اولین و مهمترین چیزی که توی هر آنالیزی بخصوص آنالیزهای بیوانفورماتیکی ترانسکریپتومی مهمه اینکه که داده هایی که برای پردازش هاتون استفاده می کنین حتما از یک کیفیت خوب و معقولی برخوردار باشن وگرنه تو مرحله پردازش تصاویر و همچنین گرفتن خروجی با مشکل مواجه میشین. برای رفع این خطاها بایستی حتما مرحله کنترل کیفیت رو با دقت انجام بدین و از این طریق ارزش کارتون رو بیشتر کنین
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
👍7
بهترین تجربه ای که میتونم باهاتون در رابطه با مدل سازی پروتئین ها به اشتراک بزارم اینکه انتخاب ابزار مدل سازی و الگوریتم مدلینگ تاثیر خیلی زیادی روی کیفیت کار شما داره. درسته کلی ابزار توی اینترنت ریخته و شما توالی آمینواسیدیتون رو بهشون بدین در نهایت یه چیزی تحویلتون میدن، اما با این حال هر مدل پروتئینی که میسازین حتما باید یه استانداردهایی داشته باشه فولدینگ هاش، ساختارهای ثانویش، زوایای خمش اتم ها و... همه و همه باید با دقت در مدل قرار بگیره. اگر ابزار نامناسب و روش نامناسب تر برای مدلینگ پروتئین انتخاب کنین قاعدتا نمی تونین یک مدل خیلی خوب طراحی کنین و از اون برای کارتون در آنالیز های بعدی استفاده کنین. پس یادتون باشه ابزاری که انتخاب می کنین حتما و حتما از یک دیتابیس اکسپریمنتال پشتیبانی کنه که بتونین ی مدل دقیق بدست بیارین از توالی یک پروتئین
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
👍8
یه نکته دیگه هم باهاتون به اشتراک بزاریم و اون اینکه موقعی که با R میخواین باکس پلات بکشین و می خواین p-valueها رو بهش اضافه کنین یادتون باشه که گاها R مقدار P-value ها رو اشتباه میزنه. شما بایستی حتما از قبل به R کامند آماری مناسب رو بدین که متناسب با آون دیتاهاتون باهم مقایسه کنه و مقدار صحیح p-valueها رو به هر باکس پلات شما اضافه کنه. اگر این کار نکنین تفسیرتون با خطا مواجه میشه و ممکنه به دلیل نرمالیز نشدن داده هاتون کلا نتیجه مقایسات آماریتون اشتباه بشه. حتما حتما این مورد رو موقع ترسیم باکس پلات ها -بخصوص موقعی که میخواین t-test یا مقایسات مشابه انجام بدین- مدنظر داشته باشید.
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
با ما همراه باشید
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
👍9
بسته نرم افزار ggmsa در R
این بسته نرم افزاری یکی از بهترین ابزارهای مبنتی بر R برای مقایسه همردیفی توالی های زیستی با یکدیگر است. با استفاده از این بسته می توان به راحتی صدها توالی را با یکدیگر مقایسه کرد و در نهایت گراف هایی با کیفیت فوق العاده عالی برای چاپ در مقالات تولید کرد.
شیوه نصب: در ترمینال R یا RSTUDIO کد زیر را اجرا کنید:
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
این بسته نرم افزاری یکی از بهترین ابزارهای مبنتی بر R برای مقایسه همردیفی توالی های زیستی با یکدیگر است. با استفاده از این بسته می توان به راحتی صدها توالی را با یکدیگر مقایسه کرد و در نهایت گراف هایی با کیفیت فوق العاده عالی برای چاپ در مقالات تولید کرد.
شیوه نصب: در ترمینال R یا RSTUDIO کد زیر را اجرا کنید:
if (!requireNamespace("devtools", quietly=TRUE)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("YuLab-SMU/ggmsa")با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
14 ژانویه 2024
👍7
همیشه وقتی یک کار علمی انجام میدین خیلی خیلی زیاد روی خروجی هاتون وقت بزارین. بخصوص اگر تو حوزه سیستم بیولوژی و بیوانفورماتیک کار میکنین خروجی های شما بایستی دارای کیفیت مطلوبی باشن در غیر این صورت نتایج زحمت شما به درستی دیده نمیشه. به عنوان داور خیلی از ژورنالای معتبر علمی همیشه میبینم نویسندگانی رو خیلی زیاد وقت گذاشتن کاری ور انجام دادن ولی افسوس از شیوه آنالیز و خروجی گرفتنشون! و وقتی مقاله یا گزارششون رد میشه میگن چرا این ژورنال با ایرانیا لجه! اصلا هم اینطور نیست، وقتتون رو روی انالیزا و نحوه پردازش داده هاتون بزارین تا بتونین خروجی های با کیفیتی تولید کنین و اینطوری شانس پذیریش مقالات بیوانفورماتیک خود را بالا ببرید.
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024
❤5👍1
example_6agt_symmetric.gif
15.8 MB
نکته مهم و کاربردی که در مطالعات زیستی محاسباتی خیلی میتونه به شما کمک کنه اینه که وقتی یک کار محاسباتی انجام میدین صرفا به نتیجه یه ابزار توجه نکنین و همیشه سعی کنین الگوریتم های مختلف رو تست کنین تا بتونین به بهترین نحو ممکن کاربردی ترین الگوریتمی که میتونه کارتون ساپورت کنه و خروجی قابل اعتماد تری به شما میده رو انتخاب کنید. در این حالت هستش که کار محاسباتی شما با ارزشه و خروجی ممتازی به شما میده وگرنه اینکه چارتا فایل با ی نرم افزار روی هم بندازین که نشد خروجی جانم، باید حتما کارتون هدف دار باشه و از یک رویه منطقی پیگیری کنه، بخصوص در برهمکنش داروها، علف کش ها، سموم و ... با پروتئین ها...
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024
👍4
تو برهمکنش های پروتئین-پروتئین سطح پروتونیشن دوتا ساختاری ک میخاین باهم اینترکشن بدین خیلی مهمه. خیل وقتا ممکنه اتم های هیدروژن و بارهای قطبی زنجیره جانبی آمینو اسیدها به درستی در ساختمان یک پروتئین قرار نگرفته باشن و بعد از مدلینگ وقتی بخاین برای شبیه سازی برهمکنشا ازشون استفاده کنین حتما حتما بایستی پروتونه کنین ساختارهاتون رو. این کار به جهت گیری صحیح دوتا مولکول به همدیگه کمک میکنه و باعث میشه یک برهمکنش خوب و موفق داشته باشین. نکته کلیدی که بایستی بهش توجه کنین اینکه قبل از انجام هر پروژه محاسباتی حتما حتما راجبش خوب مطالعه کنین و بعد برین سراغ ابزارها چون اگه دانش تئوری خوبی نداشته باشین در درک جزئیات میمونین و اینطوری کارتون سخت میشه. پس یادتون باشه اول مطالعه بعد کار...
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024،13:52
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024،13:52
👍4
وقتی میخواین برهمکنش پپتیدها یا پرتئین های کوچیک رو با دمین های میان غشایی بررسی کنین حتما یادتون باشه تهیه توپولوژی صحیح برای اینکار خیلی مهمه چون اگر این مورد رو انجام ندیدن خروجی برهمکنشتون اصلا درست از آب در نمیاد. شما بایستی اول ماهیت لیگاند و رسپتوری که میخاین روش کارکنین رو درک کنین، بعدش برای شبیه سازی برهمکنش اونا در غشا از یک توپولوژی مستعد برای مولکول های دربرگیرنده غشا استفاده کنین و بعدش در نهایت با انتخاب ابزار صحیح برهمکنش بین پپتید و دامین ترانسممبرن رو انجام بدین. تو اینطور پروژه ها انتخاب ابزار یه موضوعه، انتخاب توپولوژی صحیح لیگاند و رسپتور ی موضوع دیگه و درک ماهیت برهمکنش هم موضوع غایی و نهایی. حتما در برهمکنش هایی از این دست با دقت به همه جوانب پروژه دقت کنید و بعد اقدام به تفسیر نتایج و انتشار اونا در قالب مقاله علمی بکنید...
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024، 14:02
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024، 14:02
👍5
معرفی کتاب
عنوان:Coding for Beginners – 17th Edition, 2024
موضوع: برنامه نویسی پایتون و c++
سطح : مقدماتی
تعداد صفحات: 98 تمام رنگی
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024، 14:27
عنوان:Coding for Beginners – 17th Edition, 2024
موضوع: برنامه نویسی پایتون و c++
سطح : مقدماتی
تعداد صفحات: 98 تمام رنگی
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024، 14:27
👍6
Coding_for_Beginners_-_17th_Edition_2024.pdf
61.4 MB
معرفی کتاب
عنوان:Coding for Beginners – 17th Edition, 2024
موضوع: برنامه نویسی پایتون و c++
سطح : مقدماتی
تعداد صفحات: 98 تمام رنگی
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024، 14:28
عنوان:Coding for Beginners – 17th Edition, 2024
موضوع: برنامه نویسی پایتون و c++
سطح : مقدماتی
تعداد صفحات: 98 تمام رنگی
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024، 14:28
👍6
دانلود آخرین ورژن آناکوندا برای پلتفرم های مختلف
ویندوز
نسخه گرافیکی بیلد 2023 ویندوز 64 بیتی
مکینتاش
1- نسخه گرافیکی بیلد 2023 مک 64 بیتی
2- نسخه کامندی بیلد 2023 مک 64 بیتی
3- نسخه M1 گرافیکی بیلد 2023 مک 64 بیتی
4- نسخه کامندی M1 بیلد 2023 مک 64 بیتی
لینوکس
1- لینوکس 64 بیتی اوبنتو و توزیع های مبتنی بر آن
2- نسخه لینوکس power8 و power 9
3- نسخه Aws gravitation لینوکس
4- نسخه لینوکس IBM
برای دانلود این نسخه ها کافی است لینک هر نسخه را در نرم افزار دانلود منجر وارد کنید و آن را دانلود نمایید. با توجه به حجیم بودن فایل ها از دانلود آنها با گوشی خوداری کنید.
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024، 20:31
ویندوز
نسخه گرافیکی بیلد 2023 ویندوز 64 بیتی
مکینتاش
1- نسخه گرافیکی بیلد 2023 مک 64 بیتی
2- نسخه کامندی بیلد 2023 مک 64 بیتی
3- نسخه M1 گرافیکی بیلد 2023 مک 64 بیتی
4- نسخه کامندی M1 بیلد 2023 مک 64 بیتی
لینوکس
1- لینوکس 64 بیتی اوبنتو و توزیع های مبتنی بر آن
2- نسخه لینوکس power8 و power 9
3- نسخه Aws gravitation لینوکس
4- نسخه لینوکس IBM
برای دانلود این نسخه ها کافی است لینک هر نسخه را در نرم افزار دانلود منجر وارد کنید و آن را دانلود نمایید. با توجه به حجیم بودن فایل ها از دانلود آنها با گوشی خوداری کنید.
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024، 20:31
👍4
نصب مینی کوندا
مینی کوندا یکی از نسخه های limited اناکوندا است که کم حجم تر از آن است و برای کارهای محاسباتی بیشتر کاربرد دارد، بخصوص برای کاربرانی که فضای ذخیره محدود تری در لینوکس دارن. برای نصب مینی کوندا به ترتیب کامندهای زیر را در ترمینال لینوکس یا مک خود وارد کنید
در صورتی که با باز شدن ترمینال نمی خواهید کوندا همزمان اجرا شود دستور زیر را در ترمینال خود وارد کنید
پس از انجام این مراحل کوندا به راحتی بر روی لینوکس شما نصب می شود و می توانید استفاده کنید
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024، 20:44
مینی کوندا یکی از نسخه های limited اناکوندا است که کم حجم تر از آن است و برای کارهای محاسباتی بیشتر کاربرد دارد، بخصوص برای کاربرانی که فضای ذخیره محدود تری در لینوکس دارن. برای نصب مینی کوندا به ترتیب کامندهای زیر را در ترمینال لینوکس یا مک خود وارد کنید
$ curl -sL \
"https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh" > \
"Miniconda3.sh"
$ bash Miniconda3.sh
$ conda update conda
# to delete the source file run
$ rm Miniconda3.sh
در صورتی که با باز شدن ترمینال نمی خواهید کوندا همزمان اجرا شود دستور زیر را در ترمینال خود وارد کنید
$ conda init --reverse $SHELL
پس از انجام این مراحل کوندا به راحتی بر روی لینوکس شما نصب می شود و می توانید استفاده کنید
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
15 ژانویه 2024، 20:44
👍8
یکی از نکاتی که در طراحی کتابخانه های ترکیبات شیمیایی برای کارهای محاسباتی مثل بررسی اینتراکشن های پروتئین لیگاند و ... بایستی بهش توجه داشته باشید، انتخاب کنفورماسیون صحیح لیگاند برای برهمکنش با رسپتور هدف است. به طور کلی اگر شما هم مثل ما بیشتر از فایل های SMILES برای تهیه کتابخانه های شیمیاییتون استفاده میکنین بایستی بدونین که به طور کلی سه جور فایل SMILES در دیتابیس های ترکیبات شیمیای هستش:
unique SMILES or canonical SMILES
isomeric SMILES
absolute SMILES
اولی حالت ایزومری عمومی اون ترکیب در بر میگیره
دومی ایزومرهای مختلف اون ترکیب در بر میگیره
سومی که به ندرت در دیتابیس ها یافت میشه عموما پایدارترین ایزومر اون ترکیب رو شامل میشه. در صورتی که ترکیبات شما دارای حالت های کنفورماسیونی مختلفی هستند، توصیه ما استفاده از isomeric SMILES است تا بهترین نتیجه رو داشته باشین. در غیر اینصورت از unique SMILES استفاده کنید
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
17 ژانویه 2024، 20:34
unique SMILES or canonical SMILES
isomeric SMILES
absolute SMILES
اولی حالت ایزومری عمومی اون ترکیب در بر میگیره
دومی ایزومرهای مختلف اون ترکیب در بر میگیره
سومی که به ندرت در دیتابیس ها یافت میشه عموما پایدارترین ایزومر اون ترکیب رو شامل میشه. در صورتی که ترکیبات شما دارای حالت های کنفورماسیونی مختلفی هستند، توصیه ما استفاده از isomeric SMILES است تا بهترین نتیجه رو داشته باشین. در غیر اینصورت از unique SMILES استفاده کنید
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
17 ژانویه 2024، 20:34
👍7
میدونستی تلگرام از ارز جدیدش رونمایی کرده و فقط با بازی کردن میتونی استخراجش کنی و ثروتمند بشی؟
برو توو رایگان بازی کن و سکه بگیر تا معادل اون رو بهت ارز بده👇
https://news.1rj.ru/str/notcoin_bot?start=rp_15727706
برو توو رایگان بازی کن و سکه بگیر تا معادل اون رو بهت ارز بده👇
https://news.1rj.ru/str/notcoin_bot?start=rp_15727706
Telegram
Notcoin
Probably nothing
انتخاب پکیج مناسب برای انالیز فولدینگ RNA در حالتی که کاربر انالیزهای ژنومی و ترانسکریپتومی انجام میده خودش یکی از چالش هایی هستش که بیشتر دانشجوای رشته های مولکولی و بیوتک ممکنه باهاش اکنون یا در اینده در گیر باشن. دقت کنید که با توجه به ناپایداری RNA هر ابزاری که برای فولدینگش انتخاب میشه بخصوص برای حالتی که میخاین خروجی بیوانفورماتیک بگیرین حتما بایستی ابزار شما از استانداردهای لازم برخوردار باشه. اینکه دیتاست بیس خوبی داشته باشه، مقبولیت عمومی داشته باشه،قبلا نتایج زیادی باهاش گزارش شده باشه و مهمتر از همه گراف های قابل پردازش و با کیفیت بالا از خروجی هاش ایجاد بشه. همه اینا باعث میشه که کار شما دیده بشه. پس حتما دقت کنین در انتخاب ابزارهایی ک برای فولدینگ RNA به کار می برین...
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
17 ژانویه 2024، 9:22
با ما همراه باشید.
🧬@IRBioinformatics
استفاده از مطالب با ذکر منبع بلامانع است
17 ژانویه 2024، 9:22
❤5👍2🔥1