عضویت در کانال بیوانفورماتیک ایران👇👇



🏁 @PracticalBioinformatics 🏁

🎄سیستم بیولوژی🎄
سیستم بیولوژی مطالعه سیستم های تشکیل شده از اجزاء بیولوژیکی می باشد. این اجزاء ممکن است مولکول ها، سلول ها، ارگانیسم ها و یا کل گونه ها است. سیستم های زنده، پویا و پیچیده هستند و پیش بینی رفتار آنها براساس خواص تک تک اجزاء منفرد آن بسیار سخت باشد. برای مطالعه آنها، ما با استفاده اندازه گیری کمی رفتار گروهی از اجزای در تماس با یکدیگر،و با استفاده از تکنیک های اندازه گیری سیستماتیک مانند ژنومیکس، بیوانفورماتیک و پروتئومیکس، و مدل های ریاضی و محاسباتی برای توصیف و پیش بینی رفتار دینامیکی.کل مجموعه به کار می بریم .
https://www.youtube.com/watch?v=lmB0xoRP9l4

🏁 @PracticalBioinformatics 🏁

🙏🙏چگونه از متخصصین بیوانفورماتیک درخواست کمک کنیم؟🙏🙏
🏁 @PracticalBioinformatics 🏁
اگر شما به مشکلی برخورده اید و یا سوالی در زمینه بیوانفورماتیک براتون پیش آمده و به دنبال کمک و یافتن راه حل به صورت انلاین هستید از گزینه ها و راه های زیادی می توانید استفاده کنید. ما در این مطلب یازده راه ممکن برای درخواست کمک به صورت انلاین به شما معرفی می کنیم:
—---------------------------- SEQanswers------------------------—
از محبوب ترین انجمن های آنلاین برای کاربران و متخصصین بیوانفورماتیک می باشد.
—-------------------------------Biostars —---------------------------
یکی دیگر از انجمن بسیار محبوب بیوانفورماتیسین ها است.
—---------------------------Mailing lists —------------------------—
بسیاری از ابزارهای بیوانفورماتیک مفید لیست های پستی خود را دارند که در آن شما می توانید سوال بپرسید و از توسعه دهندگان و یا از کاربران آن ابزار کمک بگیرید، به عنوان مثال SAMtoolsوBioconductor ، همچنین توجه داشته باشید که منابع مانندEnsembl برای توسعه دهندگان دارای لیست های پستی مخصوصی می باشند.
—-------------------Google Discussion Groups —------------
همچنان که گوگل دارای گروه های بحث های بسیار کلی می باشد . مانند گروه Bioinformatics، دارای گروه های تخصصی نیز می باشد مانند گروه کاربران Tuxedo Tool Usersو ...
—----------------------------Stack Overflow —------------------—
برای سوالات مربوط به زبان های برنامه نویسی و یا یونیکس / لینوکس مناسب تر است.
—--------------------------------Google---------------------------—
من گوگل را در این لیست گذاشتم چون برای مشکلات بی شماری بیوانفورماتیکی خود،به راحتی و فقط با جستجو خطا در گوگل راه حل پیدا کردم.
—--------------------------------Reddit —-------------------------—
سعی کنید درخواست خود را در بخش های r/bioinformatics یا r/genome بپرسید.
—--------------------------------Twitter---------------------------—
اگر فالوورهای آشنا به بیوانفورماتیک زیادی داشته باشید، توتیر ممکن است به کمک شما بیاید. البته نه برای سوالات طولانی،. برای پرسش خود از هشتگ #askabioinformatician استفاده کنید.
—---------------------------------- Voat---------------------------------—
مانند، خواهرزاده reddit است. با این حال، بخش بیوانفورماتیک آن زیاد فعال نیست.
—---------------------------— Research Gate------------------------—
شما ممکن است این را به عنوان “سایتی که هر روز برای من ایمیل می فرستد" می شناسید ، اما برخی از مردم از این سایت برای پرسش در مورد موضوعات مختلف استفاده می کنند. با کمال تعجب، 15 دسته بندی مختلف مربوط به بیوانفورماتیک در این سایت وجود دارد.
—------------------------------- LinkedIn- —-----------------------—
یکی دیگه از سایتهایی که بیش از حد ایمیل می فرستد ، اما دارای گروه های بحث برای حرفه ای های بیوانفورماتیک است.

🏁 @PracticalBioinformatics 🏁

📉 غربالگري مجازی چیست؟

🚩 @PracticalBioinformatics 🚩

📶 📶غربالگري مجازي 🆕🆕
غربالگري مجازي يك روش محاسباتي مورد استفاده در فرآيند كشف دارو است كه براي جستجوي كتابخانه هايي از مولكول هاي كوچك مورد استفاده قرار مي گيرد. هدف از انجام آن شناسايي ساختارهايي است كه با بيشترين احتمال با يك هدف دارويي كه معمولا يك گيرنده پروتئيني يا آنزيم است پيوند تشكيل مي دهند. غربالگري مجازي روشي است كه بطور اتوماتيك كتابخانه هاي بسيار بزرگي از تركيبات را با استفاده از برنامه هاي كامپيوتري بررسي مي كند. در اين فرايند تعداد بيشماري از تركيبات كه در فضاي شيميايي بعنوان داروي هدف مورد نظر محتمل هستند به تعداد كمي كه قابل سنتز، خريداري يا تست زيستي هستند كاهش مي يابد.
همزمان با افزايش صحت روش هاي غربالگري مجازي، اين روش به بخش مهمي در فرايند كشف دارو تبديل شده است. غربالگري مجازي به دو دسته تقسيم مي شود: روش هاي براساس ساختار ليگاند و روش هاي بر اساس ساختار پروتئين هدف.
با داشتن مجموعه اي متنوع از ليگاندهايي كه با يك گيرنده پيوند تشكيل مي دهند، مدلي از گيرنده با توجه به اطلاعات موجود در مجموعه ليگاندها ساخته مي شود. به اين مدل ها، مدل هاي فارماكوفوري گفته مي شود. سپس ليگاند كانديد را مي توان با مدل فارماكوفوري مقايسه نمود تا تعيين شود كه آيا با آن انطباق دارد يا خير. در نتيجه براي پيوند شدن به آن محتمل است يا خير. روش ديگر استفاده از روش هاي آناليز مشابهت شيميايي دو بعدي براي بررسي مجموعه داده اي از مولكول ها نسبت به يك يا چند ساختار ليگاند فعال است. روش ديگر متداول بر اساس ساختار ليگاند بر مبناي جستجوي مولكولهايي با شكل مشابه نسبت به مولكول هاي فعال شناخته شده است. از آنجايي كه چنين مولكول هايي به سايت پيوندي هدف منطبق مي شوند، مولكولهاي كانديد نيز با هدف دارويي پيوند تشكيل خواهند داد. رايج ترين روش انجام غربالگري مجازي بر اساس پروتئين هدف انجام الحاق نمودن است. همچنين روش هاي فارماكوفوري بر اساس ساختار پروتيئن نيز در اين دسته قرار مي گيرند. بنابراين روش هاي غربالگري مجازي را مي توان به دسته غربالگري مجازي فارماكوفوري، جستجوي مشابهت، و الحاق نمودن تقسيم نمود.
عضویت در کانال بیوانفورماتیک & کموانفورماتیک 👇👇👇👇

🚩 @PracticalBioinformatics 🚩

🔷 آنالیز شبکه فیس بوک ممکن است منجر به درمان سرطان شود 🔷

🏁 @PracticalBioinformatics 🏁

محققان مرکز تحقیقات سرطان بریتانیا می گویند، آنها با استفاده از تجزیه و تحلیل شبکه های اجتماعی یک مدل کامپیوتری طراحی کرده اند که از آن می توان برای شناسایی روش های جدید درمان سرطان استفاده کرد. آنها تحقیقات خود را در مجله زیست شناسی محاسباتی PLOS منتشر کرده اند.
این مدل رفتارهای منحصر به فرد پروتئین های سرطانی را تجزیه و تحلیل می کند و مشخص می کند چه عاملی آنها را از پروتئین طبیعی متفاوت کرده است. این برنامه همچنین نقشه ای از هدف های مولکولی را می دهد که می توانند به عنوان هدفی برای داروهای بالقوه جدید و برای درمان سرطان باشند. دانشمندان در موسسه تحقیقات سرطان در لندن، پروتئین های داخل سلول را با اعضای یک شبکه اجتماعی عظیم مقایسه کرده و راه های که آنها می توانند با یکدیگر اینترکشن داشته باشند را نقشه برداری کرده اند. این نقشه به انها اجازه می دهد، پیشگویی کنند که چه پروتئین های می توانند بطور بلقوه هدفی برای داروها باشند. محققان این نقشه را در دسترس عموم قرار داده اند. آنها بر این باورند که این نقشه می تواند برای کشف داروهای جدید برعلیه انواع مختلف سرطان ها یک راه میانبری در اختیار محققین قرار بدهد.
🏁 @PracticalBioinformatics 🏁
این گروه دریافتند که اینتراکشن بسیاری از مسیرهای مولکولی در گسترش سرطان اثر دارند. پروتئینهای سرطانی که در حال حاضر با موفقیت با داروها، هدف قرار می گیرند دارای ویژگی های خاص "اجتماعی" هستند که این رفتار آنها را از پروتئین های غیر سرطانی متمایز می کند، و پیشنهاد شد که پروتئین های سرطانی ناشناخته که دارای این رفتار و ویژگی مشابه باشند نیز می توانند اهداف دارویی خوبی باشند. پروتئین های، هاب مانند (HUB) که با تعداد زیادی از پروتئین های دیگر در ارتباط هستند، مانند یک سوپر کاربر فیس بوک دارای هزاران نفر دوست، به احتمال زیاد عاملی برای سرطان باشد......


اطلاعات بیشتر در مقاله زیر.👇👇

🏁 @PracticalBioinformatics 🏁

💎 متاژنومیکس چیست؟

🚩 @PracticalBioinformatics

⏳ متاژنومیکس: (ژنتیک زیست محیطی، ecogenomics یا ژنومیک جامعه) مطالعه ماده ژنتیکی میکروبی که به طور مستقیم از نمونه های محیطی بدست آمده است.
بيش از 99 درصد از پروکاریوت های محيط زيست را نمي توان با استفاده از فناوري هاي كشت ميكروبي موجود، در شرايط آزمايشگاه كشت داد كه اين موضوع سبب محدوديت در درك فيزيولوژي، ژنتيك و اكولوژي جامعه ميكروبي مي گردد. راه حل مناسب رفع اين مشكل استفاده از دانش و ابزاري جامع به نام متاژنوميكس است كه در آن بدون كشت ميكروارگانيسم ها، تنوع ميكروبي موجود در محيط مورد نظر بررسي مي شود. در اين روش دی ان ای كل ميكروبي به طور مستقيم از نمونه هاي زيست محيطي استخراج شده و ارزيابي هاي ژنتيكي بر روي آن به انجام مي رسد. پيشرفت هاي اخير در فناوري هاي توالي يابي از قبيل شات گان، پايروسكونسينگ و روش هاي محاسباتي و بيوانفورماتيك سبب پيشرفت دانش متاژنوميكس در ارائه ديدگاهي اجمالي از زندگي میکروب های غير قابل كشت در آزمايشگاه گرديده است.
🚩 @PracticalBioinformatics
در واقع متاژنوميكس عرصه اي جديد و تركيب يافته از زيست شناسي مولكولي و ژنتيك است. تحقيقات متاژنوميكسي با مطالعات نظم آرايي ژن ، ژنوميكس عملكردي و بيان ژنها، پروتئوميكس، متابولوميكس و همچنين مطالعات ميكروسكوپي ارتباط و همبستگي نزديك داشته و در حال حاضر بينش صحيحي را در حل مشكلاتي از قبيل تكامل ژنوم و عدم توانايي ما در درك جايگاه ويژه اغلب ميكروارگانيسم هايي كه نمي توان كشت خالصي از آنها تهيه نمود، ارائه داده است اين فناوري به صورت يك فرايند چند مرحله اي بوده كه متكي بر چهارمرحله اصلي مي باشد
1- جداسازي ماده ژنتيكي كل موجودات زنده ميكروسكوپي موجود در محيط مورد مطالعه
2- انتقال مواد ژنتيكي به ناقلها
3- ساخت كتابخانه ژنومي
4- تجزيه و تحليل مواد ژنتيكي در كتابخانه متاژنوميكس.
اطلاعات بدست آمده از كتابخانه هاي متاژنوميكسي مي تواند نقش بسيار موثري در توسعه جنبه هاي كاربردي ميكروارگانيسم ها در صنعت، كشاورزي، پزشكي و محيط زيست داشته باشد. گستره بهره برداري از اطلاعات فراهم آمده از فناوري متاژنوميكس به گونه اي است كه مي تواند در ايجاد تعامل بهتر جامعه انساني با محيط زيست مورد استفاده قرار گيرد. ⌛️

عضویت در کانال بیوانفورماتیک & کموانفورماتیک 👇👇👇👇

🚩 @PracticalBioinformatics

💬
سنتتیک بیولوژی چیست؟

🚩 @PracticalBioinformatics

💎حوزه بسیار هیجان انگیز در علوم نوین که به سرعت در حال رشد وتحول است اما هنوز تعریف مشخص و پذیرفته شده ای برای آن وجود ندارد. موضوع مشترک در بسیاری از تعریف ها این است که ایده اصلی سنتتیک بیولوژی شامل کاربرد اصول مهندسی در اجزای اساسی زیست شناسی می باشد.
تمام موجودات زنده دارای یک مجموعه دستورالعمل هستند که تعیین می کند آنها چی هستند و چه کاری انجام دهند. این دستورالعمل ها در دی ان ای موجودات کد می شود، رشته های طولانی و پیچیده مولکولی که در هر سلول زنده وجود دارد و به ان کد ژنتیکی (یا "ژنوم") یک ارگانیسم گفته می شود.
🚩 @PracticalBioinformatics
انسان برای هزاران سال توسط پرورش انتخابی افراد با ویژگی های مطلوب در حال تغییر کد ژنتیکی گیاهان و حیوانات بوده است ، مانند بیوتکنولوژیست ها که در طول زمان دریافتن چگونه کد های ژنتیک را خوانده و دستکاری کنند، آنها شروع کردن به یافتن اطلاعات ژنتیکی مرتبط با ویژگی های مفید در یک موجود، و اضافه کردن این اطلاعات ژنتیکی به موجود دیگر. که این پروسه اساس مهندسی ژنتیک است، و به دانشمندان امکان می دهد که به روند ایجاد نژادهای جدید گیاهان و حیوانات سرعت ببخشند.
به هر حال پیشرفت های اخیر دانشمندان را قادر به تولید توالی های جدید دی ان ای از صفر تا صد کرده است. با ترکیب این تکنیک ها با اصول مهندسی مدرن، دانشمندان اکنون می توانید با استفاده از کامپیوتر و مواد شیمیایی آزمایشگاهی، موجودات زنده را طراحی کنند که دارای قابلیت های جدیدی هستند مانند تولید سوخت زیستی و یا ترشح پیش سازهای داروهای پزشکی. برای بسیاری از مردم، این مفهوم سنتتیک بیولوژی است.
🚩 @PracticalBioinformatics
در زیر ما چند تا از تعاریف سنتتیک بیولوژی را که بیشتر به آنها ارجاع می شود و عمومی تر هستند را معرفی می کنیم:
" سنتتیک بیولوژی یعنی:
طراحی و ساخت بخش ها ، ابزار و سیستم های جدید زیستی و یا طراحی مجدد سیستم های بیولوژیکی طبیعی موجود در جهت اهداف مفید. "
منبع: SyntheticBiology.org
" سنتتیک بیولوژی حوزه در حال ظهور از تحقیقات است که به طور گسترده می تواند به عنوان طراحی و ساخت مسیرهای زیستی مصنوعی جدید، موجودات و یا ابزارهای زیستی، و یا طراحی مجدد سیستم های بیولوژیکی طبیعی (که در حال حاضر وجود دارند) توصیف شود."
منبع: انجمن سلطنتی بریتانیا UK Royal Society
" سنتتیک بیولوژی یک رشته علمی کاملی است که ترکیبی از علوم و مهندسی به منظور طراحی و ساخت قابلیت های جدید زیستی و سیستم های زیستی تازه است. این شامل طراحی و ساخت اجزاء ، ابزار و سیستم های زیستی جدید (به عنوان مثال، میکروب های جستجوگر تومور برای درمان سرطان .)، و همچنین طراحی مجدد ، سیستم های بیولوژیکی طبیعی (که در حال حاضر وجود دارند ) برای اهداف مفید (به عنوان مثال، سیستم فتوسنتزی برای تولید انرژی) ."
منبع: SynBERC
"سنتتیک بیولوژی مهندسی کردن زیست شناسی است: ساخت سیستم های پیچیده بر پایه زیستی که عملکرد و قابلیت های تازه (که در طبیعت وجود ندارد) را به نمایش می گذارند. این دیدگاه مهندسی ممکن است در تمام سطوح ساختارهای زیستی استفاده شود - از مولکول های تکی تا همه انواع سلول ها، بافت ها و موجودات زنده. در اصل، زیست شناسی مصنوعی قادر به طراحی، سیستم های بیولوژیکی در طی یک پروسه منطقی و سیستماتیک است. "
منبع: High-level Expert Group European Commission
⌛️
عضویت در کانال بیوانفورماتیک & کموانفورماتیک 👇👇

🚩 @PracticalBioinformatics

💎کتاب : Bioinformatics and Functional Genomics

💬منبع اصلی تدریسی در رشته بیوانفورماتیک دانشگاه تهران IBB

🚩 @PracticalBioinformatics

💎مجله بیوانفورماتیک آزمایشگاه پارس سیلیکو (نسخه الکترونیکی)👇👇

http://app.mailerlite.ir/x6v9v5

کانال بیوانفورماتیک & کموانفورماتیک
🚩 @PracticalBioinformatics

💎کلیپ کوتاه، درباره تکنیک CRISPR/Cas9 👆👆👆



کانال بیوانفورماتیک & کموانفورماتیک
🚩 @PracticalBioinformatics

تکنیک CRISPR/Cas9
کانال بیوانفورماتیک & کموانفورماتیک
🚩 @PracticalBioinformatics

تکنیک CRISPR/Cas9
کانال بیوانفورماتیک & کموانفورماتیک
🚩 @PracticalBioinformatics

این رویکرد بر روی همه چیز از موش‌ها گرفته تا جنین انسان مورد استفاده قرار گرفته و در حال حاضر برای درمان سرطان و سایر بیماری‌ها بکار گرفته شده است.

در اینجا فهرستی از برخی از بزرگترین پیشرفت‌های ایجاد شده در سال 2015 با کمک ویرایش ژنی تدوین شده است.

جنین‌های اصلاح شده انسان

در ماه آوریل تیمی از دانشمندان چینی با به کارگیری روش CRISPR روی جنین انسان برای جلوگیری از بیماری خونی تالاسمی بتا ، خبرساز شدند. افراد زیادی به این دلیل از کار برکنار شدند زیرا مسائل اخلاقی زیادی در استفاده از این روش بر روی انسان وجود دارد.

در اوایل ماه دسامبر، گروهی از متخصصان در واشنگتن گرد هم آمده و تصمیم گرفتند که روش ویرایش ژن انسان بطور کامل ممنوع نشود بلکه باید تا زمانی که ایمن اعلام نشده،‌ روی جنین مورد استفاده قرار نگیرد. در اواخر این ماه نیز، کنگره بودجه‌ای را به تصویب رساند که بر اساس آن، استفاده از بودجه دولتی برای تولید جنین‌های اصلاح شده ژنتیکی ممنوع است. اگرچه برخی کارشناسان اظهار کردند که این کار تنها شرکت‌ها را به سرمایه‌گذاری بر روی این تحقیقات تشویق خواهد کرد.

اندام‌های خوک برای پیوند

در حالیکه دانشمندان به دنبال استفاده از ویرایش ژنی برای حل مساله کمبود اندام پیوندی هستند، مجله نیچر در ماه اکتبر گزارش کرد که گروهی از دانشمندان دانشگاه هاروارد از روش CRISPR در جنین‌های خوک استفاده کرده‌اند تا اندام آن‌ها را برای پیوند به انسان سازگارتر کنند.

جورج چرچ و همکارانش بیش از 60 ژن در بدن خوکها را بهینه‌سازی کرده و از شر ویروس‌های مضری که در دی‌ان‌ای حیوان وجود داشته و می‌توانند انسان را بیمار کنند، خلاص شدند. چرچ یکی از موسسان شرکت eGenesis در بوستون است که اکنون به بررسی راههایی برای ارزانتر کردن این فرآیند مشغول است.

سگ‌های فوق عضلانی

در ماه اکتبر، گروه دیگری از محققان در چین از روش CRISPR برای تولید سگهای بیگل با دو برابر عضله عادی پرداختند. محققان بطور خاص جنین‌های سگ را مورد ویرایش ژنی قرار دادند تا ژن میوستاتین را که جلو رشد عضلات را می‌گیرد، غیرفعال کنند. زمانی که این ژن غیرفعال شد، حیوان ماهیچه بیشتری تولید کرد.

اگرچه تلاش اولیه با موفقیت همراه نبود اما تلاش مجدد شاهد تولد دو سگ بود که یکی ماده موسوم به Tiangou و دیگر نر به نام Hercules بودند. این سگها از عضلات دوبرابر بیشتر از همتایانشان برخوردار بودند.

پشه‌های فاقد مالاریا

ویرایش ژنی تنها به درمان نقایص ژنتیکی محدود نمی‌شود؛ بلکه از آن می‌توان برای گسترش سریعتر تغییرات ژنتیکی در میان یک جمعیت بهره برد و برای مثال از انتقال بیماری مالاریا توسط پشه‌ها جلوگیری کرد.

گروهی از دانشمندان دانشگاه کالیفرنیا در سان‌دیگو در ماه اکتبر از روش ویرایش ژنی CRISPR برای مقاوم سازی یک جمعیت از پشه‌ها در برابر گسترش مالاریا استفاده کردند. این بیماری سال گذشته منجر به کشته شدن بیش از نیم میلیون انسان شده بود.

دو هفته بعد از این اعلام، محققان در لندن اظهار کردند گونه دیگری از پشه را که مسؤول 90 درصد از مرگ و میرهای ناشی از مالاریا است، اصلاح کرده‌اند تا از انتشار بیماری توسط آن‌ها جلوگیری کنند.

رونمایی از ژنوم انسان

رویکرد ویرایش ژنتیکی علاوه بر کاربردهای بالینی بسیارش، همچنین به دانشمندان در درک بهتر زیست‌شناسی پایه انسان کمک کرده است. دانشمندان در ماه اکتبر از روش CRISPR برای شناسایی مجموعه‌ای از ژنهای لازم برای زنده ماندن یک سلول سرطانی بهره بردند. این ژنها به رمزگشایی از پروتئین‌های دخیل در فرآیندهای بنیادی پرداختند که سلول‌ها را سالم نگهداشته و به ندرت جهش می‌یابند. این یافته‌ها ممکن است دانشمندان را در شناسایی نقاط ضعف سرطان هدایت کند.

درمانی برای لوسمی‌

دانشمندان در حال حاضر از ویرایش ژنی برای درمان بیماری‌ها استفاده کرده‌اند که نوعی ژن درمانی است. در ماه نوامبر، پزشکان از روش دیگری موسوم به TALENs برای درمان سرطان خون یک دختر جوان استفاده کردند و وی اکنون در حال بهبود است. محققان با بهینه‌سازی سلول‌های خاص در سیستم ایمنی بدن این دختر توانستند آن‌ها را به یک عملیات جستجو و تخریب فرستاده و سلول‌های سرطانی را هدف قرار دهند.

میکروخوک‌های خانگی سفارشی

در ماه سپتامبر مجله Nature News گزارش کرد که گروهی از محققان در موسسه ژنومیک BGI چین توانستند میکروخوک‌های مهندسی شده تولید کنند که به عنوان حیوان خانگی قابل فروش هستند.

آن‌ها از روش ویرایش ژنی TALEN برای اصلاح خوکهای باما استفاده کردند که اندازه آن‌ها نصف یک خوک عادی مزرعه است. محققان یک ژن کنترل کننده رشد را در این موجودات از کار انداختند تا این موجودات خیلی رشد نکنند.