Следующая остановка — аннотация генетических вариантов!

Но чтобы до нее добраться, нужно знать путь 😉 Мы разработали интенсив, который за 2 дня поможет научиться применять современные методы аннотации и интерпретации вариантов для анализа генетических данных в медицинских и биологических исследованиях.

Например, вы научитесь:
— Идентифицировать и фильтровать генетические варианты
— Применять на практике инструменты аннотации и интерпретации вариантов
— Работать с базами данных и литературными источниками для проведения аннотации вариантов
— Интерпретировать наследственные и соматические варианты с использованием ген-специфических рекомендаций

Программа построена от теории к практике таким образом, чтобы студенты научились применять знания в реальных условиях, что является важным навыком для любого специалиста!

🚀 @SBERLOGACOMPETE webinar on data science:
👨‍🔬 Aлександр Рыжков, Ольга Цымбой "Почти золото “Kaggle - LLM Science Exam”: retrieval is almost all you need"
⌚️ Четверг 7 Декабря 19.00 (по Москве)

Add to Google Calendar

В этом докладе мы представим разбор нашего итогового решения, занявшего 21е место с 0.916 MAP@3 на приватном лидерборде соревнования “Kaggle - LLM Science Exam”. В ходе рассказа затронем основные моменты в данных или зачем мы использовали дополнительные данные, стратегии поиска контекстов для задачи multiple choice QA, а также как подбирали параметры итогового ансамбля. В конце нашего доклада рассмотрим и сравним другие решения из топа лидерборда.

Описание решения на Каггл: https://www.kaggle.com/competitions/kaggle-llm-science-exam/discussion/447589

О докладчиках: Александр Рыжков - тройной Каггл грандмастер, тим-лид авто-мл "LAMA" (LightAutoML) в Сбер АИ Лаб,
Ольга Цымбой - исследователь в центре инструментов машинного обучения, Cбер АИ Лаб

Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe out youtube channel !

📖 Presentation: https://news.1rj.ru/str/sberlogacompete/10196
📹 Video: https://youtu.be/RWV2cYHRUqU?si=dolyowmtfQLaMeDp

🚀 @SBERLOGACOMPETE webinar on data science:
👨‍🔬 Anton Vakhrushev "SketchBoost: Fast Gradient Boosted Decision Tree for Multioutput Problems"
⌚️ Monday 11 December 19.00 (Moscow time)

Add to Google Calendar

Gradient Boosted Decision Tree (GBDT) is a widely-used machine learning algorithm that has been shown to achieve state-of-the-art results on many standard data science problems. We are interested in its application to multioutput problems when the output is highly multidimensional. Although there are highly effective GBDT implementations, their scalability to such problems is still unsatisfactory. In this paper, we propose novel methods aiming to accelerate the training process of GBDT in the multioutput scenario. The idea behind these methods lies in the approximate computation of a scoring function used to find the best split of decision trees. These methods are implemented in SketchBoost, which itself is integrated into our easily customizable Python-based GPU implementation of GBDT called Py-Boost. Our numerical study demonstrates that SketchBoost speeds up the training process of GBDT by up to over 40 times while achieving comparable or even better performance.

It easy to install: pip install py-boost

It easy to use - see tutorial notebooks: Kaggle Open problems notebook, Tutorial_1_Basics, Tutorial_2_Advanced_multioutput, Tutorial_3_Custom_features

Github

Paper: Iosipoi, Leonid, and Anton Vakhrushev. "SketchBoost: Fast Gradient Boosted Decision Tree for Multioutput Problems." Advances in Neural Information Processing Systems 35 (2022): 25422-25435.

Gold medals on Kaggle: CAFA5 , Open problems - single cell perturbations 2023, Open problems 2022,
Lots of silver/bronze medals in recent Open problems 2023 were based on Pyboost.

Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe !

📖 Presentation: https://news.1rj.ru/str/sberlogacompete/10211, Poster: https://news.1rj.ru/str/sberlogacompete/10215
📹 Video: https://youtu.be/5xRxuDh_cGk

🚀 @SBERLOGACOMPETE webinar on bionformatics and data science:
👨‍🔬 Дмитрий Руденко, Александр Червов "Обзор прошедшего соревнования "Open Problems – Single-Cell Perturbations""
⌚️ Четверг 20.00 (по Москве) 14 Декабря

Добавить в Гугл календарь

В соревнование требовалось предсказать как под действием лекарств (146 разных) меняются экспрессии генов. Было только две фичи и они категорные - название клеточного типа (6 типов клеток крови) и название лекарств. Это реальные экспериментальные данные полученные по топовым технологиям и стоящие огромных денег (200 тысяч клеток секвинировали мультимодально) - реально cutting-edge research questions. Семплов мало - 600+ в трейне, 255 в тесте, но таргетов было много 18211 (все гены). Удивительно, но особого шейкапа не было, хотя СВ-ЛБ билось плохо и семплов мало. Основные решения строились на PYBOOST и нейронках (удивительно, но нейронки хорошо работают даже при таком малом числе семплов).

Наша команда (Антонина Долгорукова, Дмитрий Руденко, Дмитрий Ершов, Антон Вахрушев, Александр Червов) заняла "счастливое" 13 место - ровно на 1 ниже золота (((((

Но у нас есть шанс еще на приз от экспертов - и ваши апвоуты - нам не помешают:
"U900 team - PYBOOST is what you need"
https://www.kaggle.com/competitions/open-problems-single-cell-perturbations/discussion/460858 описание решения и ответы на вопросы оргов. (Ваш альтруизм не будет забыт!)

В данном докладе мы напомним в чем была задача, немного расскажем о подходе на PYBOOST и перейдем к обзору решений других команд.


Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe !
PS
Подписывайтесь на канал Дмитрия о дата сайнс и Каггл: https://news.1rj.ru/str/pseudolabeling

📹 Video: https://youtu.be/NvH0tQ4wVxA
📖 Presentations: https://news.1rj.ru/str/sberlogacompete/10469

🚀 NIPS Workshop on Challenge "Open Problems – Single-Cell Perturbations"
"Predict how small molecules change gene expression in different cell types"
⌚️ 16 December 2023 at 13:30-16:30 CST (GMT-6). You can find the schedule and Zoom link on Google Sheets here: https://docs.google.com/spreadsheets/d/19VF9s9jDVE76Hg4wJDi9S8Dg3ZC1E1SAS4sdUazuTWI/edit?usp=sharing

Everyone is invited to attend. Link to information post: https://www.kaggle.com/competitions/open-problems-single-cell-perturbations/discussion/461113

NIPS workshop посвященный челенджу "Open Problems – Single-Cell Perturbations" - уже завтра - Суббота.
Наш тим U900 (Антонина Долгорукова, Дмитрий Руденко, Дмитрий Ершов, Антон Вахрушев, Александр Червов)
тоже приглашен и презентует наше решение "PYBOOST - is what you need"

Присоединяйтесь послушать топовых спецов в теме (ну и нас тоже).

🚀 Дорогие коллеги, поздравляем всех Вас с наступающим Новым Годом, желаем огромных успехов, здоровья, счастья, удачи во всех начинаниях !

💰 Новый год - время подарков - вот, например, Каггл подарит 50 000$$ тем, кто соберет Кубики Рубика за меньшее число ходов, чем другие участники ежегодного новогоднего соревнования "Santa 2023 - The Polytope Permutation Puzzle - Solve twisty puzzles in the fewest moves".

👛 А мы предлагаем приз в 5000 р тому, кто опубликует публичный ноутбук с решением, который превосходит текущий лучший публичный ноутбук на 5% и расскажет решение на нашем вебинаре. (Если Ваш ноутбук будет лучше на 1% - приз 1000р, 2% - 2000р, 3%-3000р, 4%-4000р. Условия действительны до 7 января). Каггл - лучший способ изучать практический дата-сайнс, именно потому, что люди делятся там своим кодом, идеями. Мы всячески хотели бы поощрять эту активность, надеемся, что наш приз будет этому способствовать.

Комментарии, обсуждения постановки задачи - вы можете найти в нашем чате. Если кратко - то предложен набор позиций многомерных кубиков Рубиков и задача - предъявить наиболее короткую последовательность ходов для их сборки. С точки зрения математики это задача поиска кратчайшего пути на графе Кэли группы движений кубика. Хотя задача и выглядит игровой - она является модельной для многих серьезных проблем в комбинаторной оптимизации, и методы выработанные для ее решения будут полезны для многих практических задач.

Ваш шанс воплотить научные амбиции в жизнь вместе с ИТМО!

Передовая инженерная школа ИТМО объявляет уникальный набор научных коллективов для получения грантов на открытие собственных магистратур, лабораторий, а также развитие продуктов и их интеграцию в компании.

— Мечтаете о собственной магистратуре?

— Планируете основать научную лабораторию?

— Мыслите масштабно и хотите создать научно-образовательный центр?

— Хотите выйти в индустрию и работать с бизнесом?

ПИШ ИТМО готов системно поддерживать и инвестировать в вас до 50 миллионов рублей!

Подавайте заявку до 30 января включительно 👉🏻 https://pish.itmo.ru/domen

Уважаемые коллеги !

🚀 Сообщество админов научно-образовательных каналов во главе с админами каналов: «Наука и университеты» и «Кипящий МИФИ» сформировали папку каналов о науке и образовании.

❗️Собраны отличные каналы ! Вам остается только перейти по ссылке и сохранить папку или её часть себе.

https://news.1rj.ru/str/addlist/tmcQOBSpVmo4MzU6

🚀 @SBERLOGACOMPETE webinar on data science:
👨‍🔬 Dmitrii Rudenko "Introduction to the Kaggle competition 'HMS - Harmful Brain Activity Classification'"
⌚️Friday, 2 Febraury, 20.00 (Moscow time)

Add to Google Calendar. (The talk will be in English). Announcement on Kaggle

Вкатываемся в новое соревнование по определению патернов работы мозга: HMS - Harmful Brain Activity Classification

Цель соревнования- по данным ЭЭГ пациентов понять, что иэ мозг работает некорректно. В этом соревновании доступно целых две модальности: спектрограммы работы и сырые сигналы, на которые вполне себе тоже можно учить нейросетки. Самих данных 26 гб, что тоже не мало.
Разметка таких снимков работы мозга требует дорогого обучения специалистов и их напряженной работы, так что если удастся хорошо решать задачу- то и пропускная способность специалистов вырастет. В датасете отрывки каждого снимка показывали множеству экспертов, и каждый эксперт голосовал за тип аномальной активности. Кстати их тут всего 6:
1. seizure (SZ). На русский корректнее всего переводится как 'припадок'
2. generalized periodic discharges (GPD) и lateralized periodic discharges (LPD)- регулярные конвульсии
3. ateralized rhythmic delta activity (LRDA) и generalized rhythmic delta activity (GRDA) - дельта активность. Обычно она максимально выражена во время сна и если у человека высокая дельта-активность во время бодрствования- что-то идет не так.
4. И вполне себе привычные каглерам 'прочее'

Метрика- KL-дивергенция, т.к. по отрывкам голосвали разные эксперты и у нас есть целое распределение таргетов.
Соревнование Kernel Only, так что придется азпихивать инференс внутрь пайплайна на каггле. Но результаты будут сразу после конца соревнования, так что интрига быстро разрешится.
На соревнование еще два месяца, так что лб не плотный: с топового паблик кернела можно залететь аж в серебро. Многое еще изменится и Крис Дейот уже присоединился к сореве
Подписывайтесь на канал докладчика - https://news.1rj.ru/str/pseudolabeling - о дата сайнс.
📖 Presentation
📹 Video

Привет, Друзья!!

Мы рады сообщить вам, что у нас есть специальный канал, где вы можете найти актуальные вакансии, а также разместить своё резюме.

Присылай свои CV с указанием области интересов, попробуем помочь Вам найти интересную работу.

Уважаемый HR-ы, также ожидаем и вашего активного участия 😊

Контакт @Zabis13