Происходил из русского аристократического рода Головиных. С Юрием Мамлеевым и Гейдаром Джемалем входил в так называемый «Южинский кружок» — круг общения, собиравшийся в Южинском переулке в Москве, в коммунальной квартире, в которой жил Мамлеев.
  Исследователь традиционалистских доктрин, лидер «московского мистического подполья» 1960—1980-х годов. Был главным редактором журнала «Splendor Solis» («Блеск Солнца»), куратором книжной серии «Гарфанг» (литература беспокойного присутствия).
  В 1974 году организовал и возглавил кружок «Чёрный орден SS». Кружок состоял из бывших членов «Южинского кружка» писателя Юрия Мамлеева.
Песни на тексты Евгения Головина исполняли Василий Шумов с группой «Центр», Александр Ф. Скляр с группой «Ва-банкъ», Вячеслав Бутусов с музыкантами группы «Кино» (альбом «Звёздный падл»), группа «Браво». Исполнение в 2015 г. романса Максима Трефана в РАМ им. Гнесиных ввело тексты Головина в круг академической музыки.
В 1990-х годах Головин принимал участие в группе «Центр» и написал большой труд, посвящённый этой группе — книгу «Сентиментальное бешенство рок-н-ролла».
  В книгах Константина Сереброва «Мистический андеграунд» и Олега Синельника « Мандрапапула, или Тропами падших комет» был выписан в образе адмирала.
  Читал лекции по алхимии и эзотерике в «Новом Университете» Александра Дугина.