Вводный семинар по python

Коллеги, в субботу 08.08.2020 в 18:00 по мск мы в зуме проводим семинар, на котором накатим анаконду и построим несколько спектров.

Соответственно, ведем себя как хорошие котики, и разносим эту новость по всем знакомым химикам как чуму и СПИД.

Если ты еще не был на наших семинарах, то мы ждем тебя!

Самый простой и универсальный способ подготовить свою windows-машинку к семинару - поставить анаконду, т.к. она уже имеет в себе питон+нужные либы: https://www.anaconda.com/products/individual

Для тех кто уже умеет, или просто работает с мака/линукса, можно ограничиться установкой питоновских либ NumPy и matplotlib любым удобным способом.

Еще желательно принести своих данных для простройки спектров, либо скачать тестовый набор: https://github.com/LebedevV/Optical-Data-Examples

Тут ученые из Беларуси выступили открыто против тирании Лукашенко. Это очень мощно, особенно учитывая то, что обычно наука в снг очень близко сращена с гос аппаратом, где царит коррупция и несвобода. Тем более круто видеть свободных людей выступающих без страха и поступающих по совести.

https://people.onliner.by/2020/08/13/uchenye-podpisyvayut-obrashhenie-protiv-nasiliya-uzhe-bolee-1000-chelovek

Timur Madschidow подготовили сборник практических занятий по хемоинформатике на основе того, что преподает в магистратуре.


https://vk.com/chemoinformatics?w=wall-107190233_3032

Peter J. Feibelman - A PhD Is Not Enough!_ A Guide to Survival in Science (2011, Basic Books) - libgen.lc.pdf

^ Нашел клёвую книгу в Твиттер треде

На венере нашли фосфин, и предположили существование жизни! https://www.nature.com/articles/s41550-020-1174-4


Время перепоступать на экзобиологию.

Der Junge ist zurück. Und er ist wütend wie nie. Добро пожаловатьв новый сезон "Ноль по Хиршу"!


В новом выпуске подкаста мы с @quantum_forest поговорили о психологических проблемах в академии. Для того что бы не звучать полными лопухами мы позвали Марину Ветрову, психиатр-нарколог, научный сотрудник из Перовго Меда. Разговор получился классный, а Марина здорово заобьясняла нам, где в рамках позитивной ментал хелф тусовки булшит, а где правильные слова и действия. (Спойлер: получается что почти нигде не булшит).


/Soundcloud: https://soundcloud.com/user-863019305/mental-health

/ApplePodcasts https://podcasts.apple.com/ru/podcast/%D0%BC%D0%B5%D0%B4%D0%B0%D1%87-%D0%BF%D0%BE%D0%B4%D0%BA%D0%B0%D1%81%D1%82%D1%8B/id1391549843#episodeGuid=tag%3Asoundcloud%2C2010%3Atracks%2F934071955

/ЯндексМузыка https://music.yandex.ru/album/10656095/track/74004697

/Castbox https://castbox.fm/app/castbox/player/id1304490/id330182655

Но это еще не все! В рамках подкаста мы затронули тему того, что вся доступная нам на данный момент информация о ментальных проблемах в академии характерна для западных студентов и ученых. Поэтому создали опросник на тему проблем ученых и студентов характерных для СНГ и постсоветского простравнства, что бы собрать побольше данных. Его можно заполнить тут: https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLScuNj--GAU7N5gwwYJMV5GY9yxCoG01SN5w-PIp_sbZyq_6pQ/viewform

А вот отдельным файлом, для тех, кто слушает в телеге

​​Дойная корова

Давайте на секунду забудем про высокие цели и обсудим академическую карьеру с утилитарной точки зрения.

В науке есть устоявшаяся лестница карьерного роста: студент -> аспирант -> постдок -> временный профессор -> постоянный профессор (tenured). После постдока могут быть всякие пертурбации типа инструктора или senior research associate. Но, как правило, постдоки, которые хотят остаться в академии, метят в профессора. Эту ступень и обсудим.

При поиске профессорской позиции и создании лаборатории важно грамотно выбрать тему. Если из вас как из рога изобилия валят гениальные идеи, или вы прост забираете тему с постдока в свою лабу, то все хорошо. Если темы нет, то нужно ее искать.

Как вариант можно сделать лабу, основанную на каком-то методе и превратиться в часть инфраструктуры универа. Про этот вариант я уже рассказывал (тык).

Если это не для вас, то надо искать тему исследования. Как вариант можно почитать ревью. Обычно в конце авторы пишут, что именно в данной области еще не известно, и на какие вопросы предстоит ответить. Если ничего не нашли, можно самому почитать статьи и сложить из них общую картину — по-любому найдутся пробелы.

Но есть и читерский ход — заглянуть в базу данных грантов. Например у NIH — одного из крупнейших источников финансирования биомеда в США — есть система грантов NIH RePORTER. Там есть все: институты и фамилии исследователей, сколько им дали денег, и на какую тему. Даже абстракты прилагаются. Подобные базы данных есть во многих странах.

Допустим, вы хотите заниматься структурой рецепторов, но не знаете, какой именно рецептор выбрать для исследований. Ищете несколько разных рецепторов в NIH RePORTER. При первом же поиске можно оценить востребованность темы по количеству грантов в целом, и в каждом институте по отдельности. Если вас не берут в условный Гарвард, где вся поляна занята, то через несколько минут поиска можно найти, что криоэлектронный микроскоп для исследования структуры рецепторов есть и в далеком университете Монтаны, где конкуренция гораздо ниже.

Также можно прикинуть конкуренцию по количеству выпавших фамилий. Возможно многих вы уже знаете, если вы раньше крутились в этой области. Скорее всего эти же люди будут оценивать ваши заявки на гранты и давать отзывы на научные статьи.

И здесь надо найти золотую середину: чтобы ваша работа была востребована, но не захлебнуться в конкуренции. Многие профессора, которые удачно выбрали тему и смогли хорошо опубликоваться в первые годы, потом могут десятилетиями доить ее как корову, обновляя гранты раз за разом. Знаю таких лично, и в базе данных грантов их не сложно отследить.

Ну и надо отметить, что я сам еще аспирант: до профессора мне пахать и пахать. Умозаключения выше основаны на личных наблюдениях за карьерами старших знакомых: кто как делал, и у кого как получилось.

Снизу статистика по выдачам очень популярного гранта для профессоров — NIH-RO1. Больше статистики по грантам NIH на NIH Data Book.

Всем добра,
Тг

#научпоп

Студентам РФ, отчисленным за гражданскую позицию, которые захотят продолжить их обучение в Германии организую помощь в переводе документов и подачи в немецкие вузы/консульства и в поиске жилья на территории Германии.(полное документальное сопровождение, учет всех дедлайнов, сьезжу поговорить с вашим будущим ленлордом пока вы подаете документы на визу)

Опять наблюдаю продолжение парадокса: западная наука сейчас пришла к отказу и даже запрету на прямое механическое использование журнальных метрик в распределении ресурсов. Соответствующую декларацию DORA подписали и ведущие издатели (Elsevier, SpringerNature и т.д.), и ведущие научные общества, и ведущие грантодатели.

Лучшие иностранные грантовые фонды не применяют никаких наукометрических барьеров на входе и не устанавливают никаких планов по валу на выходе. В DFG уже много лет как просят подавать только несколько важнейших публикаций, а не полный список, чтобы всячески исключить ориентацию на количественные характеристики вместо качественных. В ERC специально подчеркивают, что их при отборе интересует только excellence, а никакие не квартили. Wellcome Trust прямо требует оценивать сами работы вместо метрик или названий журналов. Проведение содержательной экспертизы - ключевая составляющая работы грантовых фондов. Ладно оценка организаций или стимулирующие надбавки, там еще можно как-то обсуждать применение метрик, но - формальные пороги для инициативных грантовых проектов? Нет и еще раз нет.

У нас наоборот: сами ученые выступают с просьбами к властям, диаметрально противоположными DORA, лейденскому манифесту и практике ведущих грантовых фондов. Натурально, прям-таки требуют количественные фильтры на пороге и план по валу. https://trv-science.ru/2021/01/pismo-onr-khlunovu-2/

Коллеги из Общества Научных Работников, вы чего? Вы зачем выступаете за всё это посконное квартильное г на входе и на выходе? Да еще и некомпетентно, приравнивая квартили по двум базам и транслируя базарную и бредовую с точки зрения Запада (и уже Китая тоже) логику, что "Q1 весит как два Q2". Уже "нормы финансовых затрат на одну статью" готовы посчитать. У вас третий ку? Получите мешок мелкой картошки! Нет, набор фигурок "академические страусы" только за второй даем, вы с Вышкой спутали.

Ясно, что всё это не от хорошей жизни, а от многолетнего неверия в содержательную экспертизу. Ясно, что множество ученых устраивает ситуация, когда они работают автоматами по переработке денег в квартили, а реальное качество выведено за скобки. Скажут - "мы ж не вместо экспертизы предлагаем, а вместе..." ага, конечно. Сами знаете, как это бывает. При этом пишете: "большинство разделов науки представлены в нашей стране лишь единичными специалистами" - я уж думаю, вот, сейчас наконец будет про необходимость нормальной международной экспертизы! - ничего подобного, про нее ни слова, это просто такая подводка к профсоюзному "ежели всем всё не дать, приведет к неизбежной утрате...".

Уфф, какое-то открытое письмо получается. Вероятно, среди читателей есть 1-2 человека из ОНР. Там конечно все сами с усами, да и вряд ли готовы реагировать на такой тон, но, если что, я всегда готов поучаствовать в обсуждении. Уж не знаю, считают ли меня специалистом, но это не главное - у меня ж ку есть! :)

🧮 Стрим про квантовые вычисления и PhD в эту субботу 20:00 МСК

В эту субботу в 20:00 MSK мы проведём стрим с одним из организаторов нашей менторской программы. Миша расскажет нам про квантовые вычисления и свой путь в PhD.

Стрим будет тут: https://youtu.be/muhNt-ufPKo

Вот что Миша обещает:

Меня зовут Миша Крещук и сейчас я заканчиваю PhD в Tufts University в Бостоне. В своей работе я занимаюсь применениями квантовых компьютеров для расчётов в физике элементарных частиц. Я сделаю небольшой обзор на тему квантовых компьютеров с уклоном в сторону их возможных применений, и расскажу о том, как пришёл к тому, чем сейчас занимаюсь, и об эволюции своих взглядов на жизнь.

Нашел аддон для хрома на гитхабе, позволяющий читать C&EN без ограничения на 3 статьи в месяц. Там вообще куча журналов доступна, включая Scientific American(ну и для нормисов журналы тоже есть)

https://github.com/iamadamdev/bypass-paywalls-chrome

Тут чувак повесил айтрекеры на глаза андеградам, что бы смотреть как они решают H-NMR спектры. https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.joc.0c01398?source=cen
По идее это все ради того что улучшить методику преподавания решения NMR спектров, но мне очень не уютно от того как проф взял и повесил айтрекеры студентам, и заставил их решать задачки. Неправильно ты Дядя Фёдор NMR спектры анализируешь. И почему в JOC опубликовали тоже непонятно.

Вот вам концепт для похожей публикации, повесьте айтрекеры и заставьте студетнов расщифровать 2D спектры, да еше и с гетероатомами.