Take home message от докладчика: при относительно высокой температуре (в его экспериментов -7С) время замерзания, связанное с образованием зародыша льда, имеет большую дисперсию. Время охлаждения воды надо 10 мин, а образование зародыша льда +-час, отсюда иногда мы видим, что горячая вода иногда замерзает быстрее.

П. С. Не спрашивайте меня, что он забыл на конференции по биоинформатике 😂

О! Спустя 17 слайдов мы добрались до биологии! Итак, цитирую автора: "В биологии есть тоже много стохастических процессов. Например, зачатие. Не всегда нужно искать их причину".

Ну и жуть...

Так, последний пост на эту тему. Это ещё и исследование, поддержанное РНФ. Желающие могут выяснить, какие великие свершения обещаны в рамках этого гранта.

В эту пятницу (8 августа) в 13 по МСК по этой ссылке планируем разобрать статьи alphaGenome (https://doi.org/10.1101/2025.06.25.661532) и (если останется время и силы) PromoterAI (ссылка на фултекст была в этом канале выше). Кому интересно - приходите.

Это не полный разбор-разбор, там 100+ страниц и прочитать все невозможно. Но пообсуждаем.

Коллеги просили запись сегодняшней встречи по alphaGenome:

https://us06web.zoom.us/rec/share/L_MBXkxomB9qokpzBPDmrSBD5OheO46JXXGeN2pteG0vy6lcWOasXFVDOvdRA6IJ.VOrzNdwBwElyyBaX

^?DVga9=

Если у кого-то есть опыт использования - делитесь в комментариях, интересно будет узнать, какие ваши впечатления.

На прошлой неделе у нашей группы вышло несколько статей, и я, по мере возможности, буду о них рассказывать в этом канале.

Первая статья посвящена исследованию границ ТАДов. В контексте этого поста ТАДами я буду называть структуры хроматина, которые образуются при упаковке ДНК белковым комплексом когезином. Можно (очень приближённо) представить себе ТАД как участок ДНК, свернутый в клубок петель. Внутри этого участка гены и их регуляторы сближены, а от соседних районов ТАД частично изолирован.

Зачем нужны ТАДы — вопрос открытый. Кстати, как и вопрос, когда именно они возникли в ходе эволюции. У человека они есть, у курицы — тоже; про остальных позвоночных мы, надеюсь, скоро расскажем в другой работе. А вот у мух и комаров «петлевых» ТАДов нет.

На заре ТАДологии все думали, что без петель гены не смогут встречаться со своими регуляторами. И действительно, несколько громких статей в Nature показали, что нарушения ТАДов ведут к сбоям в работе регуляторов генов развития и болезням — например, появлению лишних пальцев на руке или развитию рака.

Но энтузиазм оказался преждевременным: вскоре выяснилось, что в клетках, мутантных по формирующему ТАДы белку когезину, меняет свою работу лишь небольшое число генов. Мы задались вопросом: дело в конкретной линии клеток? Может быть, остальные гены тоже чувствительны к поломкам ТАДов, просто нужно найти тот «правильный» тип клеток, в котором мы это увидим?

Для ответа на этот вопрос пришлось сломать ТАДы во всех возможных клеточных типах — то есть создать генетически модифицированную мышь, у которой ТАДы разрушили прямо в зиготе, и все клетки этой мыши унаследовали поломку. Проанализировав разные органы, мы обнаружили, что действительно можно найти такие ткани, в которых поломка ТАДов сказывается на работе генов. Но:

1) активность меняется очень слабо, иногда буквально на 20–30 % (нам даже пришлось разработать собственный подход, чтобы детектировать такие изменения);

2) удивительно, но изменения в разных тканях могут быть разнонаправленными — т.е. в одной ткани поломка может вызывать увеличение активности гена, а в другой — уменьшение.

Кстати, мы протестировали современные модели, которые предсказывают активность генов на основе последовательности ДНК — Enformer и (буквально в последний момент перед выходом статьи) AlphaGenome. К сожалению, с предсказанием таких небольших, клеточно-специфичных изменений модели пока не справляются. Как написал нам один из рецензентов:

As a special mention, I appreciate the comparison with the Enformer model, good to see the computers haven't taken our jobs (yet).

Популяризация науки - дело святое.

Рассказываю журналистам, как мы здорово научились делать молекулярную диагностику детям с наследственными заболеваниями (по мотивам вот этой нашей статьи). На вопрос, что планируем делать дальше - рассказываю про наш опыт преимплантационного тестирования, что применим технологию и для поиска мутаций в биоптатах эмбрионов. Получаю текст:

Второе направление — работа с редактированием генетических
поломок у эмбрионов.

А вот если бы я не перечитал внимательно? Представляю, какая хайповая новость бы получилась...

О том, как синтезируют коммерческие олиги.

На скриншоте - NGS двух клонов плазмид, в которые вставляли ПЦР-продукт. В участках под праймерами - систематические замены А на G (заменяются А в случайных местах, но всегда в области праймера, доля замен - на вскидку около 30%).

Т.е. при синтезе олигов капилляр с А плохо помыли, и сыпется около 30% G (или как-то ещё контаминировали A примесью G).

Ну ладно, с плазмидами всегда есть возможность сделать Сэнгера/NGS и проверить. А вот мы (и многие) делают олиги для синтеза gRNA для геномного редактирования напрямую in vitro транскрипцией. А потом мы удивляемся, почему какие-то гайды плохо работают, а в каких-то случаях вылезают неожиданные офтаргеты.

Название фирмы писать не буду, но жалобу им отправим.

В ближайшую пятницу (22 августа) в 13 МСК планируем разобрать эту статью. Если кратко, тут о том, как токенизировать последовательности ДНК, в которых нет очевидных структурных элементов (вроде отдельных слов или корней, как в обычном тексте).

Тут много матана, так что не обещаем доскональный разбор, но мы будем стараться.

Ссылку на зум пришлю ближе к делу.

https://arxiv.org/pdf/2507.07955

Ссылка на встречу для обсуждения статьи

"Dynamic Chunking for End-to-End Hierarchical Sequence Modeling"

https://us06web.zoom.us/j/84771201681?pwd=RlMvdUw5NStIRzNSWDNXc3pQaWxYZz09

13-00 МСК

П. С. Ссылка на запись в комментариях