На случай, если вам нужно два источника хорошей новости, вспомним КИ АстраЗенеки, а точнее промежуточный анализ Efficacy of ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) vaccine against SARS-CoV-2 VOC 202012/01 (B.1.1.7). В нем тоже статистика заболеваемости разошлась с результатами реакций нейтрализации, по поводу чего разработчики вакцины написали следующее:

Несмотря на снижение нейтрализующей активности сывороток реципиентов ChAdOx1 против живого вируса, эффективность вакцины после второй дозы в отношении B.1.1.7 сохранялась ... и была аналогична нашим ранее опубликованным показателям эффективности, полученным из статистики случаев, накопленных до появления B.1.1.7.

Вакцина Novavax NVX-CoV2373 также недавно сообщила предварительные данные об аналогичной клинической эффективности против симптоматического COVID-19 между B.1.1.7 и не-B.1.1.7. Эта вакцина также разрабатывалась против уханьского штамма, что подтверждает наш вывод о том, что иммунные ответы на спайк-белок уханьского основателя династии обеспечивают какую-то степень перекрестной защиты против линии B.1.1.7. 

Доклинические исследования вакцин против COVID позволяют предполагать, что выработка нейтрализующих антител связана с защитой от последующего заражения живым вирусом. В отсутствие формального коррелята защиты разработчики вакцины измеряли титры нейтрализующих антител после вакцинации как суррогат вероятной эффективности. 

Также уровень защиты, продемонстрированный ChAdOx1, могли обеспечить различные функциональные Fc-опосредованные гуморальные механизмы. Антителозависимое отложение комплемента (ADCD) и антителозависимая активация NK-клеток (NKA) связаны с защитой от заражения на животных моделях. Ранее мы демонстрировали, что ChadOx1 вызывает устойчивый антителозависимый фагоцитоз моноцитов (ADMP), антителозависимый фагоцитоз нейтрофилов (ADNP) и [антителозависимая активация NK-клеток] ADNKA после 2 доз вакцины на уровне, аналогичном таковому в сыворотке крови реконвалесцентов. Антитела, опосредующие эти функции, могут иметь регионы, определяющие комплементарность, которые распознают и связываются с альтернативными конформационными эпитопами на спайк-белке - не с теми, с которыми связываются нейтрализующие антитела. Это могло бы объяснить наблюдаемое сохранение клинической эффективности вакцины против штамма B.1.1.7.

Есть все основания думать, что у живых людей - сложно, красиво и тонко устроенных - дела обстоят вовсе не так удручающе, как у пожранных омикронами несчастных лабораторных клеток.

Продолжаем про омикрон и вакцины. Очевидно, что в новых лабораторных данных о нейтрализации омикрона мы наблюдаем провал - но это не провал вакцин и вакцинации. Это провал отдельных людей - тех, кто:

🔸навязывал протекающие вакцины как инструмент контроля заболеваемости - а не как инструмент профилактики госпитализаций, летальности и разнообразных мерзких последствий тяжелого ковида

🔸приписывал вакцинам недоказанные и, скорее всего, никогда не существовавшие свойства - "вакцинированные не заражают", "вакцинированные меньше распространяют"

🔸убеждал сначала в достижимости коллективного иммунитета, потом в достижимости коллективного иммунитета 2.0 - "вовремя" ревакцинированных людей

🔸противопоставил друг другу фармацевтические и нефармацевтические меры борьбы с ковидом, чтобы пиарить "хорошие" вакцины как спасение от "плохих", неприятных, надоевших масок и тестов

И эти героические люди так просто не сдаются!

Некоторые производители не тушкой, так чучелком продолжают пропихивать свои вакцины как инструмент контроля заболеваемости - теперь после пары магических пассов двухдозные препараты превращаются в трехдозные.

Конечно же, это не те производители, которые запускают вариантспецифичные вакцины (и которые работали над ними со времен беты), честно и не затягивая сообщают населению и инвесторам плохие новости и получают за свою честность падение стоимости почти на четверть.

Это те производители, которые занимают 80% европейского и 74% американского рынка вакцин против ковида, которые летом 2020 года начали переговоры с администрацией Трампа о продаже вакцины, даже не являющейся их разработкой, с отметки $100 за дозу ($200 за курс), которые только что продали ЕС партию для бустерной вакцинации с повышением закупочной цены, которых ловят на лоббизме и вранье, а они преспокойно продолжают это делать, потому что это работает:

Обеспечение полной вакцинации как можно большего числа людей первой серией из двух доз и бустерной дозой остается лучшим способом предотвращения распространения COVID-19.

В обоснование трехдозного режима из недр Бионтеха прилетел слайд о том, что нанейтрализовалось в лаборатории Сахина. Год назад мы уже разбирали аналогичное исследование по британцу (альфе) в большом тексте Ускользает ли британский вариант B1.1.7 от вакцин и что вообще происходит - прочтите, там подробно и с картинками рассказывается, что такое реакция нейтрализации, что не так с данными из лаборатории Сахина (а за год-то ничего и не изменилось) и, кстати, присутствует наше фирменное пророчество, сбывшееся буквально дословно:

И когда новый вариант, полный крутых мутаций, ускользающих от хваленых антител, присядет к вам на слизистую — он не посмотрит в ваш иммунный паспорт, и прошлогодние публикации разработчиков в топовых медицинских журналах он тоже не прочтет. Он просто сделает то, что умеет — причинит вред вам и вашим близким. И вам некого будет винить, кроме себя — потому что вы только что прочли этот пост, а значит, вы были предупреждены. Есть ли у вас антитела или нет, вакцинировались ли вы или нет — пожалуйста, наденьте респиратор, носите его и будьте здоровы.

На новом слайде из лаборатории Сахина снова старые добрые псевдовирусы, снова выборки в неприличные для разработчика полторы сыворотки, снова мало кому интересный уханец (даже не D614G), зато почему-то исчезла нейтрализация актуальной дельты сыворотками двухдозников.

Из 20 сывороток свежевакцинированных двумя дозами Файзера ни одна не подняла голову и не показалась выше предела обнаружения при встрече с омикроном.
Сыворотки трехдозников (19 штук) дали против омикрона pVNT50 154, который можно было бы сопоставить со средним титром против беты (191), но для беты и дельты показаны результаты всего 12 сывороток.
Три дозы против омикрона выглядят хуже, чем две дозы против уханьца в те золотые времена, когда все эффективности были не ниже 90% - одна сыворотка ушла в нокаут, то есть 1 человек из 12 свежеотреваченных не имеет ВНА против омикрона.

⬇️

⬆️

Если в полном тексте работы Сахина результатов сывороток файзеровских двухдозников против дельты не будет, то не будет и контроля, позволяющего связать все эти чудеса в пробирке с реальным миром через клинические данные из ЮАР (файзер-двухдозники в ЮАР есть, людей после буста нет).

Зато дельта-контроли есть в еще не вышедшем препринте группы Сандры Цизек - и из них видно, что хваленая бустерная доза Файзера выглядит приемлемо только после двух доз Модерны (три дозы Модерны наверняка были бы еще лучше, но увы, у Банселя нет особых отношений с Урсулой фон дер Ляйен).

Напомним, что в реакции нейтрализации NT50 разведениям как бы устанавливается KPI защитить не менее 50% зараженной вирусом биологической системы. Для каждой сыворотки KPI выполняется до какого-то уровня разведения - дальше она перестает справляться с задачей. Упрощённо, титр pVNT50 - это самое «разбавленное» из разведений, которое смогло выполнить назначенный 50% KPI. Чем ниже pVNT50, тем ниже нейтрализующая эффективность сыворотки.

У команды Цизек были сыворотки нескольких сортов и расцветок, в том числе 12 сывороток вакцинированных Файзером, получивших буст Файзером 2 недели назад, и 20 сывороток вакцинированных Файзером, бустированных Файзером 3 месяца назад.
Доля нокаутов в той и другой группе (а также в группе вакцинированных-переболевших) такова, что ни о каком лучшем способе предотвращения распространения ковида и в целом эпидемиологической целесообразности буста речи пока идти не может, хоть до небес задери титр ненейтрализующих антител.

Внимание на слайды 1️⃣ 2️⃣ 3️⃣

⬆️

А. Файзер

🔸2xBNT 6m, 2 дозы, 6 месяцев со 2-й - доля сывороток, справившихся с 50% нейтрализацией вируса, упала с 47% для дельты (вот как все грустно спустя полгода после вакцинации) до 0% для омикрона, средний титр NT50 снизился в 11,4 раз

🔸2хBNT/BNT 0,5m, 2 дозы + буст 2 недели назад - 42% из 12 трехдозных сывороток не смогли нейтрализовать омикрон, снижение среднего титра в 37 раз

🔸2хBNT/BNT 3m, 2 дозы + буст 3 месяца назад - 95% из 20 сывороток справлялись с дельтой, всего 25% справились с омикроном, снижение среднего титра в 24,5 раз

🔸2xBNT/infection, 2 дозы, инфекция после курса вакцинации - нейтрализация в группе из 20 сывороток упала с 85% до 25%, средний титр NT50 упал в 32,8 раз

Еще раз без мутных процентов: омикрон отправил в нокаут 15 из 20 сывороток людей, ревакнутых Файзером 3 месяца назад, и 5 из 12 сывороток людей, получивших буст 2 недели назад. ВНА против омикрона в нокаутированных сыворотках нет, при контакте с новым вариантом эти люди заболеют. Не слишком ли их много, Бурла?

⬇️

⬆️

B. Модерна

🔸2xMOD 6m, 2 дозы, 6 месяцев со 2-й - с дельтой эта группа сывороток справилась лучше Файзера (номинально 50% против 47%, но средний титр выше), с омикроном не справилась ни одна, средний титр NT50 снизился в 20 раз

🔸2хMOD/BNT 0,5m, 2 дозы + буст Файзером 2 недели назад - это самая успешная группа сывороток, омикрон отправил в нокаут всего 2 из 9, 78% справились с нейтрализацией, хотя NT50 (исходно более высокий, чем в аналогичной группе Файзера) снизился в 22,7 раз

⬇️

⬆️

С. АстраЗенека+Файзер

🔸1xChAd/1xBNT 6m, 1 доза АстраЗенеки + 1 доза Файзера, 6 месяцев со второй дозы - не завидуем тем европейцам, кому досталась эта комбинация, потому что тут не только с омикроном (0%), но и с дельтой все печально (21%)

🔸1xChAd/2xBNT 0,5m, 1 доза АстраЗенеки + 1 доза Файзера + буст Файзером 2 недели назад - 5 из 8 сывороток омикрон отправил в нокаут, и хотя формально 3 нейтрализующие омикрон сыворотки это аж 38% от общего числа сывороток, и средний титр омикрон снизил в 27,1 раза, эта группа выглядит совсем бледно

Сандра Цизек, директор Института медицинской вирусологии при Франкфуртском университете, так обобщила выводы исследования в своем твиттере:

Данные подтверждают, что разработка вакцины, адаптированной для Омикрона, целесообразна.

Эти данные ничего не могут сказать о том, защищены ли вы от тяжелого течения (ключевое слово Т-клетки).

Пока у нас омикрон радостно записали в «живые вакцины» и связали его с концом пандемии, в самой ЮАР эпидемия заканчиваться и не думает. Напротив — там ситуация всё хуже. И ухудшается уже не только провинция Гаутенг, которая первой столкнулась с омикроном.

• Госпитализации в Гаутенге продолжают интенсивно расти: за прошлую неделю рост в 2,4 раза, за две недели — в 6,4, за три недели — в 14 раз. И это только промежуточные данные: информация о госпитализациях поступает с задержкой, фактическое число госпитализированных окажется выше ещё на 30-40%.

• За два первых дня этой недели в Гаутенге госпитализировали уже 700 человек (и это промежуточные данные, которые ещё сильно вырастут). За неделю Гаутенг, вероятно, преодолеет отметку в 3000−3500 госпитализированных.

• Быстро растут и тяжёлые пациенты. Уже сейчас, по оперативным данным, в Гаутенге 179 человек в реанимации — прирост за неделю почти в 3 раза. На ИВЛ — 58 человек, вдвое больше, чем неделю назад. На кислороде — 280 человек (рост в 2,3 раза за полторы недели). Хотя доля пациентов в реанимации и на ИВЛ по-прежнему ниже, чем в прошлые волны, крайне тяжёлых пациентов становится больше — и их прирост ускоряется.

• В целом по ЮАР число пациентов в ОРИТ выросло на 57% за последнюю неделю.

• Свидетельства с мест нехорошие. Рудо Матива, завотделением реанимации крупнейшего ковидного госпиталя Йоханнесбурга, даёт регулярные интервью, которые в общем оптимистичном запале часто остаются незамеченными. Так, в своём последнем интервью Рудо рассказала, что с приходом омикрона в больницы стало попадать больше детей со средним и тяжёлым течением. И если раньше дети переносили ковид легко, то теперь им всё чаще требуется кислород и поддерживающая терапия, а в больнице они надолго задерживаются. Также Рудо отметила, что вскоре больница не сможет принимать детей: «Это серьёзная проблема — наши больницы не рассчитаны на такое количество детей. Мы не сможем всех разместить, и нам необходимо срочно принимать меры». Подробнее о детских госпитализациях и их тяжести рассказывает @coronamed, например, здесь.

• В то же время, возрастная структура постепенно смещается. На выходных я писал, что следом за детьми и молодыми будет расти число и доля госпитализированных пожилых — так и происходит. Если три недели назад на группу 0-19 приходилось 25% госпитализаций, то теперь — 16%. В свою очередь, группа 60+ теперь занимает не 11%, а 20% от всех госпитализаций. Группа 40-59 — уже 25%.

• Госпитализации ожидаемо следуют за заболеваемостью. За прошлые две недели прирост заболеваемости среди детей сильно замедлился (сильнее всего — среди 0-9), а среди пожилых и 40-59 — резко ускорился.

• Если до этого основной прирост обеспечивал округ Тшване (именно с входящего в состав округа Университета Претории началась вспышка в середине ноября), то теперь рост идёт во всех округах. Особенно в Экурхулени, Йоханнесбурге и Седибенге, о которых я писал.

• Про разворот смертности я уже писал: за прошлую неделю Гаутенг показал +72% смертей за неделю (43 против 25). Уже за понедельник-среду в Гаутенге от ковида умер 31 человек от ковида, по итогам недели ожидаю +80-110%.

• Уже неделю назад на промежуточных данных было видно, что тренд разворачивается и в других провинциях. Я прогнозировал по итогам недели рост госпитализаций ещё в пяти провинциях: в Лимпопо (итог: x6,8 за неделю), в Мпумаланге (вышло x4,1 за неделю), в Квазулу-Натал (x4 за неделю), в Северо-Западной провинции (×3,5), Фри-Стейт (x2,8 за неделю).

• Сейчас растут все — в том числе отстающие провинции Восточный (×3), Западный (x1,7) и Северный Кейп (×1,7).

• Доля положительных тестов также растёт по всей стране. В Гаутенге — уже 35% (каждый третий тест положительный), в Лимпопо — 33% (аналогично), в Мпумаланге и Северо-Западной провинции — 26-27% (каждый четвёртый тест позитивный). По стране в целом доля позитивности — 25%, ещё за неделю до этого было менее 10%. Это рекордный прирост за всю эпидемию.

Очень быстрый, очень добрый омикрон. Боюсь только, нам он совсем не понравится.

@dragan_covid

Пока в ЮАР не происходит ничего хорошего, ничего хорошего не происходит и в Зимбабве.

В субботу 27 ноября у 81 человека в педагогическом колледже Masvingo Teachers College (загадочное место, где в общежитии с 14 ноября нет воды) был подтвержден ковид, к 29 ноября число случаев достигло 157, ков+ студенты были закрыты в здании колледжа, образцы были отправлены в Хараре на секвенирование.

У индексного случая нет истории поездок в какую-либо другую страну, это местная передача. Мы еще не дошли до сути и не знаем, как это началось, но текущая позиция такова, что это локальная инфекция в учреждении.

3 декабря Зимбабве сообщила о 50 случаях омикрона, из них 22 - пробы футболистов юниорской сборной (младше 17 лет), 20 - пробы пациентов из Masvingo Teachers College, еще 8 - рандомные образцы.

И вот оперативные данные Министерства здравоохранения и заботы о детях Зимбабве за 10 дней, начиная с понедельника 29 ноября:

🔸29 ноября - 235 новых случаев ковида (73 из 82 случаев в провинции Масвинго - из Masvingo Teachers College), проведено 3067 тестов, коэффициент позитивности 7,7%, 20 ков+ пациентов в стационарах
🔸30 ноября - 399 новых случаев (58 из них - в учебных заведениях), 4679 тестов, 8,5% позитивность, 29 ков+ в стационарах
🔸1 декабря - 712 новых случаев (104 - в учебных заведениях), 6148 тестов, 11,6% позитивность, 52 ков+ в стационарах
🔸2 декабря - 1042 новых случая, 8292 тестов, 12,6% позитивность, 80 ков+ в стационарах (21 - тяжелые или в ОРИТ)
🔸3 декабря - 1062 новых случая, 6097 тестов, 17,4% позитивность, 111 ков+ в стационарах
🔸4 декабря - 1082 новых случая, 7099 тестов, 15,2% позитивность, 134 ков+ в стационарах
🔸5 декабря (воскресенье) - 523 новых случая, 2500 тестов, 21% позитивность, 83 ков+ в стационарах
🔸6 декабря - 2555 новых случаев, 8380 тестов, 30,4% позитивность, 182 ков+ в стационарах (32 - тяжелые или в ОРИТ)
🔸7 декабря - 4031 новый случай, 11535 тестов, 34,9% позитивность, 226 ков+ в стационарах
🔸8 декабря - 4996 новых случаев, 14166 тестов, 35,3% позитивность, 214 ков+ в стационарах

Всем, кто рассуждает о безобидности омикрона, неплохо бы внимательно вчитаться в эти 10 строк и представить себе такие 10 дней - и то, что за ними последует.

Омикрон-дашборд обновляется здесь

Вчера официальное число выявленных омикрон-ковидов в Великобритании составило 568, но реальная оценка, озвученная министром Джавидом, куда мрачнее:

По оценкам Агентства безопасности здравоохранения Великобритании, число [омикрон-]инфекций примерно в 20 раз превышает число подтвержденных случаев, поэтому текущее количество инфекций, вероятно, приближается к 10 000.

UKHSA также оценивает, что при нынешней наблюдаемой скорости удвоения, составляющей от двух с половиной до трех дней, к концу этого месяца число инфицированных может превысить 1 миллион.

Во вчерашнем отчете UKHSA сообщает:

Если сохранятся темпы роста и время удвоения, которые мы наблюдали в последние 2 недели, то в течение следующих 2–4 недель мы ожидаем увидеть вариант омикрон в 50% или более случаев коронавируса (COVID-19).

До недели, начинающейся 23 ноября 2021 года, число случаев SGTF в неделю обычно составляло менее 150, или менее 0,1% от всех случаев. Анализ секвенированных образцов SGTF показал, что до середины ноября более 99% из них были случаями Delta.

За последнюю неделю сбора данных (образцы с 30 ноября 2021 по 6 декабря) число случаев SGTF возросло до 705. Большинство этих случаев зарегистрировано в Лондоне и на юго-востоке.

И скорость удвоения, и данные из лабораторий указывают на старт распространения омикрона в Великобритании в середине ноября, примерно в одно время с южноафриканским Тшване.

⚡️Омикрон-штамм зафиксирован в России у четырёх человек, которые прибыли из других стран — центр «Вектор».

Денис Логунов на Международной научно-практической конференции по вопросам противодействия новой коронавирусной инфекции и другим инфекционным заболеваниям:

Безответственно заявлять, что это [омикрон] легкий штамм.

В который раз повторяем, что Логунов - тот эксперт здорового человека, комментарии которого хотелось бы максимально часто видеть в СМИ.

Пока мы читали отчет и писали предыдущий пост, число случаев омикрона в Дании обновилось, на сегодня их уже 1280.

Директор датского Statens Serum Institut (аналог ЦКЗ) о новых данных:

Число случаев заражения омикроном резко увеличилось со вчерашнего дня, к сожалению, сейчас инфекция распространяется очень быстро. Поэтому я еще раз настоятельно призываю всех, кого приглашают на вакцинацию, поторопиться и записаться на прием. Потому что, несмотря на то, что есть признаки того, что вакцины не так эффективны против заражения омикроном, мы ожидаем, что вакцины по-прежнему сильно защищают от серьезного заболевания. Сейчас это наше самое сильное оружие.

⬇️

Мягко стелет, да жестко спать - омикрон в Дании по состоянию на 13:00 10 декабря (1280 случаев) в сравнении с 9 декабря:

4️⃣Вакцинационный статус пациентов с омикрон-ковидом:
Не вакцинированы - 177, 13,8% (вчера было 14,14%)
Начали курс вакцинации - 33, 2,6% (вчера было 2,42%)
Прошли полный курс вакцинации - 956, 74,7% (вчера было 76,31%)
Ревакцинированы - 114, 8,9% (вчера было 7,13%)

5️⃣Госпитализированы с омикрон-вариантом (возможно, некоторые из этих госпитализаций не были учтены во вчерашнем отчете):
Да - 18, 1,4% (вчера было 9, 1,15%)
Нет - 1262, 98,6% (вчера было 98,85%)

Из Нидерландов (74,4% населения полностью вакцинированы) давно не было новостей, и вот появились. Избыточная смертность растет и приближается к уровням весны 2020 года. При этом из 1250 избыточных смертей к ковид-ассоциированным в оперативной статистике прошлой недели отнесены всего 249:

По оценкам CBS, с 29 ноября по 5 декабря погибло около 4300 человек, что примерно на 1250 человек больше, чем ожидалось. Дополнительная смертность наблюдалась среди людей всех возрастов и в такой же степени среди пользователей Закона о долгосрочном уходе, как и среди остального населения. За указанную неделю институт здравоохранения RIVM насчитал 249 умерших от короны. С начала августа уровень смертности был выше, чем ожидалось, а с середины октября количество смертей увеличивалось еженедельно.

По оценкам, в конце ноября / начале декабря умерло 2550 человек в возрасте старше 80 лет, что примерно на 850 человек больше обычного за этот период. Среди людей в возрасте от 65 до 80 лет умерло примерно 1300 человек, что примерно на 350 человек больше, чем ожидалось. Среди лиц моложе 65 лет зарегистрировано 475 смертей, что более чем на пятьдесят больше, чем обычно, за это время.

В соцсетях обсуждается, что больницы перегружены и пациентов отправляют домой с кислородными баллонами.

Сразу уточним, что рост заболеваемости никак не связан с ходом вакцинации - 70% населения Нидерландов получили 2 дозы вакцины уже к середине сентября. В этой связи с конца сентября были триумфально сняты ключевые ограничения:
🔸дистанция 1,5 метра перестала быть обязательной в ресторанах, барах, клубах, на концертах, фестивалях, спортивных и других мероприятиях при условии допуска посетителей старше 13 по коронапассу (две дозы вакцины, перенесенный ковид или отрицательный результат теста, тестирование в Нидерландах бесплатно)
🔸были отменены маски в образовательных учреждениях, на остановках общественного транспорта и внутри вокзалов
🔸был отменен карантин для полностью вакцинированных путешественников, прибывающих из стран любого уровня риска
🔸работодатели смогли по своему усмотрению вернуть сотрудников с удаленки
🔸ограничения размера групп в образовательных учреждениях были сняты, детские сады и начальные школы перестали отправлять на карантин всю группу в случае ковида у одного из детей

За последующие 2.5 месяца в Нидерландах вакцины против ковида убедительно доказали, что не являются инструментом контроля заболеваемости, а являются эпидемиологическим плацебо, о чем мы писали еще в марте, когда начались первые подтасовки данных из полей. При 70% коллективного поствакцинального иммунитета отказ от нефармацевтических мер привел Голландию прямиком в устрашающую волну ковида.

И дела могут стать еще хуже, потому что власти страны, похоже, намеренно игнорируют омикрон - по состоянию на 10 декабре в стране подтверждено 80 случаев нового варианта - всего +62 к 18 схипхолским страдальцам. Подавляющее большинство - вернувшиеся из Африки, 3 - контакты инфицированных путешественников, 6 - люди без связи с поездками в Африку.

⬇️