На этой неделе я участвовал на конференции "Современные методы биофизических исследований живых и модельных систем" в Казани, которая была организована Казанским научным центром Российской Академии наук. На конференции я докладывал результаты нашей работы по созданию пептидных модуляторов глутаматных рецепторов. С пленарными докладами на конференции выступали ряд выдающихся российских учёных, также были организованы различные мастер классы, на одном из которых мы выращивали кристаллы белков для рентгеноструктурного анализа. По результатам конференции я получил второе место в номинации лучший устный доклад среди 60 участников.
@cat_protein_design_school
@cat_protein_design_school
🔥12👍3
Shu hafta men Qozon shahrida Rossiya Fanlar akademiyasining Qozon Ilmiy Markazi tomonidan tashkil etilgan “Tirik va model tizimlarning biofizik tadqiqotlarining zamonaviy usullari” konferensiyasida ishtirok etdim. Anjumanda men glutamat retseptorlarining peptid modulyatorlarini yaratish bo‘yicha olib borayotgan ishimiz natijalari bo'yicha taqdimot qildim. Konferentsiyada bir qator taniqli rossiyalik olimlar plenar ma'ruzalar bilan chiqish qildilar, shuningdek, turli xil master klasslar tashkil etildi. Ulardan birida biz rentgenostrukturaviy tahlil uchun oqsil kristallarini o'stirdik. Konferensiya natijalariga ko‘ra 60 nafar ishtirokchi orasida men eng yaxshi taqdimot nominatsiyasida ikkinchi o‘rinni qo‘lga kiritdim.
@cat_protein_design_school
@cat_protein_design_school
👍19🔥10❤1
Новая статья! Наша статья "MSA clustering enhances AF-Multimer's ability to predict conformational landscapes of protein-protein interactions" была опубликована в журнале Bioinformatics Advances (Q1). Статья посвящена разработке нового метода для предсказания конформационных изменений рецепторов при белок-белковых взаимодействиях. Мы подробно опишем нашу работу в наших следующих постах
--------------------------
Yangi maqola! Bizning "MSA clustering enhances AF-Multimer's ability to predict conformational landscapes of protein-protein interactions" nomli maqolamiz Bioinformatics Advances (Q1) jurnalida chop etildi. Maqolamizda biz retseptorlarni konformatsion o'zgarishlarini bashorat qilish uchun yangi metodni yaratdik. Maqolamizni keyingi postlarimizda batafsil tushuntirib beramiz.
https://academic.oup.com/bioinformaticsadvances/advance-article/doi/10.1093/bioadv/vbae197/7918357
@cat_protein_design_school
--------------------------
Yangi maqola! Bizning "MSA clustering enhances AF-Multimer's ability to predict conformational landscapes of protein-protein interactions" nomli maqolamiz Bioinformatics Advances (Q1) jurnalida chop etildi. Maqolamizda biz retseptorlarni konformatsion o'zgarishlarini bashorat qilish uchun yangi metodni yaratdik. Maqolamizni keyingi postlarimizda batafsil tushuntirib beramiz.
https://academic.oup.com/bioinformaticsadvances/advance-article/doi/10.1093/bioadv/vbae197/7918357
@cat_protein_design_school
OUP Academic
MSA clustering enhances AF-Multimer’s ability to predict conformational landscapes of protein–protein interactions
AbstractMotivation. Understanding the conformational landscape of protein–ligand interactions is critical for elucidating the binding mechanisms that gover
🔥10👍3⚡2❤1
Как активируются G-белок связанные рецепторы (GPCR)?
GPCR — это группа белков, встроенных в мембраны клеток, которые принимают сигналы извне клетки и передают их внутрь. Эти сигналы запускают разнообразные биологические процессы, включая работу гормонов и нейротрансмиттеров.
GPCR можно представить как переключатели, которые в обычном состоянии (не связанном с лигандом) находятся в выключенном состоянии (resting state). Когда лиганд (желтый шарик) соединяется с GPCR он переводит данный рецептор во включенное состояние (active state). В таком состоянии GPCR запускает сигнализацию внутри клеток посредством запуска G-белков.
GPCR подразделяются на классы A, B1, C и F, но общий механизм их активации можно представить следующим образом:
1️⃣ Лиганд (например, гормон, нейротрансмиттер или фармакологическое вещество) прикрепляется к определённому участку рецептора. Место связывания лиганда с рецептором может находится в его внутренней (трансмембранной) части (β2-адренорецептор и всех GPCR класса А) или на внеклеточном домене (характерно для класса C, например, метаботропный глутаматный рецептор).
2️⃣ Формирование новых контактов между спиралями. Присоединение лиганда к GPCR приводит к разрушению и образованию новых контактов между трансмембранными спиралями (TM) рецептора. В основном перестройке подвергаются солевые мостики образованные заряженными аминокислотами внутри рецептора.
3️⃣ Перестройка трансмембранных спиралей. Ключевой (и самой изученной) стадией активации GPCR является изменение конформаций (структур) трансмембранных (TM) спиралей рецептора. Из-за формирования новых контактов внутри GPCR, TM спирали вращаются и передвигаются.
Все GPCR состоят из 7 TM спиралей, из них 3 спирали являются универсальными переключателями для всех типов GPCR:
▶️ TM6 (шестая спираль) подвергается
наиболее значительным изменениям. На цитоплазматическом конце TM6 смещается наружу на 7–19 Å (в зависимости от класса рецептора), что открывает участок для взаимодействия с G-белком.
Это движение сопровождается вращением TM6, которое может достигать 30–40°.
▶️ TM5 (пятая спираль) двигается в синхронизации с TM6, способствуя формированию и поддержанию активного состояния.
▶️ TM3 (третья спираль) стабилизирует общую структуру рецептора, а также и участвует в передачах сигнала через вращение или небольшие смещения.
Все изменения можно наблюдать у хемокинового рецептора CXCR4 (на рисунке), активацию/ингибирование которого мы изучали в своей статье при помощи AlphaFold2.
@cat_protein_design_school
GPCR — это группа белков, встроенных в мембраны клеток, которые принимают сигналы извне клетки и передают их внутрь. Эти сигналы запускают разнообразные биологические процессы, включая работу гормонов и нейротрансмиттеров.
GPCR можно представить как переключатели, которые в обычном состоянии (не связанном с лигандом) находятся в выключенном состоянии (resting state). Когда лиганд (желтый шарик) соединяется с GPCR он переводит данный рецептор во включенное состояние (active state). В таком состоянии GPCR запускает сигнализацию внутри клеток посредством запуска G-белков.
GPCR подразделяются на классы A, B1, C и F, но общий механизм их активации можно представить следующим образом:
1️⃣ Лиганд (например, гормон, нейротрансмиттер или фармакологическое вещество) прикрепляется к определённому участку рецептора. Место связывания лиганда с рецептором может находится в его внутренней (трансмембранной) части (β2-адренорецептор и всех GPCR класса А) или на внеклеточном домене (характерно для класса C, например, метаботропный глутаматный рецептор).
2️⃣ Формирование новых контактов между спиралями. Присоединение лиганда к GPCR приводит к разрушению и образованию новых контактов между трансмембранными спиралями (TM) рецептора. В основном перестройке подвергаются солевые мостики образованные заряженными аминокислотами внутри рецептора.
3️⃣ Перестройка трансмембранных спиралей. Ключевой (и самой изученной) стадией активации GPCR является изменение конформаций (структур) трансмембранных (TM) спиралей рецептора. Из-за формирования новых контактов внутри GPCR, TM спирали вращаются и передвигаются.
Все GPCR состоят из 7 TM спиралей, из них 3 спирали являются универсальными переключателями для всех типов GPCR:
▶️ TM6 (шестая спираль) подвергается
наиболее значительным изменениям. На цитоплазматическом конце TM6 смещается наружу на 7–19 Å (в зависимости от класса рецептора), что открывает участок для взаимодействия с G-белком.
Это движение сопровождается вращением TM6, которое может достигать 30–40°.
▶️ TM5 (пятая спираль) двигается в синхронизации с TM6, способствуя формированию и поддержанию активного состояния.
▶️ TM3 (третья спираль) стабилизирует общую структуру рецептора, а также и участвует в передачах сигнала через вращение или небольшие смещения.
Все изменения можно наблюдать у хемокинового рецептора CXCR4 (на рисунке), активацию/ингибирование которого мы изучали в своей статье при помощи AlphaFold2.
@cat_protein_design_school
👍2
G-oqsil bilan bog‘langan retseptorlar (GPCR) qanday aktivlanadi?
GPCR — bu hujayra membrana ichidagi oqsillar guruhi bo‘lib, ular hujayra tashqarisidagi signallarni qabul qiladi va ichkariga uzatadi. Bu signallar turli xil biologik jarayonlarni, jumladan, gormonlar va neyrotransmitterlar faoliyatini ishga tushiradi.
GPCR'ni o‘zgaruvchan tugmachaga o‘xshatish mumkin. Ular oddiy holatda (ligand bilan bog‘lanmagan) o‘chirilgan holatda turadi (resting state) . Ligand (sariq shar) GPCR bilan bog‘langanda, retseptor yoqilgan holatga (active state) o‘tadi. Bunday holatda GPCR hujayra ichidagi signallarni ishga tushiradi va G-oqsillarni faollashtiradi.
GPCR A, B1, C va F sinflarga bo‘linadi, ammo ularning umumiy aktivlanish mexanizmini quyidagicha tushuntirish mumkin:
1️⃣ Ligand (masalan, gormon, neyrotransmitter yoki farmakologik modda) retseptorning ma’lum bir qismiga bog‘lanadi. Ligandning bog‘lanish joyi retseptorning ichki (transmembran) qismida (β2-adrenoretseptor va A sinfi GPCR'larda) yoki tashqi domenda (C sinfiga xos, masalan, metabolotrop glutamat retseptorida) bo‘lishi mumkin.
2️⃣ Spiralalar orasida yangi kontaktlarning shakllanishi. Ligandning GPCR bilan bog‘lanishi retseptorning transmembran spiralari (TM) orasidagi kontaktlarning buzilishi va yangidan shakllanishiga olib keladi. Asosan, retseptor ichidagi zaryadlangan aminokislotalar tomonidan hosil qilingan tuzli ko‘priklar qayta shakllanadi.
3️⃣ Transmembran spiralarning strukturasi o'zgarishi. GPCR'ning aktivlanishidagi asosiy (va eng yaxshi o‘rganilgan) bosqich transmembran (TM) spiralarning konformatsiyalarining (strukturalarini) o‘zgarishi hisoblanadi. Yangi kontaktlar shakllanishi sababli TM spiralari aylanadi va harakatlanadi.
Barcha GPCR'lar 7 ta TM spiraldan iborat bo‘lib, ulardan 3 tasi barcha GPCR turlari aktivladhida ishtirok etadi:
▶️ TM6 (oltinchi spiral) eng katta o‘zgarishlarga uchraydi. TM6'ning sitoplazmatik uchi tashqi tomonga 7–19 Å ga siljiydi (retseptor sinfiga bog‘liq holda), bu G-oqsil bilan o‘zaro ta’sir qilish uchun joy ochadi. Bu harakat TM6'ning 30–40° ga aylanishi bilan birga yuz beradi.
▶️ TM5 (beshinchi spiral):
TM6 bilan sinxron ravishda harakatlanadi va faol holatni shakllantirish va saqlashga yordam beradi.
▶️ TM3 (uchinchi spiral):
Retseptorning umumiy tuzilishini barqarorlashtiradi va aylanish yoki kichik harakatlar orqali signalni uzatishda qatnashadi.
Bu o‘zgarishlarni CXCR4 chemokine retseptorida (rasmda) kuzatish mumkin. Biz ushbu retseptorning aktivlanishi va ingibirlashini AlphaFold2 yordamida o'z maqolamizda o‘rganganmiz.
@cat_protein_design_school
GPCR — bu hujayra membrana ichidagi oqsillar guruhi bo‘lib, ular hujayra tashqarisidagi signallarni qabul qiladi va ichkariga uzatadi. Bu signallar turli xil biologik jarayonlarni, jumladan, gormonlar va neyrotransmitterlar faoliyatini ishga tushiradi.
GPCR'ni o‘zgaruvchan tugmachaga o‘xshatish mumkin. Ular oddiy holatda (ligand bilan bog‘lanmagan) o‘chirilgan holatda turadi (resting state) . Ligand (sariq shar) GPCR bilan bog‘langanda, retseptor yoqilgan holatga (active state) o‘tadi. Bunday holatda GPCR hujayra ichidagi signallarni ishga tushiradi va G-oqsillarni faollashtiradi.
GPCR A, B1, C va F sinflarga bo‘linadi, ammo ularning umumiy aktivlanish mexanizmini quyidagicha tushuntirish mumkin:
1️⃣ Ligand (masalan, gormon, neyrotransmitter yoki farmakologik modda) retseptorning ma’lum bir qismiga bog‘lanadi. Ligandning bog‘lanish joyi retseptorning ichki (transmembran) qismida (β2-adrenoretseptor va A sinfi GPCR'larda) yoki tashqi domenda (C sinfiga xos, masalan, metabolotrop glutamat retseptorida) bo‘lishi mumkin.
2️⃣ Spiralalar orasida yangi kontaktlarning shakllanishi. Ligandning GPCR bilan bog‘lanishi retseptorning transmembran spiralari (TM) orasidagi kontaktlarning buzilishi va yangidan shakllanishiga olib keladi. Asosan, retseptor ichidagi zaryadlangan aminokislotalar tomonidan hosil qilingan tuzli ko‘priklar qayta shakllanadi.
3️⃣ Transmembran spiralarning strukturasi o'zgarishi. GPCR'ning aktivlanishidagi asosiy (va eng yaxshi o‘rganilgan) bosqich transmembran (TM) spiralarning konformatsiyalarining (strukturalarini) o‘zgarishi hisoblanadi. Yangi kontaktlar shakllanishi sababli TM spiralari aylanadi va harakatlanadi.
Barcha GPCR'lar 7 ta TM spiraldan iborat bo‘lib, ulardan 3 tasi barcha GPCR turlari aktivladhida ishtirok etadi:
▶️ TM6 (oltinchi spiral) eng katta o‘zgarishlarga uchraydi. TM6'ning sitoplazmatik uchi tashqi tomonga 7–19 Å ga siljiydi (retseptor sinfiga bog‘liq holda), bu G-oqsil bilan o‘zaro ta’sir qilish uchun joy ochadi. Bu harakat TM6'ning 30–40° ga aylanishi bilan birga yuz beradi.
▶️ TM5 (beshinchi spiral):
TM6 bilan sinxron ravishda harakatlanadi va faol holatni shakllantirish va saqlashga yordam beradi.
▶️ TM3 (uchinchi spiral):
Retseptorning umumiy tuzilishini barqarorlashtiradi va aylanish yoki kichik harakatlar orqali signalni uzatishda qatnashadi.
Bu o‘zgarishlarni CXCR4 chemokine retseptorida (rasmda) kuzatish mumkin. Biz ushbu retseptorning aktivlanishi va ingibirlashini AlphaFold2 yordamida o'z maqolamizda o‘rganganmiz.
@cat_protein_design_school
🔥6👍2
CAT Protein Design
Photo
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
Поздравление базы данных PDB RCSB с Новым Годом посредством изменения конформации GPCR, о которой мы недавно писали.
—————
PDB RCSB ma'lumotlar bazasining Yangi Yil tabrigida GPCR konformatsion o'zgarishi tasvirlangan video paydo bo'libti
@cat_protein_design_school
—————
PDB RCSB ma'lumotlar bazasining Yangi Yil tabrigida GPCR konformatsion o'zgarishi tasvirlangan video paydo bo'libti
@cat_protein_design_school
🔥8👍4🎄1
Новая публикация нашей лаборатории!
В журнале Journal of Chemical Information and Modeling (IF = 5.7, Q1) вышла наша статья:
Investigation of Structural Mechanisms Underlying p53 Dysfunction Caused by 148 Missense Mutations Using AlphaFold3 and Molecular Dynamics Simulations
🔗 https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c00580
Что мы сделали:
🔬 Исследовали 148 мутаций p53, главного опухолевого супрессора
🧬 Смоделировали, как мутации влияют на структуру белка и его способность связываться с ДНК, используя AlphaFold3 и молекулярную динамику
🧪 Провели pulling-симуляции, чтобы измерить силу связывания p53 с ДНК
Что нашли:
✔️ Определили два механизма дисфункции: мутации, ослабляющие или усиливающие связь с ДНК
✔️ Обнаружили мутации с потенциальным эффектом восстановления функции p53
✔️ Показали, как структура и стабильность p53 влияют на его противоопухолевую активность
Работа дает новое понимание молекулярных механизмов мутаций p53 и может помочь в разработке терапии.
———————————————————————
Laboratoriyamizning yangi maqolasi eʼlon qilindi!
Bizning maqolamiz Journal of Chemical Information and Modeling (IF = 5.7, Q1) jurnalida chop etildi:
Investigation of Structural Mechanisms Underlying p53 Dysfunction Caused by 148 Missense Mutations Using AlphaFold3 and Molecular Dynamics Simulations
🔗 https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c00580
Biz nima qildik:
🔬 148 ta p53 mutatsiyasini o‘rgandik — bu oqsil inson organizmidagi asosiy o‘simtaga qarshi himoyachilardan biridir
🧬 AlphaFold3 va molekulyar dinamika yordamida p53 strukturasi va uning DNK bilan o‘zaro taʼsiri qanday o‘zgarganini modellashtirdik
🧪 DNK bilan bog‘lanish kuchini baholash uchun pulling-simulyatsiyalar o‘tkazdik
Nimalarni aniqladik:
✔️ Ikki xil disfunktsiya mexanizmini ko‘rsatdik: DNK bilan bog‘lanishni kuchaytiruvchi yoki susaytiruvchi mutatsiyalar
✔️ p53 faoliyatini tiklash imkoniyatiga ega bo‘lgan mutatsiyalarni aniqladik
✔️ p53 tuzilmasi va barqarorligi uning o‘simtaga qarshi faoliyatiga qanday ta’sir qilishini ko‘rsatdik
Mazkur ish p53 mutatsiyalarining molekulyar mexanizmlarini chuqurroq tushunishga yordam beradi va kelajakda terapiya ishlab chiqishda foydali bo‘lishi mumkin.
В журнале Journal of Chemical Information and Modeling (IF = 5.7, Q1) вышла наша статья:
Investigation of Structural Mechanisms Underlying p53 Dysfunction Caused by 148 Missense Mutations Using AlphaFold3 and Molecular Dynamics Simulations
🔗 https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c00580
Что мы сделали:
🔬 Исследовали 148 мутаций p53, главного опухолевого супрессора
🧬 Смоделировали, как мутации влияют на структуру белка и его способность связываться с ДНК, используя AlphaFold3 и молекулярную динамику
🧪 Провели pulling-симуляции, чтобы измерить силу связывания p53 с ДНК
Что нашли:
✔️ Определили два механизма дисфункции: мутации, ослабляющие или усиливающие связь с ДНК
✔️ Обнаружили мутации с потенциальным эффектом восстановления функции p53
✔️ Показали, как структура и стабильность p53 влияют на его противоопухолевую активность
Работа дает новое понимание молекулярных механизмов мутаций p53 и может помочь в разработке терапии.
———————————————————————
Laboratoriyamizning yangi maqolasi eʼlon qilindi!
Bizning maqolamiz Journal of Chemical Information and Modeling (IF = 5.7, Q1) jurnalida chop etildi:
Investigation of Structural Mechanisms Underlying p53 Dysfunction Caused by 148 Missense Mutations Using AlphaFold3 and Molecular Dynamics Simulations
🔗 https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c00580
Biz nima qildik:
🔬 148 ta p53 mutatsiyasini o‘rgandik — bu oqsil inson organizmidagi asosiy o‘simtaga qarshi himoyachilardan biridir
🧬 AlphaFold3 va molekulyar dinamika yordamida p53 strukturasi va uning DNK bilan o‘zaro taʼsiri qanday o‘zgarganini modellashtirdik
🧪 DNK bilan bog‘lanish kuchini baholash uchun pulling-simulyatsiyalar o‘tkazdik
Nimalarni aniqladik:
✔️ Ikki xil disfunktsiya mexanizmini ko‘rsatdik: DNK bilan bog‘lanishni kuchaytiruvchi yoki susaytiruvchi mutatsiyalar
✔️ p53 faoliyatini tiklash imkoniyatiga ega bo‘lgan mutatsiyalarni aniqladik
✔️ p53 tuzilmasi va barqarorligi uning o‘simtaga qarshi faoliyatiga qanday ta’sir qilishini ko‘rsatdik
Mazkur ish p53 mutatsiyalarining molekulyar mexanizmlarini chuqurroq tushunishga yordam beradi va kelajakda terapiya ishlab chiqishda foydali bo‘lishi mumkin.
ACS Publications
Investigation of Structural Mechanisms Underlying p53 Dysfunction Caused by 148 Missense Mutations Using AlphaFold3 and Molecular…
Tumor protein p53 (TP53) is a crucial regulator of genomic integrity, frequently mutated in more than half of all human cancers. These mutations predominantly target the DNA-binding domain (DBD), impairing p53’s interaction with DNA and its tumor-suppressive…
🔥10👍3🎄1
Новая публикация нашей лаборатории!
В журнале Archives of Biochemistry and Biophysics (IF = 3.0, Q1) вышла наша статья:
The molecular mechanism of P2Y1 receptor activation by inorganic polyphosphates
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0003986125002681
Что мы сделали:
🔬 Изучили, как неорганические полифосфаты (polyP) активируют P2Y1 рецептор — метаботропный пуринорецептор, обычно активируемый АДФ
🧬 Провели молекулярный докинг и всесторонние молекулярно-динамические симуляции для сравнения взаимодействия polyP и АДФ с P2Y1R
💻 Смоделировали разрушение "ионного замка" и перестройку трансмембранных спиралей при связывании лиганда
🧪 Экспериментально проверили эффект polyP на кальциевый сигнал в культурах человеческих фибробластов
Что нашли:
✔️ PolyP связывается с P2Y1R и активирует его по механизму, аналогичному АДФ
✔️ PolyP-14 имеет в 5 раз более высокое сродство к рецептору по сравнению с АДФ
✔️ При связывании polyP формируется водный канал внутри рецептора и происходят конформационные перестройки, открывающие карман для связывания G-белка
✔️ PolyP вызывает кальциевый сигнал в фибробластах с той же амплитудой, что и АДФ
Работа раскрывает молекулярные механизмы активации P2Y1R и указывает на полифосфаты как на новые природные агонисты этого рецептора.
—————————————————————————-
Laboratoriyamizning yangi maqolasi eʼlon qilindi!
Bizning maqolamiz Archives of Biochemistry and Biophysics (IF = 3.0, Q1) jurnalida chop etildi:
The molecular mechanism of P2Y1 receptor activation by inorganic polyphosphates
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0003986125002681
Biz nima qildik:
🔬 Odatda ADP tomonidan faollashadigan P2Y1 retseptorini noorganik polifosfatlar (polyP) qanday faollashtirishini o‘rgandik
🧬 PolyP va ADP ning P2Y1R bilan o‘zaro taʼsirini solishtirish uchun molekulyar doking va molekulyar dinamika simulyatsiyalari o‘tkazdik
💻 Ligand bog‘lanishida “ion qulfi” buzilishi va transmembran spiralarning qayta tuzilishini modellashtirdik
🧪 Odam fibroblast hujayralarida polyP ning kalsiy signallariga taʼsirini eksperimental tekshirdik
Nimalarni aniqladik:
✔️ PolyP P2Y1R bilan bog‘lanib, uni ADP ga o‘xshash mexanizm orqali faollashtiradi
✔️ PolyP-14 retseptorga ADP ga qaraganda 5 barobar yuqori affinitetga ega
✔️ PolyP bog‘langanda retseptor ichida suv kanali hosil bo‘ladi va G-oqsil uchun bog'lanish cho‘ntagi ochiladi
✔️ PolyP fibroblastlarda ADP bilan bir xil amplitudali kalsiy signalini chaqiradi
Mazkur ish P2Y1R faollashishining molekulyar mexanizmini yoritadi va polifosfatlarni ushbu retseptorning yangi tabiiy agonistlari sifatida ko‘rsatadi.
@cat_protein_design_school
В журнале Archives of Biochemistry and Biophysics (IF = 3.0, Q1) вышла наша статья:
The molecular mechanism of P2Y1 receptor activation by inorganic polyphosphates
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0003986125002681
Что мы сделали:
🔬 Изучили, как неорганические полифосфаты (polyP) активируют P2Y1 рецептор — метаботропный пуринорецептор, обычно активируемый АДФ
🧬 Провели молекулярный докинг и всесторонние молекулярно-динамические симуляции для сравнения взаимодействия polyP и АДФ с P2Y1R
💻 Смоделировали разрушение "ионного замка" и перестройку трансмембранных спиралей при связывании лиганда
🧪 Экспериментально проверили эффект polyP на кальциевый сигнал в культурах человеческих фибробластов
Что нашли:
✔️ PolyP связывается с P2Y1R и активирует его по механизму, аналогичному АДФ
✔️ PolyP-14 имеет в 5 раз более высокое сродство к рецептору по сравнению с АДФ
✔️ При связывании polyP формируется водный канал внутри рецептора и происходят конформационные перестройки, открывающие карман для связывания G-белка
✔️ PolyP вызывает кальциевый сигнал в фибробластах с той же амплитудой, что и АДФ
Работа раскрывает молекулярные механизмы активации P2Y1R и указывает на полифосфаты как на новые природные агонисты этого рецептора.
—————————————————————————-
Laboratoriyamizning yangi maqolasi eʼlon qilindi!
Bizning maqolamiz Archives of Biochemistry and Biophysics (IF = 3.0, Q1) jurnalida chop etildi:
The molecular mechanism of P2Y1 receptor activation by inorganic polyphosphates
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0003986125002681
Biz nima qildik:
🔬 Odatda ADP tomonidan faollashadigan P2Y1 retseptorini noorganik polifosfatlar (polyP) qanday faollashtirishini o‘rgandik
🧬 PolyP va ADP ning P2Y1R bilan o‘zaro taʼsirini solishtirish uchun molekulyar doking va molekulyar dinamika simulyatsiyalari o‘tkazdik
💻 Ligand bog‘lanishida “ion qulfi” buzilishi va transmembran spiralarning qayta tuzilishini modellashtirdik
🧪 Odam fibroblast hujayralarida polyP ning kalsiy signallariga taʼsirini eksperimental tekshirdik
Nimalarni aniqladik:
✔️ PolyP P2Y1R bilan bog‘lanib, uni ADP ga o‘xshash mexanizm orqali faollashtiradi
✔️ PolyP-14 retseptorga ADP ga qaraganda 5 barobar yuqori affinitetga ega
✔️ PolyP bog‘langanda retseptor ichida suv kanali hosil bo‘ladi va G-oqsil uchun bog'lanish cho‘ntagi ochiladi
✔️ PolyP fibroblastlarda ADP bilan bir xil amplitudali kalsiy signalini chaqiradi
Mazkur ish P2Y1R faollashishining molekulyar mexanizmini yoritadi va polifosfatlarni ushbu retseptorning yangi tabiiy agonistlari sifatida ko‘rsatadi.
@cat_protein_design_school
🔥7👍4❤1
Forwarded from Shahlo_Turdikulova
📢 Talabalar va maktab o‘quvchilari uchun tanlov!
Ilg‘or texnologiyalar markazi sizni ilmiy-ommabop kontent tanlovida ishtirok etishga taklif etadi!
🌟 Mavzu: "Fan va kelajak: murakkab narsalar haqida qanday qilib sodda tilda gapirish mumkin?"
🏆 Innovatsiyalar yaratilayotgan joyni ko‘rishni istaysizmi? Ilg‘or texnologiyalar markazi laboratoriyalari bo‘ylab sayohat hamda Fanlar akademiyasi vitse-prezidenti va Markaz direktori Shahlo Turdiqulova bilan "Qahva ustida ilm-fan" formatida shaxsiy uchrashuv imkoniyati bor!
💡 Fan haqida ilmiy-ommabop videorolik yoki post tayyorlang!
📌 Ishtirok etish shartlari:
1. 9-oktyabrgacha ijtimoiy tarmoqlardagi sahifangizga #KelajakFormulasi #IlmQahvasi belgilab rolik yoki postni joylashtiring
2. Instagramda @cat_science.uz sahifasini post ostida belgilang
3. Ushbu qisqa Google shakli orqali bilan havolani bizga yuboring!
✔️ Taqdim etish tillari - o‘zbek, rus yoki ingliz (tanlov bo‘yicha).
🚀 Fan tushunarli va ilhomlantiradigan bo‘lishi mumkinligini ko‘rsating!
Ilg‘or texnologiyalar markazi sizni ilmiy-ommabop kontent tanlovida ishtirok etishga taklif etadi!
🌟 Mavzu: "Fan va kelajak: murakkab narsalar haqida qanday qilib sodda tilda gapirish mumkin?"
🏆 Innovatsiyalar yaratilayotgan joyni ko‘rishni istaysizmi? Ilg‘or texnologiyalar markazi laboratoriyalari bo‘ylab sayohat hamda Fanlar akademiyasi vitse-prezidenti va Markaz direktori Shahlo Turdiqulova bilan "Qahva ustida ilm-fan" formatida shaxsiy uchrashuv imkoniyati bor!
💡 Fan haqida ilmiy-ommabop videorolik yoki post tayyorlang!
📌 Ishtirok etish shartlari:
1. 9-oktyabrgacha ijtimoiy tarmoqlardagi sahifangizga #KelajakFormulasi #IlmQahvasi belgilab rolik yoki postni joylashtiring
2. Instagramda @cat_science.uz sahifasini post ostida belgilang
3. Ushbu qisqa Google shakli orqali bilan havolani bizga yuboring!
✔️ Taqdim etish tillari - o‘zbek, rus yoki ingliz (tanlov bo‘yicha).
🚀 Fan tushunarli va ilhomlantiradigan bo‘lishi mumkinligini ko‘rsating!
👍4
Forwarded from "Yosh biokimyogarlar" Klubi🧬🧪🔬
📣E'LON!
Hurmatli professor-o‘qituvchilar, yosh olimlar va talabalar!
🧪Sizlarni “Notermal plazmani biofanlarda qo‘llanilishi: fizik-kimyo va biologiya o‘rtasidagi innovatsion texnologiya” mavzusida bo'lib o'tadigan "Yosh biokimyogarlar" klubining navbatdagi Seminariga taklif qilamiz!
👨🏻🎓Ma'ruzachi: “TIQXMMI” Milliy tadqiqot universiteti huzuridagi "Fundamental va amaliy tadqiqotlar instituti" direktori., Dr. Jamoliddin Razzokov
🏛Tashkilotchi: O'zMU, Biologiya va ekologiya fakulteti Biokimyo kafedrasi.
📆 18-Noyabr 2025-yil, ⏰12:00
📍O'tkazish joyi: O'zMU Biologiya va ekologiya fakulteti 2-qavat 203-xonada
🧬 "Yosh biokimyogarlar" klubini ijtimoiy tarmoqlarda kuzatib boring:
📱Telegram 📲 Instagram 🪩 YouTube 👨💻 Murojaat uchun
Hurmatli professor-o‘qituvchilar, yosh olimlar va talabalar!
🧪Sizlarni “Notermal plazmani biofanlarda qo‘llanilishi: fizik-kimyo va biologiya o‘rtasidagi innovatsion texnologiya” mavzusida bo'lib o'tadigan "Yosh biokimyogarlar" klubining navbatdagi Seminariga taklif qilamiz!
👨🏻🎓Ma'ruzachi: “TIQXMMI” Milliy tadqiqot universiteti huzuridagi "Fundamental va amaliy tadqiqotlar instituti" direktori., Dr. Jamoliddin Razzokov
🏛Tashkilotchi: O'zMU, Biologiya va ekologiya fakulteti Biokimyo kafedrasi.
📆 18-Noyabr 2025-yil, ⏰12:00
📍O'tkazish joyi: O'zMU Biologiya va ekologiya fakulteti 2-qavat 203-xonada
🧬 "Yosh biokimyogarlar" klubini ijtimoiy tarmoqlarda kuzatib boring:
📱Telegram 📲 Instagram 🪩 YouTube 👨💻 Murojaat uchun
👍2
CAT Protein Design
AdaptyvBio o'tkazgan Protein Design Competitionning rasmiy natijalari. TLDR: Men (Xondamir Rustamov) EGFR reseptoriga bog'lanadigan oqsil yaratib ushbu turnirda 2 o'rinni egalladim Qiziq faktlar: ▶️ Men o'zimning oqsilimni yaratishda biz yaratgan AF2seq…
😎 Мы снова участвовали в Protein Design Competition в этом году!
В прошлом году мы заняли 2-е место в глобальном соревновании по дизайну белков, которые блокируют рецептор роста раковых клеток - EGFR. В этом году турнир был сфокусирован на противовирусных белках, таргетирующие вирус Нипах
🦠 Что такое вирус Нипах?
Нипах — особо опасный зоонозный вирус с летальностью до 75%. Он способен передаваться от животных человеку и от человека человеку, вызывая тяжёлые инфекции мозга и дыхательной системы. На сегодня нет ни вакцины, ни специфической терапии — поэтому поиск новых связывающих белков критически важен.
🧬 Почему ваш голос важен?
Топ-60 работ в этом конкурсе отбирались полностью по вычислительной метрике.
Так как мы создавали полностью де-ново белки (не имеющие аналогов в природе), а не перерабатывали уже существующие, первые места заняли команды, использовавшие модификации готовых решений.
Чтобы у нашего подходов был шанс в участии на турнире, нам нужна поддержка комьюнити.
Пожалуйста, поддержите нас голосом — это занимает всего несколько секунд 🙏
🗳 Мы — единственная команда из Узбекистана, и ваш голос реально решает.
👉 Ссылка на голосование:
https://proteinbase.com/collections/nipah-binder-competition-submission-12-4e37O5tIgP
Не забудьте поделиться эти постом с друзьями, чтобы поддержать Protein Design в Узбекистане!
—————————————————-
😎 Biz bu yili ham Protein Design Competition turnirida ishtirok etdik!
O‘tgan yili biz global oqsil dizayni tanlovida 2-o‘rinni qo‘lga kiritgan edik. Unda biz saratonni davolashda qollaniladigan yangi oqsillar yaratgan edik. Bu yilgi turnirda esa Nipah virusiga qarshi oqsillar yaratganmiz
🦠 Nipah virusi nima?
Nipah — o‘ta xavfli zoonoz virus bo‘lib, o‘lim darajasi 75% gacha yetishi mumkin. U hayvonlardan insonga va insonlar orasida yuqadi, miya va nafas tizimining og‘ir kasalliklarini keltirib chiqaradi. Hozircha unga qarshi na vaksina, na maxsus dori mavjud — shuning uchun yangi oqsil dorilarni yaratish juda muhim.
🧬 Nega sizning ovozingiz muhim?
Tanlovning top-60 ishtirokchisi faqat kompyuter baholash metrikasi bo‘yicha tanlandi.
Biz to‘liq de-novo (noldan) oqsillar yaratdik, lekin birinchi o‘rinlar mavjud oqsillarni o'zgartirgan jamoalarga ketdi.
Bizning yondashuvimiz ham turnirda ishtirok etishi uchun, bizga jamoatchilik ovozi juda kerak.
Iltimos, bizga ovoz bering — bu sizdan faqat bir necha soniya oladi 🙏
🗳 Biz — O‘zbekistondan qatnashgan yagona jamoamiz, va sizning ovozingiz juda katta axamiyatga ega.
👉 Ovoz berish havolasi:
https://proteinbase.com/collections/nipah-binder-competition-submission-12-4e37O5tIgP
O'zbekistondagi Protein Design rivojlanishini qollab quvvatlash uchun ushbu postni do'stlaringiz bilan ulashishni unutmang!
В прошлом году мы заняли 2-е место в глобальном соревновании по дизайну белков, которые блокируют рецептор роста раковых клеток - EGFR. В этом году турнир был сфокусирован на противовирусных белках, таргетирующие вирус Нипах
🦠 Что такое вирус Нипах?
Нипах — особо опасный зоонозный вирус с летальностью до 75%. Он способен передаваться от животных человеку и от человека человеку, вызывая тяжёлые инфекции мозга и дыхательной системы. На сегодня нет ни вакцины, ни специфической терапии — поэтому поиск новых связывающих белков критически важен.
🧬 Почему ваш голос важен?
Топ-60 работ в этом конкурсе отбирались полностью по вычислительной метрике.
Так как мы создавали полностью де-ново белки (не имеющие аналогов в природе), а не перерабатывали уже существующие, первые места заняли команды, использовавшие модификации готовых решений.
Чтобы у нашего подходов был шанс в участии на турнире, нам нужна поддержка комьюнити.
Пожалуйста, поддержите нас голосом — это занимает всего несколько секунд 🙏
🗳 Мы — единственная команда из Узбекистана, и ваш голос реально решает.
👉 Ссылка на голосование:
https://proteinbase.com/collections/nipah-binder-competition-submission-12-4e37O5tIgP
Не забудьте поделиться эти постом с друзьями, чтобы поддержать Protein Design в Узбекистане!
—————————————————-
😎 Biz bu yili ham Protein Design Competition turnirida ishtirok etdik!
O‘tgan yili biz global oqsil dizayni tanlovida 2-o‘rinni qo‘lga kiritgan edik. Unda biz saratonni davolashda qollaniladigan yangi oqsillar yaratgan edik. Bu yilgi turnirda esa Nipah virusiga qarshi oqsillar yaratganmiz
🦠 Nipah virusi nima?
Nipah — o‘ta xavfli zoonoz virus bo‘lib, o‘lim darajasi 75% gacha yetishi mumkin. U hayvonlardan insonga va insonlar orasida yuqadi, miya va nafas tizimining og‘ir kasalliklarini keltirib chiqaradi. Hozircha unga qarshi na vaksina, na maxsus dori mavjud — shuning uchun yangi oqsil dorilarni yaratish juda muhim.
🧬 Nega sizning ovozingiz muhim?
Tanlovning top-60 ishtirokchisi faqat kompyuter baholash metrikasi bo‘yicha tanlandi.
Biz to‘liq de-novo (noldan) oqsillar yaratdik, lekin birinchi o‘rinlar mavjud oqsillarni o'zgartirgan jamoalarga ketdi.
Bizning yondashuvimiz ham turnirda ishtirok etishi uchun, bizga jamoatchilik ovozi juda kerak.
Iltimos, bizga ovoz bering — bu sizdan faqat bir necha soniya oladi 🙏
🗳 Biz — O‘zbekistondan qatnashgan yagona jamoamiz, va sizning ovozingiz juda katta axamiyatga ega.
👉 Ovoz berish havolasi:
https://proteinbase.com/collections/nipah-binder-competition-submission-12-4e37O5tIgP
O'zbekistondagi Protein Design rivojlanishini qollab quvvatlash uchun ushbu postni do'stlaringiz bilan ulashishni unutmang!
Proteinbase
Submission 12
We designed de novo minibinders against Nipah virus Glycoprotein G head domain using FoldCraft or BindCraft. To make design process faster we trimmed the head domain of Glycoprotein - 2VSM (337-511).
👍5🔥3