یکی از زیباترین بخش‌های مطالعاتی توی بیوانفورماتیک،‌ درک ساز و کار الگوریتم‌های مختلف برای انجام کارهای به خصوصه. صدها الگوریتم جذاب بیوانفورماتیکی که مدام هم به تعدادشون اضافه میشه و مغز آدم رو به درد میارن موقع مطالعه (جذابیتش در همینه که سخته 😂). اگه بدونین فقط برای Alignment کردن توالی‌‌ها، چندتا الگوریتم بیوانفورماتیکی وجود داره، مغزتون سوت میکشه. هرکدوم هم ویژگی‌های خاص خودشونو دارن.

از چند سال پیش که شروع کردم به مطالعه این الگوریتم‌ها، یه دنیای جدید پیش روم قرار گرفت و انگار در مورد هر آنالیز و کار بیوانفورماتیکی، خیلی خیلی شفاف‌تر می‌تونستم فکر کنم. البته که به واسطه گستردگی بیوانفورماتیک، منطقی نیست تمام این الگوریتم‌ها رو زیر و رو کنیم، اما بسته به فیلد کاریمون، اگه فقط چندتا از مهم‌هاشون (توی فیلدی که مشغول به کار هستیم) رو خوب مطالعه کنیم و از ساز و کارشون سر در بیاریم، متوجه میشیم چقدر در مورد یه سری چیزا اشتباه فکر می‌کردیم و باید چطور به مسائل نگاه کرد.

باگ اصلی پروژه‌های بیوانفورماتیکی که بچه‌های با بیس بیولوژی انجام میدن،‌ پیروی از یه سری پروتکل آماده بدون توجه به منطق پشتشونه. بسیار بسیار بسیار بسیار بسیار و بسیار بسیار بسیار چیزای مختلفی رو مازاد بر فقط انجام اون کار میشه مطالعه کرد. صد البته که این موضوع به خاطر تنبلی فرد نیست و خیلی‌ها دوست دارن که بخونن، اما نمی‌دونن از کجا و چطور... سعی می‌کنم براتون از ساز و کار چندتا از الگوریتم‌های مختلف هم بگم تا منطق پشتشون رو بهتر درک کنید.

دنیای جذابیه...

یه دسته بندی از انواع الگوریتم‌های مخصوص Sequence Alignment رو که داشتم روش کار می کردم، براتون توی وبلاگ گذاشتم (فقط ببینین چندتا داریم!). در اسرع وقت ساز و کار چندتا از پرکاربردترین‌هاش رو براتون توضیح میدم.



مطالعه

حالا فایده درک و یادگیری این الگوریتم‌ها چیه؟

اینه که می‌تونید نرم‌افزارهای مختلف بیوانفورماتیکی رو به واسطه‌شون توسعه بدین.

مثلا این ویدئو، یه پروژه شناسایی جهش‌های نقطه‌ایه که من چند سال پیش کار کرده بودم. البته اول با Streamlit توی پایتون نوشته بودمش و شکل و شمایل دیگه‌ای داشت.

اما چون الان قرار هست آنلاین بشه، با کمک جنگو توی پایتون نوشتمش که ظاهر حرفه‌ای‌تری داشته باشه و قابلیت‌های جالب‌تری هم بهش اضافه شده ( مثل خروجی گرفتن فایل CSV جهش‌ها و البته اتصال به یه سری دیتابیس‌های شناسایی نوع بیماری مبتنی بر جهش که توی یه ورژن دیگه‌اش هست و داخل فیلم نمایش داده نشده).

کافیه چندتا نرم‌افزار بیوانفورماتیکی رو بسازید و این الگوریتم‌ها رو در اون نرم‌افزار پیاده‌سازی کنید. خیلی خیلی خیلی مزایای علمی خوبی می‌تونه براتون به همراه داشته باشه.

این نرم‌افزار و چند نرم‌افزار دیگه هم قرار هست توی سایت مرکز تحقیقات بیوانفورماتیکمون آنلاین بشن که لینکشو بعد از آپلود براتون میذارم تا توی پروژه‌هاتون ازشون استفاده کنید.

مقاله‌ای نو و تازه نوشتیم برایتان:


مطالعه

در توییتر اگر هستین، این روزا بیشتر اینجا و اونجام به جای اینستاگرام 😄:

https://x.com/MehrdadAmeri/status/1851916494289993760

یه وب اپلیکیشن خوب برای کارهای امیکس محور، برای درک ساز و کارش مقاله‌اش رو بخونین حتما

وقتی صحبت از ساخت نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی میشه، منظور این نیست که هر نرم‌افزار یک آنالیز یا کار خارق‌العاده و جدید رو پیشنهاد کنه و انجام بده.


خیلی‌ها:
- با پیاده‌سازی آنالیزهای مختلف تحت کد در یک نرم‌افزار با رابط گرافیکی
- ساده‌سازی دسترسی به اون‌ آنالیزها
- یا حتی ایجاد ارتباط بین آنالیزهای مختلف،

یه ابزار در دسترس و خیلی کاربردی رو ارائه می‌کنن که هم مقاله‌اش جای خوبی به چاپ می‌رسه و کاربردی هست، هم پروژه‌ای هست که پتانسیل دیده شدن بالایی داره.


مثل این مقاله که براتون فرستادم


مسیر ورود به این فیلد کاری هم اول درک خود دنیای بیوانفورماتیک هست، دوم یادگیری زبان‌های R و پایتون و اندکی دانش طراحی سایت (اگر قراره به شکل یک وب اپلیکیشن منتشرش کنید).

خیلی اوقات توی بیوانفورماتیک، ساخت و انتشار فقط یه نرم‌افزار این مدلی، به اندازه ده‌ها کار آنالیزمحور تکراری ارزشمنده


یه نرم‌افزار کاربردی که نیاز کاربرای زیادی رو برطرف کنه، می‌تونه تا ده‌ها هزار سایتیشن رو دریافت کنه، درحالی که ۱۰۰ تا مقاله آنالیزمحور تکراری، روی هم ممکنه چنین میزان سایتیشنی رو دریافت نکنن.


⭕️⭕️ قطعا افراد شاخص توی بیوانفورماتیک، به خاطر همون یکی دوتا نرم‌افزاری که ساختن یا آنالیزهای مختلفی که پیشنهاد دادن شناخته شده هستن، نه به خاطر انجام هفته‌ای یه پروژه و آنالیز جدید

خب عزیزان ثبت نام در مسترکلاس سرطان شناسی شروع شد...



لطفا برای ثبت نام رایگان، از طریق لینک زیر اقدام کنید و حتما به کانال تلگرام دوره هم اضافه بشید، چون لینک جلسات اونجا قرار میگیره



ثبت نام


.

خب ۱۰۰ نفر ثبت نام رو در کمتر از ۲ ساعت رد کردیم


خیلی ممنونم ازتون ❤️


اینو بگم که درسته بیشتر جلسات رو من در خدمتتون هستم، اما دو استاد بزرگوار از مرکز تحقیقات سرطان هم توی این دوره تدریس خواهند داشت:



✅️ پروفسور قادری رئیس مرکز تحقیقات سرطان شناسی و متخصص ایمونولوژی
✅️ دکتر امین رمضانی دانشیار بیوتکنولوژی پزشکی



احتمالا در خدمت اساتید دیگه‌ای هم باشیم...

سلام عزیزان
روزتون بخیر



⭕️ اگه توی مسترکلاس سرطان شناسی ثبت نام کردین ولی هنوز به کانال تلگرام دوره اضافه نشدین، لطفا از طریق لینک زیر حتما وارد کانال بشید، چون لینک هر جلسه فقط توی کانال زیر قرار داده میشه:



لینک کانال


👇

یه درس مهم و بزرگ


آدما همیشه به صحبتی گوش میدن و میپذیرنش، که درکش کنن...


با هرکسی قصد مذاکره و همکاری داشتید (مثلا یه استاد یا کارفرما)، محتوای صحبتتون رو به شکلی پرزنت کنید که اون فرد خوب درکش کنه


امکان نتیجه نگرفتن ازش خیلی کمه...

۲۴ ساعت برای یه روز کمه...

اینکه به دستاوردهاتون افتخار کنید خیلی خوبه... به آدم انگیزه ادامه دادن میده...

⭕️ اما اینکه به واسطه دستاوردهاتون بقیه رو تحقیر کنید یا خودتون رو از اون‌ها بالاتر بدونید، یکی از سخیف‌ترین کارهای ممکنه...

همیشه خوبه آدم این رو فراموش نکنه که اگه به جایی رسید، دلیل بر این نیست که از بقیه خیلی بهتر بوده. همیشه افرادی بهتر از ما هستن که فقط نخواستن به هر دلیل در جایگاه ما باشن.

اگر رتبه ۱ کنکور شدید، ممکنه به این دلیل باشه که اونی که از شما بهتره، نخواسته اون سال امتحان بده...

اگر توی یه دانشگاه با اسم و رسم‌دار و بزرگ درس می‌خونید، ممکنه به خاطر این باشه که کسی که از شما بهتر هست، بنا به دلایلی، ترجیح داده اون دانشگاه انتخابش نباشه...

و خیلی مثال‌های دیگه...

قطعا این مباحث، زیر سوال بردن توانایی افرادی که به یه جایگاهی رسیدن نیست، اما احتمالاتیه که همیشه باید به خودمون گوشزد کنیم و با دستاوردهامون، نگاه از بالا به پایین به بقیه نداشته باشیم...

یه مورد اعجوبه دیدم که لازم شد این رو بگم!

عجب هفته ای بود...

بچه ها ببخشید این چند روز نتونستم پیام‌ها رو پاسخ بدم، بی وقفه کار پشت کار و نشد حتی یه بار هم طی هفته پیج اینستامو چک کنم


یه عالمه دایرکت و پیام توی تلگرام اومدن که یکی یکی سعی میکنم پاسخ بدم...


معذرت میخوام بابت تاخیر در پاسخ‌گویی ❤️

حالا همین الان که ما درگیر هزارتا کار و پروژه هستیم، بیتکوین و بازار کریپتو باید اینطوری بشه 😂

راستی فردا اولین جلسه مسترکلاس سرطان رو شروع میکنیم...


شنبه ها مجدد جذاب میشه... 😂


اگه ثبت نام نکردین، حتما تا فردا قبل از شروع کلاس، ثبت نامتون رو کامل کنین تا بتونین توی جلسات آنلاین، شرکت کنین ❤️

"کنج آزمایشگاه"، خیلی خیلی خوبه...







🧬🎙️

سرویس ایمیل دانشگاه اصولا یه جوری طراحی شده که تو نتونی واردش شی 😂

من تا حالا توی مسابقات علمی شرکت نکرده بودم (چه المپیادها، چه جشنواره‌های علمی مختلف و...)، و توی سال‌های دانشجویی تا الان، بیشتر برای جشنواره‌های فرهنگی هنری کار میکردم (اغلب تئاتر)...


چند ماه پیش با چندتا از دوستانم، توی یه مسابقه استارتاپی شرکت کردیم...


مثل اینکه طرحمون بین طرح‌های منتخب برای دریافت گرنت فناورانه قرار گرفته...


پروژه‌مون هم یه نرم افزار مبتنی بر هوش مصنوعی برای غربالگری و کنترل سرطان معده بود...

بازپخش جلسه اول




مشاهده