معرفی نرم افزار: VTX
یکی از ابزارهای گرافیکی برای نشان دادن خروجی های مدلینگ به همراه فیچرهای ارزیابی فایل های دینامیک مولکولی که اخیرا توسعه یافته است نرم افزار VTX می باشد. در این ابزار می توانید با یک ویوو دقیق تر وضعیت سه بعدی ساختار خود را مشاهده کنید. این ابزار دارای پشتیبانی قوی از انواع فرمت های زیستی است.
دانلود نسخه ویندوز 64 بیتی
دانلود نسخه لینوکس 64 بیتی
دانلود نسخه ویندوزی به همراه فایل راهنما از سایت گیت هاب

این ابزار رایگان است و نیازی به نصب لایسنس ندارد.
🧬@IRBioinformatics

هر تصویری که برای پروژه هاتون انتخاب میکنین برایند میزان تلاشی هستش که برای تهیه اون تصویر یا خروجی کردین. اگر صرفا به یک تصویر ساده با کیفیت پایین بسنده کنین، در این حالت هیچ وقت نمیتونین خروجی های خیلی عالی درست کنین و همیشه به خاطر این مورد ممکنه کارهاتون دیده نشه. در نیتجه سعی کنین همیشه بهترین ابزار برای طراحی و ترسیم الگوی گرافیکی کارتون انتخاب کنین
🧬@IRBioinformatics

معرفی ابزار: Mols2Grid
ابزار Mols2Grid یک ابزار نمایش مولکولی ساده و رایگان بر مبنای بسته نرم افزاری RdKit است که برای مشاهده ساختار دو بعدی ترکیبات شیمیایی مورد استفاده قرار می گیرد. اگر می خواهید یک شمای بسیار با کیفیت و حرفه ای از لیگاندهای شیمیایی خود ایجاد کنید می توانید از این بسته نرم افزاری رایگان استفاده کنید. برای استفاده از آن بایستی فایل دو بعدی ساختارهای خود در فرمت sdf یا SMILES را داشته باشید.
دانلود آخرین ورژن نرم افزارMols2Grid
🧬@IRBioinformatics

معرفی دیتابیس Phytozome:
دیتابیس فیتوزوم یک پایگاه داده اختصاصی برای ژنوم های توالی یابی شده گیاهی است که می توان از این ژنوم ها به عنوان رفرنس در مپینگ داده های RNASeq، مطالعات ژنومی و ... استفاده کرد. این پایگاه داده رایگان است و برای استفاده از آن بایستی حتما یک اکانت تهیه کنید. داده هایی که در این پایگاه داده قرار دارد عمدتا داده های مناسبی برای کارهای ژنومی هستند و در این وبسایت می توانید انواع ورژن های مختلف داده های ژنومی گیاهی را پیدا کنید.
دوستانی که در رشته های بیوتک کشاورزی، اصلاح نباتات، زراعت، ژنتیک گیاهی، مهندسی تولیدات گیاهی باغبانی و ... تحصیل می کنند می توانند اطلاعات کامل و کاربردی از این دیتابیس دریافت نمایند.
لینک ورود به این پایگاه داده
🧬@IRBioinformatics

یادمون باشه هیچ چیز در این دنیا ابدی نیست، اونقدر باید مهربون باشیم باهم که انگار فردایی نیست. اگر میخواهیم موفق باشیم باید حسادت و رقابت رو کنار بزاریم و بذر همیاری و مهربونی و همکاری در دلمون بکاریم‌. تا وقتی میتونیم و توانش داریم به هم کمک کنیم تا بتونیم به اوج برسیم
🧬🆔@IRBioinformatics

سوال:
من دانشجوی ورودی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی هستم و علاقه مند به تحصیل در رشته بیوانفورماتیک هستم، چه زبان های برنامه نویسی باید یادبگیرم که کارایی بهتری داره و میخام پایان نامم هم RNA-seq انجام بدم، به نظرتون چطوری پلنم رو ببرم جلو:
درخواست کننده: علی دانشجوی کارشناسی ارشد بیوتک کشاورزی

پاسخ: دوست عزیز و ارجمند، ضمن تشکر از شما بابت ارسال این سوال. همانطور که می دانید رشته بیوانفورماتیک کاربردهای وسیعی داره و بایستی اول ببنید در چه زمینه ای از بیوانفورماتیک می خواید ادامه تحصیل بدید. مثلا اگر به مباحث پروتئینی علاقه دارید باید به سمت بیوانفورماتیک ساختاری برین و اگر به بحث ژن ها و ژنوم علاقه مند هستین بایستی وارد حوزه بیوانفورماتیک ژنومیکس و ترانسکریپتومیکس بشین. و اگر میخاین در حوزه متابولیت ها ادامه بدید قاعدتا باید متدولوژی های بیوانفورماتیکی در حوزه متابولومیکس را یاد بگیرید. اما به صورت کلی شما بایستی اطلاعات کافی و کاربردی در این زمینه داشته باشید. یعنی شما بایستی حتما اطلاعات کاربردی در سه زمینه پروتئوم، ژنوم، و متابولوم داشته باشین به صورت کلی. چون وقتی که می خواین به عنوان مثال روی یک ژنوم گیاهی کار کنین قاعدتا هم نیازه ماهیت پروتئین ها رو درک کنین و هم بحث متابولیت ها رو بلد باشید. در کل رفتن سمت بیوانفورماتیک به دو صورت هستش: یا اینکه میتونین یوزر بیوانفورماتیک قوی باشین: یعنی در کار با ابزارها به یک فرد متخصص تبدیل بشین، یا اینکه یک توسعه دهنده بیوانفورماتیکی قوی باشین: که در این صورت دیگه خودتون کد نویسی میکنین و انعطاف پذیری کارهایی که انجام میدین دست خودتون هستش.
ولی برای شروع و برای اینکه ابهامی نداشته باشید در کار، سعی کنید مرحله به مرحله جلو برید و اول مفاهیم و فرآیندهای کلی و تئوری رو یاد بگیرید و بعدش برین سراغ استپ های بعدی. در این صورت میتونین به یک فرد قوی در این زمینه تبدیل بشین. برای شرکت در آزمون بیوانفورماتیک هم باید بدونید که بچه های بیوتک کشاورزی میتونن شرکت کنن در آزمون بیوانفورماتیک دکترا ولی خب مستلزم این هستش شما با درس های پایه ای بیوانفورماتیکی مثل ساختمان داده، الگوریتم، ریاضیات گسسته و... آشنایی داشته باشید تا در آزمون قبول بشید. و نکته خیلی مهمتر از یادگیری زبان غافل نشید که اصل کار و کلید موفقیت شما هم همین مورد هستش. در خصوص برنامه نویسی هم ترجیحا پایتون و R رو باهم یاد بگیرید چون این دو زبان مکمل هم هستند و نمیتونین اونا رو تفکیک کنین. ی جاهایی مجبور میشین از پایتون استفاده کنین و کد R برای اون کار نیست و برعکس.
لذا حتما دوتا زبان رو باهم برنامه ریزی کنید یاد بگیرید و در کنار این ها شما بایستی مسلط به Bash noscripting هم باشید. چون برای انجام RNA-seq اکثر انالیزهاتون تو محیط لینوکسه، شما نیاز به کار با بش اسکریپتینگ هم دارین و در نهایت اینکه برخی ماژول های پایتون و R منحصرا توی لینوکس کار می کنن. بخصوص اینکه شما برای RNAseq باید کار با آناکوندا هم بلد باشید. توصیه ما به شما اینه اول مباحث تئوری رو یاد بگیرید، مفاهیم پایه R و پایتون رو یاد بگیرید. کار با لینوکس رو مسلط بشید. کار با bash رو یاد بگیرید ابزارها و نیازمندی های آنالیزی که برای پردازش داده هاتون نیاز دارین دسته بندی کنین و قدم به قدم برین جلو تا بتونین به هدفی که دارین برسین. و در نهایت بازهم تاکید می کنم از یادگیری زبان غافل نشید. شاه کلید موفقیت شما در این راه یادگیری زبان هستش که تفهیم مطالب رو براتون آسون می کنه...
🧬🆔@IRBioinformatics

سوال:
آیا می توان با یادگیری مباحث بیوانفورماتیکی (چه در حوزه بیوانفورماتیک ساختاری و چه در حوزه ژنومیکس و سایر حوزه ها) به صورت پاره وقت و فریلنسری کار گیر آورد؟ بعد از چند وقت آموزش و با چه درآمدی یادگیری مباحث بیوانفورماتیکی در سطح مقدماتی و پیشرفته میتونه کمک کننده باشه؟
درخواست کننده: علی دانشجوی کارشناسی ارشد بیوتک کشاورزی
پاسخ: دوست عزیزمون در ادامه سوال قبلیشون این مورد رو مطرح کردن و مشتاق هستند تا در این مورد به ایشون راهنمایی کنیم. اول از همه بایستی خدمت این دوست عزیزمون بگیم که داشتن درآمد از هر شاخه علمی وابستگی شدیدی به پشتکار، شایستگی، توانایی یادگیری، خلاقیت و نوآوری و همچنین درک نیازهای روز از مبحثی که کار می کنین داره. به عنوان مثال شما ممکنه سال ها در رشته کشاورزی درس بخونین ولی نتونین حتی طرح ساده آماری رو در مزرعه پیاده کنین. در خصوص مباحث بیوانفورماتیکی هم همین مورد صادقه. اول ببینین توانایی و استعداد شما در چه بخشی از بیوانفورماتیک هستش.
مثلا بدونین در چه حوزه ای خیلی قوی تر مباحث رو یاد میگیرین. به عنوان مثال شخصی ممکنه در ترانسکریپتومیکس قوی باشه ولی در انالیزهای ساختاری ضعیف باشه و برعکس. در نتیجه شما اول ببینین توانایی ذهنی و علمی شما به چه سمتی گرایش داره و بعد تمام تلاشتون رو بکنین که در اون زمینه قوی بشین. در خصوص پیدا کردن کار از طریق یادگیری مباحث بیوانفورماتیکی بایستی بگم خدمتتون- صرف نظر از سنتون و منبع درامدی که الان دارین، همیشه این احتمال وجود داره که شما یک کار خوب در حوزه بیوانفورماتیک داشته باشین. برای اینکار ابتدا بایستی یک رزومه برای خودتون درست کنین. اگر میخاین به صورت اکادمیک کار کنین، این یعنی اینکه نباید زیاد به پولش امیدوار باشین. چون تو خیلی از پروژه های اکادمیک تعامل دو طرفه ایجاد میشه و شما مثلا یک بخشی از یک پژوهش رو انجام میدین و ممکنه در اون کار ذینفع بشین، یا اگر نخواستین ذینفع بشین، اول کار میتونین مبلغ پیشنهادی خودتون رو ارائه بدین. اینجا منصف بودن و وجدان کاری خیلی مهمه. درسته طرف حسابتون ممکنه یک کاری از شما بخواد برای شما ساده باشه، ولی در نظر داشته باشید اون طرف خودش نتوسته انجام بده که برون سپاری کرده، در نتیجه شما همیشه برای اینکه مشتری های دائمی داشته باشین بایستی قیمت های منطقی بدین، مثلا نیاین برای انجام یک بلاست ساده تقاضای یک میلیون تومن کنید، بیاین قیمت واقعی رو بگین و کارتون با کیفیت انجام بدین تا پروژه های بیشتری به شما داده بشه.
نکته مهمتر اینه که سعی کنین حتما در کارتون صادق باشید و وقت شناس. این خیلی مهمه چرا که تاخیر در انجام یک پروژه ممکنه درآمد بعدی شما رو تحت الشعاع قرار بده. اخلاق مدار باشید. مثلا اگر یک خانم دانشجویی به شما مراجعه کرد، شما به عنوان استاد قراره کارش انجام بدین، لذا توی این مورد سعی کنین رابطه کاملا رسمی و اخلاقی داشته باشید با طرف مقابلتون و احساس امنیت و آرامشی که اون همکار نیاز داره در حین انجام پروژه رو ایجاد کنین. سعی کنین فقط سوال های کاربردی که به انجام موفق کار منتهی میشه بپرسین و به هیچ عنوان وارد حاشیه نشین. در خصوص مدت زمان آموزش هم بایستی خدمتتون بگم که هیچ وقت با یک ماه یکسال دوسال و... فرآیند اموزش شما تموم نمیشه. مایی که 12 ساله داریم کار میکنم هر روز در حال یادگیری هستیم تا کارمون به نحو احسن انجام بدیم و طرف مقابلمون شدیدا از کارمون راضی باشه و کار با کیفیت و بدون ایرادی تحویل بدیم. در نتیجه اگر میخاین درامد ثابت و پایداری داشته باشید حتما حتما آموزش های روزمره رو داشته باشید و همیشه در حال مطالعه و یادگیری باشید. بسته به سطح تواناییتون توی زمینه بیوانفورماتیک میتونین درامدهای مختلفی داشته باشین ولی اگر در لول ادوانس باشین قاعدتا درآمدهای شما از پروژه های مرتبط خیلی بالاتر هستش و باید روی درامدهای بالای 40 میلیون تومان متمرکز بشید ولی در لول های پایین تر ممکنه درامد شما بین 10 تا 15 میلیون متغییر باشه. در نتیجه همه چی بستگی به توانایی و عملکرد شما داره. در کل درآمد شما متاثر از چند مولفه شامل، توانایی شما در یادگیری، سطح زبانتون، آشنایی کامل با مباحث پایه بیوانفورماتیکی، سطح برنامه نویسی با آر و پایتون، و همچنین روابط عمومی خوب و مناسب داره. مطمن باشید هیچ وقت از یادگیری مبحثی به صورت تخصصی ضرر نمی کنید و اگر تلاش کنید حتما به درآمد منطقی و قابل قبولی می رسید.
🧬🆔@IRBioinformatics

سوال:
من دانشجوی ترم اخر رشته میکروبیولوژی در مقطع ارشد هستم و پایان نامم روی باکتری های بیماری زای سالمونلا هستش. به چه صورت می تونم کار بیوانفورماتیکی توی کارم داشته باشم و اینکه ایا یادگیری مباحث بیوانفورماتیکی به درد آینده شغلی من میخوره؟ من میخوام فعلا در یک کار آزمایشگاهی مشغول بشم و ایا یادگیری این مباحث در درآمد من تاثیر داره؟
درخواست کننده: میترا دانشجوی کارشناسی ارشد میکروبیولوژی
پاسخ:
ممنون از این دوست عزیز بابت ارسال این سوال به تیم کانال. بایستی خدمت شما عرض کنم که در حوزه میکروبی بایستی شما بر روی ژنومیکس باکتری ها مسلط بشین و به صورت حرفه ای کار با ژنوم ها و پروتئوم های باکتریایی رو بلد باشین. این مورد مستلزم این هستش که درک قوی و درستی از پانژنومیکس و متاژنومیکس داشته باشین. در صورتی که ابتدا مباحث تئوری را خوب یاد بگیرید و سپس اقدام به یادگیری ابزارها نمایید، با توجه به اینکه کارهای متاژنومی و پانژنومی را می توانید در خانه هم بر روی یک سیستم عامل لینوکس با کانفیگ سخت افزاری متوسط انجام دهید، قاعدتا نقطه قوت شما خواهد بود این مورد در نتیجه در کیفیت کار شما تاثیر گذار است و مدیر شما در صورتی که خلاقیت شما در این زمینه را ببیند قاعدتا بایستی برای شما تفاوت محسوسی در مقایسه با سایر کارشناسان لحاظ کند. حتی اگر در محیط کار نتوانید از این مهارت استفاده کنید، می توانید به صورت مستقل پروژه بردارید و از این پروژه ها برای درآمد زایی استفاده کنید. آینده شغلی شما بستگی به فاکتورهای زیادی داره که یکی از اونها مهارت های خاصی هستش که شما می تونید داشته باشید. در نتیجه یادگیری مباحث بیوانفورماتیکی برای شما می تونه مثل یک مهره کلیدی تلقی بشه که در نهایت پس از یادگیری و پیدا کردن تخصص در این زمینه می توانید یک منبع درآمد ثابت در کنار کار خود داشته باشید.

در صورتی که در آزمایشگاهی که می خواهید مشغول شوید انجام کارهای بیوانفورماتیک در کنار سایر پروژه ها از اهمیت برخودار است و به عنوان مزیت تلقی می شود، شما بایستی 3 تا 6 ماه صرف یادگیری مباحث بیوانفورماتیکی مربوطه نمایید و در نهایت از اونا در کار خود استفاده کنید. توجه داشته باشید که به صورت تخصصی کار کنید و فرضا اگر روی باکتری های سالمونلا کار می کنید در همین زمینه تخصص بیوانفورماتیکی پیدا کنید تا بتوانید با قدرت بیشتری از آموزه های علمی و عملی خود در جهت افزایش درآمد خود استفاده کنید. اگر به مباحث دیگر بیوانفورماتیک علاقه دارید و در حال حاضر هیچ پس زمینه ای از کارهای بیوانفورماتیکی ندارید، بهتر است قبل از شرکت در هر دوره آموزشی ابتدا به صورت خودخوان مطالعاتی داشته باشید، سپس یک جستجوی علمی در زمینه تخصصی خود انجام دهید و در نهایت با افزایش دانش خود و یادگیری متدولوژی های مربوطه درآمد خود را در آینده تضمین کنید. علاوه بر این در صورتی که قصد اپلای داشته باشید مهارت بیوانفورماتیک شما به عنوان یک مزیت محسوب می شود و در نهایت می توانید به عنوان یک فرد قوی در مصاحبه های علمی ظاهر شوید و آینده شغلی خود را نیز در یک کشور دیگر تضمین کنید.
🧬🆔@IRBioinformatics

دوستان عزیز سلام
در این پست میخام توضیحات مختصری راجب فرایندهای بالادستی و پایین دستی در حوزه بیوتک دارویی براتون توضیح بدم که تو خیلی از مصاحبه های کاری و همچنین وظایفی که در شرکت های دارویی بهتون‌محول میشه میتونه بهتون کمک کنه تا درک درستی از فرایندهای مذکور داشته باشید. اگر شما در رشته بیوتکنولوژی تحصیل کرده اید ولی هنوز با این فرآیندها آشنایی ندارید، نمی توانید در بازار کار به درستی جایگاه خود را پیدا کنید. این نکته را بخاطر داشته باشید که اگر دنبال استخدامی و شغل دولتی باشید بعد از مدت کوتاهی دلزده میشید چرا که بخاطر خیلی از تبعیض ها و نابرابری ها ممکن است هیچ وقت نتونید در یک‌محیط اداری شغل مناسبی بدست اورید، لذا به شما توصیه می کنم که حتما دنبال یک شغل مناسب با درامد خوب تا متوسط در یک‌شرکت دارویی باشید تا بتونید به نحو احسن اهداف خود را دنبال کنید، لذا توصیه من به شما جوانان که امیدهای این سرزمین هستین این هستش در کاری ک دارین انجام میدین قوی بشین و یک‌زندگی خوب برای خودتون بسازید... حالا برگردیم به موضوع اصلی بحث که همون فرایندهای حیاتی هستش که باید باهاش آشنایی داشته باشید:

در بیوتکنولوژی دارویی، فرآیندهای بالادستی و پایین دستی دو مرحله اصلی در تولید داروها هستند.
فرآیندهای بالادستی: این فرآیندها شامل مراحلی است که قبل از شروع فرآیند تولید دارو انجام می‌شوند. این شامل فرآیندهایی مانند انتخاب و تهیه میکروارگانیسم یا سلول‌های میزبان، تولید و انتخاب سلول‌های برتر، و بهینه‌سازی شرایط رشد می‌شود. هدف از این مراحل به دست آوردن سلول‌ها یا میکروارگانیسم‌هایی است که بتوانند داروی مورد نظر را به صورت بهتر و با عملکرد بالاتر تولید کنند.
فرآیندهای پایین دستی: این فرآیندها بعد از تولید سلول‌های مورد نظر انجام می‌شوند و شامل مراحلی مانند جداسازی، تنظیم و پاک‌سازی دارو از محیط کشت، انتقال به فرآیندهای تصفیه و تصفیه نهایی، تولید فرمولاسیون دارو و بسته‌بندی می‌شود. هدف از این مراحل به دست آوردن داروی پایانی با خلوص و کیفیت مطلوب برای استفاده بالینی است.

به عنوان مثال، فرض کنید که یک شرکت داروسازی قصد دارد دارویی را برای درمان یک بیماری خاص تولید کند، و از تکنولوژی بیوتکنولوژی برای این منظور استفاده می‌کند.

فرآیندهای بالادستی:

این شرکت ابتدا باید میکروارگانیسم یا سلولی را انتخاب کند که قادر به تولید داروی مورد نظر باشد. برای مثال، ممکن است از باکتری‌ها یا سلول‌های جانبی استخراج شده از بافت‌های حیوانی استفاده کند.
سپس، شرکت باید شرایط رشد بهینه را برای این سلول‌ها فراهم کند تا بتوانند دارو را به صورت موثر تر تولید کنند. این شامل بهینه‌سازی محیط کشت، دمای مناسب، و تأمین مواد تغذیه مورد نیاز است.
فرآیندهای پایین دستی:

بعد از تولید و رشد سلول‌ها، شرکت باید دارو را از محیط کشت جدا کند. این شامل فیلتر کردن محیط کشت و جداسازی سلول‌ها یا میکروارگانیسم‌ها می‌شود.
سپس، دارو به فرآیندهای تصفیه زیر می‌رود تا از شوائب و آلودگی‌ها پاک‌سازی شود و خلوص بیشتری به دست آید.
در نهایت، داروی پایانی تولید شده به فرآیندهای فرمولاسیون و بسته‌بندی می‌رسد، که در آن به داروی تولید شده افزودنی‌ها و حفاظت‌های لازم داده می‌شود و سپس در بسته‌بندی‌های مناسب قرار داده می‌شود تا برای استفاده بیماران آماده شود.
به این ترتیب، فرآیندهای بالادستی و پایین دستی در بیوتکنولوژی دارویی به شرکت‌ها کمک می‌کنند تا داروهای با کیفیت و کارآمد را تولید کنند که می‌توانند در درمان بیماران موثر باشند.

لطفا کانال ما رو با دوستان خود به اشتراک بگذارید❤️


🧬🆔@IRBioinformatics

😂 واقعیت این روزهای ایران😂

Mathematics Today – April 2024

Mathematics Today is a pioneer magazine designed to cater to the needs of an IIT and engineering aspirant. The basic aim of Mathematics Today is to provide mechanisms to be used as a barometer by technical aspirants. It provides them an opportunity to get exposed to numerous complex problems which demand a high level of analytical ability and proficiency.

Biology Today – April 2024