¹ نقش پایتون در تحلیل داده‌های NGS☄️

زبان برنامه‌نویسی پایتون یکی از ابزارهای کلیدی در تحلیل داده‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS) محسوب می‌شود.

❓مراحل:

1️⃣ پیش‌پردازش داده‌های خام (FASTQ)
• پاک‌سازی خوانش‌های کم‌کیفیت
• حذف آداپتورها و نویزهای توالی
ابزارهای مرتبط:
➡️ Cutadapt , HTSeq , Biopython

2️⃣ تحلیل فایل‌های هم‌تراز شده (BAM/SAM)
• استخراج اطلاعات از فایل‌های هم‌تراز شده
• شمارش خوانش‌ها برای هر ژن
ابزارهای مرتبط:
➡️pysam , HTSeq

3️⃣ تحلیل واریانت‌ها (VCF)
• شناسایی واریانت‌های ژنتیکی مانند جهش‌های نقطه‌ای یا حذف و اضافه.
ابزارهای مرتبط:
➡️vcfpy ، cyvcf2 ، PyVCF

تلگرام 📱 | اینستاگرام 📱 | توییتر 📱 | ربات 👋

🎈 کلیپ ضبط شده افتتاحیه اولین دوره SciSmart 🎈

📌 پنجشنبه 1 آبان‌ماه 1404

💫 با حضور بیش از 125 نفر! 💫

🎉 همراه با توضیحات روند دوره و قرعه‌کشی و هدیه عمومی ویژه 🎁

❤️از همراهی پرشورتون سپاسگزاریم❤️

تلگرام 📱 | اینستاگرام 📱 | توییتر 📱 | ربات 👋

² نقش پایتون در تحلیل داده‌های NGS☄️

نقش پایتون به دلیل سادگی، خوانایی و وجود کتابخانه‌های قدرتمند برای تجزیه و تحلیل داده‌های بزرگ در تحلیل داده‌های NGS بسیار پررنگ است.

✅ ادامه مراحل:

4️⃣ تحلیل بیان ژن (RNA-Seq)
شمارش خوانش‌ها برای هر ژن:
تعیین سطح بیان هر ژن با شمارش خوانش‌های RNA-Seq.
ابزارهای مکمل:
➡️Pandas , NumPy , SciPy

5️⃣ بصری‌سازی داده‌ها
رسم نمودارهای پوشش ژنوم، بیان ژن، توزیع جهش‌ها
کتابخانه‌ها:
➡️Matplotlib, Seaborn, Plotly, Dash

6️⃣ اتوماسیون و ساخت pipeline
• اجرای مراحل تحلیل به‌صورت خودکار و قابل تکرار
• مدیریت فایل‌ها، نمونه‌ها و گزارش‌ها
ابزارها:
➡️Snakemake

تلگرام 📱 | اینستاگرام 📱 | توییتر 📱 | ربات 👋

بابت تاخیر عذرخواهیم🌹

📌طبق کلیپ بالا، که قرعه‌کشی برندگان دو محور افتتاحیه دوره بزرگ SciSmart رو نشون میده، افراد برنده به شرح زیر هستن⬇️

1️⃣مرحله اول قرعه‌کشی
📉 5 عدد تخفیف 20 درصدی بوت‌کمپ‌های حضوری! 👇
⏺مهدیه خیرخواهانی
⏺محمد احمدجو
⏺محمد رضا قادری
⏺محمدعلی جعفری
⏺مبینا صداقتی

2️⃣مرحله دوم قرعه‌کشی
📉 11 عدد تخفیف 50 درصدی بوت‌کمپ‌های مجازی! 👇
⏺ مریم هرمزی نصیری
⏺مهدیه محمودوند
⏺کوثر نخعی
⏺ساجده سلطانی
⏺رعنا ممبینی
⏺زهره گذر حبیب آبادی
⏺احمد سرائی
⏺رضوان سپهر
⏺محمد جهان
⏺شیوا دولت آبادی
⏺آکادمی تخصصی علوم پایه ایران

❤️ بدلیل اینکه آکادمی تخصصی علوم پایه ایران از همکاران آکادمی هست، ما یک عدد به تعداد برندگان آیتم دوم اضافه کردیم❤️

🎁از عزیزان برنده تقاضا می‌شود به پیوی ادمین مراجعه کرده و کد تخفیف خود را دریافت نمایند🎁

🤖همچنین در ربات هم متنی مبنی بر برنده شدن در قرعه‌کشی ارسال خواهد شد.

تلگرام 📱 | اینستاگرام 📱 | توییتر 📱 | ربات 👋

¹ مهندسی بافت و سرطان☄️

✅مهندسی بافت و سرطان دو حوزه به‌شدت مرتبط با هم هستند، اما این ارتباط از دو جهت کاملاً متفاوت و مهم بررسی می‌شود: یکی در درک بهتر سرطان و دیگری در درمان آن.

💡درک بهتر سرطان: مدلسازی دقیق بیماری

1️⃣مدل‌های سه‌بعدی تومور
مهندسان بافت می‌توانند محیطی سه‌بعدی شبیه به بافت‌های بدن ایجاد کنند که در آن سلول‌های سرطانی می‌توانند مانند یک تومور واقعی رشد کنند.

مهندسی بافت با ایجاد مدل‌های سه‌بعدی تومور در محیط‌های زیستی، امکان بررسی دقیق‌تر رشد، مهاجرت، و مقاومت دارویی سلول‌های سرطانی را فراهم می‌کند.

2️⃣ بافت‌های شبه‌عضو (Organoids)
با استفاده از سلول‌های بنیادی و داربست‌های زیستی، می‌توان ارگانوئیدهایی ساخت که عملکردی مشابه اندام‌های واقعی دارند. این ساختارها برای مطالعه متاستاز، بررسی تعامل سلول‌های سرطانی با محیط اطراف، و تست داروهای جدید بسیار ارزشمند هستند.

📌راستی، از بوت‌کمپ مهندسی بافت دوره جا نمونین که ظرفیتش محدوده!!!😎

تلگرام 📱 | اینستاگرام 📱 | توییتر 📱 | ربات 👋

² مهندسی بافت و سرطان ☄️

مهندسی بافت نه‌تنها به درک بیماری کمک می‌کند، بلکه راه‌های جدیدی برای درمان آن نیز ارائه می‌دهد.

💡 درمان سرطان

1️⃣ دارورسانی هدفمند

مهندسی بافت به توسعه سیستم‌های دارورسانی هوشمند کمک می‌کند. در این روش، مواد زیستی مهندسی‌شده مانند نانوذرات یا داربست‌های خاص، داروهای شیمی‌درمانی را به صورت مستقیم و با دوز بالا به تومور می‌رسانند.

2️⃣ بازسازی بافت‌های آسیب‌دیده

پس از جراحی‌های تهاجمی برای برداشت تومور، مهندسی بافت می‌تواند با استفاده از داربست‌های زیستی، بافت‌های از دست‌رفته را بازسازی کند. این داربست‌ها به سلول‌های سالم کمک می‌کنند تا رشد کرده و ناحیه آسیب‌دیده را ترمیم کنند.

3️⃣ واکسن‌های درمانی سرطان

در آینده، از اصول مهندسی بافت برای ساخت واکسن‌های درمانی استفاده خواهد شد. این واکسن‌ها با استفاده از سلول‌های ایمنی تقویت‌شده در محیط آزمایشگاهی، سیستم ایمنی بدن را تحریک می‌کنند تا به سلول‌های سرطانی حمله کند.

تلگرام 📱 | اینستاگرام 📱 | توییتر 📱 | ربات 👋

¹ بیوپرینتینگ (Bioprinting) 🖨👣

📌 بیوپرینتینگ (Bioprinting) یا چاپ زیستی سه‌بعدی، یک فناوری پیشرفته در حوزه‌ی پزشکی بازساختی و مهندسی بافت است که با استفاده از سلول‌های زنده و مواد زیستی، ساختارهای زیستی سه‌بعدی مانند بافت‌ها و اندام‌ها را تولید می‌کند.

این فرآیند رشته‌های، زیست‌شناسی🦠، مهندسی⚙️ و پزشکی🩺 را با هم ترکیب می‌کند.

🔴مراحل اصلی بیوپرینتینگ:
1️⃣مرحله پیش از چاپ (Pre-bioprinting)
در این مرحله جوهر زیستی و یک مدل دیجیتالی سه‌بعدی از بافت یا اندام مورد نظر (با استفاده از تصویربرداری‌هایی مانند MRI) تهیه می‌شود.

2️⃣مرحله چاپ (Bioprinting)
در این مرحله، بیوپرینتر (چاپگر زیستی) بر اساس مدل دیجیتالی، لایه‌های نازکی از جوهر زیستی را با دقت میکرونی روی هم قرار می‌دهد.

3️⃣مرحله پس از چاپ (Post-bioprinting)
پس از چاپ، ساختار سلولی برای مدتی به یک بیورآکتور منتقل می‌شود. در این محیط کنترل‌شده، سلول‌ها با هم رشد می‌کنند، تکثیر می‌شوند و با یکدیگر ارتباط برقرار می‌کنند تا در نهایت به یک بافت زنده و عملکردی تبدیل شوند.

اینستاگرام 📱 | تلگرام 📱 | توییتر 📱 | ربات 👋

💥 هدیه ویژه عمومی برای همه عزیزانی که پیام داده بودن فعال شد!

بابت تاخیر عذرخواهیم.🙏
اما، هدیه ویژه عمومی برای همه عزیزانی که در افتتاحیه دوره حضور داشتن، انجام شد!
یعنی همه اون عزیزان چهار کارگاه تقویتی تکمیلی بصورت رایگان ثبت نام شد! ☄️

⭐️ هر وقت هر کارگاهی برگزار شد، با زدن دکمه اون در ربات، به کلیپ های ضبط شده اون و محتواهای دیگه اون کارگاه دسترسی خواهید داشت.

🎆 همچنین گواهی رایگان حضور براتون صادر خواهد شد!

لازم به ذکر است که کدهای تخفیف برندگان قرعه‌کشی براشون در ربات ارسال شده و میتونن با تخفیف در بوت‌کمپ‌های تخصصی شرکت کنن!😊

✅حتما در گروه تلگرامی دوره عضو باشید تا اگر سوال یا انتقادی داشتید، بپرسید تا بقیه هم بتونن استفاده کنن✌️
https://news.1rj.ru/str/+kp8Sb-X2ZHI4NWI0

⏺هر دوشنبه یک میتینگ صوتی در کانال دوره خواهیم داشت و درمورد مباحث مختلفی مثل بوت‌کمپ، پروژه‌های تحقیقاتی و مسابقه صحبت خواهیم کرد.
◀️هر هفته در این میتینگ‌های صوتی، به دو نفر به قید قرعه کد تخفیف 20 درصدی ثبت نام بوتکمپ حضوری و مجازی داده میشه! 😍

تلگرام ✈️ | اینستاگرام 🌐 | توییتر 🕊 | ربات 👋

من جات بود این فرصت رو از دست نمیدادم👀🎉
بزن رو لینک ربات و تا دیر نشده ثبت‌نام کن📢

اینستاگرام 📱 | تلگرام 📱 | توییتر 📱 | ربات 👋

⏺کمتر از ۳ ساعت تا برگزاری اولین جلسه آموزش جامع پایتون! 📱

⏺ لینک ورود به جلسه هم در کانال، هم در ربات و هم بصورت پیامک خدمتتون ارسال خواهد شد 🌐

حتما عضو گروه متصل به کانال هم باشید ⬇️
https://news.1rj.ru/str/+kp8Sb-X2ZHI4NWI0

🔴بابت مشکلات بوجود اومده از شما عذرخواهیم🙏🏻

🔴فرداشب، از اول و از پایه دوباره تدریس پایتون شروع میشه

🔴جلسه سوم آموزشی که برای جمعه شب‌ بود، به هفته آینده چهارشنبه شب موکول خواهد شد🙏🏻

² بیوپرینتینگ (Bioprinting) 🖨👣

✔️ بیوپرینتینگ فرآیندی است که در آن سلول‌های زنده، فاکتورهای رشد و بیومواد (Bioinks) به‌صورت لایه‌به‌لایه روی یک داربست یا بستر خاص قرار می‌گیرند تا ساختار زیستی مورد نظر شکل بگیرد.

⏺انواع روش‌های بیوپرینتینگ:

✅جوهر افشانی (Inkjet)
چاپ قطرات سلولی با سرعت بالا؛ مناسب برای سلول‌های با ویسکوزیته پایین
✅ اکستروژن (Extrusion)
خروج پیوسته جوهر زیستی از نازل؛ مناسب برای ساختارهای بزرگ‌تر
✅ لیزری (Laser-Assisted)
انتقال دقیق سلول‌ها با انرژی لیزر؛ دقت بالا در موقعیت‌دهی سلولی
✅ استریولیتوگرافی (SLA)
استفاده از نور برای ساخت لایه‌های دقیق؛ مناسب برای ساختارهای پیچیده

اینستاگرام 📱 | تلگرام 📱 | توییتر 📱 | ربات 👋

✅ قدم اول آموزش جامع ۳۶ ساعت دوره جذاب SciSmart

⭕️ حوزه پایتون و R
📌قسمت اول: پایتون

🗓زمان برگزاری دوره:
هشتم، نهم و چهاردهم آبان ماه | ساعت ۲۰ تا ۲۲

✔️ توسط استاد گرامی، جناب مهندس محسن یعقوبی
کارشناسی ارشد مهندسی نرم‌افزار

⬅️مدرس تخصصی دانشگاه در حوزه های مهندسی کامیپوتر و برنامه نویسی
⬅️مدرس تخصصی نرم افزار در ارگان های دولتی و خصوصی کشور
⬅️مدرس دوره های برنامه نویسی جهاد دانشگاهی
⬅️مربی رسمی فنی حرفه‌ای از سال ۹۰
⬅️دارای مدرک صلاحیت تدریس از سازمان برنامه و بودجه کشور
⬅️مدرس حرفه‌ای Spss, msp, sql server, office
⬅️مدرس دانشگاه های آزاد، ملی مهارت و علمی کاربردی استان گلستان
‌

✅جلسه ۱ — آشنایی کاربردی با پایتون و مفاهیم پایه
🗓 ۸ آبان (پنجشنبه)

😀 سرفصل‌ها:
🤔 معرفی پایتون، محیط اجرا (Jupyter / VS Code) و ساختار کلی زبان
🤔 مفاهیم پایه برنامه‌نویسی: متغیرها، نوع داده‌ها، عملگرها
🤔 ساختارهای کنترلی: شرط‌ها (if, else) و حلقه‌ها (for, while)
🤔 ورودی و خروجی داده، کار با رشته‌ها (string)
◀️ تمرین‌های کوتاه برای درک منطق برنامه‌نویسی


✅جلسه ۲ — داده‌ساختارها و توابع در پایتون
🗓 ۸ آبان (جمعه)

😀 سرفصل‌ها:
🤔 لیست، تاپل، دیکشنری و مجموعه‌ها (ساختارهای داده اصلی)
توابع (تعریف، ورودی، خروجی، بازگشت مقدار)
🤔 استفاده از کتابخانه‌های استاندارد (math, random, datetime)
🤔 درک خطاها و رفع آن‌ها (Debugging مقدماتی)
◀️ تمرین کاربردی: ساخت یک برنامه کوچک جمع‌بندی مفاهیم جلسات ۱ و ۲


✅جلسه ۳ — کار با کتابخانه‌های پایتون در تحلیل داده و علم داده
🗓 ۱۴ آبان (چهارشنبه)

😀سرفصل‌ها:
🤔معرفی و نصب کتابخانه‌ها (pip, import)
🤔آشنایی با کتابخانه‌های پرکاربرد:
NumPy: کار با آرایه‌ها و محاسبات عددی
Pandas: مدیریت داده‌ها با DataFrame
Matplotlib: رسم نمودارهای ساده
◀️اجرای چند مثال عملی روی داده‌های واقعی کوچک
نکات پایانی و مسیر ادامه یادگیری (AI, ML, Bioinformatics و …)

🔄 همین حالا برای شرکت در این دوره جذاب، با کلیک بر روی لینک ربات دوره، ثبت نام کنید.🚀

تلگرام🌐 | اینستاگرام🌐 | توییتر🌐 | ربات👋

⏺کمتر از ۲ ساعت تا برگزاری اولین جلسه آموزش جامع پایتون! 📱
⏺امشب دوباره جلسه اول از پایه تدریس خواهد شد❤️

⏺ لینک ورود به جلسه هم در کانال، هم در ربات و هم بصورت پیامک خدمتتون ارسال خواهد شد 🌐

حتما عضو گروه متصل به کانال هم باشید ⬇️
https://news.1rj.ru/str/+kp8Sb-X2ZHI4NWI0

✅ مزایای کلیدی پایتون در مدل‌سازی زیستی

1️⃣خوانایی بالا و سادگی کدنویسی
برای زیست‌شناسان غیرمتخصص در برنامه‌نویسی

2️⃣ قابلیت تعامل با کتابخانه‌های علمی
مثل NumPy، SciPy، SymPy برای حل معادلات و تحلیل عددی

🔤 انعطاف‌پذیری و قابلیت همکاری
پایتون می‌تواند به راحتی با سایر زبان‌ها (مانند C++ یا Fortran) و نرم‌افزارهای مختلف ادغام شود. این انعطاف‌پذیری به محققان امکان می‌دهد تا از بهترین ابزارها برای هر بخش از پروژه خود استفاده کنند.

◀️ پشتیبانی از مدل‌سازی چند مقیاسی:

پایتون می‌تواند از مدل‌هایی که سیستم‌های زیستی را در مقیاس‌های مختلف، از مولکولی گرفته تا سلولی و حتی ارگانیسم کامل، بررسی می‌کنند، پشتیبانی کند.

تلگرام 🌐 | اینستاگرام 🌐 | توییتر 🌐 | ربات 👋

✅ قدم اول آموزش جامع ۳۶ ساعت دوره جذاب SciSmart

⭕️ حوزه پایتون و R
📌قسمت دوم: آموزش R

🗓زمان برگزاری دوره:
پازنزدهم و شانزدهم آبان ماه | ساعت ۲۰ تا ۲۲

✔️ توسط استاد گرامی، جناب دکتر سید محمد فاطمی

⬅️دکترای بیوسیستماتیک گیاهی از دانشگاه نیوانگلند استرالیا
⬅️سابقه 14 سال تحصیل و پژوهش در استرالیا
⬅️عضو هیئت علمی اساتید گروه زیست شناسی دانشگاه گلستان
⬅️ دارای بیش از 50 مقاله منتشر شده
⬅️رئیس آزمایشگاه مرکزی دانشگاه گلستان
⬅️مدرس دوره‌های مقاله خوانی و مقاله نویسی، PCR و بیوانفورماتیک
‌

✅جلسه ۱ — ورود به دنیای R و تحلیل داده‌های پایه
🗓 15 آبان (پنجشنبه)

😀 سرفصل‌ها:
🤔 آشنایی با محیط R و RStudio (نصب، رابط کاربری، پنجره‌ها و کنسول)
🤔 معرفی ساختار داده‌ها در R
🤔 vector, matrix, data.frame, list
🤔 عملیات پایه روی داده‌ها (فیلتر، انتخاب، خلاصه‌سازی)
🤔 وارد کردن داده از فایل‌های CSV و Excel
🤔 کار با داده‌های عددی و رشته‌ای
🤔 آمار توصیفی و خلاصه داده‌ها (میانگین، میانه، انحراف معیار و …)
🤔 ترسیم نمودارهای پایه با plot()


✅جلسه ۲ — تجسم داده و تحلیل پیشرفته با پکیج‌های تخصصی
🗓 16 آبان (جمعه)

😀 سرفصل‌ها:
🤔 معرفی و استفاده از پکیج‌ها (install.packages, library)
🤔 کار با dplyr برای پردازش و تمیز کردن داده‌ها (select, filter, mutate, summarize)
🤔 کار با ggplot2 برای رسم نمودارهای حرفه‌ای
🤔 ساخت نمودارهای تحلیلی (scatter, bar, histogram, boxplot)
🤔 آشنایی اولیه با تحلیل آماری (correlation, regression مقدماتی)
🤔 مقایسه سبک کاری R و Python در تحلیل داده
🤔 مسیر ادامه یادگیری (تحلیل زیستی، داده‌کاوی، و مدل‌سازی آماری)۲



🔄 همین حالا برای شرکت در این دوره جذاب، با کلیک بر روی لینک ربات دوره، ثبت نام کنید.🚀

تلگرام🌐 | اینستاگرام🌐 | توییتر🌐 | ربات👋