А вы знаете, что вычислители придумали для себя специальную нобелевку?

Gordon Bell Pize присваивается (1987-2015, 2015-2022) за успехи в разработке алгоритмов и оптимизации суперкомпьютерных расчетов, включая и атомистическое моделирование.

В 2009 расчеты порядка 1000 микросекунд! в биологии - впечатляет даже сегодня! Коллектив DE Shaw Research представляет суперкомпьютер Anton, созданный для молекулярной динамики.

В 2014 эти же ребята побеждают с Anton 2, который считает в разы быстрее своего предшественника. А в 2021 уже Anton 3 позволяет рассчитывать 20 микросекунд до полудня!

Такие масштабы времени необходимы для наблюдения редких событий. Например, структурных перестроек белков и транспорта ионов через мембрану клетки. Фолдинг белка в прямом расчете - до сих пор очень амбициозная задача. На этот счет у DeepMind есть ответ в виде AlphaFold.

Скоро с Лабораторией компьютерного дизайна материалов проведем семинар по AlphaFold и их статье по предсказанию структуры белков в USPEX.

Ждите новостей!

Как и обещали - всех приглашаем на совместный семинар по AlphaFold и статье друзей из Лаборатории компьютерного дизайна материалов по предсказанию структуры белков при помощи эволюционных методов в программе USPEX.

Предсказание структуры белков методами машинного обучения by Паша Рачицкий (ШАД, GlowByte Consulting)

Время: 29.03 (среда) 17:00
Место: Арктика поточная, 4 этаж
Трансляция: https://us02web.zoom.us/j/83482973961?pwd=cU1rd3lCTUJjSjJkMGFQeFpJYnlLdz09

Идентификатор конференции: 834 8297 3961
Код доступа: 287717

#семинары

Рассказы про компьютерное материаловедение

Всех студентов, которые хотели бы послушать про компьютерное моделирование новых материалов, приглашаем присоединиться к нашим камерным посиделкам в это воскресенье (09.04).

В программе короткие (10-20 мин) обзорные выступления от нас и наших друзей (темы см. на постере).

А еще, если вас мучают вопросы об аспирантуре, научной карьере и любых сопутствующих процессах, их можно заранее отправить через анонимную форму. Постараемся в финале на них ответить (или хотя бы расскажем пару баек из личного опыта на тему).
https://forms.gle/V7PP4rbiNqCegEuY9

[Q1 WoS, Scopus]
Kondratyuk, Ryltsev, Ankudinov, Chtchelkatchev “First-principles calculations of the viscosity in multicomponent metallic melts: Al-Cu-Ni as a test case”

Измерение вязкости расплавов - сложная задача, необходимая в науке и промышленности. Например, быстрый рост вязкости свидетельствует о процессе стеклования жидкости. Многие стремятся рассчитывать это свойство, а эксперименты проводить для верификации.

Вы спросите: “Это канал физики мягкой материи. Причем тут металлы?”. Ответ простой: вычислительные методы и законы статистической физики универсальны.

Наши коллеги из института физики металлов и института физики высоких давлений методами машинного обучения создали потенциал, описывающий взаимодействие в расплавах Al-Cu-Ni с первопринципной точностью. А мы провели расчеты вязкости, которые неплохо совпали с экспериментом.

Подробности в статье.

P.S. Недавно мы написали обзор по вязкости в УФН

Если вы недавно защитили кандидатскую (или близки к тому), но в голове постоянно вертится классический вопрос "а не фигню ли я делаю?" -- это мероприятие может помочь.
Наши хорошие знакомые из ИТМО проводят в июне недельный интенсив по поиску себя в науке. Он про развитие карьерной траектории, поиск перспективных направлений, руководcтво научным коллективом и многие другие важные вещи, которым, увы, не учат в аспирантуре.

Регистрация продлена до 11 мая

А те из вас, кто уже принимал участие в Школе (я знаю, вас тут немало), могут смело оставлять комментарии под постом)

Часто дефекты ассоциируются с какими-то недостатками, требующими исправления, но только не в графене. Различные точечные и линейные дефекты могут улучшать его электронные свойства, облегчать адсорбцию реагентов, ускорять гетерогенный перенос электрона. Сергей Павлов выступит у нас с докладом:

Исследование электрокаталитических свойств дефектов в графене методами атомистического моделирования by Сергей Павлов (ОИВТ РАН)

Время: 25.05 (четверг) 16:00
Место: 202С, Лабораторный корпус, 2 этаж

Доклад посвящен многомасштабному моделированию (MD, DFT) влияния точечных и линейных дефектов в графене на его электрокаталитические свойства.

#семинары

Где искать информацию о полезных семинарах и конференциях?

На семинаре по компьютерному материаловедению нас спросили о площадках и ресурсах, интересных для посещения. Приводим список (будет пополняться):

1) @Colab.ws и @ivoryzoo регулярно публикуют анонсы о российских конференциях. На сайте Colab.ws есть отличная база конференций с сортировкой по тематикам;

2) НЦФМ - многообещающая площадка. Они анонсировали несколько летних воркшопов, в том числе по суперкомпьютерам. Вас свозят на экскурсию в Ядерный Центр и подарят крутой мерч;

3) CECAM - традиционная европейская площадка по моделированию. Помимо оффлайн-событий, есть регулярные онлайн воркшопы;

4) Psi-k - воркшопы по первопринципному моделированию и квантовой механике;

5) Вебинары MedeA, на которых можно узнать о применении методов моделирования в индустрии. Картинка в посте как раз с выступления Volkswagen;

6) Bioexcel - вебинары по молекулярному моделированию в биологии.

Дополняйте в комментариях

Нетрадиционная нефть, керогены и блуждания метана в керогене.

В исследовании керогенов, основной органической составляющей сланца, заинтересованы ученые и нефтегазовые компании. Экспериментально структуру разрешить крайне сложно. Соотношение H/С, O/C, S, N в керогене зависит от первоисточника (водоросли, планктон, растения). На фото - диаграмма Ван Кревелена.

С одной стороны, моделирование может прогнозировать корреляции структура-свойство керогенов, с другой - помочь в описании процессов, происходящих внутри. Так, в 2015 были предложены модели керогенов разных типов зрелости на основе экспериментов и расчетов. В 2019 методами реакционной МД группой из нефтяной компании Saudi Aramco рассчитаны механические свойства керогена II типа, а в недавней статье рассмотрено использование сверхкритического CO2 для повышения газоотдачи метана.

Мы тоже ведем работы по упругим свойствам керогенов (два месяца искали структуру🤦🏻‍♂️) и описанию диффузии метана в керогене совместно с Алексеем Хлюпиным.

Приглашаем на обзорный семинар-знакомство по различным Research направлениям команды Алексея Хлюпина, плотно работающей с нефтегазовыми компаниями. На повестке следующие темы:

●Моделирование смесей СO2 и углеводородов в нано конфайнменте
●Влияние шероховатости на нано масштабе - классические системы и ионные жидкости
●Совместное моделирование с помощью classical DFT и MD открытых систем для предсказания PVT и транспортных свойств флюидов в нанопорах
●Data driven подходы для ускорения classical DFT расчетов
●Переход на масштаб системы пор с помощью Pore Network моделей для предсказания свойств гетерогенных сред
●Стохастическая реконструкция гетерогенных сред и перспективы использования для масштабирования расчетов
●Текущие исследования группы и перспективные темы для коллаборации

Время: Эта пятница (09.06) в 11:00
Место: Главный Корпус, 432

#семинары

💡Как генеративный ИИ может обогатить научно-техническую сферу? Разбор возможностей ChatGPT-4 от Славы Лукьянчука, регулярно оплачивающего подписку!💡

"Взрослую" версию ChatGPT-4 с плагинами можно применять в рабочем процессе. Давайте заглянем под капот некоторых кейсов ChatGPT-4 и полезных плагинов.

🧩 Что такое плагины и как они работают?
Плагины позволяют ChatGPT общаться с различными сторонними сервисами (Wolfram, Bing, Google Sheets). Отличительная особенность - пользователь словно ведет обычный разговор в формате переписки, а ChatGPT сам обрабатывает этот запрос, понимая, что от него требуется и какую информацию предоставить пользователю.

🧮 Взаимодействие с Wolfram - лёгкость и эффективность
Wolfram, без сомнения, является одним из самых полезных. С этим дуэтом вы сможете не только быстро находить экспериментальные данные в различных областях, но и выполнять нетривиальные вычисления - от интегрирования до преобразования формул. Этот плагин полностью нивелирует любые ошибки ChatGPT в области математики. В добавок, Wolfram отлично визуализирует полученные результаты. Примеры доступны по ссылке 1 и ссылке 2 (VPN необходим для доступа).

👨‍💻 Кодирование сложных алгоритмов с Mathpix
Необходимо быстро реализовать определённый алгоритм в коде? С помощью Mathpix вы можете в пару кликов получить markdown любого технического текста, даже рукописного, с высокой точностью. Затем этот текст можно просто «подать» ChatGPT и попросить запрогать. Увеличенный вдвое запас «контекстной памяти» ChatGPT-4 позволяет реализовывать достаточно сложные алгоритмы.

🎨 Помощь в визуализации
Часто на создание качественной графики просто не остаётся времени. ChatGPT может сделать это за вас. Вот пример визуализации работы метода прогонки для решения уравнений в частных производных, доступный по ссылке. Координаты для анимации, прикрепленной к этому посту, также были сгенерированы с помощью ChatGPT.

📑 Ручное форматирование с Bing
Устали переформатировать ссылки при подаче тезисов на конференцию? Просто предоставьте свои «сырые» ссылки ИИ, и на выходе получите их в нужном формате. Пример доступен по ссылке. Здесь, после первого запуска, осталось лишь добавить обратные слэши.

Небольшой статистики пост - Soft Cluster

Не успели мы и оглянуться, как на наших станциях было запущено больше 2000 задач за полгода!🥳

Встречаем лидеров:

1 место: Владимир Дещеня (deshchenya)
2 место: Денис Потапов (d), Олег Кашурин (kashurin), Георгий Вандышев (vandyshev)
3 место: Мария Алексеева (alekseeva)

А знаем мы это потому, что Илья Федоров поставил систему OpenHPC, которая помогает администрировать узлы и распределять задачи в очередь. За это мы ему очень благодарны!

В эти полгода со станциями приключалось всякое. На физтехе выбивало электричество, слетала файловая система. Илья все восстановил. С наступлением весны мы резко поняли, что кондиционер в серверной не справляется и нужен еще один. Тут помогла Физтех-школа.

А сейчас мы покупаем ИБП, чтобы все совсем стало по фэншую. 🧘🏻