Обычно супер-пупер-мегапрогеры говорят, что этот ваш питон -- говно. Всё медленно, никакой полезный научный и юзабельный софт на нём не написать. Тем более квантовую химию. Примеры (за исключением стандартных библиотек SciPy и NumPy) написан на Python 😳
Всё, всё, всё, от вычисления интегралов до анализа результатов расчётов написано нативно в этом самом нашем любимом языке. И самое смешное, спасибо стандартным библиотекам и
Собственно, тред на Реддите здесь:
https://www.reddit.com/r/chemistry/comments/1qbo932/i_built_a_purepython_gaussianbasis_dft_code/
Репозиторий на Гитхабе:
https://github.com/manassharma07/PyFock
А официальный сайт PyFock здесь:
https://pyfock.bragitoff.com/
Приятных тестов, и будем надеяться, что у нас появился ещё один классный пакет для прототипирования нашейсвежей шизы новых квантово-химических методов.
PySCF и Psi4 как контр-примеры обычно людей не устраивают, ибо "там же самые тяжёлые штуки делаются кодами на C/C++". И вот наконец, спасибо, Reddit-у, мы узнали о новом коде PyFock, который полностью Всё, всё, всё, от вычисления интегралов до анализа результатов расчётов написано нативно в этом самом нашем любимом языке. И самое смешное, спасибо стандартным библиотекам и
Numba JIT скорость этого пакета, по утверждениям разраба, не очень сильно упала (а в некоторых вариантах и выросла) в сравнении с тем же PySCF.Собственно, тред на Реддите здесь:
https://www.reddit.com/r/chemistry/comments/1qbo932/i_built_a_purepython_gaussianbasis_dft_code/
Репозиторий на Гитхабе:
https://github.com/manassharma07/PyFock
А официальный сайт PyFock здесь:
https://pyfock.bragitoff.com/
Приятных тестов, и будем надеяться, что у нас появился ещё один классный пакет для прототипирования нашей
🔥16👍10🥰2❤1
Forwarded from Свободный университет
🖊Учитесь свободно вместе с нами. 45 курсов весеннего семестра 2026 года
Начинается двенадцатый (!) весенний семестр Свободного университета, а это значит, что вы можете отправить заявку, учиться у нас бесплатно и найти единомышленников, новых друзей или подготовиться к продолжению образования за пределами России и Беларуси.
Кто мы?
Свободный университет был создан группой преподавателей Высшей школы экономики в 2020 году как реакция на политически мотивированные увольнения. Сегодня мы объединяем более 150 преподавателей-волонтеров, которые защищают ценности свободного образования. Вместе мы прошли через вынужденную эмиграцию, работу в условиях войну и репрессий. Свободный университет остается крупнейшим проектом независимого университетского на русском языке.
Чему мы учим?
Университет работает онлайн и в нем можно найти курсы по всем дисциплинам, которые можно изучать дистанционно. Особый акцент мы делаем на гуманитарное и социальное знание как наиболее пострадавшее от цензуры в высшем образовании в России.
Куда и как я могу записаться?
В новом семестре мы предлагаем 45 курсов, вот некоторые примеры:
- AI Visual Lab: искусственный интеллект для визуального контента (преподаватель Dr. of Art, Free University of Brussels Маша Троцки)
- Постсоциалистическая и постсоветская ностальгия: культурные контексты и политические практики (преподаватели кандидаты исторических наук Александра Колесник и Александр Рубанов)
- Распад Российской империи: национальные и антиимперские движения в эпоху революции (анонимный преподаватель)
- Основы политической теории либерализма (преподаватель кандидат философских наук Андрей Железнов)
- Климат и право: роль юристов в охране окружающей среды и борьбе с изменением климата (преподаватель сотрудник университета Гетеборга Дмитрий Кузнецов)
Полный список курсов смотрите здесь.
Чтобы записаться на курсы, напишите мотивационное письмо преподавателю (формы подачи мотивационного письма находятся на страницах курсов). Заявки принимаются до 26 января включительно.
Все программы Свободного бесплатны для студентов, при этом преподаватель имеет возможность самостоятельно выбирать слушателей, с которыми он хочет работать.
Выдает ли Свободный дипломы?
Нет. Студенты, окончившие наши программы, успешно используют сертификаты и рекомендательные письма от наших преподавателей для поступления на магистерские и Ph.D. программы в университеты Европы, Великобритании и США.
Пожалуйста, помните, что российские власти считают Свободный университет “нежелательной организацией”: это значит, что если вы находитесь в России или ездите в нее, не нужно писать о нас в своих социальных сетях.
Начинается двенадцатый (!) весенний семестр Свободного университета, а это значит, что вы можете отправить заявку, учиться у нас бесплатно и найти единомышленников, новых друзей или подготовиться к продолжению образования за пределами России и Беларуси.
Кто мы?
Свободный университет был создан группой преподавателей Высшей школы экономики в 2020 году как реакция на политически мотивированные увольнения. Сегодня мы объединяем более 150 преподавателей-волонтеров, которые защищают ценности свободного образования. Вместе мы прошли через вынужденную эмиграцию, работу в условиях войну и репрессий. Свободный университет остается крупнейшим проектом независимого университетского на русском языке.
Чему мы учим?
Университет работает онлайн и в нем можно найти курсы по всем дисциплинам, которые можно изучать дистанционно. Особый акцент мы делаем на гуманитарное и социальное знание как наиболее пострадавшее от цензуры в высшем образовании в России.
Куда и как я могу записаться?
В новом семестре мы предлагаем 45 курсов, вот некоторые примеры:
- AI Visual Lab: искусственный интеллект для визуального контента (преподаватель Dr. of Art, Free University of Brussels Маша Троцки)
- Постсоциалистическая и постсоветская ностальгия: культурные контексты и политические практики (преподаватели кандидаты исторических наук Александра Колесник и Александр Рубанов)
- Распад Российской империи: национальные и антиимперские движения в эпоху революции (анонимный преподаватель)
- Основы политической теории либерализма (преподаватель кандидат философских наук Андрей Железнов)
- Климат и право: роль юристов в охране окружающей среды и борьбе с изменением климата (преподаватель сотрудник университета Гетеборга Дмитрий Кузнецов)
Полный список курсов смотрите здесь.
Чтобы записаться на курсы, напишите мотивационное письмо преподавателю (формы подачи мотивационного письма находятся на страницах курсов). Заявки принимаются до 26 января включительно.
Все программы Свободного бесплатны для студентов, при этом преподаватель имеет возможность самостоятельно выбирать слушателей, с которыми он хочет работать.
Выдает ли Свободный дипломы?
Нет. Студенты, окончившие наши программы, успешно используют сертификаты и рекомендательные письма от наших преподавателей для поступления на магистерские и Ph.D. программы в университеты Европы, Великобритании и США.
Пожалуйста, помните, что российские власти считают Свободный университет “нежелательной организацией”: это значит, что если вы находитесь в России или ездите в нее, не нужно писать о нас в своих социальных сетях.
❤8🤮3🥰2👎1
Как измерить состав нашей атмосферы и подтвердить, что глобальное потепление — это результат деятельности человека? Как узнать состав атмосферы и измерить температуру других планет нашей Солнечной системы, а также других экзопланет? Как узнать какие химические соединения образовались в глубинах космоса, и не появились ли там строительные блоки для жизни (спойлер: появились) ?
Для этого нужны точные и надёжные базы данных молекулярных спектров, откуда можно просто взять спектры различых молекул и их изотопологов в широких диапазонах, да и сравнить их напрямую с результатами измерений со спутников/телескопов, например, Аресибо, Хаббла, или Джеймса Вебба. По этим спектрам мы узнаём молекулярный и изотопный состав, температуры, и даже скорости движения разных объектов отностельно нас. Всего-то! Одна из самых известных и уважаемых баз такого типа — это HITRAN, с ней может ознакомиться каждый, просто посетив её сайт:
https://hitran.org/
И вот только что в Journal of Quantitative Spectroscopy and Radiative Transfer вышла огромная, почти трёхсотстраничнаябратская могила на 100 человек статья про свежий апдейт этой самой базы данных HITRAN! Больше молекул и изотопологов, больше линий, повышено количество и качество спектроскопических параметров и многое другое. Более подробно об этом можно узнать в самой статье (она в открытом доступе):
The HITRAN2024 molecular spectroscopic database,
Journal of Quantitative Spectroscopy and Radiative Transfer, 2026, 109807,
DOI: 10.1016/j.jqsrt.2026.109807
Приятного прочтения!
Для этого нужны точные и надёжные базы данных молекулярных спектров, откуда можно просто взять спектры различых молекул и их изотопологов в широких диапазонах, да и сравнить их напрямую с результатами измерений со спутников/телескопов, например, Аресибо, Хаббла, или Джеймса Вебба. По этим спектрам мы узнаём молекулярный и изотопный состав, температуры, и даже скорости движения разных объектов отностельно нас. Всего-то! Одна из самых известных и уважаемых баз такого типа — это HITRAN, с ней может ознакомиться каждый, просто посетив её сайт:
https://hitran.org/
И вот только что в Journal of Quantitative Spectroscopy and Radiative Transfer вышла огромная, почти трёхсотстраничная
The HITRAN2024 molecular spectroscopic database,
Journal of Quantitative Spectroscopy and Radiative Transfer, 2026, 109807,
DOI: 10.1016/j.jqsrt.2026.109807
Приятного прочтения!
❤11
Forwarded from Свободный университет
👩🎓Всем привет! Сегодня последний день набора на новые курсы весеннего семестра. Успейте отправить заявки на курсы, которые вы выбрали. Make education free again!
🤮4🔥3
Forwarded from Свободный университет
А вы знали, что среди кучи разных гуманитарных и социальных дисциплин у нас есть целая Школа Точных Наук, где наши замечательные преподаватели познакомят вас с разными математическими и естественно-научными дисциплинами? Так вот она действительно существует. В этом семестре вы можете записаться на пять таких курсов от географии и экономики до истории научной мысли:
• Общая география,
• Альберт Эйнштейн и революции в физике,
• Разоблачение авторитарной пропаганды,
• Анализ данных в Jamovi,
• Судьбы ученых-зоологов в эмиграции и в России после 1917.
Записывайтесь, будет интересно ❤️
• Общая география,
• Альберт Эйнштейн и революции в физике,
• Разоблачение авторитарной пропаганды,
• Анализ данных в Jamovi,
• Судьбы ученых-зоологов в эмиграции и в России после 1917.
Записывайтесь, будет интересно ❤️
❤7💩3👍2🤯1🥴1
Forwarded from Artem. R. Oganov
РЕКЛАМНАЯ ПАУЗА
В лаборатории моего друга (и в каком-то смысле ученика) Айка Закаряна в Ереванском университете - вакансии для постдоков.
В лаборатории моего друга (и в каком-то смысле ученика) Айка Закаряна в Ереванском университете - вакансии для постдоков.
👍10👎5🤡3❤1🤯1
CP2K — это один из самых мощных квантово-химических пакетов. Он находит своё применение везде: газовая фаза, поверхностная химия, жидкости и твёрдое тело, всё доступно этому монстру квантово-химических вычислений. Помимо этого, CP2K — главная программа для ab initio молекулярной динамики жидкостей и периодических систем, ибо ни что не сравнится с ним по скорости и параллелизуемости. И вот недавно в американском Журнале физической химии Б вышел большущий обзор от авторов этого пакета. Но не такой, где валят теорией, а по-сути огромный тьюториал, где создатели показывают стандартные и не очень куски входных файлов, описывают методы и фичи, и концентрируются на том, чтобы каждый мог начать пользоваться этим замечательным софтом.
Итак,
"The CP2K Program Package Made Simple"
The Journal of Physical Chemistry B 130 (4), 1237-1310, (2026)
DOI: 10.1021/acs.jpcb.5c05851
Статья в открытом доступе. Приятного прочтения!
Итак,
"The CP2K Program Package Made Simple"
The Journal of Physical Chemistry B 130 (4), 1237-1310, (2026)
DOI: 10.1021/acs.jpcb.5c05851
Статья в открытом доступе. Приятного прочтения!
🔥22❤10🦄4🥰1
Forwarded from OdanChem research
OdanLab — электронный лабораторный журнал на базе OdanChem
Коллеги, у нас важный релиз, о котором давно пора рассказать.
OdanChem постепенно расширяется, в нем появляются новые подсистемы, и сегодня мы всем представляем электронный лабораторный журнал.
Чуть меньше года назад мы совместно с Иркутским Политехническим Университетом (ИРНИТУ) и Институтом Фаворского (ФИЦ ИрИХ СО РАН) начали работу над созданием платформы, где было бы удобно:
— вести совместную работу над исследовательскими проектами,
— анализировать и хранить данные,
— работать со складом реактивов,
— автоматически подтягивать сведения о молекулах.
Результатом стал электронный лабжурнал (он же ELN, или LIMS), который плотно интегрирован с основными базами данных OdanChem — https://lab.odanchem.org/.
Ключевые фишки, которые делают его удобным:
1) Легкое создание склада реактивов. Вы вводите CAS-номер или структуру и указываете, где лежит банка реактива. Система автоматически подгружает все данные по безопасности, физические свойства, и даже ЯМР спектры данной молекулы.
2) Совместная работа над проектами. Все ваши эксперименты хранятся в унифицированном формате, можно без проблем найти записи о том, что делал ваш коллега 3 года назад, даже если он уже уволился. Можно гибко настраивать уровни доступа к проекту, приглашать туда сотрудников.
3) Автоподтягивание свойств веществ. При создании реакции все доступные сведения о молекулах также автоматически подгрузятся и будут учтены в расчетах (например, плотность).
4) Автоматический контроль соответствия ЯМР спектров структуре. Когда вы выделили какую-то молекулу, зарегистрировали для неё спектры, их можно внести в соответствующее поле в журнале. Система проверит его на наличие ошибок, соответствие предполагаемой структуре и сравнит его с литературными данными (если они есть). Если соответствие найдено, будет приведена ссылка на литературный источник.
При совпадении будет приведена ссылка на источник. Если обнаружена ошибка — вы получите комментарий с её описанием.
5) и многое другое. Всё в один пост точно не поместится, будем постепенно публиковать описание возможностей данного журнала.
И заодно приветствуем предложения, чего ещё вам хотелось бы в нём увидеть.
Бесплатная версия системы доступна онлайн:
👉 https://lab.odanchem.org/
Можно начинать работать уже сейчас. Данные регулярно бэкапятся и шифруются, вероятность их потери минимальна. К примеру, почему бы преподавателям практикумов по органике не попробовать вести свой практикум здесь? Студентам удобно вести записи, а потом их легко проверять. Автосверка ЯМР со структурой будет бонусом, но автовыдачу люлей за плохое описание спектра пока не прикрутили.
Если у вас что-то работает неидеально, то скажите нам — ваши замечания и идеи реально учитываются и внедряются.
Все вопросы, баги и предложения — в чат техподдержки или на support@odanchem.org.
Если же вы хотите оффлайн версию — она тоже доступна, но это всё обговаривается индивидуально, т.к. у каждого свои особенности локальной сети в организации. Пишите нам, если заинтересованы.
Коллеги, у нас важный релиз, о котором давно пора рассказать.
OdanChem постепенно расширяется, в нем появляются новые подсистемы, и сегодня мы всем представляем электронный лабораторный журнал.
Чуть меньше года назад мы совместно с Иркутским Политехническим Университетом (ИРНИТУ) и Институтом Фаворского (ФИЦ ИрИХ СО РАН) начали работу над созданием платформы, где было бы удобно:
— вести совместную работу над исследовательскими проектами,
— анализировать и хранить данные,
— работать со складом реактивов,
— автоматически подтягивать сведения о молекулах.
Результатом стал электронный лабжурнал (он же ELN, или LIMS), который плотно интегрирован с основными базами данных OdanChem — https://lab.odanchem.org/.
Ключевые фишки, которые делают его удобным:
1) Легкое создание склада реактивов. Вы вводите CAS-номер или структуру и указываете, где лежит банка реактива. Система автоматически подгружает все данные по безопасности, физические свойства, и даже ЯМР спектры данной молекулы.
2) Совместная работа над проектами. Все ваши эксперименты хранятся в унифицированном формате, можно без проблем найти записи о том, что делал ваш коллега 3 года назад, даже если он уже уволился. Можно гибко настраивать уровни доступа к проекту, приглашать туда сотрудников.
3) Автоподтягивание свойств веществ. При создании реакции все доступные сведения о молекулах также автоматически подгрузятся и будут учтены в расчетах (например, плотность).
4) Автоматический контроль соответствия ЯМР спектров структуре. Когда вы выделили какую-то молекулу, зарегистрировали для неё спектры, их можно внести в соответствующее поле в журнале. Система проверит его на наличие ошибок, соответствие предполагаемой структуре и сравнит его с литературными данными (если они есть). Если соответствие найдено, будет приведена ссылка на литературный источник.
При совпадении будет приведена ссылка на источник. Если обнаружена ошибка — вы получите комментарий с её описанием.
5) и многое другое. Всё в один пост точно не поместится, будем постепенно публиковать описание возможностей данного журнала.
И заодно приветствуем предложения, чего ещё вам хотелось бы в нём увидеть.
Бесплатная версия системы доступна онлайн:
👉 https://lab.odanchem.org/
Можно начинать работать уже сейчас. Данные регулярно бэкапятся и шифруются, вероятность их потери минимальна. К примеру, почему бы преподавателям практикумов по органике не попробовать вести свой практикум здесь? Студентам удобно вести записи, а потом их легко проверять. Автосверка ЯМР со структурой будет бонусом
Если у вас что-то работает неидеально, то скажите нам — ваши замечания и идеи реально учитываются и внедряются.
Все вопросы, баги и предложения — в чат техподдержки или на support@odanchem.org.
Если же вы хотите оффлайн версию — она тоже доступна, но это всё обговаривается индивидуально, т.к. у каждого свои особенности локальной сети в организации. Пишите нам, если заинтересованы.
❤10❤🔥5👍2
Forwarded from Computational and Quantum Chemistry
CP2K v2026.1 was released!
New featuures:
• New BASIS_AUG_MOLOPT and BASIS_RI_AUG_MOLOPT all-electron basis sets
• Active Space: long-range truncated potential for ERIs
• Support for GTH-SOC pseudopotentials in SIRIUS
• Improved access to occupied orbital eigenvalues from OT
• CNEO-DFT energies and forces
• Sternheimer BSE (initial implementation with W matrix)
• SF-TDDFT implementation
• PAO-ML migrated to the NequIP framework
• GAPW DC-DFT + EC via EXTERNAL coupling
• NEGF: new method to extract electrode Hamiltonian matrices
• Fortitude linter added to pre-commit checks
• RT-TDDFT + RT-BSE: Fourier-transform outputs
• RIXS for open-shell systems
• Interface to MiMiC for multiscale simulations
• Restricted-space excitations for TDDFPT
• Vibronic spectroscopy post-processing tools
• Extended XYZ trajectory format
• MAX_FILE_SIZE_MB keyword in the MO_CUBES section
• Moments implementation for k-point calculations
https://github.com/cp2k/cp2k/releases/tag/v2026.1
New featuures:
• New BASIS_AUG_MOLOPT and BASIS_RI_AUG_MOLOPT all-electron basis sets
• Active Space: long-range truncated potential for ERIs
• Support for GTH-SOC pseudopotentials in SIRIUS
• Improved access to occupied orbital eigenvalues from OT
• CNEO-DFT energies and forces
• Sternheimer BSE (initial implementation with W matrix)
• SF-TDDFT implementation
• PAO-ML migrated to the NequIP framework
• GAPW DC-DFT + EC via EXTERNAL coupling
• NEGF: new method to extract electrode Hamiltonian matrices
• Fortitude linter added to pre-commit checks
• RT-TDDFT + RT-BSE: Fourier-transform outputs
• RIXS for open-shell systems
• Interface to MiMiC for multiscale simulations
• Restricted-space excitations for TDDFPT
• Vibronic spectroscopy post-processing tools
• Extended XYZ trajectory format
• MAX_FILE_SIZE_MB keyword in the MO_CUBES section
• Moments implementation for k-point calculations
https://github.com/cp2k/cp2k/releases/tag/v2026.1
GitHub
Release CP2K v2026.1 · cp2k/cp2k
doi:10.5281/zenodo.18162946
New Features
Add new BASIS_AUG_MOLOPT and BASIS_RI_AUG_MOLOPT basis sets (all electron) (#4354)
Active Space: Added a new longrange truncated potential for the ERI (#43...
New Features
Add new BASIS_AUG_MOLOPT and BASIS_RI_AUG_MOLOPT basis sets (all electron) (#4354)
Active Space: Added a new longrange truncated potential for the ERI (#43...
🎉7
Сегодня 11 февраля, международный день женщин и девочек в науке, праздник, утвержденный генеральной ассамблеей ООН. В столь знаменательный день хочется поздравить всех научных сотрудниц и других академических работниц, пожелать им успехов в научной и образовательной деятельности, и полного отсутствия эффекта Матильды, когда вклад женщин отрицается и замалчивается.
И всем девочкам и девушкам, которые хотят или пока ещё не хотят идти в науку простое пожелание: приходите, не сомневайтесь. Пусть денег часто не так много платят, зато в науке интересно.😊
И всем девочкам и девушкам, которые хотят или пока ещё не хотят идти в науку простое пожелание: приходите, не сомневайтесь. Пусть денег часто не так много платят, зато в науке интересно.😊
❤29🍾9🥰7
Forwarded from Научные конференции
XV Конгресс молодых ученых ИТМО
✉️ Информатика и программирование
✉️ Биоинформатика и машинное обучение
✉️ Фундаментальные и прикладные проблемы машинного обучения
✉️ Молекулярная биология и биотехнология
✉️ Физика наноструктур
✉️ Математика для физических и естественных наук
✉️ И другие направления работы конференции
Дата и место: 6–10 апреля 2026 г., Санкт-Петербург
Дедлайн подачи заявок: 20 февраля 2026 г.
Подробная информация: Ссылка
✉️ Информатика и программирование
✉️ Биоинформатика и машинное обучение
✉️ Фундаментальные и прикладные проблемы машинного обучения
✉️ Молекулярная биология и биотехнология
✉️ Физика наноструктур
✉️ Математика для физических и естественных наук
✉️ И другие направления работы конференции
Дата и место: 6–10 апреля 2026 г., Санкт-Петербург
Дедлайн подачи заявок: 20 февраля 2026 г.
Подробная информация: Ссылка
❤4👍2
Forwarded from Ковчег
Немецкую службу академических обменов DAAD признали «нежелательной» в России — это крупнейшая в мире организация, финансирующая учебу в Германии, исследования и академические обмены между Германией и другими странами. Минюст внес организацию в реестр «нежелательных» 10 февраля — именно с этого дня возможно преследование за сотрудничество с DAAD.
За участие в деятельности «нежелательной» организации силовики могут преследовать вас в административном (ст. 20.33 КоАП) и уголовном (ст. 284.1 УК) порядке.
«Ковчег» подготовил инструкцию, для тех, кто учится по программам DAAD, обучался по ним ранее или консультирует по подготовке к получению поддержки от DAAD. Она поможет вам не привлечь к себе внимание силовиков.
Мы рекомендуем:
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
💔19🤯3❤2😢1🤡1
На Хабре вышла научно-популярная статья
ML против ядерных отходов. Как мы ускорили вычисление свойств карбидов технеция с помощью нейросетей
от Радиона Зарипова, аспиранта Сколтеха, посвященная изучению стабильности карбидов технеция — системы, важной для переработки ядерных отходов и разработки карбидных топлив. В ней рассказывается о пути получения и самих результатах научной публикации в Acta Materialia (IF=9.3):
First-principles data-driven approach for assessment of stability of Tc-C systems
Acta Materialia 303, 121704 (2026)
DOI: 10.1016/j.actamat.2025.121704
В ходе научной работы были обучены графовые нейронные сети для предсказания стабильности при 0 К, а также учтены колебательный вклад и конфигурационная энтропия в свободную энергию — два ключевых фактора, определяющих фазовую стабильность системы технеций-углерод при конечных температурах.
Приятного прочтения!
ML против ядерных отходов. Как мы ускорили вычисление свойств карбидов технеция с помощью нейросетей
от Радиона Зарипова, аспиранта Сколтеха, посвященная изучению стабильности карбидов технеция — системы, важной для переработки ядерных отходов и разработки карбидных топлив. В ней рассказывается о пути получения и самих результатах научной публикации в Acta Materialia (IF=9.3):
First-principles data-driven approach for assessment of stability of Tc-C systems
Acta Materialia 303, 121704 (2026)
DOI: 10.1016/j.actamat.2025.121704
В ходе научной работы были обучены графовые нейронные сети для предсказания стабильности при 0 К, а также учтены колебательный вклад и конфигурационная энтропия в свободную энергию — два ключевых фактора, определяющих фазовую стабильность системы технеций-углерод при конечных температурах.
Приятного прочтения!
❤14👍4🐳3
Год назад мы выложили в открытый доступ легковесную программу ToxicMassSceptic для анализа масс-спектров и сопутствующую ей мини-базу данных отравляющих и взрывчатых веществ. Помимо этого, мы выложили препринт (позже опубликованный в Journal of Computational Chemistry), в котором описывалось как это всё работает, а помимо этого рассказывалось о том, как надо правильно предсказывать масс-спектры молекул, используя молекулярную динамику. Об этой работе даже написали медиаиздания. Если вы хотите почитать про эти нетривиальные аспекты анализа экспериментальных данных, про то, как изучать фрагментацию молекул из первых принципов, или о контексте того, почему это может быть нужно делать, то можно прочитать эту самую нашу работу
"Simplistic Software for Analyzing Mass Spectra and a Mixed Experimental-Theoretical Database for Identifying Poisonous and Explosive Substances"
Journal of Computational Chemistry 46(17), e70148 (2025)
DOI: 10.1002/jcc.70148
Статья находится в открытом доступе.
Приятного прочтения!(можно прочитать хотя бы введение, если совсем не хочется прогружаться в тяжёлые аспекты вычислительной химии)
P.S. Её (пере)прочтение становится чуть более актуально, особенно в свете ставшей недавно широко читаемой работы в Химико-фармацевтическом журнале, Т. 47, №8, стр. 41-44 (2013), посвящённой синтезу интересного анальгетика эпибатидина.
"Simplistic Software for Analyzing Mass Spectra and a Mixed Experimental-Theoretical Database for Identifying Poisonous and Explosive Substances"
Journal of Computational Chemistry 46(17), e70148 (2025)
DOI: 10.1002/jcc.70148
Статья находится в открытом доступе.
Приятного прочтения!
P.S. Её (пере)прочтение становится чуть более актуально, особенно в свете ставшей недавно широко читаемой работы в Химико-фармацевтическом журнале, Т. 47, №8, стр. 41-44 (2013), посвящённой синтезу интересного анальгетика эпибатидина.
👍11❤8🤪2🔥1
Сегодня 16 февраля, и как мы узнали недавно, в этот день Алексея Навального отравили в колонии Харп очень необычным веществом, алколоидом эпибатидином. Это вещество варили много кто, в том числе (в т.ч. и печально) небезызвестный Элайас Джеймс Кори. Но в 2013 году его сварили в известном институте НИИХУЯ ГНИИОХТ на шоссе Энтузиастов в Москве. И хотя ссылок на статью в Химико-фармацевтическом журнале, Т. 47, №8, стр. 41-44 (2013) журнале пока что нет ни одной, результаты её практического применения мы явным образом наблюдаем. Тем не менее, синтетический путь из этой статьи очень интересный и оригинальный (см. картинку к посту). У меня лично вызвала интерес последняя стадия синтеза, где t-BuOK используется для инверсии хиральности одного из углеродов. После обсуждений с специалистами-синтетиками из небезызвестной статьи про перестановку в изоцианатах, мы пришли к выводу, что реакция идёт через карбоанион, образующийся после отрыва самого кислого CH-протона. Но всё ещё остаётся вопрос, почему равновесие смещено именно в сторону яда алколоида эпибатидина.
Собственно, после успеха предыдущей большой статьи проб... интерсные перестановки, мне кажется, что можно было бы сделать ещё одну маленькую статейку про именно финальную стадию синтеза. Никакого выпендрёжа по методам: SMD для растворителя, одна-две стадии депротонирования (не забываем про NH), комбинация r2SCAN-3c и DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ, поиск конформеров в CREST. И рабочая гипотеза, что стабилизация идёт за счёт N-H...N водородной связи. Кто хочет вписаться, пишите как обычно одмину (или в комментах у посту). Нам много народу не надо, просто свободные руки. Статья высокой по рейтингу тоже не получится, поэтому писать её будем на русском языке и посылать в один из наших многочисленных русскоязычных химических журналов.
Как-то так.
Собственно, после успеха предыдущей большой статьи про
Как-то так.
❤12😱8🤡8😁3👍2🕊2🥴2🎃1
Forwarded from Общество межатомного взаимодействия (Nikita Orekhov)
Конференция МФТИ 2026
Напоминаю, что до 1 марта идёт приём докладов на юбилейную 68-ю конференцию МФТИ.
У нас там секция “Современные методы атомистического моделирования в науках о материалах”, которая будет проходить 31 марта (вт.)
Если вы занимаетесь мол.динамикой/DFT/методами ML для предсказания свойств материалов – это ваша остановочка.
А для тех, кто планирует поступление в магистратуру МФТИ, выступление на конференции несёт некоторые дополнительные бенефиты.
Где: 2.35 Физтех-Цифры (г. Долгопрудный, Научный переулок, 4к1)
Когда: 31.03 с 10:00 и пока доклады не закончатся
P.S.
Если хотите просто зайти в гости и послушать выступления – напишите нам на computational.mipt@gmail.com до 12:00 30.03; закажем пропуск. Как всегда, всем рады; кофейком угостим. Фото прошлых лет.
Напоминаю, что до 1 марта идёт приём докладов на юбилейную 68-ю конференцию МФТИ.
У нас там секция “Современные методы атомистического моделирования в науках о материалах”, которая будет проходить 31 марта (вт.)
Если вы занимаетесь мол.динамикой/DFT/методами ML для предсказания свойств материалов – это ваша остановочка.
А для тех, кто планирует поступление в магистратуру МФТИ, выступление на конференции несёт некоторые дополнительные бенефиты.
Где: 2.35 Физтех-Цифры (г. Долгопрудный, Научный переулок, 4к1)
Когда: 31.03 с 10:00 и пока доклады не закончатся
P.S.
Если хотите просто зайти в гости и послушать выступления – напишите нам на computational.mipt@gmail.com до 12:00 30.03; закажем пропуск. Как всегда, всем рады; кофейком угостим. Фото прошлых лет.
❤10🔥1
Напоминаю про идею статьи из поста выше.
Telegram
Quantum Chemistry And Stuff
Сегодня 16 февраля, и как мы узнали недавно, в этот день Алексея Навального отравили в колонии Харп очень необычным веществом, алколоидом эпибатидином. Это вещество варили много кто, в том числе ⡤⣈ ⢐⡑⠖⠙ ⢘ ⢉⠢⠡⡐⢊⠅⢆⢡⡠ небезызвестный Элайас Джеймс Кори. Но в…
🥴7👍2
Forwarded from Агентство. Новости
Вещество, которым убили Навального, синтезировал центр «Сигнал». Он же участвовал в отравлении политика в 2020 году
Ученые научного центра «Сигнал», который помогал организовать отравление Алексея Навального «Новичком» в 2020 году, скрытно опубликовали в 2015 году статью о синтезе аналогов эпибатидина, обнаружило «Агентство». В публикации авторы представлены как сотрудники частной компании, однако благодаря утечкам и их прошлым публикациям удалось выяснить, что 6 из 7 участвовавших в публикации ученых — штатные сотрудники «Сигнала». Некоторые из них играли важную роль в работе над применением «Новичка» и других отравляющих веществ.
Детали. Статья была опубликована в журнале «Известия Академии Наук. Серия Химическая». В ней предлагается удобный и более быстрый «одностадийный метод синтеза» аналогов эпибатидина».
▪️В статье утверждалось, что ее авторы — сотрудники ООО «Лаборатория высоких технологий». На самом деле, они не были сотрудниками этой лаборатории, свидетельствуют утечки. Зато шестеро из семи соавторов — штатные сотрудники НЦ «Сигнал». Это химики Игорь Бабкин, Сергей Галан, Георгий Назаров и Алексей Аксенов, Ольга Юдина (известно, что она старший научный сотрудник 22-й лаборатории научно-производственного отдела), а также и Алексей Ламанов (заведующий 23-й лабораторией научно-производственного отдела). «Агентству» не удалось установить связь с «Сигналом» лишь одного соавтора — полковника Михаила Гуцалюка. Он — начальник отдела организации научной работы и подготовки научно-педагогических кадров в Военной академии радиационной, химической и биологической защиты.
▪️Анонимный российский химик в комментарии The Insider предположил, что эпибатидин синтезировали именно в «Сигнале».
▪️Цитата: «Судя по всему, получили эпибатидин не в ГосНИИОХТе, а в "Сигнале": реакция Дильса — Альдера, защита аминогруппы и циклизация — это все направление Бабкина, а получение карфентанилов, палладий на угле — это мог делать Сергей Галан».
Чем известны авторы статьи? Синтезировавшей аналоги эпибатидина группой руководил именно упомянутый анонимным химиком Бабкин, писал в научной работе ведущий научный сотрудник Института органической химии РАН Анатолий Верещагин. В «Сигнале» Бабкин работает как минимум с середины 2010-х, следует из утечек. В 2000-х Бабкин успел поработать в Военной академии радиационной, химической и биологической защиты (РХБЗ) и, как и директор «Сигнала» Артур Жиров, в 27-м научном центре Минобороны.
▪️Бабкин — соавтор патента 27-го НЦ минобороны на «Способ получения метил4-[(3,4-дихлорфенил)ацетил]-3-[(1-пирролидинил)метил]-1-пиперазинкарбоксилата». Это вещество относится к тому же классу, как и карфентанил и ремифентанил — токсины, которые российские спецслужбы использовали при штурме театрального центра на Дубровке в ходе теракта 2002 года (от последствий применения «усыпляющего» газа тогда скончались более ста заложников).
▪️Галан и Назаров — эксперты в области наноинкапсуляции, изучением которой очень активно занимался «Сигнал», писали в 2020 году The Insider и «Радио Свобода». Наноинкапсуляция — это технология упаковывания наночастиц вещества в оболочку из другого вещества. Вероятно, использовалась при применении «Новичка». С помощью наноинкапсуляции можно замаскировать яд, скрыть его симптомы и затруднить диагноз. Галан и Назаров изучали наночастицы как способ доставки «лекарственных средств» к различным тканям организма, в первую очередь к клеткам нервной системы.
▪️По состоянию на 2019 год Галан совмещал работу в «Сигнале» с должностью научного сотрудника государственного Научно-исследовательского испытательного института военной медицины (его глава Сергей Чепур консультировал служащих ГРУ, отравивших Сергея и Юлию Скрипалей).
▪️Еще один соавтор статьи «Сигнала» Алексей Аксенов в других научных работах описывает извлечение разных веществ из растений, в том числе произрастающих в экзотических местах. Среди них — корни заманихи ощетиненной (Oplopanax horridus) из Северной Америки и кора коричника (Cinnamomum) из Китая, Вьетнама, Инонезии и со Шри-Ланки.
Целиком — на сайте
Подпишитесь на «Агентство»
Ученые научного центра «Сигнал», который помогал организовать отравление Алексея Навального «Новичком» в 2020 году, скрытно опубликовали в 2015 году статью о синтезе аналогов эпибатидина, обнаружило «Агентство». В публикации авторы представлены как сотрудники частной компании, однако благодаря утечкам и их прошлым публикациям удалось выяснить, что 6 из 7 участвовавших в публикации ученых — штатные сотрудники «Сигнала». Некоторые из них играли важную роль в работе над применением «Новичка» и других отравляющих веществ.
Детали. Статья была опубликована в журнале «Известия Академии Наук. Серия Химическая». В ней предлагается удобный и более быстрый «одностадийный метод синтеза» аналогов эпибатидина».
▪️В статье утверждалось, что ее авторы — сотрудники ООО «Лаборатория высоких технологий». На самом деле, они не были сотрудниками этой лаборатории, свидетельствуют утечки. Зато шестеро из семи соавторов — штатные сотрудники НЦ «Сигнал». Это химики Игорь Бабкин, Сергей Галан, Георгий Назаров и Алексей Аксенов, Ольга Юдина (известно, что она старший научный сотрудник 22-й лаборатории научно-производственного отдела), а также и Алексей Ламанов (заведующий 23-й лабораторией научно-производственного отдела). «Агентству» не удалось установить связь с «Сигналом» лишь одного соавтора — полковника Михаила Гуцалюка. Он — начальник отдела организации научной работы и подготовки научно-педагогических кадров в Военной академии радиационной, химической и биологической защиты.
▪️Анонимный российский химик в комментарии The Insider предположил, что эпибатидин синтезировали именно в «Сигнале».
▪️Цитата: «Судя по всему, получили эпибатидин не в ГосНИИОХТе, а в "Сигнале": реакция Дильса — Альдера, защита аминогруппы и циклизация — это все направление Бабкина, а получение карфентанилов, палладий на угле — это мог делать Сергей Галан».
Чем известны авторы статьи? Синтезировавшей аналоги эпибатидина группой руководил именно упомянутый анонимным химиком Бабкин, писал в научной работе ведущий научный сотрудник Института органической химии РАН Анатолий Верещагин. В «Сигнале» Бабкин работает как минимум с середины 2010-х, следует из утечек. В 2000-х Бабкин успел поработать в Военной академии радиационной, химической и биологической защиты (РХБЗ) и, как и директор «Сигнала» Артур Жиров, в 27-м научном центре Минобороны.
▪️Бабкин — соавтор патента 27-го НЦ минобороны на «Способ получения метил4-[(3,4-дихлорфенил)ацетил]-3-[(1-пирролидинил)метил]-1-пиперазинкарбоксилата». Это вещество относится к тому же классу, как и карфентанил и ремифентанил — токсины, которые российские спецслужбы использовали при штурме театрального центра на Дубровке в ходе теракта 2002 года (от последствий применения «усыпляющего» газа тогда скончались более ста заложников).
▪️Галан и Назаров — эксперты в области наноинкапсуляции, изучением которой очень активно занимался «Сигнал», писали в 2020 году The Insider и «Радио Свобода». Наноинкапсуляция — это технология упаковывания наночастиц вещества в оболочку из другого вещества. Вероятно, использовалась при применении «Новичка». С помощью наноинкапсуляции можно замаскировать яд, скрыть его симптомы и затруднить диагноз. Галан и Назаров изучали наночастицы как способ доставки «лекарственных средств» к различным тканям организма, в первую очередь к клеткам нервной системы.
▪️По состоянию на 2019 год Галан совмещал работу в «Сигнале» с должностью научного сотрудника государственного Научно-исследовательского испытательного института военной медицины (его глава Сергей Чепур консультировал служащих ГРУ, отравивших Сергея и Юлию Скрипалей).
▪️Еще один соавтор статьи «Сигнала» Алексей Аксенов в других научных работах описывает извлечение разных веществ из растений, в том числе произрастающих в экзотических местах. Среди них — корни заманихи ощетиненной (Oplopanax horridus) из Северной Америки и кора коричника (Cinnamomum) из Китая, Вьетнама, Инонезии и со Шри-Ланки.
Целиком — на сайте
Подпишитесь на «Агентство»
🤡28🤬8👍4😱2❤1🔥1🤔1