🏴نقشه راه برای انالیز دیتاهای NGS
📂 Next Generation Data Analysis Pipeline

#NGS #RNA_seq
🔎 عضویت در کانال آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📣 #معرفی پایگاه_داده dSysMap

🖥 پایگاه dSysMap یک ابزار محاسباتی برای مشاهده و تفسیر اثر جهش ها برروی ظهور و بروز بیماری های پیچیده می باشد. این امر از طریق نشان دادن و مشخص کردن جهش ها برروی اینترکتوم های ساختاری ( مجموعه اینتراکشن های مولکولی در یک سلول) صورت می گیرد. نگاشت و مشخص کردن جهش ها بر روی ساختار پروتئین و اینتراکشن های پروتئینی به شما این اجازه را می دهد که نواحی و مناطق از اینترکتوم که تحت تاثیر جهش قرار گرفته اند را مشاهده کرده و کمک میکند تا شما بتوانید مکانیسم اثر آنها را بررسی کنید.
http://goo.gl/QayQbr
این پایگاه حاوی اطلاعات :
25686💫 جهش
3038 💫فنوتیپ
1204 💫بیماری
20355 💫پروتئین
انسانی می باشد. با توجه به این دیتابیس در حدود 2286 پروتئین که تحت تاثیر جهش های بیماری زا قرار می گیرند شناخته شده اند. و از این تعداد، تنها اطلاعات ساختاری 1696 پروتئین در دسترس می باشد.
لینک دسترسی به این پایگاه👇
🌐http://dsysmap.irbbarcelona.org/

#پایگاه_داده #جهش #بیماری #پروتئین #اینترکتوم #dSysMap #زیست_پزشکی_سامانه_ای #بیوانفورماتیک_ساختاری

🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

http://goo.gl/LYgMyJ
📣 #معرفی پایگاه_داده dSysMap

( 1 ) شما می توانید جهش های مربوط به یک بیماری خاص را مشاهده کنید. از اینجا شروع کنید، با مرورر لیستی از بیماری ها که در این قسمت قرار داده شده است. شما همچنین می توانید با تایپ نام یک بیماری در باکس ورودی لیست بیماری ها را فیلتر کنید..

( 2 ) همچنین شما می توانید یک لیست از پروتئین مورد علاقه خود را با درج آن در باکس مربوطه ، به سرور معرفی و شبکه ای از برهمکنشهای شامل این پروتئین ها (و جهش ها مربوطه) را مشاهده کنید.

( 3 ) گزینه دیگر وارد کردن لیستی از جهش ها می باشد.

🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

http://goo.gl/Tfdy7Z
📣 #معرفی پایگاه_داده dSysMap

📂در این صفحه شما می توانید شبکه بیماری برای (براکی داکتیلی) Brachydactyly را ببینید. Brachydactyly یک گروه از ناهنجاری های ارثی می باشند که با کوتاه بودن غیر طبیعی انگشتان دست و پا مشخص می شوند.

👁در تصویر، شما می توانید نمایشی از شبکه پروتئین های حاصل از جستجوهای خود را پیدا کنید. گره در این شبکه نشان دهنده پروتئین ها است در حالی که یال نشان دهنده برهمکنشهای پروتئین-پروتئین (PPI ها) می باشند.

🔸گره ها بر اساس در دسترس بودن اطلاعات ساختاری پروتئین ها رنگ امیزی شده اند.

🔸همچنین رنگ امیزی و نحوی نمایش یالها نیز وابسته به وجود اطلاعات ساختاری اینترکشن مربوطه می باشد.

🔹حلقه های کوچک رنگی نشان دهند وجود جهش های مخصوص به بیماری ،در پروتئین و یا محل اینترکشن پروتئین می باشد. (دیسک های جهش).
🔹دیسکهای جهشی در مرکز پروتئین مربوط به جهش (مدفون شده )مربوط به یک بیماری خاص می باشد
🔹دیسک های در حاشیه پروتئین نشان دهنده جهش های مربوط به بیماری که در سطح پروتئین قرار دارد ولی اینتراکشنی که تحت تاثیر جهش قرار گرفته مشخص نمی باشد.
🔹دیسک های که بروی یال قرار گرفته اند نشان دهنده جهش های عامل بیماری هستند که اینترکشن 2 پروتئین را تحت تاثیر قرار داده اند .

🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

The Scientist - June 2016
English | 76 pages | True PDF | 21 MB
🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📰 #The_Scientist (Jun-2016)
✨ #Magazine
💾 21 MB
🏆ParsSilico Laboratory
🌐www.DrugDesign.ir

📣 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو برگزار می کند.
🖥مجموعه کارگاه های تابستان
🕙بیوانفورماتیک، پایتون، لینوکس، طراحی دارو و واکسن، دینامیک مولکولی، فیلوژنی و..
👇اطلاعات بیشتر

http://goo.gl/FbWSkW

⁣⁣http://goo.gl/S1D6e0

⁣💥از کجا می توانیم دیتاهای NGS را بدست بیاوریم؟

شما می توانید داده های مورد نظرتان را خودتان تولید کنید اما بسیاری از داده ها NGS در اینترنت نیز وجود دارد. بررسی کنید شاید کسی این ازمایش شما را را قبلا انجام داده است در نتیجه در وقت و پول شما صرفه جویی می شود چهار مخزن اصلی برای
داده های NGS وجود دارد:

1) آرشیو SRA از NCBI
مخزن فایل های داده های خام به فرمت SRA، که FASTQC را قبول نمی کند.
⁣http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra

2) آرشیو GEO در NCBI
مخزن حاوی داده های پردازش شده که از آزمایش های بیان ژنی مانند RNA-Seq, ChIP-Seq بدست امده اند.
⁣http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/


3) آرشیوی ENV از EBI
مخزن فایل های داده های خام به فرمت FASTQC
⁣http://www.ebi.ac.uk/ena

4) آرشیوی ArrayExpress از EBI
مخزن حاوی داده های پردازش شده که از آزمایش های بیان ژنی مانند RNA-Seq, ChIP-Seq بدست امده اند.
⁣http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress

🔎 عضویت در کانال بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📚 کتاب هفته:
📙 Python Programming for Biology
✒️ Author(s): Tim J. Stevens
⏳ Year: 2015
💾 Size: 8 MB
✨ #Python #Book
🌐 www.DrugDesign.ir
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

📙 Python Programming for Biology
✒️ Author(s): Tim J. Stevens
⏳ Year: 2015
💾 Size: 8 MB
✨ #Python #Book #pars_silico
🌐 www.DrugDesign.ir
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎬 کلیپ برگزیده:
انیمیشن زیبایی که نشان میدهد، سیستم ایمنی در مواجه با باکتری چطور کار میکند .

📙 The Immune System Explained
⏳ Duration: 6 min
💾 Size: 24 MB
✨ #Immune #ParsSilico #کلیپ
🌐 www.DrugDesign.ir

🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎬 کلیپ برگزیده:
انیمیشن زیبا درباره مکانیسم تشکیل میکرو ار ان ای microRNA و نقش و عملکرد آنها

🎞 microRNA
⏳ Duration: 5 min
💾 Size: 16 MB
✨ #microRNA #ParsSilico #کلیپ

🌐 www.DrugDesign.ir

🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔سامانه اطلاع رسانی پارس سیلیکو

💫تنها سامانه اطلاع رسانی تخصصی علوم زیستی، پزشکی و داروسازی

🏆مجهز به سامانه ایمیل و پیامک 📩📞

📝عضویت در سامانه از طریق تکمیل فرم زیر👇
🌐http://goo.gl/leBmuB

💫 بیوانفورماتیک از منظر ما

🔎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 👇
https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🎬 کلیپ برگزیده:
انیمیشن زیبایی که توسط گروه Nature تهیه شده و نشان میدهد، چگونه سلولهای سرطانی توسط سیستم ایمنی شناسایی و نابود می شوند، و سلولهای سرطانی برای فرار از سیستم ایمنی چگونه عمل می کنند.

📙 Tumour immunology and immunotherapy
⏳ Duration: 5 min
💾 Size: 21 MB
✨ #Immune #Tumour
🌐 www.DrugDesign.ir

🔗https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ