В ближайшую пятницу (22 августа) в 13 МСК планируем разобрать эту статью. Если кратко, тут о том, как токенизировать последовательности ДНК, в которых нет очевидных структурных элементов (вроде отдельных слов или корней, как в обычном тексте).
Тут много матана, так что не обещаем доскональный разбор, но мы будем стараться.
Ссылку на зум пришлю ближе к делу.
https://arxiv.org/pdf/2507.07955
Тут много матана, так что не обещаем доскональный разбор, но мы будем стараться.
Ссылку на зум пришлю ближе к делу.
https://arxiv.org/pdf/2507.07955
❤11
Вениамин Фишман
В ближайшую пятницу (22 августа) в 13 МСК планируем разобрать эту статью. Если кратко, тут о том, как токенизировать последовательности ДНК, в которых нет очевидных структурных элементов (вроде отдельных слов или корней, как в обычном тексте). Тут много…
Ссылка на встречу для обсуждения статьи
"Dynamic Chunking for End-to-End Hierarchical Sequence Modeling"
https://us06web.zoom.us/j/84771201681?pwd=RlMvdUw5NStIRzNSWDNXc3pQaWxYZz09
13-00 МСК
П. С. Ссылка на запись в комментариях
"Dynamic Chunking for End-to-End Hierarchical Sequence Modeling"
https://us06web.zoom.us/j/84771201681?pwd=RlMvdUw5NStIRzNSWDNXc3pQaWxYZz09
13-00 МСК
П. С. Ссылка на запись в комментариях
Zoom
Join our Cloud HD Video Meeting
Zoom is the leader in modern enterprise cloud communications.
❤11
Поскольку у нас сейчас есть большой грант от университета Сириус я часто бываю в Сочи и стараюсь на выходных выбраться в какое-нибудь красивое место загородом. На этих выходных ездили с семьёй гулять по диким тропам между сёлами Галицыно и Красная Воля.
Маршрут этот хорош тем, что он не проходит по сочинским заповедникам, а поэтому даже в разгар сезона по дороге не встретишь толпы туристов. Меж тем, добраться от университета очень легко - из Адлера до села Галицыно ходит обычный автобус. Проходя через деревню можно посмотреть на местные дачи, увидеть, как во дворах растут виноград, фундук, киви и даже банановые пальмы. Из Голицино хорошо натоптанная тропинка через лес ведёт к каньону Псахо, где придётся пересечь речку (совсем мелкую). А дальше, по руслу пересохшей реки, мы поднялись на пастбища возле Красной Воли. Виды там, нужно сказать, потрясающие - горы возвышаются со всех сторон, луг, на котором пасутся лошади и коровы, и никого вокруг.
Маршрут этот хорош тем, что он не проходит по сочинским заповедникам, а поэтому даже в разгар сезона по дороге не встретишь толпы туристов. Меж тем, добраться от университета очень легко - из Адлера до села Галицыно ходит обычный автобус. Проходя через деревню можно посмотреть на местные дачи, увидеть, как во дворах растут виноград, фундук, киви и даже банановые пальмы. Из Голицино хорошо натоптанная тропинка через лес ведёт к каньону Псахо, где придётся пересечь речку (совсем мелкую). А дальше, по руслу пересохшей реки, мы поднялись на пастбища возле Красной Воли. Виды там, нужно сказать, потрясающие - горы возвышаются со всех сторон, луг, на котором пасутся лошади и коровы, и никого вокруг.
❤17🔥15👍3
Приятный бонус поездки - можно вдоволь наесться дикой ежевики, кизила, яблок, груш - в этом месте их очень много, а на встречу иногда попадаются местные жители с ведёрками наперевес
🔥26👍4
Вениамин Фишман
Photo
Кстати, примечательно название - Красная Воля. Это название жители выбрали в 1925 году - поскольку прежнее название "жидовка" являлось "националистическим и уничижительным". При этом жители посёлка отнюдь не евреи - 60% армян и 40% русских.
Не могу сказать, что мне хотелось бы жить в посёлке "красная воля", но это название уж точно лучше, чем то что было )
Не могу сказать, что мне хотелось бы жить в посёлке "красная воля", но это название уж точно лучше, чем то что было )
🤣25🗿9❤2👍2💯1
10-14 ноября в университете Сириус пройдет Форум генетических технологий «Сириус. ТехноГенетика». Форум организуется первый раз, сейчас активно идет обсуждение того, что там будет. Планируется несколько школ и конференций - по клеточной биологии, генетике, синтетической биологии и т.д.
А я, вспомнив как замечательно когда-то проводили в Сочи "диалоги о геномике", заручился поддержкой Олега Гусева и Бориса Сагалаева и попробую организовать неформальное вечернее мероприятие. Обсудим насущные проблемы в геномике - и просто поговорим в хорошей компании за науку. Присоединяйтесь!
https://siriusuniversity.ru/admission/educational-modules-and-activities/genetika-i-nauki-o-zhizni/forum-geneticheskikh-tekhnologiy-sirius-tekhnogenetika/?clckid=68c25178
А я, вспомнив как замечательно когда-то проводили в Сочи "диалоги о геномике", заручился поддержкой Олега Гусева и Бориса Сагалаева и попробую организовать неформальное вечернее мероприятие. Обсудим насущные проблемы в геномике - и просто поговорим в хорошей компании за науку. Присоединяйтесь!
https://siriusuniversity.ru/admission/educational-modules-and-activities/genetika-i-nauki-o-zhizni/forum-geneticheskikh-tekhnologiy-sirius-tekhnogenetika/?clckid=68c25178
Университет «Сириус»
Университет «Сириус» • Поступление
Форум генетических технологий «Сириус. ТехноГенетика»
❤21👍2
Forwarded from Marat Khamadeev
Всем привет! На нашем Хабре вышла новая статья от научного сотрудника группы дизайна белков AIRI Марии Синдеевой с обзором того, как устроен дизайн белков и какую роль в этом играет глубокое обучение. Кроме того, Мария рассказывает об успехах их команды в этом направлении
https://habr.com/ru/companies/airi/articles/933238/
https://habr.com/ru/companies/airi/articles/933238/
Хабр
Почувствуй себя рибосомой. Как устроен современный дизайн белков
Привет! Это Маша Синдеева, научный сотрудник группы дизайна белков AIRI. Основное направление нашей группы — это разработка ИИ‑моделей для задач, связанных с дизайном белков....
🔥11❤4
Marat Khamadeev
Всем привет! На нашем Хабре вышла новая статья от научного сотрудника группы дизайна белков AIRI Марии Синдеевой с обзором того, как устроен дизайн белков и какую роль в этом играет глубокое обучение. Кроме того, Мария рассказывает об успехах их команды в…
Отличная статья от Марии о том, как коллеги делают in silico дизайн белков
❤10
По отзывам, которые я слышал, Школа Анализа Данных (ШАД) от Яндекса делает один из самых сильных базовых курсов в области ИИ. В этом году коллеги обратили внимание на то, что в ШАД появляется отдельный набор по направлению ИИ в естественных науках, включая биологию и медицину:
https://yandex.ru/company/news/14-08-2025-01
интересно будет узнать отзывы и познакомиться с предподавателями, которые ведут курсы по геномике.
П.С. Набор на курсы до 10 сентября
https://yandex.ru/company/news/14-08-2025-01
интересно будет узнать отзывы и познакомиться с предподавателями, которые ведут курсы по геномике.
П.С. Набор на курсы до 10 сентября
Компания Яндекс
Яндекс запускает новое направление подготовки — «ИИ в естественно-научных исследованиях»
Школа анализа данных (ШАД) Яндекса открывает набор на программу «Искусственный интеллект в естественно-научных исследованиях». Поступить на неё могут магистранты, аспиранты и научные сотрудники, которые занимаются исследованиями в области физики, химии, биологии…
🔥9❤7❤🔥2👍2🤔2
science.adr8470.pdf
3 MB
Deep generative models design mRNA sequences with enhanced translational capacity and stability
На прошлой неделе в Science вышла статья о дизайне ключенвых элементов РНК: 5' и 3' UTRs с параллельной кодон-оптимизацией на основе предобученых трансформеров (модель GEMORNA). Основное целеполагание - создание эффективных РНК-вакцин. Пока успел лишь бегло пробежать, но радует, что авторы провели экспериментальную валидацию и показали увеличение экспрессии в сравнении с другими методами кодон-оптимизации (см. график).
Статью мне ещё предстоит внимательно прочитать - возможно, отдельные элементы будут нам полезны для создания тканеспецифичных векторов для генной терапии или поиска UTRs при аннотации генов. А пока есть краткий пересказ от PCR-news
На прошлой неделе в Science вышла статья о дизайне ключенвых элементов РНК: 5' и 3' UTRs с параллельной кодон-оптимизацией на основе предобученых трансформеров (модель GEMORNA). Основное целеполагание - создание эффективных РНК-вакцин. Пока успел лишь бегло пробежать, но радует, что авторы провели экспериментальную валидацию и показали увеличение экспрессии в сравнении с другими методами кодон-оптимизации (см. график).
Статью мне ещё предстоит внимательно прочитать - возможно, отдельные элементы будут нам полезны для создания тканеспецифичных векторов для генной терапии или поиска UTRs при аннотации генов. А пока есть краткий пересказ от PCR-news
❤17
image.png
32.5 KB
Получил письмо. Написано черным шрифтом на черном фоне. Текст (орфография, пунктуация и вообще содержание), а также вид на скриншоте - все сохранено (чтобы прочитать текст пришлось скопировать в блокнот):
"Здравствуйте! Я ФЕН, 2ой курс, биолог. Очень хочу к вам в лабораторию поработать. Мне очень интересно то, чем вы занимаетесь и хочется начинать набираться опыта. Вот мой номер: 89..... "
"Здравствуйте! Я ФЕН, 2ой курс, биолог. Очень хочу к вам в лабораторию поработать. Мне очень интересно то, чем вы занимаетесь и хочется начинать набираться опыта. Вот мой номер: 89..... "
😁42🤯11❤8🤣6👏2🔥1
Forwarded from Елизавета Елгаева
Описание вакансии
Лаборатория рекомбинационного и сегрегационного анализа ИЦиГ СО РАН ищет биоинформатика или специалиста по статистической генетике.
Мы занимаемся количественной статистической генетикой человека, изучаем генетические факторы риска сложных заболеваний человека. Работаем с широким спектром признаков. Разрабатываем подходы к анализу больших геномных данных. Основные методы, применяемые в лаборатории: полногеномный анализ ассоциаций (GWAS), Менделевская рандомизация, региональный анализ ассоциаций, генетические корреляции, оценка полигенного риск (PRS). В данный момент в лаборатории также ведется работа с анализом транскриптомов и компьютерным зрением для анализа медицинских изображений. Для соискателя не обязательно владеть всеми перечисленными навыками, есть возможность выбрать наиболее близкое направление. Плюсом будет наличие у соискателя кандидатской степени, желания и возможности подаваться на гранты, а также интереса к работе со студентами/преподаванию.
Обязанности
Возможный список методов и обязанностей: GWAS, региональный анализ ассоциаций, Менделеевская рандомизация, статистические тесты и анализ омиксных данных, разработка программного обеспечения, написание грантов и научных статей, работа со студентами. Работа разнообразная, не обязательно иметь опыт со всеми этими методами.
Требования
Знание генетики
Опыт в R и/или Python
Опыт в командной строке и Линуксе
Знание базовой статистики и высшей алгебры
Надежный командный игрок
Не менее трех научных статей
Желателен опыт работы с GWAS
Желательно наличие кандидатской степени
Условия
Официальное трудоустройство на научную ставку
Можно удаленно, но по РФ
Можно парт-тайм
Командная работа по системе SCRUM
Гибкий график работы
Возможность подготовки статей уровня Nature Communications, NAR
Больше информации о лаборатории
Ссылки на профили сотрудников лаборатории: https://assa.icgbio.ru/open/person/921/, https://assa.icgbio.ru/open/person/13/, https://assa.icgbio.ru/open/person/3276/.
Ютуб-канал лаборатории: https://youtube.com/channel/UCWvCBcEcUClc4UxuzwHDmAw?si=AXUtxh1PmOFMXh21.
Онлайн-курс по статистической генетике от нашей лаборатории: https://www.youtube.com/playlist?list=PL-_cKNuVAYAUDyzFahlo-N70tRklxc692.
CV отправлять на адрес statgenomicslab@gmail.com
Лаборатория рекомбинационного и сегрегационного анализа ИЦиГ СО РАН ищет биоинформатика или специалиста по статистической генетике.
Мы занимаемся количественной статистической генетикой человека, изучаем генетические факторы риска сложных заболеваний человека. Работаем с широким спектром признаков. Разрабатываем подходы к анализу больших геномных данных. Основные методы, применяемые в лаборатории: полногеномный анализ ассоциаций (GWAS), Менделевская рандомизация, региональный анализ ассоциаций, генетические корреляции, оценка полигенного риск (PRS). В данный момент в лаборатории также ведется работа с анализом транскриптомов и компьютерным зрением для анализа медицинских изображений. Для соискателя не обязательно владеть всеми перечисленными навыками, есть возможность выбрать наиболее близкое направление. Плюсом будет наличие у соискателя кандидатской степени, желания и возможности подаваться на гранты, а также интереса к работе со студентами/преподаванию.
Обязанности
Возможный список методов и обязанностей: GWAS, региональный анализ ассоциаций, Менделеевская рандомизация, статистические тесты и анализ омиксных данных, разработка программного обеспечения, написание грантов и научных статей, работа со студентами. Работа разнообразная, не обязательно иметь опыт со всеми этими методами.
Требования
Знание генетики
Опыт в R и/или Python
Опыт в командной строке и Линуксе
Знание базовой статистики и высшей алгебры
Надежный командный игрок
Не менее трех научных статей
Желателен опыт работы с GWAS
Желательно наличие кандидатской степени
Условия
Официальное трудоустройство на научную ставку
Можно удаленно, но по РФ
Можно парт-тайм
Командная работа по системе SCRUM
Гибкий график работы
Возможность подготовки статей уровня Nature Communications, NAR
Больше информации о лаборатории
Ссылки на профили сотрудников лаборатории: https://assa.icgbio.ru/open/person/921/, https://assa.icgbio.ru/open/person/13/, https://assa.icgbio.ru/open/person/3276/.
Ютуб-канал лаборатории: https://youtube.com/channel/UCWvCBcEcUClc4UxuzwHDmAw?si=AXUtxh1PmOFMXh21.
Онлайн-курс по статистической генетике от нашей лаборатории: https://www.youtube.com/playlist?list=PL-_cKNuVAYAUDyzFahlo-N70tRklxc692.
CV отправлять на адрес statgenomicslab@gmail.com
👍15🔥7👀1