
1- برای کاربران مبتدی: با استفاده از فایل .exe
2- برای کاربران پیشرفته با استفاده از MSYS2: نرم افزار MSYS2 یک مجموعه از کتابخانه ها و بسته های اجرایی است که از طریق آن می توان اکثر نرم افزارهای زیرمجموعه ویندوز را نصب کرد. مزیت استفاده از MSYS2 برای نصب نرم افزار های خاصی در ویندوز این است که مدیریت نرم افزار را برای کاربر ساده می کند. بخصوص در حالتی که کاربر دارای تسک های اجرایی فراوانی است و نیاز به مدیریت پیشرفته ابزارها دارد. برای نصب MSYS2 ابتدا از این لینک نرم افزار را دانلود کنید. سپس مطابق اسکرین های پیوست ابزار را نصب کنید. دقت کنید که بایستی در پایان مراحل نصب با موفقیت بر روی اسکرین پایانی نشان داده شود.
🆔🧬 @IRBioinformatics
ماشین مجازی Qeum را می توان به دو صورت نصب کرد:
1- برای کاربران مبتدی: با استفاده از فایل .exe
2- برای کاربران پیشرفته با استفاده از MSYS2: نرم افزار MSYS2 یک مجموعه از کتابخانه ها و بسته های اجرایی است که از طریق آن می توان اکثر نرم افزارهای زیرمجموعه ویندوز را نصب کرد. مزیت استفاده از MSYS2 برای نصب نرم افزار های خاصی در ویندوز این است که مدیریت نرم افزار را برای کاربر ساده می کند. بخصوص در حالتی که کاربر دارای تسک های اجرایی فراوانی است و نیاز به مدیریت پیشرفته ابزارها دارد. برای نصب MSYS2 ابتدا از این لینک نرم افزار را دانلود کنید. سپس مطابق اسکرین های پیوست ابزار را نصب کنید. دقت کنید که بایستی در پایان مراحل نصب با موفقیت بر روی اسکرین پایانی نشان داده شود.
🆔🧬 @IRBioinformatics
👍6
msys2-x86_64-20231026.exe
83.8 MB
فایل نصبی MSYS2 نسخه قابل نصب بر روی سیستم عامل 32 و 64 بیتی:
در صورتی که برای اولین بار است که می خواهید یکی از توزیع های لینوکس را به صورت مجازی نصب کنید، حتما از فایل exe. نرم افزار Qeum استفاده کنید و از این فایل صرفا برای زمانی استفاده کنید که مهارت لازم در کار با ماشین های مجازی و ماهیت رفتار پارالل آنها در کنار سیستم های عامل دیگر را بدست آورده باشید.
🆔🧬 @IRBioinformatics
در صورتی که برای اولین بار است که می خواهید یکی از توزیع های لینوکس را به صورت مجازی نصب کنید، حتما از فایل exe. نرم افزار Qeum استفاده کنید و از این فایل صرفا برای زمانی استفاده کنید که مهارت لازم در کار با ماشین های مجازی و ماهیت رفتار پارالل آنها در کنار سیستم های عامل دیگر را بدست آورده باشید.
🆔🧬 @IRBioinformatics
👍6
طریقه نصب (بخش دوم):
بعد از نصب MSYS2 اکنون بایستی کتابخانه های ضروری برای اجرای نرم افزارهایی ک می خواهید نصب کنید را در قالب libهای جدید در MSYS2 وارد کنید. برای این کار بایستی این ابزار را اجرا کنید و سپس در مرحله بعد از دستور pacman مطابق با چانک کدهای زیر آنها را نصب و بروزرسانی نمایید:
به عنوان مثال کامپیلر GCC را به طریق زیر می توانید در ترمینال MSYS2 نصب کنید و سپس فراخوانی کنید و مطمن شوید ایا نصب صحیح بوده است یا نه
2- اکنون برای نصب Qeum به صورت زیر عمل کنید:
الف) برای نصب QEUM ورژن 32 بیتی در ویندوز 7 : کامند 1
ب) برای نصب Qeum ورژن 64 بیتی در ویندوز 7: کامند 2
پ) برای نصب Qeum ورژن 64 بیتی در ویندوز 8 ب بالا: کامند 3:
دقت داشته باشید برخی از بسته های نرم افزاری موردنیاز برای راه اندازی صحیح Qeum با استفاده از MSYS2 بایستی به صورت مستقل نصب شوند. از طریق این لینک می توانید لیست بسته ها را ببینید و برای نصب آنها با توجه به نیاز خود اقدام کنید
دقت داشته باشیدQeum و MSYS2 برای کاربران ادوانس سیستم های عامل دارای مزیت های منحصربه فردی هستند که ممکن است کاربران عادی آن را درک نکنند، در نتیجه برای یادگیری صبور باشید و سعی کنید حتی المقدور فایل راهنمای ابزارها یا بروشورها یا کلیپ های آموزشی مربوط به آنها را مشاهده و مطالعه کنید تا در این زمینه به مهارت کافی برسید.
🆔🧬 @IRBioinformatics
بعد از نصب MSYS2 اکنون بایستی کتابخانه های ضروری برای اجرای نرم افزارهایی ک می خواهید نصب کنید را در قالب libهای جدید در MSYS2 وارد کنید. برای این کار بایستی این ابزار را اجرا کنید و سپس در مرحله بعد از دستور pacman مطابق با چانک کدهای زیر آنها را نصب و بروزرسانی نمایید:
به عنوان مثال کامپیلر GCC را به طریق زیر می توانید در ترمینال MSYS2 نصب کنید و سپس فراخوانی کنید و مطمن شوید ایا نصب صحیح بوده است یا نه
$ pacman -S mingw-w64-ucrt-x86_64-gcc
# check package version
$ gcc --version
#to update packages:
$ pacman -Syu
2- اکنون برای نصب Qeum به صورت زیر عمل کنید:
الف) برای نصب QEUM ورژن 32 بیتی در ویندوز 7 : کامند 1
ب) برای نصب Qeum ورژن 64 بیتی در ویندوز 7: کامند 2
پ) برای نصب Qeum ورژن 64 بیتی در ویندوز 8 ب بالا: کامند 3:
#command 1
$ pacman -S mingw-w64-i686-qemu
#command2
$pacman -S mingw-w64-x86_64-qemu
#command3
pacman -S mingw-w64-ucrt-x86_64-qemu
دقت داشته باشید برخی از بسته های نرم افزاری موردنیاز برای راه اندازی صحیح Qeum با استفاده از MSYS2 بایستی به صورت مستقل نصب شوند. از طریق این لینک می توانید لیست بسته ها را ببینید و برای نصب آنها با توجه به نیاز خود اقدام کنید
دقت داشته باشیدQeum و MSYS2 برای کاربران ادوانس سیستم های عامل دارای مزیت های منحصربه فردی هستند که ممکن است کاربران عادی آن را درک نکنند، در نتیجه برای یادگیری صبور باشید و سعی کنید حتی المقدور فایل راهنمای ابزارها یا بروشورها یا کلیپ های آموزشی مربوط به آنها را مشاهده و مطالعه کنید تا در این زمینه به مهارت کافی برسید.
🆔🧬 @IRBioinformatics
👍6
نصب پایتون در MSYS2:
دوستانی که میخان از پایتون در یک محیط تلفیقی bash/py استفاده کنن، نیاز نیست حتما فضای زیای برای ارتقا سخت افزاری در نظر بگیرن، کافیه پایتون رو در محیط msys2 نصب کنید با دستورات زیر و با تلفیقش با ماشین مجازی Qeum و همچنین سیستم عامل لینوکسی ک روش نصب می کنین کارای محاسبات زیستیتون رو انجام بدین
اکنون پایتون نصب شده است و می توانید برای کار خود استفاده کنید.
🆔🧬 @IRBioinformatics
دوستانی که میخان از پایتون در یک محیط تلفیقی bash/py استفاده کنن، نیاز نیست حتما فضای زیای برای ارتقا سخت افزاری در نظر بگیرن، کافیه پایتون رو در محیط msys2 نصب کنید با دستورات زیر و با تلفیقش با ماشین مجازی Qeum و همچنین سیستم عامل لینوکسی ک روش نصب می کنین کارای محاسبات زیستیتون رو انجام بدین
# Install python using pacman
$ pacman -S mingw-w64-x86_64-python
#Then select "yes",
اکنون پایتون نصب شده است و می توانید برای کار خود استفاده کنید.
🆔🧬 @IRBioinformatics
👍6
معرفی نرم افزار
نرم افزار Circos یکی از بهترین و کاربردی ترین ابزارها برای ترسیم انواع نقشه های مقایسه ای در زمینه های ژنومی، ترانسکریپتومی و متابولومی است. این نرم افزار به صورت کدهای باینری برای سیستم عامل لینوکس و ویندوز توسعه یافته است، اما با این حال استفاده از آن در سیستم عامل لینوکس خروجی های به مراتب بهتر و کاربردی تری ایجاد می نماید. در ادامه می توانید آخرین بیلد circos را دانلود نمایید. دقت داشته باشید در حال حاضر سرور اصلی ارائه دهنده نرم افزار با خطا مواجه شده است و فایل زیر فایل آرشیوی نرم افزار circos است که توسط گروه ادمین این کانال بارگذاری می شود.
برای نصب این ابزار بایستی به صورت زیر عمل کنید:
نرم افزار Circos یکی از بهترین و کاربردی ترین ابزارها برای ترسیم انواع نقشه های مقایسه ای در زمینه های ژنومی، ترانسکریپتومی و متابولومی است. این نرم افزار به صورت کدهای باینری برای سیستم عامل لینوکس و ویندوز توسعه یافته است، اما با این حال استفاده از آن در سیستم عامل لینوکس خروجی های به مراتب بهتر و کاربردی تری ایجاد می نماید. در ادامه می توانید آخرین بیلد circos را دانلود نمایید. دقت داشته باشید در حال حاضر سرور اصلی ارائه دهنده نرم افزار با خطا مواجه شده است و فایل زیر فایل آرشیوی نرم افزار circos است که توسط گروه ادمین این کانال بارگذاری می شود.
برای نصب این ابزار بایستی به صورت زیر عمل کنید:
#Unzip the circos source code
$ tar xvfz circos-x.xx.tgz
$ cd circos-x.xx
$ ./install
👍4
circos-master.zip
41.6 MB
نرم افزار Circos بیلد سیستم عامل های مبتنی بر یونیکس. ترجیحا در اوبنتو یا مینت یا lubuntu این فایل اجرا شود. در توزیع فدورا و دبیان به دلیل ناسازگاری کدهای ابزار با نسخه perl نصب شده در این سیستم های عامل امکان اجرای صحیح برنامه وجود ندارد.
🆔🧬 @IRBioinformatics
🆔🧬 @IRBioinformatics
👍4
نکته 1
اگر به هر دلیلی نتوانستید نرم افزار circos را نصب و اجرا نمایید، می توانید از جایگزین دیگری که شبیهcircos است اما با محدودیت منوها و همچنین با کیفیت گرافیک پایینتر که تحت جاوا نوشته شده است استفاده کنین.نرم افزار Jcircos رایگان است، یک نرم افزار مبتنی بر جاوا است، اساسا به صورت open-source ارائه شده است اما در مقایسه با circos دارای محدودیت های فراوانی است و صرفا می توان با استفاده از این ابزار پلات های محدودی را ترسیم نمود. با این حال برای انجام پروژه های کلاسی، مقایسات کلی، ژنومیکس مقایسه ای و ... این مورد مناسب است. فایل Jcircos رو در ادامه براتون میزاریم ولی دقت داشته باشین این نرم افزار تحت جاوا هستش و اگر کانفیگ های جاوای سیستمون به درستی کار نمیکنن یا قدیمی هستن، ممکنه ناسازگاری سیستم عامل و ران این برنامه ببینین. به خاطر همین به شما توصیه می کنیم نرم افزار جاوا 8 یا 21 بر روی سیستم عامل خود که در ادامه قراش دادیم نصب کنید.
نکته 2
این پست ها رو برای دوستاتون هم بفرستین و فایل های این کانال منتشر بدین تا با کمک هم بتونیم چیزای زیادی یاد بگیریم و هزینه و وقت زیادی برای یادگیری نزاریم و با دسترسی به بهترین سورس ها و ابزارها کارهای محاسباتیمون رو خودمون راه بندازیم. ازتون ممنونیم اگر در انتشار این مطالب به ما کمک کنید
🆔🧬 @IRBioinformatics
اگر به هر دلیلی نتوانستید نرم افزار circos را نصب و اجرا نمایید، می توانید از جایگزین دیگری که شبیهcircos است اما با محدودیت منوها و همچنین با کیفیت گرافیک پایینتر که تحت جاوا نوشته شده است استفاده کنین.نرم افزار Jcircos رایگان است، یک نرم افزار مبتنی بر جاوا است، اساسا به صورت open-source ارائه شده است اما در مقایسه با circos دارای محدودیت های فراوانی است و صرفا می توان با استفاده از این ابزار پلات های محدودی را ترسیم نمود. با این حال برای انجام پروژه های کلاسی، مقایسات کلی، ژنومیکس مقایسه ای و ... این مورد مناسب است. فایل Jcircos رو در ادامه براتون میزاریم ولی دقت داشته باشین این نرم افزار تحت جاوا هستش و اگر کانفیگ های جاوای سیستمون به درستی کار نمیکنن یا قدیمی هستن، ممکنه ناسازگاری سیستم عامل و ران این برنامه ببینین. به خاطر همین به شما توصیه می کنیم نرم افزار جاوا 8 یا 21 بر روی سیستم عامل خود که در ادامه قراش دادیم نصب کنید.
نکته 2
این پست ها رو برای دوستاتون هم بفرستین و فایل های این کانال منتشر بدین تا با کمک هم بتونیم چیزای زیادی یاد بگیریم و هزینه و وقت زیادی برای یادگیری نزاریم و با دسترسی به بهترین سورس ها و ابزارها کارهای محاسباتیمون رو خودمون راه بندازیم. ازتون ممنونیم اگر در انتشار این مطالب به ما کمک کنید
🆔🧬 @IRBioinformatics
👍4
J-Circos.v3.zip
243.8 MB
نرم افزار تحت جاوا Jcircos جایگزین Circos برای دوستانی که برنامه نویسی تحت یونیکس نمیدونن و تا الان توی محیط لینوکس هیچ کدی نزدن. فایل راهنما و چیزای دیگه هم توی این فایله هستش. میتونین ازش استفاده کنین. بازم تاکید می کنیم این مورد کار راه بندازه ولی از لحاظ کیفیتی قابل مقایسه با Circos اصلی نیست
🆔🧬 @IRBioinformatics
🆔🧬 @IRBioinformatics
👍4
معرفی mummer2circos
البته برای دوستای میکروبیولوژیست و بیوتکنولوژیستمون که پانژنوم کار میکنن و اساسا نیاز دارن ژنومیکس مقایسه ای بزرگ با داده های ژنومی خیلی بزرگ انجام بدن کار با circos ممکنه براشون یکمی دشوار باشه، با توجه به اینکه ژنوم باکتریا فقط ی دونه کروموزوم حلقوی هستش و نمیشه مثل ژنوم یوکاریوت ها براش پارامترهای پلات circos رو درنظر گرفت میشه در عوض خروجی متاژنوم مقایسه ای رو با mummer2circos نشون داد. این بسته تحت کوندا هستش و بعد از نصب کوندا میتونین اون رو به طریق زیر نصب و ران کنین و بعدش ازش لذت ببرین...
🆔🧬 @IRBioinformatics
البته برای دوستای میکروبیولوژیست و بیوتکنولوژیستمون که پانژنوم کار میکنن و اساسا نیاز دارن ژنومیکس مقایسه ای بزرگ با داده های ژنومی خیلی بزرگ انجام بدن کار با circos ممکنه براشون یکمی دشوار باشه، با توجه به اینکه ژنوم باکتریا فقط ی دونه کروموزوم حلقوی هستش و نمیشه مثل ژنوم یوکاریوت ها براش پارامترهای پلات circos رو درنظر گرفت میشه در عوض خروجی متاژنوم مقایسه ای رو با mummer2circos نشون داد. این بسته تحت کوندا هستش و بعد از نصب کوندا میتونین اون رو به طریق زیر نصب و ران کنین و بعدش ازش لذت ببرین...
🆔🧬 @IRBioinformatics
👍7