🟣طراحی پرایمر با Primer-BLAST (NCBI)

1️⃣ وارد کردن الگوی PCR

وارد کردن شماره دسترسی (Accession number)، GI، یا توالی FASTA ، یا بارگذاری فایل FASTA

تعریف محدوده‌ی خاصی یا وارد کردن پرایمرهای Forward/Reverse خود

2️⃣ تنظیم پارامترهای پرایمر

ایجاد پرایمر جدید یا استفاده از پرایمرهای موجود

تعیین اندازه محصول PCR (مثلاً 70–1000 جفت‌باز)

تنظیم دمای ذوب (Tm) (معمولاً 57 تا 63 درجه )


3️⃣ تنظیمات اگزون/اینترون (برای قالب‌های mRNA)

مشخص کردن ترجیحات مربوط به اتصال در محل اتصال اگزون–اینترون

تعیین حداقل/حداکثر میزان تطابق مورد نیاز

4️⃣ بررسی ویژگی اختصاصی پرایمر

فعال کردن گزینه بررسی اختصاصی بودن پرایمر

انتخاب پایگاه داده (مثلاً RefSeq mRNA)

مشخص کردن ارگانیسم

تنظیم قوانین: تعداد عدم تطابق‌های مجاز، اندازه هدف، و گزینه‌های مربوط به واریانت‌های اسپلایسینگ

5️⃣ تولید پرایمرها

کلیک روی Get Primers

بررسی خروجی ها: توالی پرایمرها، دماهای ذوب، موقعیت‌ها، مقدار E Value، و نتایج اعتبارسنجی


|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

🟣 محیط دوره بیوشیمی سه بعدی

🟢مدل سه بعدی ساختار باکتری

🟡ثبت نام :@SciAd2025

#نمونه

|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران🔸

🟣دندان‌های عقل می‌توانند نقش مهمی در پیشرفت‌های پزشکی آینده ایفا کنند. سلول‌های بنیادی پالپ دندانی (DPSCs) در این دندان‌ها، پتانسیل شگفت‌انگیزی در پزشکی بازساختی دارند.

🟢نکات کلیدی در مورد پتانسیل DPSCs:

🔸توانایی‌های بازساختی:
DPSCs می‌توانند به انواع مختلفی از سلول‌ها تمایز پیدا کنند، از جمله استئوبلاست‌ها (سلول‌های استخوانی)، کندروسیت‌ها (سلول‌های غضروفی) و حتی سلول‌های شبه‌نورون. این چند‌کاره بودن آن‌ها را برای درمان طیف وسیعی از بیماری‌ها ارزشمند می‌سازد.

🔸بازسازی عصبی
تحقیقات نشان داده که DPSCs قادرند سلول‌های شبه‌نورونی تولید کنند که می‌تواند در توسعه درمان‌های آسیب‌های مغزی و بیماری‌های نورودژنراتیو (تخریب‌کننده‌ی عصبی) نقش محوری داشته باشد.

🔸کاربردهای ارتوپدی
توانایی DPSCs در بازسازی استخوان و غضروف می‌تواند درمان آسیب‌های ارتوپدی را متحول کند و راهکارهای تازه‌ای برای شرایطی مانند آرتروز یا شکستگی‌ها ارائه دهد.

🔸پزشکی شخصی‌سازی‌شده
ذخیره‌سازی سلول‌های بنیادی دندان عقل برای توسعه درمان‌های اختصاصی برای نیازهای خاص هر فرد

|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

🟣کلمه‌ی بلاست (blast) در زیست‌شناسی و پزشکی از ریشه‌ی یونانی blastos میاد، به معنی جوانه یا سلول نارس

🔹 وقتی می‌گیم «استئوبلاست»:

استئو (osteo): استخوان
بلاست (blast): سلول نارس / سازنده
👈 یعنی «سلول سازنده‌ی استخوان»

🔹 نمونه‌های دیگه
فیبروبلاست : سلول سازنده‌ی فیبر بافت همبند
کندروبلاست : سلول سازنده‌ی غضروف

🟣 در مقابل، واژه‌ی سایت (cyte) به معنی «سلول بالغ» به کار میره مثلا:

استئوسایت: سلول بالغ استخوان
کندروسایت : سلول بالغ غضروف

👈 کندرو (chondro) هم ریشه‌ی یونانی داره و به معنی غضروفه

|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

روش استفاده از چت جی پی تی برای ایمیل های آکادمیک 👇👇👇

https://www.youtube.com/watch?v=x5WDaQHrOXA



|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

به این میگن em dash 👇
—

🟣انیمیشن سه بعدی فوق العاده زیبای محیط سلول


🔸 پیچیدن DNA به دور هیستون ها(تشکیل نوکلئوزوم)
🔸 همانندسازی DNA
🔸رونویسی
🔸ترجمه
🔸 تغییرات اپی ژنتیک

|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

دوره های رایگان هوش مصنوعی دانشگاه MIT

🧠 AI 101 (مقدماتی برای همه)
اگر می‌خواید بدون پیش‌زمینه فنی، بفهمید هوش مصنوعی دقیقاً چیه و چطور داره دنیا رو تغییر می‌ده.
🔗 https://lnkd.in/eUUP8pwM

🤖 Foundation Models & Generative AI
دوره‌ ای که بهتون پشت پرده مدل‌هایی مثل ChatGPT، DALL·E و Copilot رو میگه که اگر ایده ای دارید و میخواید با ai بیزینس راه بندازید خیلی بدردتون میخوره
🔗https://lnkd.in/eajgpPcn

📊 Introduction to Machine Learning
اگه میخواید هوش مصنوعی رو توی یه لول بالاتر نسبت به بقیه یاد بگیرید، تازه از پایه و step by step میتونید شروع بکنید و برای خودتون مدل های هوش مصنوعی داشته باشید
🔗https://lnkd.in/ej_-7-XX

🎓 تمام این دوره‌ها رایگان هستن، از استادهای MIT تدریس میشن و برای هر سطحی قابل یادگیری ان.
کافیه وارد سایت بشید و یادگیری‌تون رو شروع کنید:
https://ocw.mit.edu/

منبع مطلب:
https://www.linkedin.com/in/mohammadrasoulasghari/


|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

🟣راه حل عدم هم‌خوانی گروه خونی در زمان پیوند کلیه هم پیدا شد!
برای اولین بار تونستن کلیه مربوط به گروه خونی A را با کمک آنزیم، به گروه خونی O تبدیل کنن و به این صورت کلیه دستکاری شده را با موفقیت به فردی با گروه خونی متفاوت پیوند بزنن

منبع:
https://www.nature.com/articles/s41551-025-01513-6

|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

🟣 تصویر محیط دوره جامع بیوشیمی سه بعدی

🟢 مدل سه بعدی انواع محلول ها از نظر فشار اسمزی

🟢واژه ها:
هایپر : زیاد (مثل هایپرمارکت که همه چی میفروشن 😁)
هایپو: کم
ایزو: یکسان (مثل ایزومر که اتم های یکسان دارند با آرایش مختلف)
تون: فشار

🔸 هرچقد محلول فشار اسمزی بیشتری داشته باشه تشنه تره و دوس داره آب جذب کنه (نوعی مکش)
🔸دقت کن فشار محلول نسبت به سلول(گلبول قرمز) سنجیده شده که شده هایپر یا هایپو یا ایزو. وقتی هایپره یعنی دوس داره آب بمکه آب گلبول رو می مکه و گلبول چروکیده و پلاسیده میشه وقتی هایپوئه آب رو وارد گلبول میکنه و گلبول متورم میشه و شایدم منفجر 😶

❗️پس فکر نکنی وقتی محلول هایپرتونیک (پرفشار) هست سلول میترکه ها بر عکسه 😱

👌بفرست برای دوستت که همیشه قاطی میکنه

🟡ثبت نام :@SciAd2025


لینک کانال 3D Science Group
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

🟣 دوره جامع بیوشیمی سه بعدی

🟢 تا حالا میدونستی چرا اتم ها در پیوند پپتیدی در یک سطح قرار میگیرن که بهش میگن صفحه پپتیدی؟ یا ایزومری سیس و ترانس چطور به وجود میاد؟

👌چون اتم های متصل با پیوند دوگانه بر خلاف پیوند یگانه نمیتونن حول پیوند دوگانه آزادانه بچرخند
👈 کلیپ رو ببین تا متوجه بشی (مدل سه بعدی حرکت آزادانه اتم ها حول پیوند یگانه و حرکت محدود حول پیوند دوگانه)

ثبت نام :@SciAd2025

لینک کانال 3D Science Group
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

🟣تکنیک ژل الکتروفورز : جداسازی قطعات DNA، RNA یا پروتئین بر اساس اندازه و بار الکتریکی

🟢مراحل:

🔸ساخت ژل: ماتریس ژل آماده و در قالب ریخته می‌شود.

🔸 بارگذاری نمونه‌ها: نمونه‌های DNA (اغلب پس از فرآیندی مانند PCR) در چاهک‌های یک سر ژل قرار داده می‌شوند.

🔸 اعمال جریان الکتریکی: جریان الکتریکی برقرار می‌شود و قطعات DNA با بار منفی به سمت الکترود مثبت حرکت می‌کنند.

🔸 جداسازی: قطعات کوچک‌تر سریع‌تر حرکت می‌کنند و مسافت بیشتری را طی می‌کنند، در نتیجه نوارهای مشخصی تشکیل می‌شود.

🔸 مشاهده: نوارهای جدا شده زیر نور فرابنفش با استفاده از دستگاهی مانند ChemiDoc قابل مشاهده می‌شوند و نتیجه جداسازی آشکار می‌گردد.

👈کاربردها: اثر انگشت DNA، تست DNA برای تشخیص رابطه بیولوژیکی پدر و فرزندی، تشخیص بیماری‌ها و تحقیقات ژنتیکی ضروری است!

|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

🟣معنی لغوی الکتروفورز (electrophoresis):

🟢الکترو (الکتریسیته) + فورز (Phoresis از ریشه یونانی phoros: حمل کردن یا حرکت) = حرکت در اثر جریان الکتریکی


|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

🟣برندگان نوبل پزشکی و فیزیولوژی به خاطر «کشفیات در زمینه تحمل ایمنی محیطی (peripheral immune tolerance)»

🔸تعریف تحمل ایمنی محیطی:

سیستم ایمنی باید بتونه ویروس، باکتری، سلول سرطانی رو شناسایی و نابود کنه ولی به سلول‌های سالم خودی حمله نکنه (خودایمنی ایجاد نشه). این «خودداری از حمله به خودی‌ها» رو بهش میگن "تحمل ایمنی" . وقتی این تحمل در بافت‌ها و اندام‌های محیطی (خارج از مغز استخوان و تیموس) برقرار میشه اسمش میشه "تحمل ایمنی محیطی"

🔸 کشفیات:
1. شیمون ساکاگوچی (ژاپن): ثابت کرد که سلول‌های T خاص به نام Regulatory T cells (Treg) وجود دارن که سیستم ایمنی رو در برابر سلول های خودی مهار میکنن و مانع بیماری‌های خودایمنی میشن

2.ماری برانکو و فرد رامزدل (آمریکا): شناسایی ژن FOXP3 که کلید اصلی رشد و عملکرد سلول‌های Treg هست. وقتی FOXP3 ناقص باشه بیماری‌های خودایمنی کشنده ایجاد میشه

📌 این کشف، چشم‌اندازهای جدیدی برای درمان بیماری‌های خودایمنی، پیشگیری از پس‌زدن اعضای پیوندی و مبارزه با سرطان ایجاد کرده است

|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

🟣لینک کانال گروه 3D Science 👇👇👇
https://news.1rj.ru/str/+gdFJRTse4IIxZjU0

🟢لطفا دوستان علاقه مندتونو به کانال دعوت کنید 🙏🌹

🟣برندگان جایزه نوبل فیزیک:

جان کلارک (دانشگاه کالیفرنیا، برکلی)
میشل دیورت (دانشگاه ییل)
جان مارتینیس(دانشگاه کالیفرنیا، سانتا باربارا)

⚙️ موضوع: تونل‌زنی کوانتومی (Quantum Tunneling)

🔸این سه دانشمند به خاطر درک عمیق‌تر پدیدهٔ تونل‌زنی کوانتومی و استفاده از آن در ساخت مدارها و کامپیوترهای کوانتومی برنده شدند

⚛️ تونل‌زنی کوانتومی: در دنیای کلاسیک، مثلا توپ از دیوار رد نمیشه اما در مکانیک کوانتومی، ذره مثل یک موج رفتار می‌کنه و احتمال داره از مانع عبور کنه

💡 دستاوردهای این سه فیزیکدان:

🔸جان کلارک در دهه ۱۹۸۰ دستگاه‌هایی به نام SQUID (ابررسانای تداخلی کوانتومی) را توسعه داد که می‌توانند میدان‌های مغناطیسی فوق‌العاده ضعیف را اندازه بگیرند.این دستگاه‌ها الان در تصویربرداری مغزی (MEG) و فیزیک مواد کوانتومی استفاده می‌شوند
🔸میشل دیورت و جان مارتینیس در دهه‌های اخیر تونل‌زنی کوانتومی را در مدارهای ابررسانا به کار بردند و باعث شدند بیت‌های کوانتومی (qubits) پایدارتر شوند

👈این پیشرفت یک گام اصلی در ساخت کامپیوترهای کوانتومی بوده است

|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

🟣 لغات تخصصی بیولوژی

🔸 Cell membrane: غشای سلولی
🧬 The cell membrane controls the movement of substances in and out of the cell
غشای سلولی ورود و خروج مواد به درون و بیرون سلول را کنترل می‌کند

🔸Mitochondria: میتوکندری
⚡️ Mitochondria are responsible for producing energy in the form of ATP
میتوکندری‌ها مسئول تولید انرژی به شکل ATP هستند

🔸Enzyme: آنزیم
🧪 Enzymes act as catalysts to speed up biochemical reactions
آنزیم‌ها به‌عنوان کاتالیزور باعث افزایش سرعت واکنش‌های بیوشیمیایی می‌شوند

🔸DNA replication : همانندسازی DNA
🧫 DNA replication ensures that each daughter cell receives an identical copy of genetic material
همانندسازی DNA تضمین می‌کند که هر سلول‌دختر نسخه‌ای مشابه از ماده ژنتیکی دریافت کند

🔸Gene expression: بیان ژن
🧬 Gene expression determines which proteins are produced in a cell
بیان ژن تعیین می‌کند کدام پروتئین‌ها در یک سلول تولید شوند

🔸Osmosis: اسمز
💧 Osmosis is the diffusion of water through a semi-permeable membrane
اسمز انتشار آب از میان غشای نیمه‌تراوا است

🔸Photosynthesis: فتوسنتز
🌿 Photosynthesis converts light energy into chemical energy in plants
فتوسنتز انرژی نور را به انرژی شیمیایی در گیاهان تبدیل می‌کند

🔸Mutation: جهش
🧫 A mutation in a gene can lead to a change in the protein it encodes
جهشی در یک ژن می‌تواند منجر به تغییر در پروتئینی شود که آن ژن رمز می‌کند

🔸Protein synthesis: سنتز پروتئین
🧬 Protein synthesis involves trannoscription and translation processes
سنتز پروتئین شامل دو فرایند رونویسی و ترجمه است

🔸Homeostasis: هموستازی یا هم ایستایی
⚖️ Homeostasis maintains a stable internal environment in the body
هموستازی محیط داخلی بدن را در حالت پایدار نگه می‌دارد

#زبان_تخصصی


|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

🟣اصطلاحات مهم جملات بالا:

🔸movement of substances: حرکت مواد

🔸produce energy: تولید انرژی

🔸act as catalyst: به عنوان کاتالیزور عمل کردن

🔸biochemical reactions: واکنش‌های بیوشیمیایی

🔸genetic material: ماده ژنتیکی

🔸proteins are produced: پروتئین‌ها تولید می‌شوند

🔸semi-permeable membrane: غشای نیمه‌تراوا

🔸convert into: تبدیل کردن به

🔸lead to: منجر شدن به

🔸trannoscription and translation: رونویسی و ترجمه

🔸maintain a stable environment: حفظ محیط پایدار


|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران

🟣رفرنس بخوانیم

🟢اصول زیست شناسی سلولی محاسباتی (از کمپلکس های پروتئینی تا شبکه های سلولی) اثر ولهارد هِلمز

🟠فهرست مطالب:
🔸فصل ۱: شبکه‌ها در سلول‌های زیستی
🔸فصل ۲: ساختارهای کمپلکس‌های پروتئینی و ساختارهای زیرسلولی
🔸فصل ۳: تحلیل اتصال پروتئین–پروتئین
🔸فصل ۴: الگوریتم‌ها در گراف‌های ریاضی
🔸فصل ۵: شبکه‌های برهم‌کنش پروتئین–پروتئین – اتصال‌های دوتایی
🔸فصل ۶: شبکه‌های برهم‌کنش پروتئین–پروتئین – سلسله‌مراتب‌های ساختاری
🔸فصل ۷: برهم‌کنش‌های پروتئین–DNA
🔸فصل ۸: بیان ژن و سنتز پروتئین
🔸فصل ۹: شبکه‌های تنظیمی ژن
🔸فصل ۱۰: RNAهای غیرکدکننده تنظیمی
🔸فصل ۱۱: اپی‌ژنتیک محاسباتی
🔸فصل ۱۲: شبکه‌های متابولیکی
🔸فصل ۱۳: مدل‌سازی سینتیکی فرآیندهای سلولی
🔸فصل ۱۴: فرآیندهای تصادفی در سلول‌های زیستی
🔸فصل ۱۵: شبکه‌های سلولی یکپارچه


#رفرنس

|لینک کانال 3D Science Group|
🔸اولین دوره جامع بیوشیمی سه بعدی در ایران