Всё понимаю, название статьи должно привлекать внимание, какое-нибудь "A review of the latest developments in the algorithms for..." никому читать не хочется. Но не надо же, блядь, до кликбейта доходить. "19 сомнительных способов посчитать предельное правдоподобие".

"БИОИНФОРМАТИКИ СКРЫВАЮТ: ДЛЯ ОЦЕНКИ ПРЕДЕЛЬНОГО ПРАВДОПОДОБИЯ ДОСТАТОЧНО ПРОСТОГО СОВЕТСКОГО..."
"УЧЁНЫЕ ВЗДРОГНУЛИ, КОГДА УВИДЕЛИ, ЧТО ЛЕЗЕТ ИЗ ЭТОЙ ПРОГРАММЫ"
"В 2020 ГОДУ РОССИЯНАМ ЗАПРЕТЯТ ИСПОЛЬЗОВАТЬ МСМС"

В генетической инженерии есть один неприятный момент: созданная тобой бактерия начинает эволюционировать. Все механизмы контроля, которые в неё можно запихнуть (разные там уязвимости или отсутствие ключевых метаболических путей и, следовательно, зависимость от специальных сред) - они по сути своей невыгодны для организма и поэтому любая мутация, которая от них избавляет, быстро закрепится в популяции. А хочется, наоборот, чтоб объект оставался ровно в том виде, в каком ты его создал. А то мало ли, зомби-апокалипсис устроит или там экосистему разнесёт.

Статья в NAR предлагает не мелочиться и создать новый генетический код, то есть сопоставить ДНКовую последовательность белковой вообще не так, как оно есть в природе. В чём фишка: любой существующий код устроен так, что мутация одного нуклеотида с приличной вероятностью либо вообще ничего не поменяет в белке (потому что многие аминокислоты кодируются более чем одним кодоном), либо поменяет что-то незначительное (заменит, скажем, CTA|лейцин на ATA|изолейцин, офигеть событие). А вот если сделать такой код, в котором большая часть кодонов вообще бессмысленные и мутация в них блокирует транскрипцию, а похожие аминокислоты на непохожих кодонах - то скорость эволюции просядет как минимум в разы.

Придумать-то такой код несложно, а вот создать на его основе полноценный организм пока тяжеловато. Тем не менее, in vitro транскрипционные системы на 20 синтетических тРНК под кастомный код удалось запустить и что-то на них синтезировать. Плюс есть работы по удалению отдельных кодонов из существующих геномов бактерий (см. ссылки в статье). И это офигеть как круто. На первый взгляд модификация самого генетического кода - это почти как "Удобно бы было, если б пи равнялось ровно 3.1, а реальные экономические акторы оптимизировали исключительно выгоду и исключительно рационально". Но, оказывается, уже почти реализуемо на практике.

https://academic.oup.com/nar/article/47/19/10439/5568210

Кто будет в Иркутске - приходите в среду меня послушать. Рассказываю про эндосимбиоз, гены красного и зелёного происхождения у водорослей и вот это всё.

Почему я не пишу в канал, спросите вы? А потому что я пилю пикрелейтед. А почему бы тебе не бросить это дело и не заняться собственно наукой, тыжучёный, спросите вы? А потому что я не хочу войти в историю с недоделанной игрой (о чём в следующем посте).

Гитхаб собирается записать весь хранящийся у них код для сверхдолгосрочного хранения. Сверхдолгосрочного - as in тысячу лет должно пролежать. В заброшенной шахте на Шпицбергене (неподалёку, кстати, от знаменитого мирового хранилища семян) будет обустроено хранилище, в которое упакуют последний коммит в мастер из всех активных репозиториев (по состоянию на 2.02.2020) на благо археологов будущего и/или инженеров постапокалипсиса. Ну и документацию там, метаданные, какие-то Розетты для расшифровки, вот это всё.

https://archiveprogram.github.com/

Забавно: я в канал ничего не писал два месяца, и за это время на него подписалось семь человек. Десять с копейками процентов, между прочим, весьма неплохой рост. Вот представьте, тренировал бы кто нейросеть на моём канале, так она бы решила, что ничего не постить - вполне себе оптимальная стратегия.

Это я к чему? А к тому, что на arxiv вывесили большую подборку неординарных решений, применяемых эволюционными алгоритмами и прочим машинным обучением.

Мой любимый пример: 1997 год, чемпионат по игре в крестики-нолики на бесконечном поле между программами. Некая нейросеть начинает каждую партию с того, что ходит на какую-нибудь безумно далёкую клетку, допустим (1e10; 1e10). Это, внезапно, хорошее решение. Не потому что это хороший способ играть в крестики-нолики, а потому что конкурирующие программы в большинстве своём пытаются выделить память под поле из 1e100 клеток - и, разумеется, крашатся.

https://arxiv.org/pdf/1803.03453.pdf

Наконец-то понял, чем мне не нравятся пресловутые чернокожие эльфы в "Ведьмаке". Проблема не в том, что они вообще есть; проблема в том, что обе расы с их характерными признаками есть и у людей, и у эльфов, то есть весь комплекс признаков должен был сформироваться независимо в обоих видах. Не то чтоб конвергентной эволюции не существовало, но это гораздо менее вероятно.

UPD: рассуждения о происхождении эльфов и людей от общего предка противоречат канону, т.к. не учитывают историю с Сопряжением. Если люди и эльфы/краснолюды формировались вообще независимо друг от друга в двух разных мирах, то там конвергентной эволюции должно быть настолько невообразимо много, что на расы в общем-то уже пофиг.

В BMC Genomics вышла хорошая саркастическая статья. Изначально некие авторы делали метаговномику на двух человеческих популяциях: выделили ДНК, прочитали, картировали риды на набор грибных геномов и за счёт этого установили, каковы различия между составом грибков в кишечнике у белых итальянцев и танзанийских дикарей. Зачем — не знаю.

Ключевой момент тут — картирование ридов. Это, грубо говоря, когда берут каждый кусочек ДНК из препарата и сравнивают его поочерёдно с набором геномов. С каким совпадёт — такой организм, стало быть, и находился в исследуемой пробе. Очевидно, что если в наборе только грибы, то кроме грибов ничего и не опознаешь. А если тебе только грибы и интересны? Всё равно нужна нормальная выборка видов, потому что иначе ты будешь принимать всё подряд за грибы.

Сарказм вот в чём: авторы второй статьи скачали те же самые данные и картировали их на геномы амфибий и рептилий. Ну и обнаружили, что у дикарей в жопной герпетофауне преобладают черепахи, а у европейцев как-то больше змеи с ящерицами.

Мораль: всякой биоинформатикой нужно пользоваться осторожно. Если не думать о допущениях матмоделей, специфике баз данных и прочем таком — то даже на прекрасно собранных данных можно получить лютую хуйню. И у неё даже будут прекрасные P-значения, поддержки или что там алгоритм выдаёт в качестве меры статистической значимости. Такие дела.

Наткнулся на статью в моём любимом жанре "анализ больших данных доказал то, что написано в учебнике биологии за 7 класс". А конкретно — что вероятность рождения детей одного или другого пола не определяется наследственностью.

Сомневаться в этом в принципе имело смысл: почему бы и не существовать какой-нибудь мутации, которая, например, ослабляет сперматозоиды с Y-хромосомой. В среднем людей обоих полов примерно одинаковое количество, но у отдельных пар может быть пять дочерей и ни одного сына (или наоборот). Это просто так совпало или они генетически более склонны рожать детей определённого пола?

Анализ статистики по всем гражданам Швеции с 1932 года говорит, что всё-таки совпало. Между полом племянников (-ниц) нет корреляции, которая была бы, если бы, например, все братья в данной семье производили исключительно сыновей (или сёстры — дочерей, или любая другая комбинация). Между полом братьев/сестёр, рождённых от одной пары, корреляция есть, но она с подвохом. Доля дочерей коррелирует с размером семьи и более вероятно, что последний ребёнок будет сыном. Генетика тут ни при чём; просто некоторые пары продолжают рожать детей, пока не произведут сына и наследника, и на этом останавливаются.

А в отсутствие социальных факторов - просто случайный процесс из учебника. Производится поровну сперматозоидов с X- и Y-хромосомами и они на равных бегут к яйцеклетке. Выживаемость XY-эмбрионов выше на пару процентов, но это не специфика конкретной матери, а общечеловеческий фактор, компенсирующий то, что у них выживаемость после рождения ощутимо ниже.

https://royalsocietypublishing.org/doi/full/10.1098/rspb.2019.2849

Есть такая книжка Bullshit Jobs, за авторством David Graeber. Она про то, что в современной экономике очень много бессмысленных должностей. Автор приводит примеры людей, чья работа заключалась в том, чтобы сидеть охранять пустое помещение, отвечать (преимущественно отмазками) на три е-мэйла в день или вручную копипастить текст из одной формочки в другую. Это были буквально все их обязанности. Или взять пресловутых менеджеров среднего звена. Они не то чтоб совсем не нужны, но не в таких же, блядь, количествах. Как так?

Непосредственных причин много. Толпа подчинённых удлиняет пипиську руководителя, человек-копипаст — живая изолента вокруг кривой автоматизации, а без менеджера по дайвёрсити в приличное общество не пустят. Его ещё и крайним можно назначить, если что.

Но это всё характерные черты государственной бюрократии. Рыночек-то почему не решает? Потому что, во-первых, это не классический рыночек Адама Смита и Маркса. Иначе алиэкспресс давно бы разорил всяких The North Face и Victoria's Secret. Собственно эффективность корпорации отходит на десятый план после хорошего брендинга, связей/репутации и способности ориентироваться в деривативах на деривативы. Nike или там Adidas успешно продаёт кроссовки в десять раз дороже китайских ноунеймов даже при сопоставимом качестве, он при любых накладных расходах не разорится. А конкурирует какой-нибудь Nestle в основном либо сам с собой, либо с кем-нибудь несопоставимо меньшим. Кому тут решать?

Но самая свежая идея не в этом. Обаму однажды спросили, почему он в итоге так и не реформировал фантасмагорически раздутую систему медицинских страховок. На что он ответил следующее: "А куда нам тогда девать тот миллион или два людей, который сейчас кормится с бюрократии вокруг страховок?". Отмазка, конечно, но мысль интересная. То, что система кормит миллион паразитов (вместо десяти или ста тысяч) — это не проблема, это решение. Такой чудовищный гибрид протестантской трудовой этики "кто не пашет как раб на галерах - тот служит Сатане" и необходимости кормить людей, которые не делают ничего полезного. Ни дать всеобщий базовый доход, ни отправить их осваивать целину на Марсе капиталистическая демократия не может. Ну и не то что власть сознательно выкручивается таким образом, но в итоге общество приходит к такому равновесному состоянию.

https://theanarchistlibrary.org/library/david-graeber-bullshit-jobs.pdf

Нынче не статья и даже не книжка, а старый пост в блоге, ещё и про аниме. Не спешите отписываться — несмотря на отсутствие формальных аттрибутов, это очень хороший научпоп про теорию информации и безопасность в интернете. Речь о том, сколько именно информации (в битах) отдаёт Лайт из Death Note Элю с каждой своей ошибкой. Ну и о том, как вам, если вдруг возникнет такая задача, его ошибок не повторять.

Цифры пересказывать не буду, ибо очень уж их там много, но самое прикольное - в самом начале. Большую часть аниме Ягами сливается по собственной глупости и гордыне, но вспомним, как L почти безо всяких данных из всей планеты выбрал Японию. По японскому времени убийства происходили утром и вечером, что соответствует расписанию школьника или студента. Всегда думал, что это типичная анимешная логика, а оказывается - продемонстрировано на практике, и работает с хорошей точностью. Подавляющее большинство постов в этом канале, например, написано между 17:00 и 24:00 Иркутского времени. Кстати, как раз часовой пояс Киры; кроме Японии и Сибири там ещё пол-Тасмании и центральная Австралия. Так что желающий меня найти (зачёркнуто: посмотрит в описании канала) будет выбирать не из 7 миллиардов населения, а из пары миллионов сибиряков и нескольких тысяч русскоговорящих японцев/австралийцев. Среди которых биологов дай бог пара сотен, а любителей Гребера и Хэнсона и того меньше.

Кроме десуноты, в статье есть пара миллиардов неочевидных вещей, через которые из нас вытекают приватные данные. Причём страшна тут не бондиана вроде восстановления звука по видеозаписи пакетика с чипсами, а тривиальные на первый взгляд вещи. Триангуляция по пингу, идентификация конкретного телефона по шуму на фотографиях (и вычищайте потом EXIF сколько влезет) или корреляция предположительно анонимизированных опросов и медицинских данных друг с другом и с прочей биг датой. Потому что это всё делается массированно и из публичных данных. Privacy is dead, whatever.

А Кира, кстати, мог сделать две очень простых штуки - убивать только тех, о ком писали международные медиа уровня New York Times или BBC, и рандомизировать время убийств. Тогда L остался бы без первых зацепок. Ну да, человек, имеющий доступ к интернету и скорее всего мужчина (потому что серийные убийцы вообще в основном мужчины). Таких полчеловечества, выбирай не хочу.

https://www.gwern.net/Death-Note-Anonymity

Вот это анализ так анализ, конечно. Причём автор прям искренне неиронически считает, что так и надо аргументировать свою позицию.

Cory&Schneider 2020, "Males of a sexually cannibalistic spiders chemically access relative female quality"

Сама по себе статья прикольная, но не выдающаяся. Самцы некого вида пауков могут вступать в половой контакт два раза в жизни, левым членом и правым (нет, правда, вот прямая цитата: males damage their paired genitalia during copulation and can maximally copulate twice, once with each mating organ); в зависимости от привлекательности конкретной самки они либо трахают её и убегают искать получше, либо пытаются добиться той же самой самки второй раз. Ну то есть этот выбор перед самцами стоит только если первая самка их не съела, но тут уж ничего не поделаешь.

Более крупных самок вроде как бросают пореже, т.е. они как-то привлекательны. Авторы взяли самок из двух популяций (северной и южной), причём самая крупная из северных самок размером с самую мелкую из южных, и предложили их паукам-самцам. Во всех случаях те предпочитали, в смысле не бросали, самую крупную самку из данной популяции, а не самую крупную из имеющихся. Ну то есть предпочитали крупную северную самку средненькой южной, хотя в абсолютных величинах вторая была больше. Получается, что самцы ориентируются не на размер (который они скорее всего всё равно не видят, потому что они пауки и у них зрение фиговое), а на какие-то неизвестные химические маркеры общего здоровья и плодовитости.

В общем, довольно простой и изящный эксперимент, действительно интересно только пауковедам. Но у неё безупречно прекрасное название. "Males of a sexually cannibalistic spiders chemically access relative female quality", повторюсь. МЫ СДЕЛАЕМ БИОЛОГИЮ МЕТАЛЛОМ! МЫ ВСЁ СДЕЛАЕМ МЕТАЛЛОМ! ЧЕРНЕЕ ЧЁРНОЙ ЧЕРНОТЫ БЕСКОНЕЧНОСТИ!

https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-020-01657-w

Более крутое название я видел раз в жизни: On the probability of dinosaur fleas, "О вероятности динозавровых блох".

ЧСХ, сама статья скучная. Там говорится, что некие окаменелости на блох, конечно, похожи. Но нет никаких доказательств, что они являются именно блохами (а не какими-нибудь другими насекомыми) и уж тем более что они сосали динозавровую кровь, так что динозавровыми блохами их пока называть преждевременно.

https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-015-0568-x

Дмитрия Дмитриевича Беляева обожаю. Ну и к новостям российской науки

Подсказывают, что его англоязычный коллега тоже не забыт.

Время профессионального юмора. Нормальный контент будет ближе к выходным (то есть завтра).