◀️اپیدمی پنهان
مقاومت به آنتی بیوتیک به نقطه ی بحرانی رسیده و جهان باید هم اکنون اقدام کند.

دو سال قبل CDC یک پیش گویی ناراحت کننده انجام داد: بدون تغییر اساسی در نحوه ی استفاده از آنتی بیوتیک، پاتوژن های مقاوم به دارو که در حال حاضر باعث مرگ 700 هزار نفر در سال می شوند، تا سال 2050 سالانه 10 میلیون قربانی خواهند گرفت.
همچنین در گزارشی که اخیرا در مجله ی The Lancet چاپ شده آمده است که تلفات ناشی از مقاومت آنتی بیوتیکی حتی سریعتر از انتظارات به سوی بدتر شدن می رود.
گزارش پروژه ی گروه پژوهش های جهانی روی مقاومت آنتی بیوتیکی در ماه قبل نشان می دهد که در سال 2019 حدود 1.27 میلیون نفر به طور مستقیم به دلیل مقاومت ضد میکروبی جان خود را از دست داده اند، یعنی اگر عفونت آنها با آنتی بیوتیک های استاندارد درمانپذیر بود، نمی مردند. همچنین مجموع مرگ های ناشی از عفونت مقاوم به دارو به 4.95 میلیون نفر می رسد، به این معنی که آن بیمار دارای عفونت مقاوم به آنتی بیوتیک بوده اما علت اصلی مرگ ممکن است این عفونت نبوده نباشد.
این گزارش از داده های 23 عامل بیماریزا و 88 ترکیب بیماریزا-دارو در 204 کشور در سال 2019 استفاده کرده است. این اعداد جدید به این معناست که مقاومت ضد میکروبی به یکی از علل اصلی مرگ و میرهای جهان بدل شده و از آمار HIV و مالاریا پیشی گرفته است که به ترتیب باعث 864 هزار و 643 هزار مرگ در سال 2019 بوده اند.
این مسئله هم مهم است که تحقیقات HIV سالانه 50 میلیارد دلار بودجه جذب می کند اما هزینه های جهانی برای رسیدگی به مقاومت ضد میکروبی بسیار کمتر از این ارقام است.
در قرن گذشته آنتی بیوتیک ها انقلابی در پزشکی ایجاد کردند و مرگ و میر ناشی از بیماری های عفونی را به طور گسترده ای کاهش داده اند و ایمنی جراحی های بزرگ و میزان درمان تروما را به شدت بهبود بخشیده اند و از زمان کشف آنتی بیوتیک در بیش از یک قرن پیش میانگین طول عمر انسان را بیش از 20 سال افزایش داده اند.


اما استفاده ی بیش از حد از آنتی بیوتیک ها چه در انسان ها و چه در دام ها منجر به سازگاری باکتری ها با داروها می شود و به مرور زمان اثر بخشی آنها کاهش می یابد. اگر سرعت ایجاد این مقاومت متوقف نشود، باید منتظر افزایش مرگ و میر ناشی از عفونت های رایج و عوارض جراحی ها باشیم و به دنیایی باز می گردیم که در آن یک بریدگی جزئی می تواند کشنده باشد. دو راه کاهش سرعت ایجاد مقاومت ضد میکروبی، استفاده ی عاقلانه تر از دارو ها و همچنین توسعه ی کلاس های جدید آنتی بیوتیک هاست.
در واقع مقاومت نتیجه ی اجتناب ناپذیر استفاده از آنتی بیوتیک هاست. بهترین کاری که می توانیم انجام دهیم این است که آن را به تعویق بیندازیم، عواقب آن را کاهش دهیم و برای تولید آنتی بیوتیک های جدیدی که باکتری ها هنوز به آن مقاومت پیدا نکرده اند، زمان بخریم.

برای دیدن متن کامل مقاله که به ارائه ی راهکارهایی در این زمینه می پردازد اینجا کلیک کنید.

@practicalbioinformatics

ماشین لرنینگ به سراغ تست های تشخیص ویروس هم رفت اما چگونه؟


پژوهشگران روشی اتوماتیک را توسعه داده اند که اثربخشی تست های تشخیص ویروس را پیش بینی کرده و بهترین نوع ممکن را طراحی می کند.
همانطور که ظهور بیماری کرونا بسیاری از اولویت ها در جهان پژوهش را تغییر داد، موج امیکرون هم نیاز فوری به آزمایش های تشخیصی را برجسته کرده است که بتوانند حتی در صورت وقوع جهش هم ویروس ها را به دقت تشخیص دهند. حالا دانشمندانی از ام آی تی و هاروارد اولین سیستم کاملا خودکاری را توسعه داده اند که از یادگیری ماشینی برای طراحی تشخیص ویروس ها استفاده می کند.
این روش که ADAPT نام دارد به دانشمندان کمک می کند تا تست های تشخیصی بسیار حساسی را ایجاد کنند که می توانند سطوح بسیار پایین ویروس را تشخیص دهند. همچنین بسیار اختصاصی عمل می کنند و فقط ویروس مورد نظر را تشخیص می دهند و نه سایر ویروس ها را. محققان در نشریه ی Nature Biotechnology توضیح داده اند که چگونه از این رویکرد خود برای تست تشخیصی برای 2000 ویروس شناخته شده ی مهره داران از جمله SARS-CoV-2 استفاده کرده اند.
طراحی یک تست تشخیص ویروس شامل انتخاب دقیق بهترین مکان ها در DNA یا RNA ویروس برای آزمایش هدف است. این کار تا کنون به طور دستی و بر اساس اصول و قوانین خاصی انجام می شد که نیازمند مقدار زیادی آزمون و خطا بود. روش ADAPT که از الگوریتم های آموزش دیده برای پیش بینی بهترین توالی ها برای تشخیص استفاده می کند، به دانشمندان کمک می کند تا به سرعت تست هایی را طراحی کنند که برای تعداد زیادی از ویروس های مختلف موثر هستند و می توانند همزمان با تکامل ویروس ها به سرعت اصلاح و مقیاس بندی شوند.
پردیس ثابتی نویسنده ی ارشد این مطالعه گفته است که هدف ADAPT توسعه ی اقدامات تقابلی است که ویروسی را که در حال حاضر در گردش است، هدف قرار دهد و آماده باشد که پا به پای ویروس در حال تکامل و تغییر حرکت کند. ثابتی همچنین محقق موسسه ی پزشکی هاروارد هیوز، استاد مرکز زیست شناسی سیستم ها و گروه زیست شناسی ارگانیسمی و تکاملی در دانشگاه هاروارد و استاد گروه ایمنولوژی و بیماری های عفونی در دانشکده ی بهداشت عمومی هاروارد تی چان است.
همچنین پریا پیلای مهندس نرم افزار تیم یک وبسایت ایجاد کرده است که محققان دیگر می توانند برای هر ویروس شناخته شده ای تست های تشخیصی خاص آن را بیابند یا سیستم ADAPT را بر روی داده های خود اجرا کنند.
برای مطالعه ی بیشتر اینجا کلیک کنید.
@practicalbioinformatics

💽نرم افزار +LigPlot به همراه لایسنس یک ساله اکادمیک تا August 2023

✍️برنامه ای برای نمایش اینتراکشن بین پروتئین-پروتئین و پروتئین-لیگاند

💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalBioinformatics

دوره طراحی دارو

سرفصل‌ ها:

مقدمه اي بر طراحی دارو
آشنایی با انواع روش های طراحی دارو (براساس ساختار،بر اساس لیگاند)
آشنایی با فرمت های مختلف مولکولهای شیمیایی
آشنایی با انواع دیتابیس های دارویی
آشنایی با دیتابیس های ماکرومولکولی
مبانی تئوری داکینگ، اصول غربال گري مجازي
آشنایی و آموزش روش های طراحی و بهینه سازی مولکولی
آشنایی و آموزش openbabel
آموزش بهینه سازی و آماده سازی ماکرو مولکول
آشنایی و آموزش Autodock و Vina
آموزش داکینگ بروی پروتئین
آموزش استخراج و آنالیز نتایج
آموزش نرم‌افزار Molegro و Chimera
آموزش استفاده از PyRx برای غربالگری مجازی
آموزش کار با LIGPLOT+ و Discovery Studio
آموزش غربالگری مجازی فارماکوفوری ساختار محور باZincPharmer
آموزش غربالگری مجازی فارماکوفوری لیگاند محور با PharmaGist
آموزش غربالگری مجازی بر اساس شکل ساختار محور با Pharmit
اشنایی با دینامیک مولکولی و نرمافزار گرومکس
آموزش و راهنمایی طراحی پروژه و مقاله در زمینه طراحی دارو

اطلاعات بیشتر:
09106665590
www.parssilico.com

💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalBioinformatics

⚙سرور پارس MD
▪️شرکت پارس سیلکو با در اختیار داشتن سرور های مبتنی بر GPU و همکاران متخصص شبیه سازی دینامیک مولکولی این امکان را فراهم کرده

تا در سریعترین زمان ممکن، دقیقترین و جامع ترین خدمات شبیه سازی دینامیک مولکولی را در اختیار محققین عزیز قرار دهد.
▪️آدرس دسترسی به وب سرور :

parssilico.com/index.php/services/other-services/md

💭 سلسله جلسات بایوگپ(BioGap)

در سومین جلسه بایوگپ، میزبان خانم دکتر ژاله صفی‌خانی از موسسه Skyhawk Therapeutic و دکتر پگاه خسروی، استادیار دانشگاه CUNY Newyork city college of technology هستیم.

در این جلسه در مورد «بیوانفورماتیک: در آکادمی و شرکت ها» به گفتگو با این دو سخنران بزرگوار می‌پردازیم.

❗️ این جلسه در بستر اسکای روم برگزار میگردد و ورود برای عموم آزاد و رایگان است.


⏰ یکشنبه، ۹ بهمن ماه ۱۴۰۱ ساعت ۱۹

🌐 لینک جلسه:
https://www.skyroom.online/ch/arashfj/biogap

@IranianBioinformaticsSociety
@CBRC_aut

❄️ چرا XBB.1.5 - جدیدترین سویه Omicron - می تواند در رقابت با دیگر سویه COVID-19 پیروز شود"

⁧• سویه XBB.1.5 فرعی Omicron به سرعت در کشورهای مختلف از جمله ایالات متحده و کانادا در حال افزایش است.

• مرکز کنترل بیماری های ایالات متحده XBB.1.5 به زودی تقریباً 40٪ موارد COVID-19 در ایالات متحده را تشکیل می دهد.

• داده های نظارتی در بریتانیا نشان می دهد که XBB.1.5 نشان دهنده 1 مورد از 25 مورد COVID-19 است و می تواند به سویه غالب بعدی تبدیل شود.

• سویه XBB.1.5 تا روز پنجشنبه در 29 کشور شناسایی شده است

• سویه XBB.1.5 از شاخه BA2 Omicron تکامل یافته و آن را به یکی از آخرین اعضای یک شجره خانوادگی پیچیده تبدیل کرده است.

• سویه XBB.1.5 می تواند چندین مزیت تکاملی داشته باشد، از جمله جهش هایی که به چسبیدن آن به سلول های انسانی و فرار از سیستم ایمنی کمک می کند.

• یکی از محققان انستیتوی فناوری نیویورک در حال ردیابی شیوع XBB.1.5 است و پیشنهاد می‌کند که ممکن است جهش‌هایی داشته باشد که گرفتن و انتشار آن را آسان‌تر می‌کند.
⁧‏
💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalBioinformatics

فرصت کاراموزی بیوانفورماتیک
لینک ثبت نام
https://www.baseclear.com/career-jobs/intern-bioinformatics/
💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalBioinformatics

🎯دوره کارآموزی بیوانفورماتیک کارشناسی ارشد - گروه van Heesch

لینک ثبت نام
https://werkenbijprinsesmaximacentrum.nl/vacature/masters-internship-bioinformatics-the-van-heesch-group/
💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalBioinformatics

http://bit.do/ePCeQ

📣 دوره های آموزشی تابستان پارس سیلیکو
انلاین و حضوری

📋لیست دوره‌ ها:

▫️طراحی دارو
▫️طراحی واکسن
▫️کیوسار QSAR
▫️دینامیک مولکولی
▫️زیست شناسی سامانه ای
▫️انالیز داده های متاژنومیکس
▫️انالیز بیان ژن (Microarry و RNA-seq)
▫️انالیز Single-cell RNA sequencing
▫️زبان برنامه نویسی پایتون (بایو پایتون)
▫️زبان برنامه نویسی R
▫️بایولینوکس

🧩به همراه شرایط اقساطی پرداخت
🎁 ثبت نام در دوره‌ها با تخفیف ویژه!
🏆 موفقیت بیش از ۹۰٪ درصد در طراحی پروژه و مقاله نویسی
📈 بهبود مهارت‌های خود در حوزه بیوانفورماتیک با آموزش‌های بهاره پارس سیلیکو!

👨‍🏫 جزئیات بیشتر:

▫️۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰

📞 برای دریافت سرفصل ها و هزینه دوره ها به سایت ما مراجعه بفرمایید :
🌍 goo.gl/9ytXkG


🥇آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📢 دوره طراحی دارو

💎شرکت کنندگان در این دوره شانس حضور در پروژه های مقاله محور آزمایشگاه را دریافت می‌کنند.

سرفصل‌ ها:

مقدمه اي بر طراحی دارو
آشنایی با انواع روش های طراحی دارو (براساس ساختار،بر اساس لیگاند)
آشنایی با فرمت های مختلف مولکولهای شیمیایی
آشنایی با انواع دیتابیس های دارویی
آشنایی با دیتابیس های ماکرومولکولی
مبانی تئوری داکینگ، اصول غربال گري مجازي
آشنایی و آموزش openbabel
آموزش بهینه سازی و آماده سازی ماکرو مولکول
آشنایی و آموزش Autodock و Vina
آموزش داکینگ بروی پروتئین
آموزش استخراج و آنالیز نتایج
آموزش نرم‌افزار MVW و  Chimera
آموزش استفاده از PyRx برای غربالگری مجازی
آموزش کار با LIGPLOT+ و Discovery Studio
آموزش غربالگری مجازی فارماکوفوری ساختار محور باZincPharmer
آموزش غربالگری مجازی فارماکوفوری لیگاند محور با PharmaGist
آموزش غربالگری مجازی بر اساس شکل ساختار محور با Pharmit
اشنایی با دینامیک مولکولی و نرمافزار گرومکس
آموزش طراحی پروژه و مقاله

اطلاعات بیشتر:
09106665590
www.parssilico.com

💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalBioinformatics

🎯۷۰ پوزیشن دکتری در زمینه های زیست شناسی، سرطان، ژنتیک، ایمونولوژی، بیوانفورماتیک ، طراحی دارو و... در دانشگاه های ایتالیا

لینک ثبت نام
https://www.semm.it/education/open-positions
💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalBioinformatics

با Boost کردن کانال پارس سیلیکو، به ما در فعال کردن قابلیت انتشار استوری کمک کنید🧡
https://news.1rj.ru/str/PracticalBioinformatics?boost

📢 خبر علمی: تومورهای سرطانی، برنامه ژنتیکی اعصاب در حال توسعه را می‌دزدند

یک مطالعه توسط پژوهشگران دانشگاه یومیو در سوئد نشان داده است که تومورهای سرطانی قادرند برنامه ژنتیکی مورد استفاده توسط اعصاب در حال توسعه را "دزدی" کنند. این تعامل بین تومورها و اعصاب به عنوان تهاجم پیرینورال شناخته می‌شود.

در این تحقیق، مشاهده شد که تومورها توانسته‌اند تراکم اعصاب را در درون و اطراف خود افزایش دهند، که این نشان می‌دهد سرطان توانایی تغییر و بازسازی اعصاب را دارد. همچنین، تومورها با داشتن نسخه خاصی از ژن‌هایی که در حالت طبیعی کنترل رشد و پخش اعصاب را دارند، می‌توانند به رشد و پخش خود کمک کنند.

در نتیجه، تومورهایی که تراکم بالای اعصاب دارند، سریع‌تر رشد می‌کنند و از طریق اعصاب به سایر قسمت‌های بدن پخش می‌شوند. این کشفیات نوید می‌دهد که مطالعه بیشتر در این حوزه می‌تواند به پیدا کردن راهکارهای جدید در درمان سرطان منجر شود.

برای اطلاعات بیشتر، می‌توانید به لینک زیر مراجعه کنید:
لینک خبر

#سرطان

💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalBioinformatics

🎧 امشب بشنوید
اپیزود اول #پادکست_پارس_سیلیکو :
هوش مصنوعی چگونه دنیای داروسازی را دگرگون میکند؟

💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

@practicalBioinformatics