Ebm_base – Telegram
Ebm_base
3.74K subscribers
513 photos
11 videos
27 files
254 links
Альтернативное, дополнительное, неэкологичное пространство для рассказов о доказательной медицине, статистике, эпидемиологии и прочим ужасам 👀

Клоун, автор и организатор журнального клуба @Nik_Burlov

База: https://instagram.com/ebm_base
Download Telegram
Forwarded from Biostatistics on the Table (Maksim Kuznetsov)
Biostatistics on the Table
Позволю себе начать издалека. Прикладная статистика – это область, глубоко погруженная в контекст, который ее окружает. Часто трудно провести границу между самой предметной областью и статистикой, а еще сложнее – между статистикой и эпистемологией. Поэтому…
Теперь о статистике.
Я хочу выделить две книги, которые хорошо помогают сформировать правильный «статистический майндсет». Участвуя в многочисленных биостатистических дискуссиях, в основном с медиками, я понял, что главная сложность в освоении прикладной статистики вовсе не в формулах. Сложнее всего понять, о чем эта наука: как статистики и аналитики данных смотрят на устройство мира, как предметные вопросы переводятся в вопросы, на которые можно ответить с помощью данных, какие выводы и утверждения можно делать с использованием ее инструментов.
Мне очень понравилось замечание Энди Грива в одном из обсуждений о преподавании статистики: существует два разных вопроса – «What p-value is» и «What p-value means». Ответить на первый можно в паре предложений, но вот со вторым, куда более важным, все гораздо сложнее.

«Искусство статистики» Дэвида Шпигельхалтера
Наверное, лучшее, что можно порекомендовать людям, которые только начинают знакомство со статистикой. Здесь нет избыточных упрощений, которые искажают суть концепций (и которыми очень часто злоупотребляют). Думаю, что эта книга, если и не может заменить учебники типа «статистика для котиков нестатистиков», то точно должна им предшествовать, чтобы после их прочтения не сформировалось очень опасного ощущения полного понимания.
Я пока не успел подробно ознакомиться с новой книгой Шпигельхалтера «The Art of Uncertainty», но предполагаю, что ее место тоже здесь. Постараюсь в ближайшее время исправить это и поделиться своими впечатлениями.

«Dicing with Death: Chance, Risk and Health» Стефена Сенна
Эта книга вряд ли подойдет людям, которые совсем далеки от статистики, несмотря на то, что несомненно является научно-популярной. Она поможет раскрыть и посмотреть под другим углом на многие вещи, которые мы применяем при анализе данных. Я не являюсь поклонником составления рейтингов, но если бы мне пришлось, то эта книга совершенно точно была бы в тройке самых важных и полезных лично для меня книг. Кстати, не так давно вышло третье издание, которое было дополнено, в том числе, разделами, связанными с Covid-19.
🔥6
Forwarded from Biostatistics on the Table (Maksim Kuznetsov)
Biostatistics on the Table
Теперь о статистике. Я хочу выделить две книги, которые хорошо помогают сформировать правильный «статистический майндсет». Участвуя в многочисленных биостатистических дискуссиях, в основном с медиками, я понял, что главная сложность в освоении прикладной статистики…
Далее – список научно-популярных книг по отдельным темам статистики и анализа данных, которые я уверенно рекомендую к прочтению.
«The Lady Tasting Tea: How Statistics Revolutionized Science in the Twentieth Century» Дэвида Зальцбурга
Лучшее введение в историю статистики, очень увлекательное чтение. При этом Зальцбург не избегает обсуждения и самих статистических концепций, но делает это без пошлых упрощений. Стоит сказать, что автор этой книги является биостатистиком как с опытом работы в индустрии, так и в преподавании, но самое ценное – он был лично знаком и поддерживал общение со многими героями своего повествования. Эту книгу важно прочитать и тем, кто дальше хочет погружаться в историю статистики глубже, поскольку она дает хорошее представление о ландшафте, в котором происходят все действия, потом уже можно переходить к Стиглеру, Леманну и Рейд.

«The Book of Why» Джуды Перла и Дана Маккензи
(вышел перевод этой книги на русский язык под названием «Думай почему?», но я не уверен в его качестве)
Одна из тех книг, которая способна изменить представление о многом, что касается научных исследований. Джуда Перл – один из тех людей, которые буквально на наших глазах совершают революцию в решении задач о причинах и следствиях. В отличие от других представленных здесь книг, эту книгу можно рассматривать и как очень легкое введение в причинно-следственный вывод.

«Dark Data: Why What You Don’t Know Matters» Дэвида Хэнда
(есть качественный перевод на русский язык под названием «Темные данные. Практическое руководство по принятию правильных решений в мире недостающих данных»)
Вообще удивительно, что существует научно-популярная книга по такой концептуально и технически сложной области статистики. Но не следует обольщаться (особенно глядя на русскоязычное название): эта книга не заменит Рубина и Литтла, более того, вряд ли даже поможет подготовиться к прочтению серьезной литературы по теме. Тем не менее, она даст неплохое представление о том, когда и, самое главное, почему возникают проблемы из-за пропущенных значений. Стоит добавить несколько слов об авторе: Дэвид Хэнд, как и Шпигельхалтер, был президентом Королевского статистического общества, то есть на своем посту был преемником таких людей, как Рональд Фишер, Остин Бредфорд-Хилл и Дэвид Кокс.
🔥52
Forwarded from Biostatistics on the Table (Maksim Kuznetsov)
Biostatistics on the Table
Далее – список научно-популярных книг по отдельным темам статистики и анализа данных, которые я уверенно рекомендую к прочтению. «The Lady Tasting Tea: How Statistics Revolutionized Science in the Twentieth Century» Дэвида Зальцбурга Лучшее введение в историю…
И напоследок – две книги о байесовском выводе.
«The Theory That Would Not Die» Шерон МакГрейн
Увлекательная история: от Байеса, Ричарда Прайса и Лапласа до критики и забвения в первой половине XX века и последующего возрождения байесовского вывода в том числе в решении военных, медицинских и лингвистических задач.

«Bernoulli’s Fallacy» Обри Клэйтона
Единственная книга в списке, которую трудно назвать чисто научно-популярной. Это скорее человечное изложение идей Джеффриса и Джейнса (у автора, кстати, есть курс лекций по книге Джейнса «Probability Theory: The Logic of Science»). Книга – радикальная критика всех, кто был связан с развитием частотной интерпретации вероятности и фриквентизма как основы статистического вывода: от Бернулли и английских логиков XIX века до, конечно, Фишера и Неймана. Но при этом она читается на одном дыхании, кроме того, в ней масса занимательных исторических деталей.
🔥62
📚Всего пару лет назад мы радовались тому, что по теме причинного вывода начали появляться современные и доступные книги, а теперь наступил новый этап – их авторы выпускают переработанные издания с учётом последних трендов и новых методов

📗 Летом 2025 года увидело свет второе издание книги «The Effect» Ника Хантингтон-Кляйна – одной из самых популярных и доступных по эконометрике и анализу причинно-следственных связей.
В книге появилась новая глава про partial identification, обновились разделы по современным эмпирическим методам, а навигация и практические примеры стали ещё удобнее
🔗 Последняя версия книги
🔗 Видеоуроки к книге

Обзоры первого издания книги делали авторы каналов This is Data и H0H1: про HR-аналитику – рекомендуем и их ревью, и каналы в целом, они отличные!

Кроме того, напомним, что в начале этого года было обновление книги «Causal Inference: What If» Джеймса Робинса и Мигеля Эрнана. А также напоминаем о нашем посте-путеводителе по книгам в сфере причинного вывода

Успехов в учёбе и исследованиях!

#канал_рекомендует
@causal_channel
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
512🔥5🤯3👍2
О чем следует помнить перед тем, как браться за лечение рака яичников, часть 5: вторичная циторедукция и разбор SOC - 1
#ovarian

Спустя пару лет после выпуска из ординатуры, я по новому взглянул на мероприятие, называемое "журнальным клубом". Если хоть немного понимаешь что - то в предмете обсуждения и если есть кому пояснить неочевидные моменты, то мероприятие становится весьма полезным и прикольным.

Так вышло, что за пару дней до увольнения из клиники Белоостров, к нам в гости в клинику заехал Никита Бурлов из ebm_base(все совпадения случайны,события между собой не связанные). Засев в консилиумной, где нас всех связали и заставили вникать в статистику, мы с коллегами дружно сидели и разбирали нюансы интерпретации результатов клинических исследований, а заодно обсудили результаты сравнительно недавно опубликованных данных исследования SOC - 1 - третьего исследования, где (наряду с GOG 0213 и DESKTOP III) исследователи пытались ответить на вопрос: имеет ли смысл циторедукция при лечении платиночувствительно рецидива рака яичников

Полный текст статьи из Nature я сброшу в комментариях. А вашему вниманию предлагаю очерк, написанный по остывшим следам очного разбора результатов SOC - 1 и размышлений на тему того, почему в трех исследованиях мы увидели несколько разные результаты и кому же, все таки, уместно предложить вторичную циторедукцию при раке яичинков. И о чем следует помнить, если вы ввязываетесь в подобную авантюру.

Передаю привет ebm_base, а вам предлагаю познакомиться с предметом воскресных размышлений более подробно:

https://telegra.ph/Razmyshleniya-o-vtorichnoj-citoredukcii-pri-rake-yaichnikov-na-osnove-analiza-dannyh-SOC---1-09-21-2
🔥11👍42
Вот это я называю заменой естественного разума искусственным.
Каждый слайд, каждую формулу, каждый параметр!
Мб если ничего непонятно, то лучше вернуться куда-то в школьный курс математики, повторить, выучить? Зачем, есть же ИИ, он все объяснит, расскажет, запомнит и потом статьи будет писать)
👍11🔥5😁5💩32💯2👏1😐1
А здесь можно послушать интересное
И тем самым может быть чуть развить естественный интеллект
4
Вебинар «Демографические тренды и прогнозы заболеваемости и смертности от рака»

НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова приглашает врачей, эпидемиологов, организаторов здравоохранения и всех заинтересованных специалистов на уникальный вебинар, где ведущие эксперты-демографы разберут, как данные и прогнозы формируют стратегию борьбы с онкологическими заболеваниями.

📅 Дата: 25 сентября 2025 г.
Время: 14:00 (по московскому времени)
📍 Формат: онлайн

🎙Ключевые спикеры:

Тимонин Сергей Андреевич – к.г.н., ведущий научный сотрудник ЦНИИОИЗ Минздрава России, научный сотрудник Австралийского национального университета.

Щур Алексей Евгеньевич – к.с.н., старший научный сотрудник НИУ ВШЭ, главный специалист ЦНИИОИЗ Минздрава России.

Сергеев Егор Витальевич – эксперт НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова, стажер-исследователь НИУ ВШЭ.

Марычев Глеб Александрович – стажер-исследователь НИУ ВШЭ, аналитик ЦНИИОИЗ Минздрава России.

Модератор: Назарова Екатерина Александровна – врач-методист, ассистент НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова.

В фокусе обсуждения:
🔹 Как методика расчета влияет на статистику смертности?
🔹 Оценка вклада онкозаболеваний в продолжительность жизни.
🔹 Качество и сопоставимость данных по России.Это возможность из первых рук получить информацию от тех, кто формирует официальную статистику и строит прогнозы.

Участие бесплатное. Регистрация обязательна!

➡️ Для регистрации перейдите по ссылке: https://www.niioncologii.ru/events/vebinar-demograficheskie-trendy-i-prognozy-zabolevaemosti-i-smertnosti-ot-raka
15👍2
К сожалению, из-за определенных обстоятельств не смогу быть очно на данном мероприятии (а очень хотел 😔)
Придется участвовать онлайн
Какой-то весь год лишь удаленного присутствия...
👍9🤔4😭31
Ничто не заставит вас чувствовать себя говном больше, чем место работы, где занимаются откровенно хернёй
👍44💔26🔥8🤝5💯3😢2
Иногда надо смеяться над собой. Такое применение ИИ мне нравится 😁
😁32👍3🌭1
Взаимодействие_пациентов_с_ИИ_Рекомендации_ННАДМ.pdf
9.8 MB
🧠Уважаемые коллеги, добрый день!

Хотим с вами поделиться подготовленным документом:

🌟 Взаимодействие пациентов с искусственным интеллектом: риски и подходы к обеспечению безопасности

Настоящий документ подготовлен экспертами Независимой Национальной Академии Доказательной Медицины и посвящён первым подходам к взаимодействию пациентов с технологиями искусственного интеллекта в целях сохранения и укрепления здоровья.

🫥 ИИ-технологии уже прочно вошли в нашу повседневную жизнь, и потому радикальный путь - «запретить» их использование пациентами, представляется неэффективным. Вместо этого важно развивать осознанное отношение к новым инструментам: понимать суть технологии, её возможности и ограничения, учитывать особенности человеческого восприятия и уязвимости критического мышления. Чётко сформулированные принципы взаимодействия с ИИ помогут сделать его использование более безопасным и полезным.

📝Описанные в документе механизмы работы искусственного интеллекта и ключевые принципы опираются на знания, актуальные на октябрь 2025 года. По мере развития технологий подходы к их применению неизбежно будут уточняться и совершенствоваться. ННАДМ будет признательна всем, кто внесёт конструктивные предложения и идеи для последующих версий документа.

Инициатор документа: Лаборатория поведения ННАДМ, Макарова Д.Д.
Авторы документа: Макарова Д.Д., Навасардян А.Р., Суворов А.Ю., Сытьков В.В., Бурлов Н.Н., Микаелян М.В., Майорова Е.М., Марапов Д.И., Шадрина А.С.

👩‍⚕️Развивайте навык критического мышления, берегите себя и своих пациентов.

С уважением,
Эксперты и друзья ННАДМ

#Лаборатория_поведения, #Поведение , #ННАДМ

👨‍🏫 Читайте. Думайте. Делитесь. Создавайте.

ТГ канал | Чат| Рубрикатор |Сайт | Группа ВК | Ютуб | Контакты
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
118👍6🔥4
(НЕ) АЛГОРИТМИЧНО

Как сказал Омар Хайям... учи мат часть

Ни для кого не секрет, что в медицине в клинических исследованиях используются методы статистики. Можно встретить как простые, так и сложные. При это нередко врачи, которые начинают погружение в нее, смотрят на всю статистику, как на предопределенный алгоритм, где просто идешь по стрелочкам и будет все нормально (отсюда мифы про проверки на нормальность и прочее).

И иногда этот подход имеет смысл. Вспомним, как нас учили математике в школе. Сначала запоминаешь достаточно упрощенные схемы взаимодействия, операций, затем погружаешься глубже и понимаешь откуда они, почему работают, почему это наилучший вариант для достижения цели (или их несколько). Так же и с обучением статистики. В самом начале проще выучить какие-то "стандартизированные" алгоритмы, посмотреть простые примеры. Но этот объем не сделает из вас статистика, не даст вам понимание и необходимые инструменты. Это просто удобная отправная точка (база). Чтобы лучше понять почему и как применять, необходимо углубление, изучение ограничений подходов, предположений, которые нужно делать (нередко это исходит из методологии, поэтому бонусом еще это изучать).

Тогда становится понятно, что единственного рабочего алгоритма нет. Есть скорее набор особенностей, о которых нужно знать уже на этапе идеи и планирования методологии, в т.ч. с обозначением и пониманием цели.

И это, на мой взгляд, одна из самых классных возможностей в статистике. Изучать нюансы, понимать как влияют изучаемый вопрос и методология на анализ, продумывать их заранее с учетом вводимых предположений, адаптироваться при их нарушении и т.д.

До этих рассуждений у меня возникла идея показать пример, что бинарные данные можно анализировать по-разному. При этом я предполагаю (точнее сам задаю), что данные получены из РКИ (т.е. у нас нет спутывающих факторов), все наблюдения независимы.

Предлагаю посмотреть пример (в тексте описание, на рисунках результаты):
- Делаем симуляцию, где случайным образом назначаются группы (0 или 1 с вероятностью 50%) и независимо от групп происходит исход (0 или 1 с той же вероятность 50%), т.е. в наших данных верна нулевая гипотеза, что группы не влияют на исход;
- сравниваем разными методами.

1) Посмотрим описательные характеристики. В группе 0 достигли исхода 49%, в группе 1 – 62%.
2) Классический вариант (по алгоритмам) в этом случае применить Хи-квадрат Пирсона, чтобы получить значение p-value. Проводим и получаем 0.195, значимых различий не выявлено (при пороге в 5%, который мы будем использовать и дальше).
3) Частота в бинарных данных - это мат ожидание (𝔼[X] = p). В нашем случае оно не будет отличаться от мат ожидания в виде среднего (𝔼[X] = µ = 1*p + 0*(1-p)). Значит я могу ради получения p-value использовать t-тест для сравнения средних (тут есть нюанс в расчете дисперсии, но этот момент мы опустим, результаты достаточно близки).
4) Еще один вариант - это применить логистическую регрессию к данным, где группы - независимая переменная, исход - зависимая. В результате получим не только p-value, но и отношение шансов (OR).
5) Вспомним пункт 3, тогда нам ничто не мешает сравнить разницу средних через линейную регрессию. В дополнение мы получим разницу средних (MD), которая равна разнице рисков (RD).
6) Мы можем сомневаться в пункте 3 и 5, но хотим получить предельный эффект (marginal effect) в виде разницы рисков (RD). Возможно из модели логистической регрессии из пункта 4 через пакет marginaleffects получить необходимый нам эффект. И p-value в придачу.
7) Но вдруг нам нужно (ставшая такой популярной) относительная оценка эффекта в виде относительного риска (RR). Через тот же пакет мы можем это сделать. Конечно, p-value у нас тоже будет.

Здесь я не касаюсь вопроса расчета стандартных ошибок (а из них доверительных интервалов), лишь показываю, что если нужно получить значение p-value, то можно использовать разные методы. А сам результат будет примерно одинаков.
14👍2🔥1🥰1