در فصل دوم آزمایشگاه نوروسینتکس مقاله زیر را بررسی خواهیم کرد:

Spontaneous behaviors drive multidimensional, brainwide activity.

تحلیل های داده ای که خواهیم آموخت:

▫️چگونگی ثبت تصاویر فعالیت کلسیمی و آنالیز این تصاویر
- کار کردن با نرم افزار Suite2p برای پیش-پردازش داده های تصویربرداری کلسیمی مانند Image registration و ROI extraction

Suite2p: beyond 10,000 neurons with standard two-photon microscopy
github: https://github.com/Mouseland/suite2p


▫️پیش-پردازش داده های ثبت خارج سلولی (تمرکز بر مبانی Spike Sorting برای High-density recordings - با استفاده از نرم افزار Kilosort)

Spike sorting with Kilosort4
github: https://github.com/MouseLand/Kilosort

- ویرایش نتایج اتوماتیک الگوریتم ها با Phy
github: https://github.com/cortex-lab/phy

▫️آموزش کار کردن با Rastermap برای کشف الگوهای دیتا

Rastermap: a discovery method for neural population recordings
https://github.com/MouseLand/RasterMap

▫️آموزش کار با FaceMap برای پیدا کردن الگوهای رفتاری چهره

github: https://github.com/MouseLand/FaceMap

و بسیاری آنالیز های دیگر ...


بخشی از آنالیز های این مقاله پیشتر در ویدیوهای آموزشی بررسی شده:

- آموزش Support Vector Machines

- آموزش Singular Value Decomposition

اگر تمایل به همکاری در فصل دوم آزمایشگاه دارید، زیر این پست کامنت بذارید تا با شما تماس بگیرم.

#neurosyntax

❗️❗️❗️

درود به همگی دوستان،

جلسه نخست "نگارش علمی" امروز، شنبه، ساعت شش و نیم برگزار خواهد شد.

لینک زوم پیش از جلسه در این کانال ارسال خواهد شد. برای ورود به جلسه ممکن است نیازمند وی پی ان باشید ولی پس از ورود به جلسه میتونید وی پی ان های خودتون رو خاموش کنید.

جلسه بعدی این بوک کلاب فردا (یکشنبه 9 دی ماه) ساعت 18 در کانال تلگرامی زیر برگزار می‌شه.

لینک کانال بوک کلاب

از هفته آینده در بوک کلاب تلسی قراره کتاب "حیات چیست؟" از اروین شرودینگر رو بخونیم.

دوستانی که میخوان توی جلسات شرکت کنن بهتره تا فصل 3 این کتاب رو بخونن برای جلسه آینده.

لینک کانال بوک کلاب

@the_maze2022

نگارش علمی - قسمت اول - آناتومی مقالات علمی

در این مجموعه جدید درباره "هنر نگارش علمی" صحبت میکنیم و کوشش میکنیم مبانی نوشتن برای پژوهش های علمی رو بررسی کنیم.

محتوای این قسمت:

انواع مقالات علمی
آناتومی مقاله های پژوهشی
موشکافی محتوای بخش های مختلف یک مقاله (عنوان، چکیده، مقدمه، نتایج و بحث)
نقش نویسندگان مختلف مقاله

آکادمی نوروسینتکس
کانال تلگرام: https://news.1rj.ru/str/Neuro_Syntax

#neurosyntax
#scientificwriting
#neurosyntaxlab

درود بر همگی همراهان

در جلسه آینده آکادمی نوروسینتکس درباره هنر نوشتن بحث خواهیم کرد. در این جلسه بخصوص درباره "ترکیب بندی" بحث میکنیم و اینکه چطور واژگان و جملات در کنار هم قرار میگیرند تا یک متن منسجم، روان، و دقیق تولید کنند. ترکیب بندی فصلی جدا از دانش گرامر و واژگان هست که حتی انگلیسی زبانان نیز در آن نیازمند آموزش هستند. این جلسه برای گروه های زیر مفید خواهد بود:

- زبان آموزان ( بخصوص آنهایی که آزمون های انگلیسی مثل تافل، آیلتس و GRE دارند)

- دانشجویان که قصد نگارش پایان نامه، گزارش علمی دارند.

- پژوهشگرانی که قصد نگارش مقاله دارند.

زمان برگزاری: شنبه - ساعت شش
مکان برگزاری: آنلاین - نرم افزار زوم

آکادمی نوروسینتکس
کانال تلگرام: https://news.1rj.ru/str/Neuro_Syntax

#neurosyntax
#scientificwriting
#neurosyntaxlab

درود بر همگی همراهان،

در جلسه یکشنبه "حیات چیست؟" به بهانه خواندن کتاب اروین شرودینگر، تاریخچه ای از "ژن" رو مرور خواهم کرد. بسیاری از ما ژن رو با مدل واتسن و کریک میشناسیم اما ژن تاریخچه ای غنی تر و فراتر از این دو شخصیت علمی داره و پژوهشگران بسیاری در ایجاد مفهوم ژن و بدست آوردن ساختار ژنی و چگونگی وراثت نقش ایفا کردند که پیش از واتسن و کریک بودند. من به برخی از این شخصیت های گمنام تر خواهم پرداخت. در این تاریخچه همچنین مطرح خواهم کرد که مفهوم "ژن" به عنوان یک "کد" از کجا میاد و مفهوم "اطلاعات" ژنتیکی چه زمانی وارد واژگان علمی ما میشه.

#neurosyntax

آشنایی و آموزش مدیریت منابع متنی با Sciwheel برای مطالعه مقالات و ارجاع دهی

امکانات:
* ساخت کتابخانه های آنلاین از مقالات یا متون دیگر و به اشتراک گذاری این کتابخانه ها با سایر اعضای تیم
* مطالعه آنلاین متون و هایلایت کردن و کامنت گذاری و مشاهده کامنت سایر افراد تیم
* ارجاع دهی هوشمند در ورد بر مبنای استایل های ارجاع مختلف
* مشاهده توصیه و پیشنهاد اعضای هیئت علمی مطرح دنیا درباره مقالات
* پیدا کردن منابع مشابه با یک مقاله خاص
* وارد کردن کتابخانه های Mendely، Zotero و Endnote به Sciwheel
* داشتن نسخه تلفن همراه

سامان عباس پور: فارغ التحصیل کارشناسی بیولوژی مولکولی، دانشگاه فردوسی مشهد - دانشجوی دکتری علوم اعصاب سیستمی، دانشگاه وندربیلت آمریکا


#Software #Sciwheel #Bio
@SophyPhiliaAcademy #Saman

در جلسه امروز بحث مدیریت مقالات شد. من 6 سال هست که از Sciwheel استفاده میکنم چون کار باهاش ساده است و به دلیل اینکه وبگاه خوبی داره از همه جا قابل استفاده است. توضیحات دیگر و روش استفاده رو در ویدیو گفتم.

نگارش علمی - قسمت 2 - ترکیب بندی در نوشتن


در این جلسه درباره‌ی هنر مهم ترکیب‌بندی در نگارش صحبت کردیم. نوشتن به‌تنهایی هدف نیست؛ بلکه نوشتنِ قاعده‌مند و اثرگذار هدف اصلی است. برای نگارش یک متن تأثیرگذار، باید خواننده را با جریانی روان، شفاف و دقیق با محتوای خود آشنا کنیم. در این جلسه بررسی کردیم که چگونه می‌توانیم به این هدف برسیم.

سرفصل های اصلی جلسه:
چگونه از زبان فعال در نگارش استفاده کنیم؟
چگونه می‌توانیم ساختاری موجز و با روایت منطقی در متن ایجاد کنیم؟

این جلسه برای گروه‌های زیر مفید خواهد بود:
زبان‌آموزان، به‌ویژه کسانی که در حال آماده شدن برای آزمون‌های انگلیسی مانند تافل، آیلتس و GRE هستند.
دانشجویانی که قصد نگارش پایان‌نامه یا گزارش علمی دارند.
پژوهشگرانی که به دنبال نگارش مقاله‌های علمی هستند.


آکادمی نوروسینتکس

#neurosyntax
#lab

یکی از بزرگترین کمک هایی که میتونید به نوروسینتکس بکنید این هست که محتوای آکادمی رو به سایر افراد معرفی کنید تا همراهان آکادمی افزایش پیدا کنن.

یکی دیگر از کمک های بزرگی که میتونید به رشد آکادمی بکنید این هست که در این بستر تولید محتوا کنید.

درود بر همگی همراهان،

در جلسه یکشنبه "حیات چیست؟" به بهانه خواندن کتاب اروین شرودینگر، تاریخچه ای از "ژن" رو مرور خواهم کرد. بسیاری از ما ژن رو با مدل واتسن و کریک میشناسیم اما ژن تاریخچه ای غنی تر و فراتر از این دو شخصیت علمی داره و پژوهشگران بسیاری در ایجاد مفهوم ژن و بدست آوردن ساختار ژنی و چگونگی وراثت نقش ایفا کردند که پیش از واتسن و کریک بودند. من به برخی از این شخصیت های گمنام تر خواهم پرداخت. در این تاریخچه همچنین مطرح خواهم کرد که مفهوم "ژن" به عنوان یک "کد" از کجا میاد و مفهوم "اطلاعات" ژنتیکی چه زمانی وارد واژگان علمی ما میشه.

#neurosyntax

جلسه اول بررسی کتاب حیات چیست از اروین شرودینگر.

امروز ساعت 18 در لینک زیر

لینک کانال بوک کلاب

@the_maze2022

انجمن علمی دانشجویی زیست‌شناسی دانشگاه فردوسی مشهد برگزار می‌کند:

🧠 وبینار ساختار علم و مسیر حرفه‌ای در نوروساینس: از کارشناسی تا پسادکتری

🗣 سخنران: سامان عباسپور

BSc cellular and molecular biology
at Ferdowsi University of Mashhad

Ph.D. in Neuroscience at Vanderbilt
University, Nashville, TN

2024 (Oct-present)
Postdoctoral research fellow F.M. Kirby
Neurobiology Center, Boston Children’s
Hospital, Harvard Medical School,
Boston, MA

🗓🕰شنبه ۴ اسفندماه ساعت ۱۸:۳۰ در بستر اسکای‌روم

‼️شرکت برای عموم آزاد و رایگان است‼️

برای دریافت اطلاعات بیشتر و لینک ثبت‌نام به آیدی زیر پیام دهید:
@biofum_admin

🖇راه‌های ارتباطی با ما:
تلگرام | اینستاگرام | سایت | لینکدین

#وبینار
#انجمن_علمی_دانشجویی_زیست‌شناسی
#دانشگاه_فردوسی_مشهد

🔹@olomfum
🔹@SSAFUM

تحلیل های داده ای که خواهیم آموخت:

▫️چگونگی ثبت تصاویر فعالیت کلسیمی و آنالیز این تصاویر
- کار کردن با نرم افزار Suite2p برای پیش-پردازش داده های تصویربرداری کلسیمی مانند Image registration و ROI extraction

Suite2p: beyond 10,000 neurons with standard two-photon microscopy
github: https://github.com/Mouseland/suite2p


▫️پیش-پردازش داده های ثبت خارج سلولی (تمرکز بر مبانی Spike Sorting برای High-density recordings - با استفاده از نرم افزار Kilosort)

Spike sorting with Kilosort4
github: https://github.com/MouseLand/Kilosort

- ویرایش نتایج اتوماتیک الگوریتم ها با Phy
github: https://github.com/cortex-lab/phy

▫️آموزش کار کردن با Rastermap برای کشف الگوهای دیتا

Rastermap: a discovery method for neural population recordings
https://github.com/MouseLand/RasterMap

▫️آموزش کار با FaceMap برای پیدا کردن الگوهای رفتاری چهره

github: https://github.com/MouseLand/FaceMap

و بسیاری آنالیز های دیگر ...


بخشی از آنالیز های این مقاله پیشتر در ویدیوهای آموزشی بررسی شده:

- آموزش Support Vector Machines

- آموزش Singular Value Decomposition

اگر تمایل به همکاری در فصل دوم آزمایشگاه دارید، زیر این پست کامنت بذارید تا با شما تماس بگیرم.
#lab

درود بر همگی همراهان،

در جلسه هفته آینده "حیات چیست؟"، من تاریخچه زیست شناسی مولکولی رو ادامه میدم و درباره پروتئین صحبت خواهم کرد. در کنار فصول کتاب شرودینگر، مقالات مهمی از کریک رو خواهیم خوند که در پایین ضمیمه کردم.

#neurosyntax

- یکی از پرسش هایی که مطرح خواهیم کرد اینکه کد چیست و چه معنایی در بستر زیست شناسی مولکولی داره؟ آیا واقعا میشه گفت ماده ژنتیکی حاوی "کد" هست؟ (لطفا پیش از شرکت در جلسه روی این پرسش زمان بذارید و با آمادگی بیاید تا بتونیم در ابتدای جلسه کمی بحث کنیم.)

* این بخش جلسه برای افرادی که علوم اعصاب کار میکنن هم بسیار مفید خواهد بود چون مفهوم کد در علوم اعصاب و سیگنال های نورونی هم بسیار بکار گرفته میشه.

- درباره Central Dogma زیست شناسی مولکولی بحث خواهم کرد، به گونه ای که کریک صورت بندی کرده، و با اتکای به شواهد تجربی توضیح خواهم داد چرا این صورت بندی اولیه کامل نیست و یا غلط است.

- در کنار اینها تاریخچه هایی درباره چگونگی فهم سنتز پروتئین و عملکرد پروتئین ارائه خواهم کرد.

مقاله کریک:

ON PROTEIN SYNTHESIS By F. H. C. CRICK

این مقاله برای عموم نوشته شده و روان و خواناست و متن بسیار جالبی داره که همچنان برای افرادی که در حوزه زیست کار میکنن مفید خواهد بود بخصوص که بسیاری از بخش های این متن همچنان جزو چارچوب های فکری به حساب میاد. پرسش اساسی اینکه با تکیه بر شواهد تجربی، ما چقدر در فهم دنیای مولکولی سلول از این چارچوب ها فاصله گرفتیم و چقدر راه آمدیم؟