چه مقدار Coverage برای یک آزمایش RNA-Seq مورد نیاز است؟
www.exirlabs.com
@exirlabs
https://twitter.com/ExirLabs

🔔 تحصیل در رشته سیستم بیولوژی مقطع فوق لیسانس در دانشگاه لوکزامبورگ

💎با موضوع : Master in integrated systems biology

📢 توضیح :

This Master programme enables students to acquire deeper knowledge in biosciences taking into account new computational and high-throughput experimental technologies. This involves the handling of large amounts of data and thus bioinformatics and network analysis are essential elements in this modern education in biosciences.

▫️What is Systems Biology?

Systems Biology (an extension of Biochemistry and Physiology) wants to understand and model systems: individual cells, organs and whole organisms on the basis of their constituting molecules. It integrates established disciplines in Biosciences and renovates them for the challenges of the future.
▫️Aims of the programme

The Master of Systems Biology combines theoretical and practical education: at least 1,450 hours of practical work in computer labs and wet labs within the University’s Life Sciences Research Unit or in partner institutions (Luxembourg Institute of Health (LIH), the Luxembourg Institute of Science & Technology (LIST), and the IGBMC in Strasbourg). At the end of the programme, students will be able:

to think on "omics" levels (genomics, trannoscriptomics, proteomics, metabolomics and physiomics.
to understand and apply the respective new technologies.

▫️Career perspectives

PhD in biology / systems biology or bioinformatics (at the University of Luxembourg and abroad)
Positions in biotech and pharma industry
Researcher in biological, biomedical or pharmaceutical laboratories
Data scientist with focus on biomedical applications
Positions in Life Sciences / bioinformatics software companies



✍️فرصت تکمیل فرم: 28th of July

⏱تاریخ شروع کلاس: September

💰هزینه ثبت نام : 200 € / Semester

👤ظرفیت پذیرش: 24 دانشجو

🕘 مدت تحصیل : 2 سال

🌐 اطلاعات بیشتر : https://wwwen.uni.lu/studies/fstc/master_in_integrated_systems_biology_academique

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔 تحصیل در رشته سیستم بیولوژی مقطع فوق لیسانس در دانشگاه لوکزامبورگ

⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔همایش کنفرانس
NGS, RNA-Seq, Single Cell Analysis & Single Molecule Analysis: Research to Diagnostics 2017 Conference.

آزمایشگاه پارس سیلیکو

توالی یابی تمام اگزوم بیش از 98 درصد جهش های شناسایی شده توسط پانل های توالی یابی نسل بعدی هدفمند را پوشش می دهد.
http://www.exirlabs.com/Default.aspx
@exirlabs
https://twitter.com/ExirLabs

توالی یابی تمام اگزوم بیش از 98 درصد جهش های شناسایی شده توسط پانل های توالی یابی نسل بعدی هدفمند را پوشش می دهد.
http://www.exirlabs.com/Default.aspx
@exirlabs
https://twitter.com/ExirLabs

🔔شرکت PacBio از عقد قرارداد فروش ده سیستم Sequel با شرکت Novogene خبر داد

goo.gl/5WQUFY
✍️شرکت Biosciences Pacific of California، Inc. و شرکت Novogene دیروز یک توافقنامه جدید را اعلام کردند که در طی این توافق شرکت Novogene اقدام به خرید 10 سیستم Sequel® کرده تا بتواند به ظرفیت ارائه خدمات توالی DNA با ران همزمان 20 سیستم Sequel برسد.

دکتر Ruiqiang Li موسس و مدیر عامل Novogene می گوید: "تقاضای شدید برای توالی یابی بر پایه SMRT در این چند ماه از زمان شروع استفاده از سیستم های Sequel ،ما را مجاب کرد که ظرفیت دستگاه های خود را دو برابر کنیم."
برخی از پروژه های بزرگ که ما برنامه ریزی کرده ایم شامل ایجاد پایگاه داده ای از انواع وارینت های ساختاری در 1000 نفر از افراد چینی به عنوان بخشی از پزشکی دقيق چین است. علاوه بر این، ما با اتحاد جهانی ژنوم مورچه پیوسته ایم تا 300 گونه مختلف از مورچه ها را توالی یابی کنیم تا به یک دید جامع در مورد تنوع ژنتیکی در گونه های مورچه برسیم. "

دکتر Michael Hunkapiller مدیر عامل شرکت PacBio میگوید: " Novogene به سرعت در حال تبدیل شدن به بزرگترین کاربر پلت فرم Sequel ما شده است، و در حال حاضر دارای بزرگترین مرکز خدمات SMRT در جهان است. ما بسیار خوشحالیم که آنها با موفقیت سرعت استفاده از این سیستم ها را افزایش دادند و تقاضای زیاد برای سرویس های توالی یابیSMRT در چین موجب شد تا شرکت Novogene ظرفیت خود را افزایش دهند. "
آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
شرکت نوژن اکسیر
@exirlabs

🍉در ایالات متحده، امروز روز ملی هندوانه است!
در PDB تنها 1 پروتئین از هندوانه وجود دارد که در سال 2005 منتشر شده است.
t.co/ZBQaf7OXTY
✍️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

goo.gl/5WFt3d

🎙پادکست: کاربرد های بالینی توالی یابی تمام ژنوم

👤در این پادکست، که در تاریخ 11 ماه مه 2017 ضبط شده است دکتر Liz Worthey، پژوهشگر و مدیر موسسه بیوتکنولوژی HudsonAlpha در مورد سخنرانی که قرار است در همایش Next Generation Dx Summit انجام دهد گفتگو می کند همچنین او درباره کار خود در توالی تمام ژنوم برای تشخیص و نظارت بر بیماری های نادر صحبت کرد. او در مورد کار تیمش برای استاندارد سازی تست های بر پایه NGS، استفاده از توالی یابی به عنوان یک تست تشخیصی، و چالش های ایجاد استاندارد توالی یابی تمام ژنوم در مراقبت های بالینی بحث می کند.

🔝آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics
شرکت نوژن اکسیر
@exirlabs

🎙 کاربرد های بالینی توالی یابی تمام ژنوم

👤دکتر Liz Worthey، پژوهشگر و مدیر موسسه بیوتکنولوژی HudsonAlpha
⏱مدت : 8 دقیقه

🔝آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔نخستین ساختار پروتئین Tardigrade در هفته جاری به دیتابیس PDB وارد شد.
t.co/APqVhA8aBp

✍️آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🎁مقاله با موضوع غربالگری مجازی با کمک نرم افزار های رایگان
📄 Building a virtual ligand screening pipeline
using free software: a survey

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

دوره آموزشی زبان برنامه نویسی پایتون و کاربرد آن در بیوانفورماتیک
▫️مدت: 12 جلسه 20 ساعت
▪️تاریخ شروع: 3 شهریور
▪️هزینه دوره: 450 هزار تومان

⏳ آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

◼️دوره آموزشی زبان برنامه نویسی پایتون و کاربرد آن در بیوانفورماتیک

▪️مدت دوره: 12 جلسه 20 ساعت

▪️هزینه دوره: 450 هزار تومان

▪️تاریخ جلسات: روزهای جمعه از ساعت 9 تا 13 به مدت 4 هفته برگزار می گردد

🏆آموختن برنامه نویسی بهترین نوع سرمایه گذاری است که شما می توانید برای پژوهش یا کارتان انجام دهبد. "پایتون برای زیست شناس ها"، یک دوره برنامه نویسی کامل برای مبتدیان است که مهارت های مورد نیاز شما را برای مواجهه با مسایل رایج زیستی و بیوانفورماتیکی فراهم می آورد.
@practicalbioinformatics
🔹چرا برنامه نویسی بیاموزیم؟
ممکن است دیده باشید که همکاران شما برای صرفه جویی در زمان و تعامل با مجموعه داده های بزرگ، برنامه نویسی می کنند.
ممکن است مسئول شما از شما خواسته باشد تا برای پروژه آینده تان برنامه نویسی بیاموزید.
ممکن است شما در میان آگهی های شغلی جستجو کرده باشید و متوجه شده باشید که چه تعداد از آنها مهارت های برنامه نویسی را از شما طلب می کنند.
ممکن است ، جهت ادامه تحصیل در رشته های مرتبط در ایران و دیگر کشور ها، داشتن مهارت برنامه نویسی یکی از ملزومات پذیرش دانشگاه باشد.

🔹فهرست مطالب
🔸در جلسات ابتدایی، شما خواهید آموخت که چرا پایتون انتخاب مناسبی برای زیست شناس ها و مبتدیان است. همچنین می آموزید که چگونه پایتون را بر روی سیستم عامل خود نصب کنید و نیز چگونه محیط برنامه نویسی خود را تنظیم کنید. این جلسات با مرتبط کردن شما با تمام نرم افزارهای رایگان مورد نیاز شما تکمیل می شود.
🔸در ادامه، شما خواهید آموخت که چگونه می توانید مانند توالی های DNA و پروتئین را دستکاری کنید و چگونه اشتباهاتتان در برنامه نویسی را برطرف کنید. مثال: محاسبه ی محتوای GC و AT، تبدیل توالی DNA و RNA به یکدیگر و پروتئین. و..
🔸در بخش سوم، چگونگی خواندن و نوشتن داده ها در فایلها را فرا خواهید گرفت. همچنین می آموزید که چگونه با مسیرهای فایل ها و فرمت فایل FASTA دست و پنجه نرم کنید. مثال: تقسیم DNAی ژنومی، نوشتن یک فایل FASTA. و..
🔸در بخش پنجم، می آموزید که چگونه در یک برنامه واحد، قسمت های مختلف و زیادی از داده ها را پردازش کنید و با ابزارهای پیشرفته تری برای دستکاری توالی ها آشنا خواهید شد. مثال: مقایسه و الایمنت توالی ها، تریم کردن (پیرایش) توالی ها، الحاق اگزون ها. پیدا کردن موتیف ها و..
🔸همچنین، خواهید آموخت که چگونه با خلق دستورالعمل های شخصی خودتان، می توانید پایتون را مفیدتر کنید و نیز بهترین راه ارزیابی آن دستورالعمل ها در جهت بالا بردن سرعت کار را فرا می گیرید. مثال: تحلیل ترکیب آمینواسیدی توالی پروتئین. ابزار تحلیل متون و مقالات موجود در pubmed . و..
....
@practicalbioinformatics
🔹جامعه ی مخاطبان
این کارگاه برای تمام پژوهشگران و محققین و دانشجویان در زمینه ی زیست شناسی که می خواهند برنامه نویسی بیاموزند، طراحی شده است. سرفصل دروس برای افراد مبتدی تنظیم شده است، از افرادی که تجربه های قبلی در برنامه نویس دارند با افتخار دعوت می شود تا در این کارگاه جهت یادآوری حضور پیدا کنند، اما احتمالا سرعت پیشرفت کلاس برای این افراد کمی کند به نظر خواهد رسید. اگر هنوز مردد هستید جهت مشاوره و دریافت اطلاعات بیشتر با ما تماس بگیرید
👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻👇🏻
📞 09106665590
🌐www.DrugDesign.ir
@practicalbioinformatics

🏴نشاني: خیابان طالقاني -خیابان سميه - بین مفتح و موسوی - پلاک 122-طبقه 4 - واحد 404

https://goo.gl/G1h8DX

🏳🔔مقاله ای که ادعا می کند قادر به پیش بینی چهره فرد از طریق ژنوم آن است

یک مقاله از کریگ ونتر پیشگام توالی یابی ژنوم که ادعا می کند از طریق DNA افراد امکان پیش بینی ویژگی های فیزیکی چهره آنها وجود دارد، طوفانی از انتقاد را براه انداخته است. داوران و حتی همکاران این مقاله می گویند که توانایی استفاده از ژن های یک شخص برای شناسایی فرد، که می تواند ترس های غیر ضروری برای حفظ حریم خصوصی ژنتیکی را افزایش دهد، بیش از حد است.

در مقاله1 که در تاریخ 5 سپتامبر در مجموعه آکادمی ملی علوم (PNAS) منتشر شده است، ونتر و همکارانش در شرکت ط Human Longevity, Inc. (HLI) ، که در سان دیگو کالیفرنیا مستقر هستند، کل ژنوم 1061 نفر از سنین و اقوام مختلف را توالی یابی کردند. با استفاده از داده های ژنتیکی، همراه با عکس های با کیفیت بالا 3D از چهره های شرکت کنندگان، محققان از روش هوش مصنوعی برای پیدا کردن تفاوت های کوچک در توالی های DNA، که SNP نامیده می شود، با ویژگی های چهره مانند طول استخوان گونه. استفاده کردند. این تیم همچنین SNP های که با عوامل مرتبط با قد، وزن، سن، ویژگی های صوتی و رنگ پوست ارتباط دارد، را مورد بررسی قرار دادند.

صحت این رویکرد برای شناسایی یک فرد را از یک گروه ده نفر که به طور تصادفی از پایگاه داده HLI انتخاب شده اند 74٪ بوده است. یافته های این مقاله نشان می دهد که سازمان های انتظامی، دانشمندان و دیگر افرادی که ژنوم انسان ها را اداره می کنند، باید از داده ها به دقت محافظت کنند.
اما سایر متخصصان ژنتیک، با مطالعه مقاله، می گویند که به نظر آنها، این ادعا بسیار غلو امیز است...
مارک شریور، یک انسان شناس در دانشگاه ایالتی پنسیلوانیا در دانشگاه پارک، می گوید: "من فکر نمی کنم که این مقاله خیلی نگران کننده باشد، زیرا آنها هیچ توانایی این فرد را از DNA نشان نمی دهند."
از طرفی محققان دیگری با بررسی های بروی داده های این مقاله و چاپ ان در bioRxiv اعلام می دارند که داده های پایگاه داده HLI بسیار کوچک بوده و افزودن اطلاعات جنس سن و نژاد در مطالعات این مقاله باعث بوجود امدن این نتایج شده است و دانستن این سه عامل به تنهایی خود میتواند نتایج 74٪ را بدست اورد.


آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔سخنرانی با موضوع :

کاربرد متن کاوی در بیوانفورماتیک
Text Mining in Bioinformatics
خانم دکتر تنوری

⏳شنبه 25 شهریور ساعت 10 صبح

ثبت نام:goo.gl/ytir17

آزمایشگاه پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

🔔گزارش تصویری سخنرانی در زمینه های :
1) کاربرد متن کاوی در بیوانفورماتیک
و
2) روش های شناسایی اینتراکنش هدف دارو

📆شنبه 25 شهریور

آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو
@practicalbioinformatics

📣 در چهارمین «نمایشگاه بین المللی زیست فناوری ایران» منتظر شما هستیم.

⏳27 الی 29 شهریور ماه
📌تهران - مصلی بزرگ امام خمینی (ره) -درب44 جنوبي - غرفه 448

@Practicalbioinformatics

💠 غرفه آزمايشگاه پارس سيليكو در چهارمين نمایشگاه زیست فناوری ايران

📌غرفه ٤٤٨

@Practicalbioinformatics