​​📣❗️ Дорогие коллеги, 19 октября 2023 года состоится очередное заседание Научного клуба ИБХФ РАН❗️

Приглашаются все желающие❗️

Заседание будет посвящено медицинской теме: Поможет ли изучение функциональных элементов генома совершить прорыв в понимании патогенеза заболеваний сердца преимущественно генетического происхождения❓

Перед участниками заседания выступят сразу два докладчика:

✅ Затейщиков Дмитрий Александрович - д.м.н., профессор, Заведующий первичным сосудистым отделением ГБУЗ «Городская клиническая больница №29 им. Н.Э. Баумана ДЗМ», Заведующий кафедрой терапии, кардиологии и функциональной диагностики с курсом нефрологии ФГБУ ДПО «Центральная государственная медицинская академия» УД Президента РФ
и
✅ Иван Киселев, к.б.н., старший научный сотрудник лаб. функциональной геномики сердечно-сосудистых заболеваний НИИ экспериментальной кардиологии НМИЦК им. ак. Е.И. Чазова

Для организации пропусков просим зарегистрироваться по ссылке ✍ или по QR коду из афиши

Более подробная информация о докладчиках - здесь 📎

Объявление в формате pdf 📎

#ИБХФ #ИБХФРАН #научныйклубИБХФ #НаучныйКлубИБХФРАН

Про доступ к публикациям

Так как среди наших подписчиков много студентов, делимся лайфхаками того, как выкачивать публикации (если у института нет доступа) и даже извлекать из этого пользу. Иногда это может превратиться в творческий процесс! Вот список основных:

- google scholar. Часто приводит ссылки на pdf статей на сайтах университетов, ResearchGate, Arxiv и проч. Из полезного - кнопка “Цитировать” даст вам ссылку в формате ГОСТ (привет, отчеты!), а также в bibtex

- Sci-Hub и Nexus. Отправляйте боту чистый doi и получайте свежие статьи этого года

- Sci Journal Club. По запросу коллеги выгрузят невыкачиваемое в течение часа-двух

- Личное обращение. Тут можно как через Colab/ResearchGate, так и через почту. Особенно круто для нетворкинга, можно установить переписку с автором.

Была у админа история, когда статью на немецком 90-х годов с данными пришлось запрашивать напрямую у учеников! основного автора.

Не могу не поделиться шуткой юмора, кто-то узнает в ней себя

NK

А у нас отличные новости!

Вышли две работы магистров Владимира Дещени и Вячеслава Лукьянчука. Как это было:

Осенью 2022 админ выступал на крутой конференции по самоорганизации в "мягких" средах. За лучший доклад пригласили подать статью в Высокомолекулярные соединения - Серия С (один выпуск в год). В итоге с Владимиром Дещеней опубликован миниобзор по моделированию сахаров на временах порядка μs. Мы даже запустили AMBER для тестов производительности наших станций.

А Вячеслав Лукьянчук (он еще и вычматы классно преподает) вместе с коллегами создал атомарную модель ДГАЛ-Cl - перспективного сорбента лития из подземных водных источников (на фото). История у работы интересная. Начальную структуру запрашивали у экспериментаторов. А совсем недавно побывали в Институте проблем геотермии в Дагестане. Там этот самый ДГАЛ-Cl применяется в прототипах установок для добычи лития.

Оба журнала в списке лучших российских научных журналов.

NK

А пока мы в агонии финализировали заявки на РНФ,

Мария Алексеева и Наталья Касапенко поехали в Санкт-Петербург на Всероссийскую конференцию с международным участием «Современные проблемы науки о полимерах». Эта конференция проводится ежегодно Институтом высокомолекулярных соединений, на ней выступают признанные лидеры данной области. Для студентов и аспирантов есть возможность выступить как с постером, так и с устным докладом.

Мария рассказывает работу по керогенам разной степени зрелости. Кстати, РНФ мы подали по этой теме.

А в прошлом году Владимир Дещеня получил диплом этой конференции за лучший постер.

А еще в Институте высокомолекулярных соединений работает сильная группа по атомистическому моделированию полимерных систем под руководством Сергея Владимировича Люлина. Виктор Назарычев летом рассказал нам, как установить AMBER MD.

NK

В чт 23 ноября в Научном клубе ИБХФ ждем профессора молекулярной биологии Принстонского университета, заведующего лабораторией сигнальных механизмов Алексея Коренных. Докладчик будет оффлайн (равно как и чай с печеньками).

В программе обзорный доклад про актуальные тренды в биологии и дискуссия на смежные темы.

Время: 23.11 в 17:00
Место: актовый зал ИБХФ РАН

Регистрация по ссылке до 12:00 23.11

[Q1, Journal of Molecular Liquids, IF=6.633]

Пожинаем плоды 🎉

продолжительной работы по локальной структуре водного раствора 1-4 диоксана.

В начале мы обнаружили, что не существует моделей, способных аккуратно описывать водные растворы органики. ML потенциалы пока отстают по производительности и имеют ряд методических проблем.

Мы долго сопоставляли разные критерии водородных связей. Эта статья в первой версии просуществовала год. Потом мы напряглись и сильно ее доработали.

Иван Бакулин разобрался с сеткой водородных связей. При добавлении диоксана она нарушается, что подтверждается экспериментальными данными по перколяции.

Совместно с Ильей Копаничуком обосновали связь между энтальпией растворения и размерами кластеров молекул в растворе.

Кстати, Grant Smith - автор модели, которая описывает этот раствор лучше всего

🥂🥂🥂

NK

Про методы ML в атомистическом моделировании можно будет узнать много нового в эту среду в 17:00 на семинаре AIRI.

Даже если вы уже слушали Александра на нашем воркшопе в сентябре - всё равно присоединяйтесь, тайминг в этот раз будет шире, плюс в программе дискуссия.

Ссылка на пост с подробностями и регистрацией

Всем привет! К нашим проектам подключается всё больше людей из других подразделений МФТИ и внешних организаций, так что сегодня произошел небольшой ребрендинг. Не пугайтесь и не теряйтесь.

А вместо дежурных новогодних поздравлений у нас для вас маленький подарок в анонсе ниже.

Ежегодная конференции МФТИ всё ближе, и мы рады анонсировать новую секцию
Cовременные методы атомистического моделирования в науках о материалах

04.04 (чт) – заседание в оффлайн режиме в кампусе МФТИ
06.04 (сб) – онлайн формат для тех, кто очень хочет выступить, но не может приехать в Долгопрудный

В программе:
▪️разговоры про методы машинного обучения и атомистическое моделирование
▪️кофе/печеньки
▪️приятная компания

А для поступающих в магистратуру/аспирантуру МФТИ выступление на конференции это еще и возможность набрать дополнительные баллы.

Дедлайн подачи тезисов 01 марта. Регистрация по ссылке. По любым вопросам как обычно computational.mipt@gmail.com

А мы напоминаем, что завтра (01.03) последний день подачи докладов на конференцию МФТИ и, в частности, на секцию "Современных методов атомистического моделирования в науках о материалах".

Помимо самих тезисов надо загрузить скан согласия на публикацию с подписями авторов, так что не откладывайте всё на последние минуты до полуночи.