تحلیل های داده ای که خواهیم آموخت:

▫️چگونگی ثبت تصاویر فعالیت کلسیمی و آنالیز این تصاویر
- کار کردن با نرم افزار Suite2p برای پیش-پردازش داده های تصویربرداری کلسیمی مانند Image registration و ROI extraction

Suite2p: beyond 10,000 neurons with standard two-photon microscopy
github: https://github.com/Mouseland/suite2p


▫️پیش-پردازش داده های ثبت خارج سلولی (تمرکز بر مبانی Spike Sorting برای High-density recordings - با استفاده از نرم افزار Kilosort)

Spike sorting with Kilosort4
github: https://github.com/MouseLand/Kilosort

- ویرایش نتایج اتوماتیک الگوریتم ها با Phy
github: https://github.com/cortex-lab/phy

▫️آموزش کار کردن با Rastermap برای کشف الگوهای دیتا

Rastermap: a discovery method for neural population recordings
https://github.com/MouseLand/RasterMap

▫️آموزش کار با FaceMap برای پیدا کردن الگوهای رفتاری چهره

github: https://github.com/MouseLand/FaceMap

و بسیاری آنالیز های دیگر ...


بخشی از آنالیز های این مقاله پیشتر در ویدیوهای آموزشی بررسی شده:

- آموزش Support Vector Machines

- آموزش Singular Value Decomposition

اگر تمایل به همکاری در فصل دوم آزمایشگاه دارید، زیر این پست کامنت بذارید تا با شما تماس بگیرم.
#lab

درود بر همگی همراهان،

در جلسه هفته آینده "حیات چیست؟"، من تاریخچه زیست شناسی مولکولی رو ادامه میدم و درباره پروتئین صحبت خواهم کرد. در کنار فصول کتاب شرودینگر، مقالات مهمی از کریک رو خواهیم خوند که در پایین ضمیمه کردم.

#neurosyntax

- یکی از پرسش هایی که مطرح خواهیم کرد اینکه کد چیست و چه معنایی در بستر زیست شناسی مولکولی داره؟ آیا واقعا میشه گفت ماده ژنتیکی حاوی "کد" هست؟ (لطفا پیش از شرکت در جلسه روی این پرسش زمان بذارید و با آمادگی بیاید تا بتونیم در ابتدای جلسه کمی بحث کنیم.)

* این بخش جلسه برای افرادی که علوم اعصاب کار میکنن هم بسیار مفید خواهد بود چون مفهوم کد در علوم اعصاب و سیگنال های نورونی هم بسیار بکار گرفته میشه.

- درباره Central Dogma زیست شناسی مولکولی بحث خواهم کرد، به گونه ای که کریک صورت بندی کرده، و با اتکای به شواهد تجربی توضیح خواهم داد چرا این صورت بندی اولیه کامل نیست و یا غلط است.

- در کنار اینها تاریخچه هایی درباره چگونگی فهم سنتز پروتئین و عملکرد پروتئین ارائه خواهم کرد.

مقاله کریک:

ON PROTEIN SYNTHESIS By F. H. C. CRICK

این مقاله برای عموم نوشته شده و روان و خواناست و متن بسیار جالبی داره که همچنان برای افرادی که در حوزه زیست کار میکنن مفید خواهد بود بخصوص که بسیاری از بخش های این متن همچنان جزو چارچوب های فکری به حساب میاد. پرسش اساسی اینکه با تکیه بر شواهد تجربی، ما چقدر در فهم دنیای مولکولی سلول از این چارچوب ها فاصله گرفتیم و چقدر راه آمدیم؟

این جلسه فردا، شنبه، ساعت هفت برگزار خواهد شد.

این جلسه امروز، یکشنبه، ساعت شش برگزار خواهد شد.

جلسه دوم بررسی کتاب حیات چیست از اروین شرودینگر.

امروز ساعت 18 در لینک زیر

لینک کانال بوک کلاب

@the_maze2022

جلسه با 15 دقیقه تاخیر آغاز خواهد شد - ساعت 6:15

آزمایشگاه نوروسینتکس - فصل 2 - قسمت 1 - ارائه مقاله


در مجموعه جلسات آزمایشگاه علوم اعصاب، تلاش می‌کنیم خود را جای پژوهشگران مقالات علمی قرار داده و پرسش‌ها و رویکردهای آن‌ها را نقد کنیم. با استفاده از داده‌های به اشتراک‌گذاشته‌شده، به روش‌های متنوع تحلیل داده‌ها آشنا می‌شویم.

لینک مقاله فصل دوم آزمایشگاه نوروسینتکس:

Spontaneous behaviors drive multidimensional, brainwide activity


محتوای این قسمت:
پیش نیاز های تحلیل مقاله اصلی
دو سنت اندیشه ای در علوم اعصاب:
-- نورون ها چطور وقایع گوناگون را کد میکنند؟
-- فعالیت جمعیت نورون ها چطور حالات سیستم (بیداری، توجه، هشیاری و ..) را کد میکند؟
آشنایی با رویکردهای جدید ثبت فعالیت نورونی با تمرکز بر فناوری Neuropixel
چرا در پاسخ های نورونی به محرک های یکسان پراکندگی/تنوع مشاهده میکنیم؟
چگونه حضور محرک تنوع پاسخ های نورونی را کاهش میدهد؟
ارتباط میان متغیر های حرکتی، مانند حرکات صورت و یا قرنیه، و پاسخ نورونی نواحی حسی اولیه و یا شناختی
کدهای جمعیت نورونی، همبستگی نویز، و همبستگی سیگنال و ارتباط آن با رمزگشایی کدها


#neurosyntax
#lab

برای دسترسی به جلسات 1 تا 6 از مجموعه جلسات "حیات چیست؟ : کاوشی درباره ادراک، عاملیت و آزادی" که مقدمه ورود به مباحث جدی‌تر حساب میشن، میتونید از لینک های زیر استفاده کنید.


جلسه1-مقدمه‌ای بر مبانی نظری
جلسه2-داستان کهن شناخت جهان
جلسه3-مقدمه‌ای بر ترمودینامیک و شیمی
جلسه4-خودسازماندهی و ذرات فعال
جلسه5-مروری بر منشاء حیات بر کره زمین
جلسه6-پیدایش پروتوسل‌ها و وراثت

برای دسترسی به نسخه تصویری این جلسات می‌توانید از لینک زیر در اپلیکیشن تلسی استفاده کنید.

نسخه تصویری جلسات

@the_maze2022

آزمایشگاه نوروسینتکس - فصل 2 - قسمت 2 - ارائه مقاله

ارائه و بررسی مقاله Spontaneous behaviors drive multidimensional, brainwide activity

Spontaneous cortical activity reliably encodes a high-dimensional latent signal
Ongoing neural activity encodes multidimensional behavioral information
Behaviorally related activity is spread across the brain
Stimulus-evoked and ongoing activity overlap along one dimension

کانال تلگرام:
https://news.1rj.ru/str/Neuro_Syntax

#neurosyntax #lab

درود خدمت همگی دوستان و همراهان آکادمی نوروسینتکس

با توجه به پیشنهاد شما، تصمیم گرفتم یک نظرسنجی درباره بستر و زمان برگزاری جلسات برگزار کنم تا بر مبنای رای شما جلسات رو تغییر بدیم. اگر در جلسات به صورت "آنلاین" شرکت میکنید لطفا در نظرسنجی ها شرکت کنید.

- برای نظرسنجی زمان، سعی کنید تمام گزینه هایی که برای شما مناسب است را انتخاب کنید.


❗️❗️ نرم افزار هایی که فکر میکنید میتونیم ازشون برای برگزاری جلسات استفاده کنیم رو زیر این پست کامنت کنید. نرم افزار باید به صورت رایگان امکان زیر رو فراهم کنه:

- امکان برگزاری جلسات طولانی (تا 3 ساعت)
- امکان حضور حداقل 15 نفر در جلسات
- امکان ضبط جلسه
- بهتره که فیلتر نباشه
- دسترسی آسان برای افراد داخل ایران

دلیلی که من از زوم استفاده میکنم این هست که واقعا این امکانات رو در کنار هم داره و هزینه اش توسط دانشگاه پرداخت میشه که کمک میکنه ما جلسات رو به صورت رایگان امکان بدیم. اما اگر نرم افزار مشابهی هست که امکانات اینچنینی رو فراهم کنه معرفی کنید.

🔷🔹 انجمن علمی مغز و شناخت دانشگاه تهران برگزار می‌کند:

👨🏻‍💻 روش تحقیق در علوم شناختی

👨🏼‍🏫 مدرس: امین خاتمی (پژوهشگر علوم اعصاب شناختی در IPM و دانشگاه شریف)

🗓 زمان: پنج‌شنبه‌ها (شروع از ۲ اسفند ماه)
                ساعت ۱۸ الی ۲۰
به مدت ۷جلسه‌ (همراه با آموزش مقاله‌خوانی و حل تمرین)

📍محل برگزاری: آنلاین، در بستر ادوبی کانکت

📌 سرفصل‌های دوره

✅ همراه با اعطای گواهی از دانشگاه تهران

🔹 به دلیل ظرفیت محدود، اولویت با کسانی است که زودتر ثبت‌نام خود را تکمیل می‌کنند.

👤 برای کسب اطلاعات بیشتر و ثبت‌نام، با شناسه‌های زیر در ارتباط باشید:

@Mahla_Abbasiii
@BrainCognition_UT

@UT_Brain_Cognition 🧠

❗️❗️❗️برای مخاطب‌های کانال نوروسینتکس ۳۰درصد تخفیف در نظر گرفته شده است.

انجمن علمی دانشجویی زیست‌شناسی دانشگاه فردوسی مشهد برگزار می‌کند:

🧠 وبینار ساختار علم و مسیر حرفه‌ای در نوروساینس: از کارشناسی تا پسادکتری

🗣 سخنران: سامان عباسپور

BSc cellular and molecular biology
at Ferdowsi University of Mashhad

Ph.D. in Neuroscience at Vanderbilt
University, Nashville, TN

2024 (Oct-present)
Postdoctoral research fellow F.M. Kirby
Neurobiology Center, Boston Children’s
Hospital, Harvard Medical School,
Boston, MA

🗓🕰شنبه ۴ اسفندماه ساعت ۱۸:۳۰ در بستر اسکای‌روم

‼️شرکت برای عموم آزاد و رایگان است‼️

برای دریافت اطلاعات بیشتر و لینک ثبت‌نام به آیدی زیر پیام دهید:
@biofum_admin

🖇راه‌های ارتباطی با ما:
تلگرام | اینستاگرام | سایت | لینکدین

#وبینار
#انجمن_علمی_دانشجویی_زیست‌شناسی
#دانشگاه_فردوسی_مشهد

🔹@olomfum
🔹@SSAFUM