کموانفورماتیک چیست؟

کموانفورماتیک به شیوه های مختلف تعریف شده است، و یکی از محبوب ترین آنها توسط جرج پاریس ارائه شده است، که می گوید "کموانفورماتیک یک اصطلاح عمومی است که شامل طراحی، ایجاد، سازماندهی، مدیریت، بازیابی، تجزیه و تحلیل، انتشار، تجسم، و استفاده از اطلاعات شیمیایی است".
بخش اساسی عملیات یک سیستم اطلاعات شیمیایی شامل ذخیره سازی، بازیابی، و جستجوی اطلاعات / داده ها و روابط آنها است. کموانفورماتیک به دریافت داده های شیمیایی در مقیاس بزرگ از منابع در دسترس عموم و مواد طراحی شده با ویژگی های مورد نظر کمک می کند که از طریق روش های پیش بینی خواص فیزیکی، شیمیایی یا بیولوژیکی ترکیبات، شبیه سازی طیف، تفسیر ساختار، مدل سازی واکنش، طراحی سنتز به دست می آید و با استفاده از طراحی دارو به بهینه سازی فرایند منجر شود. روش کار "اغلب" با استفاده از تعداد زیادی از مولکول های "کوچک" است که در آن #N ~ (10...100...1,000...10,000...106...1060...).
از کاربردهای اصلی ا این موضوع در زمینه های علم پزشکی برای توسعه داروهای جدید و موثر و در علم مواد تولید موادی جدید و برتر است. زمینه های دیگر که از کموانفورماتیک بهره مند می برند، شیمی کشاورزی و بیوتکنولوژی هستند. این عملیات با ذخیره سازی کلاسیک داده ها در یک کامپیوتر متفاوت است زیرا اطلاعات مربوط به سیستم اطلاعات شیمیایی عمدتا ساختاری بوده که نیاز به الگوریتم های و روش های بررسی ویژه دارند، که این بر خلاف داده های متنی می باشد.
با دسترسی به زیرساخت های محاسبات با کارایی بالا مدرن، در حال حاضر زمینه های گوناگون کموانفورماتیک از نظر سرعت و کارایی رو به رشد است. ابزارهای منبع باز در حال حاضر یک نقش محوری انقلابی در راه داده های کموانفورماتیک بازی می کنند و می توانند با توان عملیاتی بالا مدیریت شوند، و آزمایش های مورد نیاز را با قدرت محاسباتی بالا را می توان در یک محیط سیلیکو انجام داد.

یکی از زمینه پیشرفته و رو به ترقی روزافزون در حوزه علم ایمونوانفورماتیک مربوط به انفورماتیک انتی بادی ها می باشد. این زمینه شامل طراحی انتی بادی، بهینه سازی، مدلینگ، داکینگ، انسانی سازی، پایداری و رفع عیوب مخرب ساختار ان در مقیاس صنعتی در جهت مصارف دارویی-درمانی و تشخیصی است. انفورماتیک انتی بادی یکی از پیچیده و دشوارترین مباحث در طراحی های فوق پیشرفته است که در اینده نزدیک صنعت دارو یی و تشخیصی را دگرگون خواهد کرد.

Biology Today - 2015 Full Year Issues Collection
English | 12 issues | True PDF | 119,7 MB

مجموعه تمامی شماره های سال 2015 مجله Biology Today 👆👆👆

BioScience Journal - Fall/Winter 2015
English | PDF | 64 pages | 13 MB

Practical Protein Bioinformatics
Author(s):Florencio Pazos, Mónica Chagoyen
Publisher: Springer International Publishing
Year: 2015

OMICtools

برای تعداد زیادی از زمینه های "OMIC" که در چند سال گذشته توسعه یافته اند، و با توجه به رشد روز افزون منابع آنلاین که برای کمک به تجزیه و تحلیل داده OMIC به وجود آمده است، پایگاه داده ابزار OMIC راه اندازی شده که این منابع مختلف را با هم در یک مکان جمع اوری کرده. مجموعه کاملا چشمگیر-بیش از 10،000 لینک وب سایت که به خوبی فهرست شده است. کاربران می توانند به راحتی به فهرست کاربرد OMIC (به عنوان مثال، تعیین توالی و یا bioimaging) و یا با تجزیه و تحلیل عملکرد (به عنوان مثال، ویرایش و یا ژنوم متابولومیک) آن دسترسی داشته باشد. برای هر یک از ابزار، تصویری از صفحه وب سایت ابزار به همراه یک توضیح مختصر و لینک وب سایت ابزار در این پایگاه داده قرار داده شده است.
http://omictools.com/
✔️
@PracticalBioinformatics

معرفی نرم افزار HEX

🏁
@PracticalBioinformatics

برنامه HEX یک برنامه برای داکینگ پروتئین – پروتئین و DNA می باشد که توسط دیوید ریتچه طراحی شده . نرم افزار HEX ساختارهای پروتئین و DNA را به فرمت PDB دریافت میکند .این نرم افزار برای سیستم عامل های ویندوز، لینوکس و مک قابل نصب و اجرا می باشد.
همانطور که گفته شد این نرم افزار برای بررسی اینتراکشن بین 2 پروتئین و یا اینتراکشن بین قطعات پپتیدی و پروتئین استفاده می شود .یکی از کاربرد های تخصصی که برای این نرم افزار می توان ذکر کرد. بررسی اینتراکشن بین انتی بادی طراحی شده با پروتین هدف است.


🏁
@PracticalBioinformatics

روش های✔️ in-silico ✔️ ما را در شناسایی هدف های دارویی یاری می کنند، همچنین از آنها می توان جهت:
✔️آنالیز ساختارهای ماکرو مولکولهای هدف برای نواحی اتصالی فعال ممکن
✔️ ساخت مولکول های کاندید
✔️بررسی برای شباهت دارویی مولکولها
✔️داک کردن این مولکول های با هدف
✔️امتیازدهی به آنها برای مبنای تمایل اتصال آنها
✔️ بهینه سازی بیشتر مولکول جهت بهبود خصوصیات اتصالی
استفاده کرد.استفاده از رایانه و روش های محاسباتی در تمامی جوانب اکتشافات دارویی امروز نفوذ کرده و پایه طراحی دارو بر مبنای ساختار را شکل داده اند. محاسبات با کارایی بالا، برنامه های مدیریت اطلاعات و اینترنت، دسترسی به حجم عظیمی از داده تولید شده را در فرایند نوین طراحی دارو مهیا کرده اند. استفاده از روش های تجربی و محاسباتی به طور پیوسته به یکدیگر شانس موفقیت در بسیاری از مراحل فرایند کشف، از شناسایی هدف های جدید و توضیح عملکردشان گرفته تا کشف و توسعه ترکیبات هدف یا خواص مورد نظر را افزایش می دهد.ابزارهای محاسبه ای سبب می شوند که طراحی برای هدف های جدید بسیار سریعتر و از نظر اقتصادی ارزان تر گردد.
🔷🔷🔷🔷🔷🔷🔷🔷
در واقع یک کاندید دارویی ترکیبی (لیگاندی) است که به هدف بیولوژیکی متصل می شود (پروتئین، آنزیم، رسپتور و ….) و بدین صورت یا سبب شروع فرایند می شود (فعالیت آگونیستی) و یا آنرا مهارمی کند (آنتاگونیست/مهارگر) . ساختار کنفورمری لیگاند مکمل فضایی است که جایگاه فعال پروتئین تعریف شده است. اتصال به واسطه میانکنش های مطلوب مابین لیگاند و زنجیره های جانبی آمینو اسیدها در جایگاه فعال صورت می گیرد که از این میانکنش های می تواند به پیوندهای هیدروژنی(Hydrogen bond)، میانکنش های الکترواستاتیک و تماس های هیدروفوبیک (Hydrophobic contacts) اشاره کرد. 🏁 🏁 🏁 🏁

عضویت در کانال بیوانفورماتیک & کموانفورماتیک 👇👇👇👇

@PracticalBioinformatics

🔷🔷کیوسار (QSAR) چیست؟🔷🔷
در تولید یک دارو، ترکیب پیش رو(Lead) به عنوان مرجعی برای طراحی و سنتز مشتقات مختلفی از داروها به کار می رود. با تغییرات اندک روی گروه های عاملی مختلف که در ترکیب اصلی است می توان شاهد تغییرات شگرف در فعالیت فارماکولوژیکی آن ترکیب شد؛ برای مثال با جابجایی گروه های عاملی مثل متیل، هیدروکسیل، بنزیل و غیره در ساختار ترکیب پیش رو می توان سبب بهبود عملکرد آن شد. یک داروی مؤثر بصورت سیستماتیک از بین هزاران داروی متفاوتی که با استفاده از ترکیب پیش رو طراحی و سپس سنتز شده و کارایی آن بصورت تجربی تحت روش های مختلف و در طی زمان آزموده شده است، مشخص و معلوم می گردد. این فرآیند، به رابطه ساختار با فعالیت (SAR) مرسوم است. (SAR) در واقع با سنتز و غربالگری ترکیبات مختلف بخش های مفید دارو (از نظر گروه عاملی) را شناسایی می کند.
@PracticalBioinformatics 🎄🎄
کیوسار یکی از روشهای متداول و پر کاربرد در طراحی دارو بر اساس لیگاند است. کیوسار در واقع عبارت است از اصول (SAR)که کمّی و عددی شده است. و به زبان ساده تر روشی است که مدل های ریاضی را ایجاد می کند تا بتواند رابطه معنی دار آماری بین ساختار و عملکرد را با استفاده از روش های کمومتری به دست بیاورد. در طراحی دارو منظور از ساختار، پارامترهای (در اصطلاح به دسکریپتور معروف است) هر مولکول است و منظور از عملکرد عبارت است از فعالیت های تجربی زیستی و یا بیوشیمیایی مانند ثابت اتصال، ثابت سرعت، فعالیت و غیره. روش های کمومتری مرسوم عبارتند از
: MLR- ANN- PLS- PCA- PCRو GA.
کاربردهای کیوسار ☑️
کیوسار علاوه بر این که در پیش بینی فعالیت زیستی ترکیبات روشی با ارزش در داروسازی محسوب می شود، در حوزه صنعت و محیط زیست نیز کاربرد فراوانی پیدا کرده است. به طور کلی کاربردهای کیوسار را می توان در پنج بخش خلاصه کرد:

1- بهینه سازی و شناسایی منطقی ترکیبات اصلی در تولید داروها، حشره کش ها و آفت کش ها.

2- بررسی و تولید ترکیباتی که در بدن اثرات جانبی و سمّیت نداشته باشند.

3- مطالعه ترکیباتی که از لحاظ فارماکوسینتیکی در سیستم های بیولوژیک پایدار هستند.

4- طراحی منطقی مواد پر مصرف در حوزه صنایع مانند عطرها، رنگ های شیمیایی و مواد شیمیایی.

5- شناسایی مواد سمّی برای محیط زیست.

@PracticalBioinformatics 👈👈🎄🎄

با استفاده از لینک زیر دوستانتان را به کانال بیوانفورماتیک ایران دعوت کنید :👇👇👇
@PracticalBioinformatics

عضویت در کانال بیوانفورماتیک ایران👇👇



🏁 @PracticalBioinformatics 🏁

🎄سیستم بیولوژی🎄
سیستم بیولوژی مطالعه سیستم های تشکیل شده از اجزاء بیولوژیکی می باشد. این اجزاء ممکن است مولکول ها، سلول ها، ارگانیسم ها و یا کل گونه ها است. سیستم های زنده، پویا و پیچیده هستند و پیش بینی رفتار آنها براساس خواص تک تک اجزاء منفرد آن بسیار سخت باشد. برای مطالعه آنها، ما با استفاده اندازه گیری کمی رفتار گروهی از اجزای در تماس با یکدیگر،و با استفاده از تکنیک های اندازه گیری سیستماتیک مانند ژنومیکس، بیوانفورماتیک و پروتئومیکس، و مدل های ریاضی و محاسباتی برای توصیف و پیش بینی رفتار دینامیکی.کل مجموعه به کار می بریم .
https://www.youtube.com/watch?v=lmB0xoRP9l4

🏁 @PracticalBioinformatics 🏁