رویکرد مطالعات سیستمز بیولوژی


@mehr_ameri

داده های امیکس که برای مطالعات سیستمز بیولوژی استفاده میشن مثل:

- ژنومیکس
- ترنسکریپتومیکس
- پروتئومیکس
-متابولومیکس
- اپی‌ژنومیکس
- هر مدل امیکس دیگه


✅ معمولا از ترنسکریپتوم استفاده میشه، اونم به چند دلیل:

- راحت تر میشه به دست آوردش و تکنولوژی های مربوط به ترنسکریپتوم در دسترس تر هستن
- سال‌هاست که تکنولوژی های مربوط به الگوی بیان ژن باعث تولید حجم انبوهی اطلاعات از این دست شدن و دیتای زیادی توی دیتابیس ها به شکل رایگان وجود دارن
- اطلاعات نسبتا مفیدی رو در اختیار قرار میده چون ژن قبلا ازش محصولی تولید شده
- مسیرهای کاری متعددی برای آنالیز و کار با این مدل دیتا در دسترس هست



❌ باگ اصلی ترنسکریپتوم:

اگه با RNA های کدشونده کار داشته باشیم، چون در سطح RNA داریم مانور میدیم، تایید ژن هایی که به عنوان نتیجه نهایی بهشون میرسیم امر مهمیه، چون در سطح پروتئین هنوز تایید نشدن



مثلا اگر از روی داده ترنسکریپتوم ژنی رو به عنوان مارکر توی یک بیماری معرفی کردیم، Validation این مارکر خیلی مهم میشه



⭕️ درسته که رونویسی صورت گرفته، اما تضمینی نیست که پروتئین نهایی هم عملکردی تولید شده باشه





#سیستمز_بیولوژی



@mehr_ameri

اگه دوست دارید وارد فیلد آنالیز داده‌های RNA-Seq بشید و شرکت توی دوره‌های آموزشی براتون مقدور نیست، این مقاله یک راهنمای خوب هست که ذهنتون رو برای آنالیزهای پایه‌ای باز می‌کنه. توی ژورنال معتبری هم به چاپ رسیده.



#RNASeq



@mehr_ameri

موفق باشید آخرش کامل نیوفتاد 😂

بهترین ابزار برای آنالیز داده های RNA-Seq


@mehr_ameri

اگر با هر دوره ای پیش میرین یا حتی به صورت خودآموز اندک تجربه‌ای در برنامه نویسی R دارین، مطالعه این کتاب رو بهتون توصیه میکنم.



کمک میکنه توی R برای آنالیز داده‌های مختلف، خیلی قوی‌تر پیش برین



⭕️ اگر هیچ تجربه برنامه نویسی ندارین این کتاب و کتب دیگه ممکنه روند آموزشی رو براتون سخت و فرسایشی کنن (نه الزاما، ولی این احتمال هست و موارد مشابهی رو دیدم)




✅ بهترین مورد برای شروع برنامه نویسی و تسریع فرآیند یادگیری R و هر زبان دیگه‌ای، پیش رفتن با یک دوره یا کلاس آموزشیه و به موازات اون خوبه که کتاب و منابع توی اینترنت رو برای تقویت سطح دنبال کنید.



@mehr_ameri

چون عزیزانی درخواستش رو داشتن این اواخر 👆

آموزش لینوکس - درس اول:

برای ورود به دنیای لینوکس، در ابتدا لازم است با دو مفهوم بنیادین آشنا شویم:


- سیستم عامل (Operating System یا OS)
- کرنل (Kernel)


سیستم عامل یک فضای نرم افزاری است که کار ارتباط ما با سخت افزار (رم، CPU و …) را وساطت می‌کند. روشن و خاموش کردن کامپیوتر، اجرای برنامه‌ها و... به واسطه سیستم عامل انجام می‌شود.


حال Kernel چیست؟ Kernel همان هسته و قلب یک سیستم عامل است. کرنل اجازه دسترسی نرم افزارها به سخت افزارها را داده و تصمیم می‌گیرد که چقدر از منابع سخت افزاری، در اختیار یک برنامه قرار گیرد. در حقیقت کرنل همه چیز را در سیستم عامل کنترل می‌کند.


نکته: دلیل اینکه نرم افزارهای مختلف (مثلا ویندوزی و اندرویدی) بر روی سیستم عامل اختصاصی خود نصب و اجرا می‌شوند، به دلیل کرنل‌های متفاوتی است که در آن‌ها قرار گرفته است.


نکته مهم: لینوکس در حقیقت یک Kernel است، نه سیستم عامل. زمانی که آن را دریافت کردیم، بخش‌های دیگر نرم افزاری و رابط گرافیکی به آن اضافه می‌شود تا تبدیل به یک سیستم عامل گردد.


#لینوکس


@mehr_ameri

مسیر کاربر به سخت افزار



@mehr_ameri

در مورد چرایی تصمیم به شروع آموزش لینوکس هم بگم که شما به عنوان بیوانفورماتیشن، با همون ویندوز و مک می‌تونین کارهای بسیار خوبی رو در حد پروژه‌های خودتون انجام بدین، اما اگر هدف‌تون متمایز شدن از سایرین باشه و بخواین در یه سطح خیلی حرفه‌ای کار کنین، از یه جایی به بعد ورود به لینوکس می‌تونه مفید باشه. این سلسله آموزش هم در کانال با همین هدف هست که انگیزه یادگیری این محوریت رو در شما ایجاد کنه، چون اگه به دنبال ادامه مسیر شغلی‌تون در بیوانفورماتیک باشید، قطعا دونستن لینوکس یک مزیت به حساب میاد.

سعی می‌کنم روزانه بین کارهام نکاتی رو از لینوکس براتون اینجا بنویسم تا برسیم به بخش‌های مرتبط با Bash و ببینیم چه مدلی می‌تونیم ادامه سرفصل‌ها رو پیش ببریم که کارامد باشه

میخواستم ساعت ۹ براتون چند بخش از لینوکس رو بگذارم، خبر ممنوع الخروجی دانشجوهای وزارت بهداشت که طرح اجباری دارن، شدیدا برای ساعاتی مغزم رو همراه با چالش های اساسی کرد.




الان تا حدی با قضیه کنار اومدم و دارم سعی میکنم نکات رو دسته بندی کنم، احتمالا پیام هایی که می‌گذارم از ساعت 00:00 رد میشن، چون فردا ممکنه فرصت نشه و بهتره همین امشب نکات رو براتون قرار بدم.



پیشاپیش از اینکه ممکنه دیر وقت براتون نوتیف بیاد (اگر چنل رو میوت نکردین) پوزش میخوام 🙏

آموزش لینوکس - درس دوم:

می‌توان گفت مهم‌ترین ویژگی لینوکس رایگان بودن و متن باز بودن آن است. متن باز یا همان Open Source به این معنی است که شما به کدهای اصلی آن دسترسی خواهید داشت و می‌توانید با توجه به نیاز خود، اقدام به شخصی سازی لینوکس کنید.



نکته مهم: متن باز بودن یک نرم افزار الزاما به معنی رایگان بودن آن نیست. شما در نرم‌افزارهای متن باز، به کد برنامه دسترسی دارید، اما ممکن است به طریقی مجبور به پرداخت هزینه برای استفاده از نرم افزار باشید.



همین مسئله سبب شکل‌گیری یک Community بزرگ پیرامون لینوکس طی سالیان قبل گشته است. افراد و تجارت‌های مختلف به واسطه نیاز خود از لینوکس در انواع پروژه‌های گوناگون بهره برده‌اند و به پیشرفت آن کمک چشم‌گیری داشته اند.



لینوکس بدون آن‌که از آن اطلاعی داشته باشیم، بخش بزرگی از زندگی جوامع انسانی را به خود اختصاص داده است. تلفن همراه اندرویدی شما مبتنی بر لینوکس است. تلویزیون‌های هوشمند، ماشین‌های خودران، سرور بسیاری از وبسایت‌ها به خصوص وبسایت‌های وردپرسی و بسیاری موارد دیگر همگی مبتنی بر لینوکس کار می‌کنند.




#لینوکس


@mehr_ameri

آموزش لینوکس - درس سوم:

لینوکس به این دلیل شکل گرفت که خالق آن به مطالعه کدهای سیستم عامل Unix علاقمند شده بود، اما به دلیل بسته بودن Unix و عدم امکان دسترسی به کدهای آن، آقای Linus Torvalds در یک پروژه تفریحی سبب خلق لینوکس شد. بعد از خلق لینوکس، به شکل رایگان و با امکان دسترسی به سورس اصلی کد، عموم مردم توانستند از آن استفاده کنند. از آن‌جایی که Unix در آن زمان بسیار گران بود و دسترسی به آن امکان پذیر نبود و آقای لینوس توروالدز نیز به دنبال سیستم عاملی مشابه Unix بود، لینوکس بسیار شبیه به Unix است.



رایگان بودن و متن باز بودن لینوکس، سبب شکل گیری توزیع‌های لینوکس طی دهه‌های قبل شد. انواع لینوکس یا توزیع لینوکس (به اختصار distro که از distribution گرفته شده است)، مجموعه ای از سیستم عامل‌های مختلف بر پایه لینوکس است. امروز صدها توزیع لینوکس در دسترس همگان است. حتی شما نیز می‌توانید بسته به نیاز خود یک توزیع از لینوکس را ایجاد کنید.



از معروف‌ترین دیستروهای لینوکس، می‌توان به Ubuntu اشاره کرد که احتمالا اسم آن را شنیده اید. خود Ubuntu نیز بر پایه دیسترو دیگری به نام Debian ایجاد شده است.



نکته: شکل گیری یک دیسترو جدید الزاما به معنی مشتق شدن از لینوکس به شکل مستقیم نیست. مانند مثال اشاره شده، یک دیسترو می‌تواند از دیسترو دیگری نیز مشتق شود.



نکته مهم: شما برای شروع یادگیری لینوکس، لازم است یکی از دیستروهای آن را بسته به نیاز خود نصب کرده و اینکه کدام یک از توزیع‌ها بهترین انتخاب است، بسته به پارامترهای گوناگونی‌ است که در درسنامه بعد به بررسی آن‌ها خواهیم پرداخت.





#لینوکس


@mehr_ameri

✳️ برای مشاهده دیستروهای لینوکس می‌تونین از لینک زیر استفاده کنید:


https://distrowatch.com


@mehr_ameri

فان فکت


🐍 زبان پایتون هم یه پروژه تفریحی بود و خالقش توی اوقات فراغت و برای سرگرمی ایجادش کرد.


❇️ الان توی تمام پروژه های مهم دنیا، پایتون و لینوکس دو عنصر بسیار حیاتی و مهم‌ان و بخش عظیمی از زندگی نرمال بشر امروزی وابسته به این دوتاست.


پند اخلاقی: پروژه‌هایی که برای سرگرمی انجام می‌دین، شانس اینو دارن که دنیا رو متحول کنن. پس لازم نیست همیشه هم خیلی همه چیز رو جدی بگیرین. فقط شروع کنین و با کاری که دوستش دارین خوش بگذرونین


@mehr_ameri

این هفته اندازه یک ماه کار کردم و مغزم به شکل غیر قابل وصفی خسته شد، تازه امروز کمی داره تلاششو میکنه که بهبود پیدا کنه، ولی جالبه که حس خوبی دارم از کارهای این هفته 😂





امروز رو درگیر یه پروژه هستم که باید تموم بشه تا آخر شب (خدایا انرژی و تمرکز عطا کن 🙏)، اگر عمر باقی بمونه، درسنامه های جدیدتر لینوکس رو تا آخر شب براتون میفرستم.