- آیت‌الله حاج سید مجتبی خامنه‌ای، فرزند دوم رهبر شهید و مرجع عالیقدر آیت‌الله العظمی سید علی خامنه‌ای، در سال ۱۳۴۸ در مشهد متولد شد.

- تحصیلات مقدماتی حوزه خود را در مدرسه مبارک آیت‌الله مجتهدی تهرانی به پایان رساند و در دوران دفاع مقدس در جبهه‌های نبرد در کنار رزمندگان اسلام حضور داشت. پس از پایان جنگ تحمیلی، در سال ۱۳۶۸ به قم رفت تا تحصیلات حوزوی خود را ادامه دهد و تا اوایل سال ۱۳۷۱ در آنجا ماند.

- در سال ۱۳۷۱ به تهران بازگشت و به مدت پنج سال تحصیلات حوزوی خود را در آنجا ادامه داد. در سال ۱۳۷۶ با بانوی شهیده زهرا حداد عادل ازدواج کرد و در همان سال برای بار دوم به قم مهاجرت کرد تا تحصیلات حوزوی خود را تکمیل کرده و از برکات معنوی بهره‌مند شود.

- از دروس سطح عالی آیت‌الله‌های احمدی میانجی، رضا استادی، اوستی و برخی دیگر از اساتید برجسته قم بهره‌مند شد. در دروس فقه و اصول سطح عالی از محضر پدر شهیدش آیت‌الله العظمی خامنه‌ای و همچنین آیت‌الله‌های شیخ جواد تبریزی، شیخ حسین وحید خراسانی، سید موسی شبری زنجانی، آقا مجتبی تهرانی و شیخ محمد مؤمن قمی بهره برد.

- بیش از ۱۷ سال است که به طور مستمر دروس مختلف سطح عالی را تدریس می‌کند. ارائه یادداشت‌های علمی به زبان عربی و پیگیری نکات علمی به صورت پرسش و نقد خارج از کلاس با اساتید، توجه ویژه‌ای از برخی علما و بزرگان را جلب کرده است. نبوغ و استعداد او همراه با تلاش و پشتکار به همراه دقت و آزادی علمی منجر به تولید نوآوری‌های متعدد و قابل اعتماد در نظام علوم و معارف حوزوی (به ویژه فقه، اصول و رجال) شده است.

- داشتن پایه فکری منظم و منسجم در مجموعه علوم اسلامی و پایبندی به اصول خود در تولیدات علمی در موضوعات مختلف از ویژگی‌های بارز اوست.