Занимательная эндокринология
Коллеги, 27 ноября (чт) в 19:00 по Москве открытый стрим! Мы вместе с @ebm_base возвращаемся со стримом, который стал настолько культовым, что не хватило мест в первый раз (из-за лимита Zoom’а). На этот раз мы обещаем ещё больше уникальности, эксклюзивности…
Можно считать итогом вебинара)
6😁28👏8🤣6💅4
Как думаете, в чем проблема informative censoring в онкологических исследованиях?
🤔3👍1
Forwarded from HSO community
#hsot_talks
ВИНАЙ ПРАСАД: ПАНК-РОК В МИРЕ ОНКОЛОГИИ
Мы уверены, что вы ни один раз слышали это имя.
📣 Винай Прасад — фигура, ставшая в последние годы рупором бескомпромиссной (иногда прямо-таки яростной) критики современной онкологии и деятельности медицинских регуляторов.
Масштаб личности и влияния не оставляет равнодушными ни коллег, ни администраторов здравоохранения, ни представителей фармкомпаний и политиков, ни пациентов.
🎙️Для кого-то Винай Прасад — автор YouTube канала скритикой разбором клинических исследований, для кого-то — автор книги Malignant и сотрудник FDA.
Автор статьи Герман Киселев и команда HSO community несколько раз перерабатывали материал, так как страсти на профессиональном пути Виная Прасада не утихали несколько месяцев, а нам так хотелось рассказать вам все самое интересное и актуальное про этого удивительного специалиста.
❇️ В новой статье вы сможете прочитать про становление, философию и профессиональный путь Виная Прасада. ❇️
👉 https://telegra.ph/Vinaj-Prasad-pank-rok-v-mire-onkologii-12-03
Enjoy!
🟢 HSO community - образовательный проект для молодых онкологов, студентов-медиков и всех неравнодушных от резидентов Высшей школы онкологии. Статьи, мемы, инсайды: https://taplink.cc/hso_talks 🟢
ВИНАЙ ПРАСАД: ПАНК-РОК В МИРЕ ОНКОЛОГИИ
Мы уверены, что вы ни один раз слышали это имя.
📣 Винай Прасад — фигура, ставшая в последние годы рупором бескомпромиссной (иногда прямо-таки яростной) критики современной онкологии и деятельности медицинских регуляторов.
Масштаб личности и влияния не оставляет равнодушными ни коллег, ни администраторов здравоохранения, ни представителей фармкомпаний и политиков, ни пациентов.
🎙️Для кого-то Винай Прасад — автор YouTube канала с
Автор статьи Герман Киселев и команда HSO community несколько раз перерабатывали материал, так как страсти на профессиональном пути Виная Прасада не утихали несколько месяцев, а нам так хотелось рассказать вам все самое интересное и актуальное про этого удивительного специалиста.
❇️ В новой статье вы сможете прочитать про становление, философию и профессиональный путь Виная Прасада. ❇️
👉 https://telegra.ph/Vinaj-Prasad-pank-rok-v-mire-onkologii-12-03
Enjoy!
🟢 HSO community - образовательный проект для молодых онкологов, студентов-медиков и всех неравнодушных от резидентов Высшей школы онкологии. Статьи, мемы, инсайды: https://taplink.cc/hso_talks 🟢
👍13❤5
Кто я?
Anonymous Poll
34%
Абьюзер
24%
Газлайтер
32%
Обесцениватель
47%
Нарцисс
19%
Лавбомбер
30%
Триангулятор
19%
Смёрфер
39%
Хейтер
😁8💅7🔥1
В прошлый раз моргал свет при упоминании меня, в этот раз были проблемы со звуком 😁
Спасибо всем, кто был. Надеюсь было интересно 🔥
P.S. позже выложу презентации свои
Спасибо всем, кто был. Надеюсь было интересно 🔥
P.S. позже выложу презентации свои
1👍31❤17😁6👏2🖕1
Анализ выживаемости.pdf
3.5 MB
Презентации с РОК
5❤28🔥14🏆7
Вышла статья Б.О. Соколова о целевых каузальных эффектах. Несмотря на то, что в названии указаны социальные исследования, для медицины это тоже актуально. Поэтому рекомендую ознакомиться (даже переводчиком пользоваться не нужно 😱)
*Полный текст в комментах
*Полный текст в комментах
5❤17👍6🔥3
Forwarded from HSE R Meet Up
🎯 Мэтчинг и обратное взвешивание по вероятности: немного теории и примеры в языке программирования R
❓Что такое мэтчинг и обратное взвешивание по вероятности? Из чего эти методы статистического причинно-следственного вывода состоят, с чем их едят и зачем они вообще нужны аналитикам данных?
Первая половина митапа будет посвящена теории, вторая - разбору практических примеров в R.
❗️В практической части мы будем использовать библиотеки {MatchIt} и {WeightIt}.
Для понимания происходящего участникам желательно:
(а) нормально разбираться в азах статистики (безусловная и условная вероятность; статистическая проверка гипотез; обобщённое регрессионное моделирование; плюсом будет знание каузальной модели Рубина и направленных ациклических графов - НАГов);
(б) иметь опыт прикладного анализа данных, особенно с прицелом на каузальные вопросы;
(в) уметь работать в R (подключение библиотек; загрузка данных; построение обобщенных регрессионных моделей с помощью lm-подобного синтаксиса; понимание логики конвейеров; плюсом будет уверенное владение инструментами пакета {ggplot2} и его расширений)
❗️Зарегистрироваться
👀 В следующих постах мы подробнее расскажем о материалах, которые помогут подготовиться к встрече с мэтчингом и взвешиванием
❓Что такое мэтчинг и обратное взвешивание по вероятности? Из чего эти методы статистического причинно-следственного вывода состоят, с чем их едят и зачем они вообще нужны аналитикам данных?
Первая половина митапа будет посвящена теории, вторая - разбору практических примеров в R.
❗️В практической части мы будем использовать библиотеки {MatchIt} и {WeightIt}.
Когда? 26 декабря
Время: 18:00 по Мск
Место: Санкт-Петербург, наб. кан. Грибоедова, 123, ауд. 201 и онлайн
Спикер: Борис Соколов (ЦенСИБ НИУ ВШЭ)
Для понимания происходящего участникам желательно:
(а) нормально разбираться в азах статистики (безусловная и условная вероятность; статистическая проверка гипотез; обобщённое регрессионное моделирование; плюсом будет знание каузальной модели Рубина и направленных ациклических графов - НАГов);
(б) иметь опыт прикладного анализа данных, особенно с прицелом на каузальные вопросы;
(в) уметь работать в R (подключение библиотек; загрузка данных; построение обобщенных регрессионных моделей с помощью lm-подобного синтаксиса; понимание логики конвейеров; плюсом будет уверенное владение инструментами пакета {ggplot2} и его расширений)
❗️Зарегистрироваться
👀 В следующих постах мы подробнее расскажем о материалах, которые помогут подготовиться к встрече с мэтчингом и взвешиванием
kosukeimai.github.io
Nonparametric Preprocessing for Parametric Causal Inference
Selects matched samples of the original treated and control groups with similar covariate distributions -- can be used to match exactly on covariates, to match on propensity scores, or perform a variety of other matching procedures. The package also implements…
👍8🤡4👎3❤1🤮1💩1🤣1💋1💊1😡1
Forwarded from HSE R Meet Up
📚 Полезные ресурсы для по теме митапа "Мэтчинг и обратное взвешивание по вероятности: немного теории и примеры в языке программирования R"
Практическое руководство по мэтчингу и взвешиванию от Ноа Грейфера, разработчика библиотек {MatchIt} и {WeightIt}.
Глава из учебника Хантингтона-Клейна
Если вам больше нравятся другие доступные онлайн учебники по каузальному выводу: Causal Inference: The Mixtape Каннингема, What If? Эрнана и Робинса, Causal Inference in R Баррета, Д'Агостино МакГован и Герке или какие бы то ни было другие, - можно ознакомиться с их фрагментами, посвященными мэтчингу.
Если говорить, о тематических академических публикациях, то вот небольшой (и далеко не исчерпывающий!) список заслуживающих внимание текстов:
(1) как выбрать эстиманд в обсервационном каузальном анализе: https://doi.org/10.48550/arXiv.2106.10577;
(2) зачем и как мэтчинг можно использовать в эпидемиологии: https://doi.org/10.1093/epirev/mxab003;
(3) обзор от одного из главных имён в истории мэтчинга - просто не будет, но если вы найдёте в себе мужество, то данная статья окажется отличным дополнением к материалам, относящимся к экосистеме {MatchIt} + {WeightIt}: https://doi.org/10.1146/annurev-statistics-031219-041058;
(4) мастер-класс по анализу классического датасета имени Лалонде от двух мэтров: https://doi.org/10.1257/jep.20251440 (к нему также прилагается код с пояснениями: https://yiqingxu.org/tutorials/lalonde/).
🚀 Для участия в митапе читать все (или даже некоторые) из перечисленных материалов необязательно, а вот регистрация крайне необходима!
Практическое руководство по мэтчингу и взвешиванию от Ноа Грейфера, разработчика библиотек {MatchIt} и {WeightIt}.
Глава из учебника Хантингтона-Клейна
Если вам больше нравятся другие доступные онлайн учебники по каузальному выводу: Causal Inference: The Mixtape Каннингема, What If? Эрнана и Робинса, Causal Inference in R Баррета, Д'Агостино МакГован и Герке или какие бы то ни было другие, - можно ознакомиться с их фрагментами, посвященными мэтчингу.
Если говорить, о тематических академических публикациях, то вот небольшой (и далеко не исчерпывающий!) список заслуживающих внимание текстов:
(1) как выбрать эстиманд в обсервационном каузальном анализе: https://doi.org/10.48550/arXiv.2106.10577;
(2) зачем и как мэтчинг можно использовать в эпидемиологии: https://doi.org/10.1093/epirev/mxab003;
(3) обзор от одного из главных имён в истории мэтчинга - просто не будет, но если вы найдёте в себе мужество, то данная статья окажется отличным дополнением к материалам, относящимся к экосистеме {MatchIt} + {WeightIt}: https://doi.org/10.1146/annurev-statistics-031219-041058;
(4) мастер-класс по анализу классического датасета имени Лалонде от двух мэтров: https://doi.org/10.1257/jep.20251440 (к нему также прилагается код с пояснениями: https://yiqingxu.org/tutorials/lalonde/).
🚀 Для участия в митапе читать все (или даже некоторые) из перечисленных материалов необязательно, а вот регистрация крайне необходима!
iqss.github.io
Matching and Weighting for Causal Inference: A Primer and Tutorial
👍5❤2
Ebm_base
Как думаете, в чем проблема informative censoring в онкологических исследованиях?
ОТПУСТИ И ЗАБУДЬ
Прочитав несколько статей я понял, что ничего не понял про informative censoring.
Точнее, проблема есть, но она не статистическая, а скорее методологическая (на мой взгляд).
Судя по публикациям, данный феномен встречается для суррогатных исходов в анализе выживаемости, таких как выживаемость без прогрессирования (PFS), безрецидивная выживаемость (DFS) и др. [1, 2].
В то же время часто (но не всегда) он встречается, когда лечение (single arm или experimantal group) токсичное, приводит к нежелательным явлениям (AEs), или пациенты не хотят получать назначенное лечение [3]. И логично, что больше этому подтверждены исследования с наблюдательным дизайном.
Но что происходит не так, как надо? Чтобы разобраться, надо понять, а как надо.
В анализе выживаемости есть такое понятие как цензурирование [4]. В онкологических исследованиях мы отслеживаем, случился ли интересующий нас исход у пациента. Вечно наблюдать мы не можем (нет ресурсов, времени, пациент переехал, перестал приходить и т.п.), а значит может случиться ситуация, когда у пациента исход наступил, но мы об этом не знаем (или не наступил, и мы тоже этого не знаем). Но какая-то информация у нас есть: например, последний прием пациента, когда мы с ним встречались, и у него не был зафиксирован исход (рецидив/прогрессирование). Мы можем ее использовать, отметить, что исхода нет, и записать сколько времени его пронаблюдали до этого последнего визита. Такой подход и называется цензурированием.
В идеале, нам нужно максимально долго пронаблюдать всех пациентов, независимо от лечения, характеристик пациентов и других факторов.
Если я верно понимаю, то нарушение независимости цензурирования, приводит к информативному (или это одно и то же, тут похоже мнения разнятся [5, 6, 7]), т.е. механизм цензурирования содержит какую-то информацию о параметре ковариаты [8]. Что ведет к смещению результатов.
Как пример, пациент получает достаточно токсичное лечение, что постепенно приводит к отказу от него. Он перестает наблюдаться у онколога и/или принимать лечение и пр. (и скорее всего рано достигнет исхода, т.е. у него высокий риск исхода). Исследователь не озаботился сохранить контакты с пациентом. А значит такого пациента в исследовании зацензурируют. И если это происходит у большого количества пациентов (в группе токсичного лечения), то это вызывает смещение оценки (в данном случае переоценка эффекта, т.к. "слабые" не наблюдались, остались "сильные") [1, 3].
Из вышеописанного можно обратить внимание на то, что действия исследователя/врача приводят к появлению проблемы. Следовательно необходимо профилактировать такое развитие событий.
Возможно в исследовании нужно заранее определиться с минимальным/рекомендуем периодом наблюдения за пациентом (например, 3 или 5 лет) и использованием удобных для пациента каналов связи. Это поможет сохранить большинство пациентов.
Как выявить данный феномен? Предлагаются разные методы оценки наличия информированного цензурирования: обратный метод Каплана-Мейера [9], графическая оценка количества символов цензурирования на кривых Каплана-Мейера, описание цензурирования в разделе "Материал и методы", сравнение AEs между группами [3], восстановления данных и моделирования [1].
И разные методы ее коррекции: множественная импутация (рассматривать механизмы цензурирования, как механизмы пропусков) [10], анализ чувствительности [11], байесовский подход (куда же без него) [12], замена конечной точки с использование модели конкурирующих рисков [1].
Но простых ответов как выявлять и исправлять нет, как и полного понимания...
@Ebm_base
Прочитав несколько статей я понял, что ничего не понял про informative censoring.
Точнее, проблема есть, но она не статистическая, а скорее методологическая (на мой взгляд).
Судя по публикациям, данный феномен встречается для суррогатных исходов в анализе выживаемости, таких как выживаемость без прогрессирования (PFS), безрецидивная выживаемость (DFS) и др. [1, 2].
В то же время часто (но не всегда) он встречается, когда лечение (single arm или experimantal group) токсичное, приводит к нежелательным явлениям (AEs), или пациенты не хотят получать назначенное лечение [3]. И логично, что больше этому подтверждены исследования с наблюдательным дизайном.
Но что происходит не так, как надо? Чтобы разобраться, надо понять, а как надо.
В анализе выживаемости есть такое понятие как цензурирование [4]. В онкологических исследованиях мы отслеживаем, случился ли интересующий нас исход у пациента. Вечно наблюдать мы не можем (нет ресурсов, времени, пациент переехал, перестал приходить и т.п.), а значит может случиться ситуация, когда у пациента исход наступил, но мы об этом не знаем (или не наступил, и мы тоже этого не знаем). Но какая-то информация у нас есть: например, последний прием пациента, когда мы с ним встречались, и у него не был зафиксирован исход (рецидив/прогрессирование). Мы можем ее использовать, отметить, что исхода нет, и записать сколько времени его пронаблюдали до этого последнего визита. Такой подход и называется цензурированием.
В идеале, нам нужно максимально долго пронаблюдать всех пациентов, независимо от лечения, характеристик пациентов и других факторов.
Если я верно понимаю, то нарушение независимости цензурирования, приводит к информативному (или это одно и то же, тут похоже мнения разнятся [5, 6, 7]), т.е. механизм цензурирования содержит какую-то информацию о параметре ковариаты [8]. Что ведет к смещению результатов.
Как пример, пациент получает достаточно токсичное лечение, что постепенно приводит к отказу от него. Он перестает наблюдаться у онколога и/или принимать лечение и пр. (и скорее всего рано достигнет исхода, т.е. у него высокий риск исхода). Исследователь не озаботился сохранить контакты с пациентом. А значит такого пациента в исследовании зацензурируют. И если это происходит у большого количества пациентов (в группе токсичного лечения), то это вызывает смещение оценки (в данном случае переоценка эффекта, т.к. "слабые" не наблюдались, остались "сильные") [1, 3].
Из вышеописанного можно обратить внимание на то, что действия исследователя/врача приводят к появлению проблемы. Следовательно необходимо профилактировать такое развитие событий.
Возможно в исследовании нужно заранее определиться с минимальным/рекомендуем периодом наблюдения за пациентом (например, 3 или 5 лет) и использованием удобных для пациента каналов связи. Это поможет сохранить большинство пациентов.
Как выявить данный феномен? Предлагаются разные методы оценки наличия информированного цензурирования: обратный метод Каплана-Мейера [9], графическая оценка количества символов цензурирования на кривых Каплана-Мейера, описание цензурирования в разделе "Материал и методы", сравнение AEs между группами [3], восстановления данных и моделирования [1].
И разные методы ее коррекции: множественная импутация (рассматривать механизмы цензурирования, как механизмы пропусков) [10], анализ чувствительности [11], байесовский подход (куда же без него) [12], замена конечной точки с использование модели конкурирующих рисков [1].
Но простых ответов как выявлять и исправлять нет, как и полного понимания...
@Ebm_base
5❤15👍3🔥2👎1💩1🤡1🍌1🤝1