حدود ۲۷ سال پیش چندین کشور تصمیم گرفتند تا نقشه ی ژنوم انسان را تهیه کنند. تهیه ی این نقشه ژنی اهمیت بسزایی داشت چرا که میتوان از آن در درمان بیماری ها و یافتن محل جهش ها کمک گرفت. روش پایه ای که در این پروژه بکار گرفته شد، روش توالی یابی Sanger بود. این روش در ۱۹۷۷ توسط Peter Sanger و همکارانش ابداع شد. این پروژه با استفاده از این روش حدود ۱۳ سال طول کشید که در سال ۲۰۰۱، draft ژنوم و در ۲۰۰۳ نسخه ی کامل آن عرضه شد. مجموع هزینه های این پروژه حدود ۳ میلیارد دلار برآورد شده است.
طی سالها تحقیقات فراوان، مجموعه روشهایی ابداع شد که مدت زمان توالی یابی ژنوم انسان را به یک روز و هزینه های آنرا به حدود ۱۰۰۰ دلار کاهش داد. مجموعه ی این روشهای شگفت انگیز، NGS* یا توالی یابی نسل آینده نام دارند.
تکنیک های NGS پلتفرم های مختلفی دارند ولی بطور کلی اساس کار آنها تهیه قطعات کوچک و بسیار زیاد(reads) از یک ژنوم مرجع(Refrence genome)، و آنالیزهای بیوانفورماتیکی با استفاده از تطابق این قطعات با ژنوم مرجع میباشد. طیف عملکرد NGS توالی یابی کل ژنوم یا صرفا قطعات اگزون یا یک یا چند ژن خاص را در بر میگیرد.
مجموعه تکنیک های NGS شامل :
✅ Sequencing by Synthesis
✅ Sequencing by Ligation
✅ lon semiciductor, ...
می باشد. اما آنچه امروزه در ژنتیک انسانی استفاده میشود روش
"Sequencing by Synthesis"
است که توسط شرکت illumina توسعه یافته است.
آنچه هر دو تکنیک Sanger و NGS از آن الهام گرفتند استفاده از ماشین کپی DNA** طی تقسیم هر سلول بود. نکته کلیدی در هر دو روش استفاده از نوعی باز آلی میباشد که با ماده فلوئورسنت برچسب گذاری شده و پس از اتصال به DNA بصورت نوعی قفل عمل کرده و مانع اتصال بازهای آلی دیگر میشود. مجموعه این نوع بازهای آلی"ddNTPs"*** نام دارند. البته تفاوت این دو روش در آن است که در روش Sanger حدود ۱٪ بازهای آلی محیط ddNTP بودند ولی در NGS همه بازهای آلی در دسترس ddNTP هستند که همین موجب تولید میلیون ها قطعات خوانده شده کوچک(Reads) خواهد شد.
امروزه شرکت هایی دستگاه های NGS را برای ما میسازند تا این تکنیک ها را بهتر و سریعتر انجام دهیم. از جمله این شرکت ها
✅ illumina
✅ Thermofisher Scientific
✅ BGI Genomics, ...
میباشند.
ادامه دارد...
🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸
* Next Generation Sequencing
**DNA Replication Machinary
*** Dedeoxy nucleotides triphosphates
📚 مراجع و مطالعه بیشتر:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4633438/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3841808/
#NGS
#Bioinformatic
#Sequencing
@PrimerSBU
طی سالها تحقیقات فراوان، مجموعه روشهایی ابداع شد که مدت زمان توالی یابی ژنوم انسان را به یک روز و هزینه های آنرا به حدود ۱۰۰۰ دلار کاهش داد. مجموعه ی این روشهای شگفت انگیز، NGS* یا توالی یابی نسل آینده نام دارند.
تکنیک های NGS پلتفرم های مختلفی دارند ولی بطور کلی اساس کار آنها تهیه قطعات کوچک و بسیار زیاد(reads) از یک ژنوم مرجع(Refrence genome)، و آنالیزهای بیوانفورماتیکی با استفاده از تطابق این قطعات با ژنوم مرجع میباشد. طیف عملکرد NGS توالی یابی کل ژنوم یا صرفا قطعات اگزون یا یک یا چند ژن خاص را در بر میگیرد.
مجموعه تکنیک های NGS شامل :
✅ Sequencing by Synthesis
✅ Sequencing by Ligation
✅ lon semiciductor, ...
می باشد. اما آنچه امروزه در ژنتیک انسانی استفاده میشود روش
"Sequencing by Synthesis"
است که توسط شرکت illumina توسعه یافته است.
آنچه هر دو تکنیک Sanger و NGS از آن الهام گرفتند استفاده از ماشین کپی DNA** طی تقسیم هر سلول بود. نکته کلیدی در هر دو روش استفاده از نوعی باز آلی میباشد که با ماده فلوئورسنت برچسب گذاری شده و پس از اتصال به DNA بصورت نوعی قفل عمل کرده و مانع اتصال بازهای آلی دیگر میشود. مجموعه این نوع بازهای آلی"ddNTPs"*** نام دارند. البته تفاوت این دو روش در آن است که در روش Sanger حدود ۱٪ بازهای آلی محیط ddNTP بودند ولی در NGS همه بازهای آلی در دسترس ddNTP هستند که همین موجب تولید میلیون ها قطعات خوانده شده کوچک(Reads) خواهد شد.
امروزه شرکت هایی دستگاه های NGS را برای ما میسازند تا این تکنیک ها را بهتر و سریعتر انجام دهیم. از جمله این شرکت ها
✅ illumina
✅ Thermofisher Scientific
✅ BGI Genomics, ...
میباشند.
ادامه دارد...
🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸🌸
* Next Generation Sequencing
**DNA Replication Machinary
*** Dedeoxy nucleotides triphosphates
📚 مراجع و مطالعه بیشتر:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4633438/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3841808/
#NGS
#Bioinformatic
#Sequencing
@PrimerSBU
PubMed Central (PMC)
Understanding the Basics of NGS: From Mechanism to Variant Calling
Identifying disease-causing mutations in DNA has long been the goal of genetic medicine. In the last decade, the toolkit for discovering DNA variants has undergone rapid evolution: mutations that were historically discovered by analog approaches like ...
Forwarded from | رهنشان سلامت |
♨️ اختتامیه رویداد #ره_زیست
🧬 نخستین مسابقه تخصصی کاربرد علوم مهندسی در زیستفناوری
🗓 چهارشنبه، ۶ شهریور، ساعت ۱۴
🏠 سالن آمفی تئاتر دانشکده مکانیک دانشگاه علم و صنعت
♦️ معرفی و تقدیر از تیمهای برگزیده ➕ ارائه پروژههای برتر
🔸 همراه با سخنرانی آقای دکتر قانعی، دبیر ستاد توسعه زیست فناوری
🔹 با حضور شتابدهندهها، صندوقها، شرکتها و مراکز فعال در حوزه زیست فناوری
✅ علاقهمندان جهت شرکت در این برنامه میتوانند به آیدی تلگرامی @rahzistadmin پیام دهند.
🆔 @rahzist
🧬 نخستین مسابقه تخصصی کاربرد علوم مهندسی در زیستفناوری
🗓 چهارشنبه، ۶ شهریور، ساعت ۱۴
🏠 سالن آمفی تئاتر دانشکده مکانیک دانشگاه علم و صنعت
♦️ معرفی و تقدیر از تیمهای برگزیده ➕ ارائه پروژههای برتر
🔸 همراه با سخنرانی آقای دکتر قانعی، دبیر ستاد توسعه زیست فناوری
🔹 با حضور شتابدهندهها، صندوقها، شرکتها و مراکز فعال در حوزه زیست فناوری
✅ علاقهمندان جهت شرکت در این برنامه میتوانند به آیدی تلگرامی @rahzistadmin پیام دهند.
🆔 @rahzist
#laboratory_techniques 🧐
#filtration
👨🔬 #فیلتراسیون شامل سلسله عملیات مختلف مکانیکی ، فیزیکی یا بیولوژیکی است که مواد جامد را از مایعات یا گازها جدا می کند. ( با استفاده از وسیله ای که تنها از طریق آن مایعات می توانند عبور کنند و در نهایت مایع #تصفیه_شده از آن حاصل می شود ). در فیلترهای فیزیکی ، مواد جامد بزرگ موجود در مایعات ، حفظ و جداسازی می شوند و در فیلترهای بیولوژیکی، ذرات ، به دام می افتند و مصرف می شوند و متابولیت ها حفظ و خارج می شوند. با این حال ، جداسازی کامل انجام نمی شود؛ مواد جامد با مقداری از مایع آلوده می شوند و ماده تصفیه شده حاصل نیز حاوی ذرات ریز است (بسته به اندازه منافذ ، ضخامت فیلتر و فعالیت بیولوژیکی). فیلتراسیون هم در طبیعت و هم در سیستم های مهندسی شده رخ می دهد. انواع کاربردها و روش های مختلف بیولوژیکی ، زمین شناسی و صنعتی برای فناوری تصفیه، وجود دارد. به عنوان مثال ، در جانوران ، به موجب فرایند تصفیه، کلیه مواد زائد از خون خارج می شود. در صنعت تصفیه آب و فاضلاب ، مواد و عناصر نامطلوب، بوسیله فرایند جذب توسط یک غشاء بیولوژیکی که بر سطح یا در فضای فیلتر مورد استفاده ، تشکیل می شود، آهسته حذف میشوند ( مانند فیلتراسیون ماسه ).
#تکنیک_های_آزمایشگاهی
🆔 @PrimerSBU
#filtration
👨🔬 #فیلتراسیون شامل سلسله عملیات مختلف مکانیکی ، فیزیکی یا بیولوژیکی است که مواد جامد را از مایعات یا گازها جدا می کند. ( با استفاده از وسیله ای که تنها از طریق آن مایعات می توانند عبور کنند و در نهایت مایع #تصفیه_شده از آن حاصل می شود ). در فیلترهای فیزیکی ، مواد جامد بزرگ موجود در مایعات ، حفظ و جداسازی می شوند و در فیلترهای بیولوژیکی، ذرات ، به دام می افتند و مصرف می شوند و متابولیت ها حفظ و خارج می شوند. با این حال ، جداسازی کامل انجام نمی شود؛ مواد جامد با مقداری از مایع آلوده می شوند و ماده تصفیه شده حاصل نیز حاوی ذرات ریز است (بسته به اندازه منافذ ، ضخامت فیلتر و فعالیت بیولوژیکی). فیلتراسیون هم در طبیعت و هم در سیستم های مهندسی شده رخ می دهد. انواع کاربردها و روش های مختلف بیولوژیکی ، زمین شناسی و صنعتی برای فناوری تصفیه، وجود دارد. به عنوان مثال ، در جانوران ، به موجب فرایند تصفیه، کلیه مواد زائد از خون خارج می شود. در صنعت تصفیه آب و فاضلاب ، مواد و عناصر نامطلوب، بوسیله فرایند جذب توسط یک غشاء بیولوژیکی که بر سطح یا در فضای فیلتر مورد استفاده ، تشکیل می شود، آهسته حذف میشوند ( مانند فیلتراسیون ماسه ).
#تکنیک_های_آزمایشگاهی
🆔 @PrimerSBU
#laboratory_techniques 💦
#filtration
#ادامه
🧐 #فیلتراسیون برای جداسازی ذرات و مایعات ، در یک سیستم تعلیق ، که در آن، مواد می توانند شامل یک مایع ، یک گاز یا یک سیّال فوق بحرانی باشند ، استفاده می شود. بسته به کاربرد ، ممکن است یکی یا هر دو نوع ماده باهم جدا شود.
#تصفیه ، به عنوان یک عمل مکانیکی در شیمی ، برای جداسازی مواد با فرمول و ترکیب شیمیایی مختلف ، از اهمیت بالایی برخوردار است. اغلب ، حلّالی انتخاب می شود که یک جزء را حل می کند ، در حالی که حلّال ماده دیگر موجود در مخلوط مورد نظر ، نمی باشد. با حل کردن مخلوط در حلّال انتخابی ، یک جزء به داخل محلول می رود و از صافی عبور می کند ، در حالی که دیگری حفظ می شود. این یکی از مهمترین تکنیک هایی است که شیمی دانان برای تصفیه ترکیبات به کار می برند. فیلتراسیون و تصفیه به عنوان یکی از کاربردی ترین تکنیک های واحدهای عملیاتی مهم در مهندسی شیمی است. گاهی به طور همزمان، فناوری تصفیه با دیگر سلسله واکنش هایی که برای پردازش و تامین خوراک فیلترهای زیستی ،که یک #فیلتر ترکیبی و دستگاه هضم بیولوژیکی است ، ترکیب می شود.
تصفیه با غربال گری تفاوت دارد ، در غربال گری ، جداسازی فقط از طریق یک لایه غشاء منفذدار انجام می شود و از عبور ذرات بسیار بزرگ از سوراخ های غربال جلوگیری بعمل آمده و حفظ می شوند. در تصفیه ، یک شبکه چند لایه، آن دسته از ذراتی را که قادر به دنبال کردن کانالهای پرپیچ و خم فیلتر نیستند ، حفظ می کند. ذرات بسیار بزرگ ممکن است یک لایه ضخیم در بالای فیلتر تشکیل دهند و همچنین ممکن است شبکه فیلتر را مسدود کنند و از عبور فاز مایعات از فیلتر جلوگیری کنند. در تعریف تجاری ، اصطلاح فیلتر به غشایی اطلاق می شود که صفحه مشبک جداسازی آن چنان نازک است که سطح به منطقه اصلی جداسازی ذرات تبدیل می شود ( اگرچه گاهی ممکن است این محصولات با عنوان غربال شده توصیف شوند. )
فیلتراسیون با فرایند جذب نیز متفاوت است ، فرایندی که اندازه فیزیکی ذرات باعث جداسازی نمی شود بلکه اثر بار سطحی ذرات ، عامل جداسازی مواد می باشد. برخی از دستگاههای جذب حاوی ذغال فعال و رزین تبادل کننده ذرات یونی ، از نظر تجاری به عنوان فیلتر نامیده می شوند ، اگرچه تصفیه ، عملکرد اصلی آنها نیست.
تصفیه با حذف مغناطیسی آلاینده ها از مایعات با آهنربا متفاوت است ( مواد روان کننده ، خنک کننده ها و روغن های سوخت) ، زیرا هیچ فیلتر تصفیه ای وجود ندارد. دستگاههای تجاری موسوم به "فیلتر مغناطیسی" فروخته می شوند ، اما این نام ، کاربرد آنها را منعکس می کند ، نه نحوه عملکرد آنها.
#تکنیک_های_آزمایشگاهی
🆔 @PrimerSBU
#filtration
#ادامه
🧐 #فیلتراسیون برای جداسازی ذرات و مایعات ، در یک سیستم تعلیق ، که در آن، مواد می توانند شامل یک مایع ، یک گاز یا یک سیّال فوق بحرانی باشند ، استفاده می شود. بسته به کاربرد ، ممکن است یکی یا هر دو نوع ماده باهم جدا شود.
#تصفیه ، به عنوان یک عمل مکانیکی در شیمی ، برای جداسازی مواد با فرمول و ترکیب شیمیایی مختلف ، از اهمیت بالایی برخوردار است. اغلب ، حلّالی انتخاب می شود که یک جزء را حل می کند ، در حالی که حلّال ماده دیگر موجود در مخلوط مورد نظر ، نمی باشد. با حل کردن مخلوط در حلّال انتخابی ، یک جزء به داخل محلول می رود و از صافی عبور می کند ، در حالی که دیگری حفظ می شود. این یکی از مهمترین تکنیک هایی است که شیمی دانان برای تصفیه ترکیبات به کار می برند. فیلتراسیون و تصفیه به عنوان یکی از کاربردی ترین تکنیک های واحدهای عملیاتی مهم در مهندسی شیمی است. گاهی به طور همزمان، فناوری تصفیه با دیگر سلسله واکنش هایی که برای پردازش و تامین خوراک فیلترهای زیستی ،که یک #فیلتر ترکیبی و دستگاه هضم بیولوژیکی است ، ترکیب می شود.
تصفیه با غربال گری تفاوت دارد ، در غربال گری ، جداسازی فقط از طریق یک لایه غشاء منفذدار انجام می شود و از عبور ذرات بسیار بزرگ از سوراخ های غربال جلوگیری بعمل آمده و حفظ می شوند. در تصفیه ، یک شبکه چند لایه، آن دسته از ذراتی را که قادر به دنبال کردن کانالهای پرپیچ و خم فیلتر نیستند ، حفظ می کند. ذرات بسیار بزرگ ممکن است یک لایه ضخیم در بالای فیلتر تشکیل دهند و همچنین ممکن است شبکه فیلتر را مسدود کنند و از عبور فاز مایعات از فیلتر جلوگیری کنند. در تعریف تجاری ، اصطلاح فیلتر به غشایی اطلاق می شود که صفحه مشبک جداسازی آن چنان نازک است که سطح به منطقه اصلی جداسازی ذرات تبدیل می شود ( اگرچه گاهی ممکن است این محصولات با عنوان غربال شده توصیف شوند. )
فیلتراسیون با فرایند جذب نیز متفاوت است ، فرایندی که اندازه فیزیکی ذرات باعث جداسازی نمی شود بلکه اثر بار سطحی ذرات ، عامل جداسازی مواد می باشد. برخی از دستگاههای جذب حاوی ذغال فعال و رزین تبادل کننده ذرات یونی ، از نظر تجاری به عنوان فیلتر نامیده می شوند ، اگرچه تصفیه ، عملکرد اصلی آنها نیست.
تصفیه با حذف مغناطیسی آلاینده ها از مایعات با آهنربا متفاوت است ( مواد روان کننده ، خنک کننده ها و روغن های سوخت) ، زیرا هیچ فیلتر تصفیه ای وجود ندارد. دستگاههای تجاری موسوم به "فیلتر مغناطیسی" فروخته می شوند ، اما این نام ، کاربرد آنها را منعکس می کند ، نه نحوه عملکرد آنها.
#تکنیک_های_آزمایشگاهی
🆔 @PrimerSBU
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
#laboratory_techniques ✴️
#filtration
🧐 روش های مختلفی برای #تصفیه وجود دارد. همه هدفها برای جداسازی مطلوب مواد است. جداسازی با نوعی تعامل و واکنش بین موادی که باید حذف شوند و ماده تصفیه شده نهایی ، همراه است. ماده ای که از طریق #فیلتر عبور می کند باید یک سیال باشد ، یعنی یک مایع یا گاز باشد. روشهای #فیلتراسیون بسته به فاز ماده مورد نظر ، یعنی اینکه آیا در مرحله سیّال حل می شود یا به صورت جامد ، جداسازی می شود ، متفاوت است.
چندین روش فیلتراسیون باتوجه به نتیجه و هدف مطلوب ، یعنی #فیلتراسیون_گرم ، #فیلتراسیون_سرد و خلاء وجود دارد. برخی از اهداف اصلی برای به دست آوردن نتیجه مطلوب ، برای حذف ناخالصی ها از مخلوط یا برای جداسازی مواد جامد از مخلوط است.
#تکنیک_های_آزمایشگاهی
🆔 @PrimerSBU
#filtration
🧐 روش های مختلفی برای #تصفیه وجود دارد. همه هدفها برای جداسازی مطلوب مواد است. جداسازی با نوعی تعامل و واکنش بین موادی که باید حذف شوند و ماده تصفیه شده نهایی ، همراه است. ماده ای که از طریق #فیلتر عبور می کند باید یک سیال باشد ، یعنی یک مایع یا گاز باشد. روشهای #فیلتراسیون بسته به فاز ماده مورد نظر ، یعنی اینکه آیا در مرحله سیّال حل می شود یا به صورت جامد ، جداسازی می شود ، متفاوت است.
چندین روش فیلتراسیون باتوجه به نتیجه و هدف مطلوب ، یعنی #فیلتراسیون_گرم ، #فیلتراسیون_سرد و خلاء وجود دارد. برخی از اهداف اصلی برای به دست آوردن نتیجه مطلوب ، برای حذف ناخالصی ها از مخلوط یا برای جداسازی مواد جامد از مخلوط است.
#تکنیک_های_آزمایشگاهی
🆔 @PrimerSBU
#اخبار_هفته
✅تکنولوژی جدید ویرایش ژنوم‼🧬
https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190823182700.htm
✅سلولهای بنیادی مغز حافظهای قوی دارند🤯🧠
https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190828140101.htm
✅کشف ژن کمخوابی‼🧬😴
https://www.genengnews.com/news/gene-linked-to-need-for-less-sleep-identified-in-family-members/
✅تبدیل آمینواسیدها به موسیقی، برای مطالعهی بهتر پروتئینها🎹🎼
https://www.genengnews.com/insights/let-there-be-sound-turning-amino-acids-into-tunes-to-better-study-protein-structure/
✅تکنولوژی جدید ویرایش ژنوم‼🧬
https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190823182700.htm
✅سلولهای بنیادی مغز حافظهای قوی دارند🤯🧠
https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190828140101.htm
✅کشف ژن کمخوابی‼🧬😴
https://www.genengnews.com/news/gene-linked-to-need-for-less-sleep-identified-in-family-members/
✅تبدیل آمینواسیدها به موسیقی، برای مطالعهی بهتر پروتئینها🎹🎼
https://www.genengnews.com/insights/let-there-be-sound-turning-amino-acids-into-tunes-to-better-study-protein-structure/
ScienceDaily
A novel technology for genome-editing a broad range of mutations in live organisms
Researchers have developed a new tool -- dubbed SATI -- to edit the mouse genome, enabling the team to target a broad range of mutations and cell types. The new genome-editing technology could be expanded for use in a broad range of gene mutation conditions…
#pharmaceutical_biotechnology 💉💊
#marine_biotechnology 🐟
#marine_biocatalyst
🐙 بی مهرگان دریازی ، مانند اسفنج ها ، جانوران نیام دار و سنیدرین ها (مرجان های زانتانار و اسکلراکتین) ، همراه با میکروارگانیسم های بی شماری ، مجموعه هایی کاربردی را تشکیل می دهند ، معروف به هولوبیونت ها ؛ این نوع همزیستی خاص گونه ها میتواند منبعی از ترکیبات ارگانیک با وزن مولکولی کم و پپتیدهای فعال زیستی و آنزیمها باشد. یکی از این نمونه های هلوبیونت دریایی #zoantharian_protopalythoa_variabilis ( #cnidaria : #anthozoa ) است که در صخره های ساحلی مناطق گرمسیری اقیانوس اطلس ساکن است و منبع قابل توجه متابولیتهای ثانویه و پلی پپتیدهای بیولوژیکی فعال است. در مطالعه حاضر ، پژوهشگران به تجزیه و تحلیل کل #holo_trannoscriptome از نوع #P_variabilis ، پرداخته اند و به پژوهش در زمینه پیش سازهای آنزیم های بیان شده در مجموعه #zoantharian_microbiota که میتوان در آینده از آنها به عنوان بیوکاتالیستهای صنعتی و داروهای زیستی استفاده شود ، میپردازند. علاوه بر صدها آنزیم پیش بینی شده که در انواع هیدرولازها ، #oxidoreductases و ترانسفرازها یافت می شوند ، پیش سازهای آنزیم هایی منحصر به فرد با فعالیتهای متعدد در ساختارهای واحد و آنزیمهای با کاربردهای عملکردی محدود کشف شدند. نتایج این پژوهش بیانگر پیش بینی سیزده آنزیم چند منظوره و ۶۹۴ توالی آنزیمی تا حدی شناخته شده ، در ۲۳ زیر گروه مشخص شده ، است. این ساختارها و فعالیتهای آنزیمی پیش بینی شده ، می توانند در حوزه های مختلف بیوتکنولوژی صنعتی و دارویی مورد استفاده قرار گیرند.
🚩📰 📰👇👇👇
https://www.mdpi.com/1660-3397/16/6/207
#بیوتکنولوژی_دارویی
#بیوتک_دریا
🆔 @PrimerSBU
#marine_biotechnology 🐟
#marine_biocatalyst
🐙 بی مهرگان دریازی ، مانند اسفنج ها ، جانوران نیام دار و سنیدرین ها (مرجان های زانتانار و اسکلراکتین) ، همراه با میکروارگانیسم های بی شماری ، مجموعه هایی کاربردی را تشکیل می دهند ، معروف به هولوبیونت ها ؛ این نوع همزیستی خاص گونه ها میتواند منبعی از ترکیبات ارگانیک با وزن مولکولی کم و پپتیدهای فعال زیستی و آنزیمها باشد. یکی از این نمونه های هلوبیونت دریایی #zoantharian_protopalythoa_variabilis ( #cnidaria : #anthozoa ) است که در صخره های ساحلی مناطق گرمسیری اقیانوس اطلس ساکن است و منبع قابل توجه متابولیتهای ثانویه و پلی پپتیدهای بیولوژیکی فعال است. در مطالعه حاضر ، پژوهشگران به تجزیه و تحلیل کل #holo_trannoscriptome از نوع #P_variabilis ، پرداخته اند و به پژوهش در زمینه پیش سازهای آنزیم های بیان شده در مجموعه #zoantharian_microbiota که میتوان در آینده از آنها به عنوان بیوکاتالیستهای صنعتی و داروهای زیستی استفاده شود ، میپردازند. علاوه بر صدها آنزیم پیش بینی شده که در انواع هیدرولازها ، #oxidoreductases و ترانسفرازها یافت می شوند ، پیش سازهای آنزیم هایی منحصر به فرد با فعالیتهای متعدد در ساختارهای واحد و آنزیمهای با کاربردهای عملکردی محدود کشف شدند. نتایج این پژوهش بیانگر پیش بینی سیزده آنزیم چند منظوره و ۶۹۴ توالی آنزیمی تا حدی شناخته شده ، در ۲۳ زیر گروه مشخص شده ، است. این ساختارها و فعالیتهای آنزیمی پیش بینی شده ، می توانند در حوزه های مختلف بیوتکنولوژی صنعتی و دارویی مورد استفاده قرار گیرند.
🚩📰 📰👇👇👇
https://www.mdpi.com/1660-3397/16/6/207
#بیوتکنولوژی_دارویی
#بیوتک_دریا
🆔 @PrimerSBU
MDPI
The Holo-Trannoscriptome of the Zoantharian Protopalythoa variabilis (Cnidaria: Anthozoa): A Plentiful Source of Enzymes for Potential…
Marine invertebrates, such as sponges, tunicates and cnidarians (zoantharians and scleractinian corals), form functional assemblages, known as holobionts, with numerous microbes. This type of species-specific symbiotic association can be a repository of myriad…
Forwarded from Oxin Code
خب این هم برای دوستانی که منتظر دوره جدید طراحی دارو 💊💉🧬🦠 بودند 😅
دوره طراحی دارو به کمک برنامهنویسی در دانشگاه تهران 😊💪
میتونید سرفصل و مطالب تکمیلی این رویدادمون رو در لینک زیر ببینید🙄👇
https://evnd.co/GGmZl
#طراحی_دارو #بیوانفورماتیک
#برنامه_نویسی #معرفی_رویداد
╭─01⌨️01🖥01📱01─╮
@computerResearchers
╰─01⌨️01🖥01📱01─╯
دوره طراحی دارو به کمک برنامهنویسی در دانشگاه تهران 😊💪
میتونید سرفصل و مطالب تکمیلی این رویدادمون رو در لینک زیر ببینید🙄👇
https://evnd.co/GGmZl
#طراحی_دارو #بیوانفورماتیک
#برنامه_نویسی #معرفی_رویداد
╭─01⌨️01🖥01📱01─╮
@computerResearchers
╰─01⌨️01🖥01📱01─╯
Forwarded from هایپرساز
عزیزای من؛ دوره هایی که در دانشگاه تهران برای مهر ۹۸ در نظر گرفتیم رو میتونید در زیر ببینید 💪😊👇
دوره جامع جامع طراحیوب 😎 در ۵ 🖐 جلسه ۵ ساعته 😎
.
کارگاه دو روزه برنامه نویسی سمت سرور 💪 با Php&MySql 🙄😎
.
دوره برنامه نویسی با زبان C و C++ ☺️ در پنج جلسه پنج ساعته 😎
.
کارگاه یک روزه تخصصی سئو و دیجیتال 😬 مارکتینگ 😊😉
.
دوره برنامهنویسی جاوا در ۷ جلسه ۴ ساعته 👍💪😎
.
کارگاه عملی طراحی دارو 🤔😳 به کمک برنامه نویسی 😍 و یادگیریماشین 😍😎 به همراه انجام کار پژوهشی بعد از پایان کارگاه
.
#معرفیرویداد
╭─01⌨01🖥01📱01─╮
@computerResearchers
╰─01⌨01🖥01📱01─╯
دوره جامع جامع طراحیوب 😎 در ۵ 🖐 جلسه ۵ ساعته 😎
.
کارگاه دو روزه برنامه نویسی سمت سرور 💪 با Php&MySql 🙄😎
.
دوره برنامه نویسی با زبان C و C++ ☺️ در پنج جلسه پنج ساعته 😎
.
کارگاه یک روزه تخصصی سئو و دیجیتال 😬 مارکتینگ 😊😉
.
دوره برنامهنویسی جاوا در ۷ جلسه ۴ ساعته 👍💪😎
.
کارگاه عملی طراحی دارو 🤔😳 به کمک برنامه نویسی 😍 و یادگیریماشین 😍😎 به همراه انجام کار پژوهشی بعد از پایان کارگاه
.
#معرفیرویداد
╭─01⌨01🖥01📱01─╮
@computerResearchers
╰─01⌨01🖥01📱01─╯
❇️پپتیدهای گیاهی و آنزیمهای بازدارنده در توسعه دیابت نوع 2 حائز اهمیت هستند.
🌱پپتیدهای حاصل از گیاهان نقش مهمی را در کنترل سطح قند خون در بیماران با دیابت ملیتوس نوع 2، با مهار آنزیم دای پپتیدیل پپتیداز IV (DPP-IV; EC 3.4.14.5) دارند.
پیشبینی میشود که تعداد افراد بزرگسال مبتلا به دیابت در سراسر جهان تا سال 2030 به 439 میلیون نفر برسد و دیابت به بیماری همهگیر جهانی تبدیل شود.
🔹پپتید شبه گلوکاگون 1 (GLP-1) و پپتید انسولینوتروپیک وابسته به گلوکز (GIP) به خانواده پپتیدهای روده به نام اینکرتین تعلق دارند، که به ترتیب از سلولهای K از بخش بالایی روده کوچک و سلولهای L از بخش پایینی روده جدا میشوند. اینکرتینها نقش مهمی در کاهش سطح گلوکز خون بعد از خوردن، با تحریک انتشار انسولین از سلولهای β پانکراس دارند.
🔸درحال حاضر تعداد زیادی دارو برای مهار DPP-IV وجود دارد. در واقع، در حال حاضر 11 کلاس از عوامل کاهش گلوکز برای کنترل دیابت موجود است. از اینها، مهارکننده دیاپپتیدیل پپتیداز IV(DPP-IV; EC 3.4.14.5) از جدیدترین داروهایی است که برای کنترل دیابت نوع 2 تولید شده و داروهای در دسترس پپتیدیک در طبیعت شامل Alogliptin (Nesina)، Saxagliptin (Onglyza)، Sitagliptin Januvia)) و Vildagliptin (Galvus) که اینها معمولا همراه با اثرات جانبی مثل حالت تهوع، اضطراب، افسردگی و تشنج همراه هستند. بنابراین پپتیدهای مهارکننده DPP-IV به جایگزین جالبی در درمان دیابت تبدیل شدهاند.
🔺گیاهان دارویی در مدیریت دیابت ملیتوس نوع 2 (T2DM) با تاخیر در توسعه عوارض دیابت و اصلاح اختلالات متابولیک نقض مهمی دارند و چندین دارو مهارکننده پپتیدی DPP-IV از گیاهان تا امروز جدا شده اند. اغلب گیاهان هیپوگلیسمی مورد مطالعه شامل Opuntia streptacantha، Trigonella foenum-graecum، Momordica charantia،Ficus bengalensis، Polygala senega و Gymnema sylvestre میشوند.
🔻اخیرا Gausch و همکاران 18 نوع از مهارکننده DPP-IV را در 18 عصاره گیاهی مختلف شناسایی کرده¬اند (12 مورد از این گیاهان دارای خواص ضددیابتیک هستند، در حالیکه برای 6 باقیمانده دیگر فعالیت های ضددیابتیک برای سایر گونه های گیاهی از همان جنس گزارش شده است). علاوه بر این، هیچ یک از 18 مولکول مشابهت شیمیایی با گروه بزرگ مهارکننده¬های شناخته شده DPP-IV را نشان نمی دهند. ✳️
#پپتید
@primerSBU
🌱پپتیدهای حاصل از گیاهان نقش مهمی را در کنترل سطح قند خون در بیماران با دیابت ملیتوس نوع 2، با مهار آنزیم دای پپتیدیل پپتیداز IV (DPP-IV; EC 3.4.14.5) دارند.
پیشبینی میشود که تعداد افراد بزرگسال مبتلا به دیابت در سراسر جهان تا سال 2030 به 439 میلیون نفر برسد و دیابت به بیماری همهگیر جهانی تبدیل شود.
🔹پپتید شبه گلوکاگون 1 (GLP-1) و پپتید انسولینوتروپیک وابسته به گلوکز (GIP) به خانواده پپتیدهای روده به نام اینکرتین تعلق دارند، که به ترتیب از سلولهای K از بخش بالایی روده کوچک و سلولهای L از بخش پایینی روده جدا میشوند. اینکرتینها نقش مهمی در کاهش سطح گلوکز خون بعد از خوردن، با تحریک انتشار انسولین از سلولهای β پانکراس دارند.
🔸درحال حاضر تعداد زیادی دارو برای مهار DPP-IV وجود دارد. در واقع، در حال حاضر 11 کلاس از عوامل کاهش گلوکز برای کنترل دیابت موجود است. از اینها، مهارکننده دیاپپتیدیل پپتیداز IV(DPP-IV; EC 3.4.14.5) از جدیدترین داروهایی است که برای کنترل دیابت نوع 2 تولید شده و داروهای در دسترس پپتیدیک در طبیعت شامل Alogliptin (Nesina)، Saxagliptin (Onglyza)، Sitagliptin Januvia)) و Vildagliptin (Galvus) که اینها معمولا همراه با اثرات جانبی مثل حالت تهوع، اضطراب، افسردگی و تشنج همراه هستند. بنابراین پپتیدهای مهارکننده DPP-IV به جایگزین جالبی در درمان دیابت تبدیل شدهاند.
🔺گیاهان دارویی در مدیریت دیابت ملیتوس نوع 2 (T2DM) با تاخیر در توسعه عوارض دیابت و اصلاح اختلالات متابولیک نقض مهمی دارند و چندین دارو مهارکننده پپتیدی DPP-IV از گیاهان تا امروز جدا شده اند. اغلب گیاهان هیپوگلیسمی مورد مطالعه شامل Opuntia streptacantha، Trigonella foenum-graecum، Momordica charantia،Ficus bengalensis، Polygala senega و Gymnema sylvestre میشوند.
🔻اخیرا Gausch و همکاران 18 نوع از مهارکننده DPP-IV را در 18 عصاره گیاهی مختلف شناسایی کرده¬اند (12 مورد از این گیاهان دارای خواص ضددیابتیک هستند، در حالیکه برای 6 باقیمانده دیگر فعالیت های ضددیابتیک برای سایر گونه های گیاهی از همان جنس گزارش شده است). علاوه بر این، هیچ یک از 18 مولکول مشابهت شیمیایی با گروه بزرگ مهارکننده¬های شناخته شده DPP-IV را نشان نمی دهند. ✳️
#پپتید
@primerSBU
#اخبار_هفته
📺📻🎙💻📎
✅پروتئینی که آمدن زمستان را درک میکند، در حیوانات کشف شد🦊
https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190829150803.htm
✅حضور DNA قارچی در میکروبیوم گات رودهی جنین انسان👼
https://www.sciencedaily.com/releases/2019/09/190905145442.htm
✅پیشرفت در زمینه بیوتکنولوژی پلیمر🧬
https://www.frontiersin.org/research-topics/9782/advances-on-polymer-biotechnology
✅راز ژنتیکی همجنس گرایی کشف شد👨❤️👨
https://www.genengnews.com/insights/genetics-of-same-sex-behavior-revealed/
📺📻🎙💻📎
✅پروتئینی که آمدن زمستان را درک میکند، در حیوانات کشف شد🦊
https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190829150803.htm
✅حضور DNA قارچی در میکروبیوم گات رودهی جنین انسان👼
https://www.sciencedaily.com/releases/2019/09/190905145442.htm
✅پیشرفت در زمینه بیوتکنولوژی پلیمر🧬
https://www.frontiersin.org/research-topics/9782/advances-on-polymer-biotechnology
✅راز ژنتیکی همجنس گرایی کشف شد👨❤️👨
https://www.genengnews.com/insights/genetics-of-same-sex-behavior-revealed/
ScienceDaily
This protein is how creatures sense cold
Researchers have identified a receptor protein that can detect when winter is coming.
🏯🌿💡 استفاده از بیومیمتیک در معماری:
🔶 The water cube or the Beijing National Aquatic centre & soap:
🏗 ساختمان مکعب آبی در بیجینگ، چین ساختمانیست که برای مسابقات شنای المپیک سال ۲۰۰۸ ،که در چین برگزار شد، ساخته شد.
🏊♂ 🤽♀ در این ساختمان ۵ استخر و همینطور سرسره ی آبی و بازی های آبی دیگری موجود است. بعلاوه به اندازه ی ۱۷۰۰۰ تماشاچی گنجایش دارد.
🛢💵 انرژی گرمایشی و همینطور نورانی بسیاری برای چنین سالن بزرگی مصرف میشود.
🇧🇪 🇨🇳 معمار این سالن از مطالعات پژوهشگر بلژیکی، Plateau، بر روی حباب های صابون برای ساخت سالن استفاده کرد.
❓چرا حباب های صابون؟
💡حباب های صابون همیشه به صورت کروی هستند تا کمترین مساحت سطحی را داشته باشند.
زمانی که این حباب ها به یکدیگر میرسند و متصل میشوند از حالت کروی به شکل چند ضلعی نزدیک میشوند تا همچنان کمترین مساحت سطحی را داشته و ر نتیجه انرژی کمتری مصرف کنند.
🔻بنابراین دیده میشود که حباب های متصل به یکدیگر تا فاصله ی زیاد رفته و بدون تکیه گاه در هوا معلق باقی میمانند.
🔹از این ویژگی در ساختار این سالن استفاده شده باتوجه به اینکه مساحت وسیعی در یک سالن قرار گرفته نیاز به سقف و دیوارهایی با مصرف کمترین میزان انرژی و پایدارترین حالت بود.
بنابراین دیوار را با قاب های فلزی به سلول های مختلف با مطالعه ی حباب ها تقسیم کردند.
🧪 روی قاب ها با ماده ای سبک تر از شیشه پوشانده شد: ETFE ( Ethylene tetrafluoroethylene)
این ماده همانند صابون خاصیت خود تمیزشوندگی دارد و گرد و خاک روی آن باقی نمیمانند.
♻️البته در صورت خرابی این ماده قابل بازیافت است.
🔶 The water cube or the Beijing National Aquatic centre & soap:
🏗 ساختمان مکعب آبی در بیجینگ، چین ساختمانیست که برای مسابقات شنای المپیک سال ۲۰۰۸ ،که در چین برگزار شد، ساخته شد.
🏊♂ 🤽♀ در این ساختمان ۵ استخر و همینطور سرسره ی آبی و بازی های آبی دیگری موجود است. بعلاوه به اندازه ی ۱۷۰۰۰ تماشاچی گنجایش دارد.
🛢💵 انرژی گرمایشی و همینطور نورانی بسیاری برای چنین سالن بزرگی مصرف میشود.
🇧🇪 🇨🇳 معمار این سالن از مطالعات پژوهشگر بلژیکی، Plateau، بر روی حباب های صابون برای ساخت سالن استفاده کرد.
❓چرا حباب های صابون؟
💡حباب های صابون همیشه به صورت کروی هستند تا کمترین مساحت سطحی را داشته باشند.
زمانی که این حباب ها به یکدیگر میرسند و متصل میشوند از حالت کروی به شکل چند ضلعی نزدیک میشوند تا همچنان کمترین مساحت سطحی را داشته و ر نتیجه انرژی کمتری مصرف کنند.
🔻بنابراین دیده میشود که حباب های متصل به یکدیگر تا فاصله ی زیاد رفته و بدون تکیه گاه در هوا معلق باقی میمانند.
🔹از این ویژگی در ساختار این سالن استفاده شده باتوجه به اینکه مساحت وسیعی در یک سالن قرار گرفته نیاز به سقف و دیوارهایی با مصرف کمترین میزان انرژی و پایدارترین حالت بود.
بنابراین دیوار را با قاب های فلزی به سلول های مختلف با مطالعه ی حباب ها تقسیم کردند.
🧪 روی قاب ها با ماده ای سبک تر از شیشه پوشانده شد: ETFE ( Ethylene tetrafluoroethylene)
این ماده همانند صابون خاصیت خود تمیزشوندگی دارد و گرد و خاک روی آن باقی نمیمانند.
♻️البته در صورت خرابی این ماده قابل بازیافت است.
🔶 مزایای دیگر ساختار:
📍داخل سلول های این ساختار پر از هوا است و این باعث اثر گلخانه ای میشود.
📍بنابراین کمک میکند به گرمایش این سالن بزرگ و استخرها.
📍انرژی گرما و نور در داخل سلول ها به دام میافتد و در نهایت برای گرمایش آب استخرها از آن استفاده میشود.
📍شفافیت سلول ها همانند حباب های صابون باعث ورود و متمرکز شدن نور آفتاب میشود و به روشنایی سالن کمک میکند.
📍باتوجه به کمبود آب در شهر بیجینگ سقف سالن آب باران را جمع کرده، تصفیه میکند و به استخرها وارد میکند.
📍ماده ی ETFE خود تمیز شونده است و ظاهر ساختمان را بعد از ۱۲ سال همچنان زیبا نگه داشته است.
📍ظاهر بسیار زیبا و مدرنی دارد که از داخل و همینطور از خارج تداعیگر آب و شنا است.
💰 آمار:
🔸تامین ۵۵٪ انرژی نورانی لازمه.
🔸تامین ۳۰٪انرژیگرمایشی سالن.
🔸تامین ۲۰٪ انرژی گرمایشی آب.
#بیومیمتیک @primerSBU
📍داخل سلول های این ساختار پر از هوا است و این باعث اثر گلخانه ای میشود.
📍بنابراین کمک میکند به گرمایش این سالن بزرگ و استخرها.
📍انرژی گرما و نور در داخل سلول ها به دام میافتد و در نهایت برای گرمایش آب استخرها از آن استفاده میشود.
📍شفافیت سلول ها همانند حباب های صابون باعث ورود و متمرکز شدن نور آفتاب میشود و به روشنایی سالن کمک میکند.
📍باتوجه به کمبود آب در شهر بیجینگ سقف سالن آب باران را جمع کرده، تصفیه میکند و به استخرها وارد میکند.
📍ماده ی ETFE خود تمیز شونده است و ظاهر ساختمان را بعد از ۱۲ سال همچنان زیبا نگه داشته است.
📍ظاهر بسیار زیبا و مدرنی دارد که از داخل و همینطور از خارج تداعیگر آب و شنا است.
💰 آمار:
🔸تامین ۵۵٪ انرژی نورانی لازمه.
🔸تامین ۳۰٪انرژیگرمایشی سالن.
🔸تامین ۲۰٪ انرژی گرمایشی آب.
#بیومیمتیک @primerSBU
#next_generation_sequencing
#nanopore ✴️
#ادامه
🔆 در قسمت قبل به معرفی و بررسی اجمالی نسل جدید روش های توالی یابی (NGS) پرداختیم. در این قسمت قصد داریم یکی از افق های نوین NGS را به شما عزیزان معرفی کنیم.
🧐 شرکت Oxford Nanopore Technology
در سالهای اخیر دست به توسعه روش جدیدی در توالی یابی ژنوم زده است. با استفاده از این روش میتوان بازهای DNA را بصورت مستقیم خواند و مرحله Amplification در این تکنولوژی حذف شده است.
خواندن مستقیم مولکول های DNA به این معناست که رشته های بلند DNA میتوانند در یک زمان خوانده شوند. این روش به محققان امکان بررسی الگوهای موردنظر را در مقیاس های بزرگتر می دهد.
✳ تکنولوژی های توالی یابی دیگر ، طی سالهای اخیر ارزانتر و سریعتر شده اند؛ ولی بسیاری از آنها هنوز از Fluorescent Agent برای شناسایی و تقویت قطعات DNA استفاده میکنند. تکنولوژی Nanopore علاوه بر سرعت و ارزانی، از خطاهایی که ممکن است در این مرحله به وجود بیاید جلوگیری کرده است.
✳ اساس کار این تکنولوژی بطور کلی به این صورت است که رشته DNA از یک منفذ پروتئینی که بر روی یک غشا قرار داده شده است عبور میکند. جریانی در دو سوی غشا برقرار می شود و عبور هر باز آلی خاص باعث تفاوت در شدت جریان عبوری می شود. این تفاوت ها به صورت یک دیاگرام نمایش داده میشود و از روی آن ، توالی موردنظر شناخته میشود.
✳طبق گزارش این شرکت، طول بازهای خوانده شده توسط این تکنولوژی تقریبا به 48000bp می رسد. Jeff Schloss ، مدیر برنامه توسعه تکنولوژی موسسه ژنوم انسان، می گوید: " این بلندترین توالی ای است که کسی میتواند ادعا کند خوانده شده."
✳محصول جدید این شرکت (MinIon) قابلیت این را دارد که نمونه در آن قرار گرفته و بوسیله درگاه USB به کامپیوتر متصل شود و اطلاعات تحلیل شود. البته دستگاه های بزرگتر (desktop) حجم بیشتری از ژنوم را می توانند توالی یابی کنند. مجموعه ای از این دستگاه ها(Cluster) برای توالی یابی کل ژنوم بکار میرود.
قیمت نوع Portable این تکنولوژی کمتر از 900$ است.
✳ هرچند این تکنولوژی افق های جدیدی را در توالی یابی گشوده است ولی خطای آن در چند سال قبل 15%-10% بود و تحقیقات برای کاهش خطای این تکنولوژی ادامه دارد.
#NGS
🆔 @PrimerSBU
🔗 مراجع و لینک های مفید👇
http://www2.technologyreview.com/news/427677/nanopore-sequencing/
https://nanoporetech.com/how-it-works
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/dgd.12608
#nanopore ✴️
#ادامه
🔆 در قسمت قبل به معرفی و بررسی اجمالی نسل جدید روش های توالی یابی (NGS) پرداختیم. در این قسمت قصد داریم یکی از افق های نوین NGS را به شما عزیزان معرفی کنیم.
🧐 شرکت Oxford Nanopore Technology
در سالهای اخیر دست به توسعه روش جدیدی در توالی یابی ژنوم زده است. با استفاده از این روش میتوان بازهای DNA را بصورت مستقیم خواند و مرحله Amplification در این تکنولوژی حذف شده است.
خواندن مستقیم مولکول های DNA به این معناست که رشته های بلند DNA میتوانند در یک زمان خوانده شوند. این روش به محققان امکان بررسی الگوهای موردنظر را در مقیاس های بزرگتر می دهد.
✳ تکنولوژی های توالی یابی دیگر ، طی سالهای اخیر ارزانتر و سریعتر شده اند؛ ولی بسیاری از آنها هنوز از Fluorescent Agent برای شناسایی و تقویت قطعات DNA استفاده میکنند. تکنولوژی Nanopore علاوه بر سرعت و ارزانی، از خطاهایی که ممکن است در این مرحله به وجود بیاید جلوگیری کرده است.
✳ اساس کار این تکنولوژی بطور کلی به این صورت است که رشته DNA از یک منفذ پروتئینی که بر روی یک غشا قرار داده شده است عبور میکند. جریانی در دو سوی غشا برقرار می شود و عبور هر باز آلی خاص باعث تفاوت در شدت جریان عبوری می شود. این تفاوت ها به صورت یک دیاگرام نمایش داده میشود و از روی آن ، توالی موردنظر شناخته میشود.
✳طبق گزارش این شرکت، طول بازهای خوانده شده توسط این تکنولوژی تقریبا به 48000bp می رسد. Jeff Schloss ، مدیر برنامه توسعه تکنولوژی موسسه ژنوم انسان، می گوید: " این بلندترین توالی ای است که کسی میتواند ادعا کند خوانده شده."
✳محصول جدید این شرکت (MinIon) قابلیت این را دارد که نمونه در آن قرار گرفته و بوسیله درگاه USB به کامپیوتر متصل شود و اطلاعات تحلیل شود. البته دستگاه های بزرگتر (desktop) حجم بیشتری از ژنوم را می توانند توالی یابی کنند. مجموعه ای از این دستگاه ها(Cluster) برای توالی یابی کل ژنوم بکار میرود.
قیمت نوع Portable این تکنولوژی کمتر از 900$ است.
✳ هرچند این تکنولوژی افق های جدیدی را در توالی یابی گشوده است ولی خطای آن در چند سال قبل 15%-10% بود و تحقیقات برای کاهش خطای این تکنولوژی ادامه دارد.
#NGS
🆔 @PrimerSBU
🔗 مراجع و لینک های مفید👇
http://www2.technologyreview.com/news/427677/nanopore-sequencing/
https://nanoporetech.com/how-it-works
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/dgd.12608
MIT Technology Review
Nanopore Sequencing - MIT Technology Review
Simple and direct analysis of DNA will make genetic testing routine in more situations.
#laboratory_techniques 👨🔬
#liquid_liquid_extraction
#LLE 💦
⭐️ #استخراج_مایع_مایع که گاهی به عنوان استخراج با حلّال و عصاره گیری نیز شناخته میشود ، روشی است که برای #جداسازی_ترکیبات مختلف دلخواه یا کمپلکس های فلزی ، بر اساس حلّالیت نسبی آنها در مخلوط مایع ، کاربرد میابد. به عنوان مثال ، در دو مایع مخلوط نشدنی متفاوت ، نظیر آب (قطبی) و یک حلال آلی (غیر قطبی ) ، انتقال بهینه ترکیبات مورد نظر ( که میتواند شامل یک یا چند ترکیب شیمیایی مختلف باشد ) ، از فاز آبی به آلی وجود دارد. بدیهی است که این انتقال ، به واسطه اختلاف پتانسیل شیمیایی انجام می شود ، بدین مفهوم که پس از اتمام انتقال ، سیستم کلی پروتون ها و الکترون هایی که #املاح و حلّال ها را تشکیل میدهند ، در سطح پایدارتری (انرژی آزاد پایین تر) قرار دارند. حلّال نهایی که منحصرا توسط املاح و ترکیبات مورد نظر ، غنی شده است ، عصاره نامیده میشود. مخلوط مایع ابتدایی که پس از عصاره گیری از آن ، واجد کمترین میزان املاح و ترکیبات هدف می باشد ، #رافینات نام دارد. این روش ، یک تکنیک اساسی در آزمایشگاههای شیمیایی است ، زمانی که با استفاده از دستگاههای مختلف ، از #قیف_های_جداساز گرفته تا تجهیزات توزیع کننده جریان مخالف ( تکنیک #CCD ) ، که تنظیم کننده های میکسر نامیده می شوند ، انجام میشود. ( روشی که معمولاً پس از انجام واکنش های شیمیایی ، به عنوان بخش نهایی عصاره گیری یا خالص سازی فراورده های واکنش ، به کار میرود. )
🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟
✨ لازم به ذکر است که اصطلاح تقسیم بندی و تفکیک ترکیبات ، معمولاً برای اشاره به فرایندهای شیمیایی و فیزیکی اساسی انجام گرفته در روند استخراج املاح دلخواه از مخلوط مایع ، استفاده می شود ؛ با این حال ، در خوانش دیگر ، ممکن است کاملاً مترادف با مفهوم اصلی استخراج باشد. همچنین اصطلاح استخراج با حلّال و عصاره گیری نیز گاهی به جداسازی یک ماده از مخلوط به وسیله حل کردن آن ماده در یک حلّال ثانوی مناسب اشاره دارد؛ ( فرایندی که به موجب آن ، یک ترکیب محلول از یک ترکیب نامحلول یا یک مخلوط پیچیده جدا می شود.)
#تکنیک_های_آزمایشگاهی
🆔 @PrimerSBU
#liquid_liquid_extraction
#LLE 💦
⭐️ #استخراج_مایع_مایع که گاهی به عنوان استخراج با حلّال و عصاره گیری نیز شناخته میشود ، روشی است که برای #جداسازی_ترکیبات مختلف دلخواه یا کمپلکس های فلزی ، بر اساس حلّالیت نسبی آنها در مخلوط مایع ، کاربرد میابد. به عنوان مثال ، در دو مایع مخلوط نشدنی متفاوت ، نظیر آب (قطبی) و یک حلال آلی (غیر قطبی ) ، انتقال بهینه ترکیبات مورد نظر ( که میتواند شامل یک یا چند ترکیب شیمیایی مختلف باشد ) ، از فاز آبی به آلی وجود دارد. بدیهی است که این انتقال ، به واسطه اختلاف پتانسیل شیمیایی انجام می شود ، بدین مفهوم که پس از اتمام انتقال ، سیستم کلی پروتون ها و الکترون هایی که #املاح و حلّال ها را تشکیل میدهند ، در سطح پایدارتری (انرژی آزاد پایین تر) قرار دارند. حلّال نهایی که منحصرا توسط املاح و ترکیبات مورد نظر ، غنی شده است ، عصاره نامیده میشود. مخلوط مایع ابتدایی که پس از عصاره گیری از آن ، واجد کمترین میزان املاح و ترکیبات هدف می باشد ، #رافینات نام دارد. این روش ، یک تکنیک اساسی در آزمایشگاههای شیمیایی است ، زمانی که با استفاده از دستگاههای مختلف ، از #قیف_های_جداساز گرفته تا تجهیزات توزیع کننده جریان مخالف ( تکنیک #CCD ) ، که تنظیم کننده های میکسر نامیده می شوند ، انجام میشود. ( روشی که معمولاً پس از انجام واکنش های شیمیایی ، به عنوان بخش نهایی عصاره گیری یا خالص سازی فراورده های واکنش ، به کار میرود. )
🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟🌟
✨ لازم به ذکر است که اصطلاح تقسیم بندی و تفکیک ترکیبات ، معمولاً برای اشاره به فرایندهای شیمیایی و فیزیکی اساسی انجام گرفته در روند استخراج املاح دلخواه از مخلوط مایع ، استفاده می شود ؛ با این حال ، در خوانش دیگر ، ممکن است کاملاً مترادف با مفهوم اصلی استخراج باشد. همچنین اصطلاح استخراج با حلّال و عصاره گیری نیز گاهی به جداسازی یک ماده از مخلوط به وسیله حل کردن آن ماده در یک حلّال ثانوی مناسب اشاره دارد؛ ( فرایندی که به موجب آن ، یک ترکیب محلول از یک ترکیب نامحلول یا یک مخلوط پیچیده جدا می شود.)
#تکنیک_های_آزمایشگاهی
🆔 @PrimerSBU