modeller9.18-32bit.exe
13.1 MB
💎نسخه 9.18 نرمافزار مدلر،سازگار با پایتون 3.6
🔔 مشکل نسخه قدیمی مدلر عدم سازگاری با پایتون ورژن های 3 بود که در این نسخه مشکل حل شده
کد:MODELIRANJE
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
🔔 مشکل نسخه قدیمی مدلر عدم سازگاری با پایتون ورژن های 3 بود که در این نسخه مشکل حل شده
کد:MODELIRANJE
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
📢آرمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو برگزار میکند:
🔔کارگاه لینوکس برای زیست شناسی
⏳تاریخ برگزاری : ۱۹ اسفند ماه
📲 اطلاعات بیشتر : ۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰
ParsSilico.com
@practicalbioinformatics
🔔کارگاه لینوکس برای زیست شناسی
⏳تاریخ برگزاری : ۱۹ اسفند ماه
📲 اطلاعات بیشتر : ۰۹۱۰۶۶۶۵۵۹۰
ParsSilico.com
@practicalbioinformatics
✍️الگوریتم های جدیدی که می توانند داروسازی و به تبع آن فهم ما از حیات را متحول کنند.
💎دسته جدیدی از الگوریتم های یادگیری ماشین (machine learning) توسط پژوهشگران دانشگاه تورنتو ابداع شده است که می تواند ساختارهای سه بعدی از مولکول های پروتئینی کوچک تولید کند و این امر ممکن است روند توسعه ی درمان های دارویی برای گستره ی وسیعی از بیماریها از آلزایمر گرفته تا سرطان را دچار تحول اساسی کند.
علی پونجانی دانشجوی دکترای دانشگاه تورنتو که در ابداع این الگوریتم مشارکت داشته می گوید: "طراحی موفق داروها مانند حل کردن یک پازل است. بدون آگاهی از شکل سه بعدی یک پروتئین انگار دارید با چشمان بسته یک پازل را حل می کنید".
وی اضافه کرد که توانایی تعیین ساختار اتمی سه بعدی مولکول های پروتئینی کلید فهم چگونگی نحوه ی کارکرد و پاسخ دهی به درمان های دارویی است.
داروها از طریق اتصال به مولکولهای پروتئینی خاص و تغییر ساختار سه بعدی آنها عمل می کنند و عملکرد آن پروتئین در درون بدن را تغییر می دهند. یک داروی ایده آل باید به شکلی طراحی شود که تنها به یک پروتئین خاص متصل شود که در یک بیماری دخیل است و اثرات جانبی ناشی از اتصال به دیگر پروتئین های بدن را نداشته باشد.
این مجموعه ی جدید از الگوریتم ها با استفاده از عکس های میکروسکوپی ساختارهای سه بعدی مولکول های پروتئین بازسازی می کند. از آنجایی که پروتئین ها بسیار کوچکند (حتی کوچکتر از طول موج نور) بدون تکنیک های خاصی مانند electron cryomicroscopy قادر به دیدن آنها نیستیم. این روش جدید انقلابی در مسیر کشف ساختار سه بعدی پروتئین ها ایجاد خواهد کرد و به دانشمندان اجازه خواهد داد تا پروتئین های بسیاری را که در گذشته قابل مطالعه نبودند را مورد بررسی قرار دهند.
تکنیک میکروسکوپ الکترونی هنوز بی همتاست زیرا می توان با آن و با استفاده از میکروسکوپ های فوق قدرتمند ده ها هزار تصویر از یک نمونه پروتئین فریز شده تهیه کرد. یک مشکل محاسباتی در این میان وجود دارد که آن سر هم کردن صحیح این عکس ها برای برساختن ساختار سه بعدی واضحی از آن عکس های دو بعدی کم کیفیت است.
پروفسور دیوید فلیت مدیر گروه علوم ریاضی و کامپیوتر دانشگاه تورنتو و استاد راهنمای آقای پونجانی می گوید: "روش ما قسمت عمده ای از مشکلاتی که بر سر راه سرعت کار و تعداد ساختارهای قابل تعیین در این کار قرار داشت را حل کرده است".
این الگوریتم به تولید داروهای جدید کمک بسیاری خواهد کرد زیرا ابزار سریعتر و کارامدتری در راه رسیدن به ساختار صحیح پروتئین در اختیار ما می گذارد.
بروبیکر از همکاران این پروژه می گوید: "تکنیک های فعلی چندین روز یا هفته برای تولید یک ساختار سه بعدی روی یک ابر کامپیوتر زمان نیاز دارند، در حالی که روش ما این کار را در طی چند دقیقه و با یک کامپیوتر معمولی ممکن ساخته است".
آقای علی پونجانی می گوید که تکنیک های فعلی معمولا ساختار های غلطی را تولید می کنند مگر اینکه کاربر خودش تصور دقیقی از مولکول مورد مطالعه در ذهن داشته باشد. یک نوآوری در این روش جدید اینست که دیگر نیازی نیست شما از قبل دانشی در مورد مولکول پروتئین مورد مطالعه داشته باشید.
او می گوید: "امیدواریم کشفیات جدید در بیولوژی ساختاری با سرعت بیشتری اتفاق بیفتند. چشم انداز نهایی این است که داروهای احتمالی جدیدی برای بیماریها و درک عمیقتری از اینکه حیات در سطح اتمی چگونه است، به دست بیاید.
این پژوهش در نشریه ی نیچر متدز منتشر شده است.
nature.com/articles/doi:10.1038/nmeth.4169
goo.gl/7AnGz4
💎کانال تلگرام آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
👇👇
@practicalbioinformatics
💎دسته جدیدی از الگوریتم های یادگیری ماشین (machine learning) توسط پژوهشگران دانشگاه تورنتو ابداع شده است که می تواند ساختارهای سه بعدی از مولکول های پروتئینی کوچک تولید کند و این امر ممکن است روند توسعه ی درمان های دارویی برای گستره ی وسیعی از بیماریها از آلزایمر گرفته تا سرطان را دچار تحول اساسی کند.
علی پونجانی دانشجوی دکترای دانشگاه تورنتو که در ابداع این الگوریتم مشارکت داشته می گوید: "طراحی موفق داروها مانند حل کردن یک پازل است. بدون آگاهی از شکل سه بعدی یک پروتئین انگار دارید با چشمان بسته یک پازل را حل می کنید".
وی اضافه کرد که توانایی تعیین ساختار اتمی سه بعدی مولکول های پروتئینی کلید فهم چگونگی نحوه ی کارکرد و پاسخ دهی به درمان های دارویی است.
داروها از طریق اتصال به مولکولهای پروتئینی خاص و تغییر ساختار سه بعدی آنها عمل می کنند و عملکرد آن پروتئین در درون بدن را تغییر می دهند. یک داروی ایده آل باید به شکلی طراحی شود که تنها به یک پروتئین خاص متصل شود که در یک بیماری دخیل است و اثرات جانبی ناشی از اتصال به دیگر پروتئین های بدن را نداشته باشد.
این مجموعه ی جدید از الگوریتم ها با استفاده از عکس های میکروسکوپی ساختارهای سه بعدی مولکول های پروتئین بازسازی می کند. از آنجایی که پروتئین ها بسیار کوچکند (حتی کوچکتر از طول موج نور) بدون تکنیک های خاصی مانند electron cryomicroscopy قادر به دیدن آنها نیستیم. این روش جدید انقلابی در مسیر کشف ساختار سه بعدی پروتئین ها ایجاد خواهد کرد و به دانشمندان اجازه خواهد داد تا پروتئین های بسیاری را که در گذشته قابل مطالعه نبودند را مورد بررسی قرار دهند.
تکنیک میکروسکوپ الکترونی هنوز بی همتاست زیرا می توان با آن و با استفاده از میکروسکوپ های فوق قدرتمند ده ها هزار تصویر از یک نمونه پروتئین فریز شده تهیه کرد. یک مشکل محاسباتی در این میان وجود دارد که آن سر هم کردن صحیح این عکس ها برای برساختن ساختار سه بعدی واضحی از آن عکس های دو بعدی کم کیفیت است.
پروفسور دیوید فلیت مدیر گروه علوم ریاضی و کامپیوتر دانشگاه تورنتو و استاد راهنمای آقای پونجانی می گوید: "روش ما قسمت عمده ای از مشکلاتی که بر سر راه سرعت کار و تعداد ساختارهای قابل تعیین در این کار قرار داشت را حل کرده است".
این الگوریتم به تولید داروهای جدید کمک بسیاری خواهد کرد زیرا ابزار سریعتر و کارامدتری در راه رسیدن به ساختار صحیح پروتئین در اختیار ما می گذارد.
بروبیکر از همکاران این پروژه می گوید: "تکنیک های فعلی چندین روز یا هفته برای تولید یک ساختار سه بعدی روی یک ابر کامپیوتر زمان نیاز دارند، در حالی که روش ما این کار را در طی چند دقیقه و با یک کامپیوتر معمولی ممکن ساخته است".
آقای علی پونجانی می گوید که تکنیک های فعلی معمولا ساختار های غلطی را تولید می کنند مگر اینکه کاربر خودش تصور دقیقی از مولکول مورد مطالعه در ذهن داشته باشد. یک نوآوری در این روش جدید اینست که دیگر نیازی نیست شما از قبل دانشی در مورد مولکول پروتئین مورد مطالعه داشته باشید.
او می گوید: "امیدواریم کشفیات جدید در بیولوژی ساختاری با سرعت بیشتری اتفاق بیفتند. چشم انداز نهایی این است که داروهای احتمالی جدیدی برای بیماریها و درک عمیقتری از اینکه حیات در سطح اتمی چگونه است، به دست بیاید.
این پژوهش در نشریه ی نیچر متدز منتشر شده است.
nature.com/articles/doi:10.1038/nmeth.4169
goo.gl/7AnGz4
💎کانال تلگرام آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
👇👇
@practicalbioinformatics
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
📽electron cryomicroscopy (cryo-EM)
🎥تهیه ساختار 3D پروتئین ها توسط کریومیکروسکوپ الکترونی
💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
🎥تهیه ساختار 3D پروتئین ها توسط کریومیکروسکوپ الکترونی
💎 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
goo.gl/9GR1qJ
✍️ نرم افزار Cytoscape یک نرم افزار یوانفورماتیک متن باز و رایگانی است که برای مصور سازی شبکه های میانکنش مولکولی و نیز برای یکپارچه سازی این میانکنش ها با پروفایل های بیان ژنی و دیگر داده های آماری به کار می رود. برای این نرم افزار اپلیکیشن های زیادی برای تحلیل شبکه و بررسی های مولکولی، پشتیبانی فرمت های فایلها، اسکریپت نویسی و ارتباط با دیتابیس ها وجود دارند.
جدیدترین نسخه این نرم افزار 3.4.0 می باشد. که شما می توانید از طریق این کانال دریافت کنید.
▫️ادرس وب سایت:
cytoscape.org
سعی خواهد شد آموزش این نرم افزار در کانال ارائه شود.
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
✍️ نرم افزار Cytoscape یک نرم افزار یوانفورماتیک متن باز و رایگانی است که برای مصور سازی شبکه های میانکنش مولکولی و نیز برای یکپارچه سازی این میانکنش ها با پروفایل های بیان ژنی و دیگر داده های آماری به کار می رود. برای این نرم افزار اپلیکیشن های زیادی برای تحلیل شبکه و بررسی های مولکولی، پشتیبانی فرمت های فایلها، اسکریپت نویسی و ارتباط با دیتابیس ها وجود دارند.
جدیدترین نسخه این نرم افزار 3.4.0 می باشد. که شما می توانید از طریق این کانال دریافت کنید.
▫️ادرس وب سایت:
cytoscape.org
سعی خواهد شد آموزش این نرم افزار در کانال ارائه شود.
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
Cytoscape_3_4_0_windows_64bit-parssilico.exe
119.4 MB
💎نسخه 3.4 و 64 بیتی نرمافزار Cytoscape
💾 حجم: 120 مگابایت
🔔 توجه داشته باشید برای نصب و اجرا Cytoscape نیاز به نصب جدیدترین ورژن جاوا، نسخه 8 می باشد
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
💾 حجم: 120 مگابایت
🔔 توجه داشته باشید برای نصب و اجرا Cytoscape نیاز به نصب جدیدترین ورژن جاوا، نسخه 8 می باشد
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
goo.gl/qaum4C
✍️معرفی دیتابیس RepurposeDB
داروی مناسب در دز صحیح، برای بیمار درست، در زمان لازم و از مسیر صحیح، یکی از نتایج پزشکی فردمحور و multi-omic است. تغییر کاربری دارو (drug repositioning) به صورت سیستماتیک ما را قادر می سازد تا بینش خودمان از تحلیل های محاسباتی که با یافته های تجربی و آزمایشگاهی ترکیب شده است را در زمان کوتاه تری به یافته های علمی ثابت شده ترجمه کنیم. از اولین گزارشی از تغییر کاربری دارو که ابتدای دهه ی 1950 منتشر شد تا امروز، بیش از 250 گزارش موفق در این مورد منتشر شده است. خالقان RepurposeDB مجموعه ی از این گزارش ها را مورد بررسی قرار داده و یک کد مولکولی برای تغییر کاربری دارو را استخراج کردیم. تحلیل داده هایی که به شکل داروها، اندیکاسیون های اولیه و اندیکاسیون های ثانویه وجود داشتند از اولویت های مولکولی؛ دسته بندی های لیگاندها، نقش های عملکردی و مسیرهای موفقیت تغییر کاربری داروها پرده برداشتند. دیتابیس RepurposeDB در ایجاد مدل های پیش بینی تغییر کاربری دارو می تواند کمک کننده باشد و می تواند تاثیر بزرگی در تغییر کاربری داروی فرد محور داشته باشد که زمینه ی درمانی در حال ظهور و جدیدی در پزشکی فرد محور و مبتنی بر داده هاست.
▫️آدرس دسترسی به این دیتابیس👇👇
repurposedb.dudleylab.org
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
✍️معرفی دیتابیس RepurposeDB
داروی مناسب در دز صحیح، برای بیمار درست، در زمان لازم و از مسیر صحیح، یکی از نتایج پزشکی فردمحور و multi-omic است. تغییر کاربری دارو (drug repositioning) به صورت سیستماتیک ما را قادر می سازد تا بینش خودمان از تحلیل های محاسباتی که با یافته های تجربی و آزمایشگاهی ترکیب شده است را در زمان کوتاه تری به یافته های علمی ثابت شده ترجمه کنیم. از اولین گزارشی از تغییر کاربری دارو که ابتدای دهه ی 1950 منتشر شد تا امروز، بیش از 250 گزارش موفق در این مورد منتشر شده است. خالقان RepurposeDB مجموعه ی از این گزارش ها را مورد بررسی قرار داده و یک کد مولکولی برای تغییر کاربری دارو را استخراج کردیم. تحلیل داده هایی که به شکل داروها، اندیکاسیون های اولیه و اندیکاسیون های ثانویه وجود داشتند از اولویت های مولکولی؛ دسته بندی های لیگاندها، نقش های عملکردی و مسیرهای موفقیت تغییر کاربری داروها پرده برداشتند. دیتابیس RepurposeDB در ایجاد مدل های پیش بینی تغییر کاربری دارو می تواند کمک کننده باشد و می تواند تاثیر بزرگی در تغییر کاربری داروی فرد محور داشته باشد که زمینه ی درمانی در حال ظهور و جدیدی در پزشکی فرد محور و مبتنی بر داده هاست.
▫️آدرس دسترسی به این دیتابیس👇👇
repurposedb.dudleylab.org
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
goo.gl/gr0hbX
ابزار AQUA-DUCT ابزار جدیدی است که انالیز جریان مولکول های حلال را در شبیه سازی دینامیک مولکولی آسان می کند. AQUA-DUCT به ما اجازه می دهد تا رفتار مولکول های حلال را در تمام مراحل شبیه سازی زیر نظر بگیریم و آن را تحلیل و تصویرسازی کنیم. این گونه تحلیل ها می تواند برای بررسی آنزیمهای دارای جایگاه فعال مدفون که از طریق تونل هایی با ماده حلال پیرامونی در ارتباط هستند، مفید باشد. جریان آب را می توان از طریق خواص مولکولی ترکیب آمینو اسیدهای به کار رفته، در تونل ها یا برای آنزیمهای پیچیده تر، از طریق درهای کنترلی که مسیرهای دسترسی را باز می کنند یا می بندند، کنترل کرد.
▫️آدرس دسترسی به این ابزار👇👇
aquaduct.pl/
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
ابزار AQUA-DUCT ابزار جدیدی است که انالیز جریان مولکول های حلال را در شبیه سازی دینامیک مولکولی آسان می کند. AQUA-DUCT به ما اجازه می دهد تا رفتار مولکول های حلال را در تمام مراحل شبیه سازی زیر نظر بگیریم و آن را تحلیل و تصویرسازی کنیم. این گونه تحلیل ها می تواند برای بررسی آنزیمهای دارای جایگاه فعال مدفون که از طریق تونل هایی با ماده حلال پیرامونی در ارتباط هستند، مفید باشد. جریان آب را می توان از طریق خواص مولکولی ترکیب آمینو اسیدهای به کار رفته، در تونل ها یا برای آنزیمهای پیچیده تر، از طریق درهای کنترلی که مسیرهای دسترسی را باز می کنند یا می بندند، کنترل کرد.
▫️آدرس دسترسی به این ابزار👇👇
aquaduct.pl/
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
آزمایشگاه پارس سیلیکو
goo.gl/9GR1qJ ✍️ نرم افزار Cytoscape یک نرم افزار یوانفورماتیک متن باز و رایگانی است که برای مصور سازی شبکه های میانکنش مولکولی و نیز برای یکپارچه سازی این میانکنش ها با پروفایل های بیان ژنی و دیگر داده های آماری به کار می رود. برای این نرم افزار اپلیکیشن…
goo.gl/4R3o7C
✍️معرفی و آموزش Cytoscape (صفحه خوش آمدگویی) بخش 1
▫️"گزینه From Network Database ": این گزینه به شما اجازه می دهد تا یک شبکه را از دیتابیس های عمومی اینتراکشن یا از وب سرور Pathway وارد کنید. اگر می خواهید داده های یک شبکه ی عمومی را آنالیز کنید یا اگر یک ژن خاص یا دسته ای از ژنها را دارید و می خواهید اینتراکنش های آنها را بیابید، از این گزینه استفاده کنید. جزییات در زیر آمده است.
▫️" گزینه Organism Networks ": دسته ای از آیکن ها که در پایین ایکون From Network Database قرار گرفته شده اند و شامل مجموعه ای از شبکه ها مدل های ارگانیسم مانند انسان، موش و.. می باشد که از BioGRID گرفته شده اند.
در طرف راست صفحه ی خوش آمدگویی، دو گزینه ی دیگر قرار دارند که برای بارگذاری کارهای موجود استفاده می شوند:
▫️"گزینه Open Recent Session": این لیستی از تمام فایل های کارهایی است که تا بحال باز کرده اید
. توجه کنید که "نمونه شبکه مخمر" همیشه وجود دارد و دسترسی به galFiltered.cys را مهیا می کند که اغلب برای نشان دادن ویژگی های سیتواسکیپ به کار می رود.
▫️"گزینه Open Session File": به شما اجازه می دهد تا برای بارگذاری فایل های کارهای سایتواسکیپ، فایل های سیستمی شما مورد جستجو قرار گیرد.
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
✍️معرفی و آموزش Cytoscape (صفحه خوش آمدگویی) بخش 1
▫️"گزینه From Network Database ": این گزینه به شما اجازه می دهد تا یک شبکه را از دیتابیس های عمومی اینتراکشن یا از وب سرور Pathway وارد کنید. اگر می خواهید داده های یک شبکه ی عمومی را آنالیز کنید یا اگر یک ژن خاص یا دسته ای از ژنها را دارید و می خواهید اینتراکنش های آنها را بیابید، از این گزینه استفاده کنید. جزییات در زیر آمده است.
▫️" گزینه Organism Networks ": دسته ای از آیکن ها که در پایین ایکون From Network Database قرار گرفته شده اند و شامل مجموعه ای از شبکه ها مدل های ارگانیسم مانند انسان، موش و.. می باشد که از BioGRID گرفته شده اند.
در طرف راست صفحه ی خوش آمدگویی، دو گزینه ی دیگر قرار دارند که برای بارگذاری کارهای موجود استفاده می شوند:
▫️"گزینه Open Recent Session": این لیستی از تمام فایل های کارهایی است که تا بحال باز کرده اید
. توجه کنید که "نمونه شبکه مخمر" همیشه وجود دارد و دسترسی به galFiltered.cys را مهیا می کند که اغلب برای نشان دادن ویژگی های سیتواسکیپ به کار می رود.
▫️"گزینه Open Session File": به شما اجازه می دهد تا برای بارگذاری فایل های کارهای سایتواسکیپ، فایل های سیستمی شما مورد جستجو قرار گیرد.
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
goo.gl/DVSsll
✍️معرفی Cytoscape (صفحه خوش آمدگویی) بخش 2
💎 گزینه From Network Database
انتخاب گزینه From Network Database صفحه ی واسطه ی the Interaction Database Universal Client را باز می کند:
▪️در این بخش، جستجوی خود را وارد کنید مثلا ژن یا مجموعه ژن هایی که مورد نظر شماست مانند "BRCA2".
▪️در کشوی "Search Mode"، شما می توانید نوع جستجوی خود را به Search Interactome تغییر دهید تا بتوانید به جستجوی یک اینتراکتوم کامل بر اساس گونه ها بپردازید.
▪️بخش Select Database، دیتابیس های موجود را نشان می دهد. بعد از آغاز جستجو با کلیک کردن بر روی کلمه ی Search، نتایج جستجو در ستون Records Found قابل مشاهده است:
▪️در بخش Select Database، نتایج را از طریق چک باکس ستون Import انتخاب کنید یا از انتخاب خارج کنید. وقتی آماده بودید بر روی Import کلیک کنید.
▪️می توانید تمام اینتراکشن ها را وارد کنید یا تعدادی از آنها را انتخاب نکنید. با کلیک بر روی Import، شبکه های یافته شده وارد می شوند.
▪️منو The Interaction Database Universal Client نیز از اینجا قابل دسترسی است:
File → Import→ Public Databases
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
✍️معرفی Cytoscape (صفحه خوش آمدگویی) بخش 2
💎 گزینه From Network Database
انتخاب گزینه From Network Database صفحه ی واسطه ی the Interaction Database Universal Client را باز می کند:
▪️در این بخش، جستجوی خود را وارد کنید مثلا ژن یا مجموعه ژن هایی که مورد نظر شماست مانند "BRCA2".
▪️در کشوی "Search Mode"، شما می توانید نوع جستجوی خود را به Search Interactome تغییر دهید تا بتوانید به جستجوی یک اینتراکتوم کامل بر اساس گونه ها بپردازید.
▪️بخش Select Database، دیتابیس های موجود را نشان می دهد. بعد از آغاز جستجو با کلیک کردن بر روی کلمه ی Search، نتایج جستجو در ستون Records Found قابل مشاهده است:
▪️در بخش Select Database، نتایج را از طریق چک باکس ستون Import انتخاب کنید یا از انتخاب خارج کنید. وقتی آماده بودید بر روی Import کلیک کنید.
▪️می توانید تمام اینتراکشن ها را وارد کنید یا تعدادی از آنها را انتخاب نکنید. با کلیک بر روی Import، شبکه های یافته شده وارد می شوند.
▪️منو The Interaction Database Universal Client نیز از اینجا قابل دسترسی است:
File → Import→ Public Databases
✍️آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
🎁 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
🌹سال خوبی را برای شما آرزومند است🌹
📢 @practicalbioinformatics
🌍www.ParsSilico.com
☎️09106665590
🌹سال خوبی را برای شما آرزومند است🌹
📢 @practicalbioinformatics
🌍www.ParsSilico.com
☎️09106665590
📢دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی با همکاری پارس سیلیکو برگزار می کند:
▫️کارگاه های بهار
⏱اردیبهشت ماه
▫️کارگاه های بیوانفورماتیک، طراحی دارو
🎁با تخفیف های ویژه
ParsSilico.com
@practicalbioinformatics
▫️کارگاه های بهار
⏱اردیبهشت ماه
▫️کارگاه های بیوانفورماتیک، طراحی دارو
🎁با تخفیف های ویژه
ParsSilico.com
@practicalbioinformatics
goo.gl/qk8CFi
✍️واکنش های رسانه ها به دستکاری ژنوم انسان
به تازگی من گزارش آکادمی ملی علوم آمریکا درباره دستکاری ژنوم انسان رو مطالعه کردl این گزارش درباره خیلی از مشکلات و چالش های علمی و اخلاقی در زمینه دستکاری ژن های انسانی اشاره کرده است گزارش آکادمی به صورت محتاطانه از دست کاری سلول های جنسی انسانی استقبال کرده بود اما در صورتی که این دستکاری ها به صورت شفاف ، تحت نظارت و در جهت منافع سلامت انسان صورت گیرد
از این رو من در اینجا من یک سری از واکنش های رسانه های جهانی را به این گزارش برای شما ارایه میدهم.
Human genome editing shouldn’t be used for enhancement – yet (New Scientist)
https://www.newscientist.com/article/2121264-human-genome-editing-shouldnt-be-used-for-enhancement-yet/
With stringent oversight, heritable human genome editing could be allowed (Science Daily)
https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170214130539.htm
Genome-edited humans get green light from expert panel (Ars Technica)
https://arstechnica.com/science/2017/02/science-experts-endorse-genetically-editing-humans/
US scientists back gene editing but warn against ‘designer babies’ (Telegraph)
http://www.telegraph.co.uk/science/2017/02/14/us-scientists-back-gene-editing-warn-against-designer-babies/
CRISPR should be used to combat disease, not make designer babies (yet) (Wired)
http://www.wired.co.uk/article/crispr-disease-designer-babies-regulations
No red line against CRISPR’ing early embryos, experts rule (STAT)
https://www.statnews.com/2017/02/14/national-academy-crispr-report/
US panel gives yellow light to human embryo editing (Science)
http://www.sciencemag.org/news/2017/02/us-panel-gives-yellow-light-human-embryo-editing
Review favours human gene editing under stringent conditions (Financial Times)http://www.sciencemag.org/news/2017/02/us-panel-gives-yellow-light-human-embryo-editing
Germline gene editing should be allowed – in certain cases (BioWorld Online)
http://www.bioworld.com/content/germline-gene-editing-should-be-allowed-%E2%80%93-certain-cases
Human Gene Editing Receives Science Panel’s Support (New York Times)
https://www.nytimes.com/2017/02/14/health/human-gene-editing-panel.html
Ethicists advise caution in applying CRISPR gene editing to humans (Washington Post)
https://www.washingtonpost.com/news/speaking-of-science/wp/2017/02/14/ethicists-advise-caution-in-applying-crispr-gene-editing-to-humans/
Human gene editing therapies are OK in certain cases, panel advises (Science News)
https://www.sciencenews.org/article/human-gene-editing-therapies-are-ok-certain-cases-panel-advises
✔️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
✍️واکنش های رسانه ها به دستکاری ژنوم انسان
به تازگی من گزارش آکادمی ملی علوم آمریکا درباره دستکاری ژنوم انسان رو مطالعه کردl این گزارش درباره خیلی از مشکلات و چالش های علمی و اخلاقی در زمینه دستکاری ژن های انسانی اشاره کرده است گزارش آکادمی به صورت محتاطانه از دست کاری سلول های جنسی انسانی استقبال کرده بود اما در صورتی که این دستکاری ها به صورت شفاف ، تحت نظارت و در جهت منافع سلامت انسان صورت گیرد
از این رو من در اینجا من یک سری از واکنش های رسانه های جهانی را به این گزارش برای شما ارایه میدهم.
Human genome editing shouldn’t be used for enhancement – yet (New Scientist)
https://www.newscientist.com/article/2121264-human-genome-editing-shouldnt-be-used-for-enhancement-yet/
With stringent oversight, heritable human genome editing could be allowed (Science Daily)
https://www.sciencedaily.com/releases/2017/02/170214130539.htm
Genome-edited humans get green light from expert panel (Ars Technica)
https://arstechnica.com/science/2017/02/science-experts-endorse-genetically-editing-humans/
US scientists back gene editing but warn against ‘designer babies’ (Telegraph)
http://www.telegraph.co.uk/science/2017/02/14/us-scientists-back-gene-editing-warn-against-designer-babies/
CRISPR should be used to combat disease, not make designer babies (yet) (Wired)
http://www.wired.co.uk/article/crispr-disease-designer-babies-regulations
No red line against CRISPR’ing early embryos, experts rule (STAT)
https://www.statnews.com/2017/02/14/national-academy-crispr-report/
US panel gives yellow light to human embryo editing (Science)
http://www.sciencemag.org/news/2017/02/us-panel-gives-yellow-light-human-embryo-editing
Review favours human gene editing under stringent conditions (Financial Times)http://www.sciencemag.org/news/2017/02/us-panel-gives-yellow-light-human-embryo-editing
Germline gene editing should be allowed – in certain cases (BioWorld Online)
http://www.bioworld.com/content/germline-gene-editing-should-be-allowed-%E2%80%93-certain-cases
Human Gene Editing Receives Science Panel’s Support (New York Times)
https://www.nytimes.com/2017/02/14/health/human-gene-editing-panel.html
Ethicists advise caution in applying CRISPR gene editing to humans (Washington Post)
https://www.washingtonpost.com/news/speaking-of-science/wp/2017/02/14/ethicists-advise-caution-in-applying-crispr-gene-editing-to-humans/
Human gene editing therapies are OK in certain cases, panel advises (Science News)
https://www.sciencenews.org/article/human-gene-editing-therapies-are-ok-certain-cases-panel-advises
✔️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
goo.gl/csD8Ka
✍️لیست تعدادی ازمجلات مهم در زمینه بیوانفورماتیک و زیست شناسی محاسباتی را خدمتتان ارایه میدهم.
▪️Name Impact Factor
▫️Bioinformatics IF=5.766
▫️BMC Bioinformatics IF=2.435
▫️BMC Systems Biology IF=3.150
▫️Briefings in Bioinformatics IF=8.399
▫️Computational Biology and Chemistry IF=1.014
▫️Computers in Biology and Medicine IF=1.521
▫️Current Bioinformatics IF=0.770
▫️Evolutionary Bioinformatics IF=1.404
▫️Genome Biology IF=11.313
▫️Genome Research IF=11.351
▫️Journal of Computational Biology IF=1.537
▫️Journal of Biomedical Informatics IF=2.447
▫️Journal of Bioinformatics and Computational Biology IF=0.931
▫️Molecular Systems Biology IF=10.872
▫️Microbiome IF=9.000
▫️Nature Genetics IF=31.616
▫️Nature Reviews Genetics IF=35.898
▫️Nucleic Acids Research IF=9.202
▫️PLOS Computational Biology IF=4.587
▫️PLOS Genetics IF=6.661
▫️Scientific Reports IF=5.228
✔️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
✍️لیست تعدادی ازمجلات مهم در زمینه بیوانفورماتیک و زیست شناسی محاسباتی را خدمتتان ارایه میدهم.
▪️Name Impact Factor
▫️Bioinformatics IF=5.766
▫️BMC Bioinformatics IF=2.435
▫️BMC Systems Biology IF=3.150
▫️Briefings in Bioinformatics IF=8.399
▫️Computational Biology and Chemistry IF=1.014
▫️Computers in Biology and Medicine IF=1.521
▫️Current Bioinformatics IF=0.770
▫️Evolutionary Bioinformatics IF=1.404
▫️Genome Biology IF=11.313
▫️Genome Research IF=11.351
▫️Journal of Computational Biology IF=1.537
▫️Journal of Biomedical Informatics IF=2.447
▫️Journal of Bioinformatics and Computational Biology IF=0.931
▫️Molecular Systems Biology IF=10.872
▫️Microbiome IF=9.000
▫️Nature Genetics IF=31.616
▫️Nature Reviews Genetics IF=35.898
▫️Nucleic Acids Research IF=9.202
▫️PLOS Computational Biology IF=4.587
▫️PLOS Genetics IF=6.661
▫️Scientific Reports IF=5.228
✔️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
✍️معرفی مقاله
مقاله ای در زمینه بررسی تنوع ژنتیکی برروی عملکرد و ساختار پروتئینی با بررسی بیش از صد ها پروتئین
مطالعه این مقاله را به دوستان علاقه مند پیشنهاد میکنم👇👇
✔️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
مقاله ای در زمینه بررسی تنوع ژنتیکی برروی عملکرد و ساختار پروتئینی با بررسی بیش از صد ها پروتئین
مطالعه این مقاله را به دوستان علاقه مند پیشنهاد میکنم👇👇
✔️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
2017_Impact_of_genetic_variation.pdf
3.4 MB
📝 Impact of genetic variation on three dimensional structure and function of proteins
✒️ Author: A. Prlić
⏳ Year: 2017
✨ #variation #Protein
🌐 www.ParsSilico.com
@practicalbioinformatics
✒️ Author: A. Prlić
⏳ Year: 2017
✨ #variation #Protein
🌐 www.ParsSilico.com
@practicalbioinformatics
goo.gl/UHzJJX
🔔 وبینار رایگان Upcoming Webinar
💎با موضوع :معرفی آموزش ابزارWebMeV جهت انالیز داده های RNA-Seq
Public RNA-Seq Data Analysis using WebMeV
📢 توضیح :
In this tutorial, we will demonstrate the followings:
▫️ How to upload private data and perform RNASeq analysis on WebMeV
▫️How to pull level 3 TCGA data and use clinical data to stratify the cohort
▫️How to perform complex set operation to create trait specific cohorts
▫️Use WebMeV to perform RNASeq analysis and explore high dimensional data
▫️Use WebMeV to perform unsupervised RNASeq analysis
▫️How to pull GEO data sets directly from GEO
🏆مجری برگزاری: The Center for Cancer Computational Biology
🕘 جمعه 18 فروردین ماه ساعت 18:30 الی 19:30
🌐 لینک ثبت نام goo.gl/uw1BZ8
✔️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
🔔 وبینار رایگان Upcoming Webinar
💎با موضوع :معرفی آموزش ابزارWebMeV جهت انالیز داده های RNA-Seq
Public RNA-Seq Data Analysis using WebMeV
📢 توضیح :
In this tutorial, we will demonstrate the followings:
▫️ How to upload private data and perform RNASeq analysis on WebMeV
▫️How to pull level 3 TCGA data and use clinical data to stratify the cohort
▫️How to perform complex set operation to create trait specific cohorts
▫️Use WebMeV to perform RNASeq analysis and explore high dimensional data
▫️Use WebMeV to perform unsupervised RNASeq analysis
▫️How to pull GEO data sets directly from GEO
🏆مجری برگزاری: The Center for Cancer Computational Biology
🕘 جمعه 18 فروردین ماه ساعت 18:30 الی 19:30
🌐 لینک ثبت نام goo.gl/uw1BZ8
✔️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics