بسم الله الرحمن الرحیم

🟢🆕 معرفی تکنیک سینگل سل
( RNASEQ Single-Cell)

🔴 تعریف سینگل سل:
سینگل سل (Single-Cell) به مجموعه‌ای از تکنیک‌ها و روش‌ها اطلاق می‌شود که به پژوهشگران این امکان را می‌دهد تا سلول‌ها را به صورت فردی مطالعه کنند. این تکنیک‌ها به ویژه در زمینه‌های زیست‌شناسی سلولی، ژنتیک و پزشکی حائز اهمیت هستند، زیرا عملکرد و رفتار سلولی در سطح تک‌سلولی می‌تواند با رفتارهای جمعی متفاوت باشد.

🔴 اهمیت سینگل سل:
1. تنوع سلولی: تکنیک سینگل سل به پژوهشگران کمک می‌کند تا تنوع سلولی موجود در بافت‌ها و اندام‌های مختلف را شناسایی و تحلیل کنند. با مطالعه سلول‌ها به صورت فردی، می‌توان به درک بهتری از ویژگی‌ها و عملکردهای منحصر به فرد هر سلول دست یافت.

2. پاسخ به درمان: در تحقیقات پزشکی، این تکنیک می‌تواند به درک بهتر پاسخ سلول‌ها به درمان‌های مختلف، به ویژه در سرطان و بیماری‌های ژنتیکی کمک کند. با تحلیل‌های سینگل سل، می‌توان استراتژی‌های درمانی را بهینه‌سازی کرد.

3. تشخیص و درمان بیماری: سینگل سل می‌تواند در شناسایی و تشخیص زودهنگام بیماری‌های مختلف، از جمله سرطان، و همچنین در شناسایی زیربنیادهای مولکولی بیماری‌ها مفید باشد.

🔴 روش‌ها:
تکنیک‌های متعددی برای مطالعه سینگل سل وجود دارد، از جمله:
- سیکوئنسینگ تک‌سلول (Single-Cell RNA Sequencing): این روش به مطالعه بیان ژن‌ها در سطح تک‌سلولی می‌پردازد.
- فلوئورسانس-ایمیونوسیتوشیمی (Flow Cytometry): این روش به شمارش و تحلیل سلول‌ها بر اساس ویژگی‌های سطحی و داخلی آن‌ها کمک می‌کند.
- میکروسکوپ فلورسانس و تصویربرداری تک‌سلول (Single-Cell Imaging): به تصویربرداری و تحلیل رفتار سلولی در زمان واقعی و در محیط‌های مختلف کمک می‌کند.

🟢 چالش‌ها:
توسعه تکنیک‌های سینگل سل با چالش‌هایی نظیر کمبود دقت در تشخیص و تحلیل داده‌های پیچیده همراه است. همچنین، پردازش و تجزیه و تحلیل داده‌های به‌دست‌آمده نیازمند مهارت‌های تخصصی و محاسباتی می‌باشد.

⚫ 🆕 نتیجه‌گیری
سینگل سل به عنوان یک ابزار قدرتمند در زیست‌شناسی مدرن، امکان درک عمیق‌تری از فیزیولوژی سلولی و پاسخ‌های بیولوژیک را فراهم می‌کند. این تکنیک با پتانسیل‌های بالای خود، می‌تواند به تدوین راهکارهایی نوین در علوم پایه و بالینی منجر شود.
__
⚪🌸🔴 کانال تک سلول 👇👇
@singlecel

🤓🖥️ #آموزش
#مهم

🔴🟢 ⏮️ مراحل آنالیز داده های Single cell rnaseq:

🆕 برای آنالیز داده‌های سینگل سل بیان ژن با استفاده از نرم‌افزار R و بسته Seurat، مراحل کلی به شرح زیر است:

1. وارد کردن داده‌ها: داده‌های خام را به نرم‌افزار R وارد می‌کنید.
2. پیش‌پردازش داده‌ها: شامل فیلتر کردن سلول‌ها و ژن‌ها، نرمال‌سازی داده‌ها و شناسایی ژن‌های متغیر است. (Seurat)
3. کاهش ابعاد داده‌ها: با استفاده از روش‌هایی مانند PCA، ابعاد داده‌ها را کاهش می‌دهید.(Seurat)
4. کلاسترینگ سلول‌ها: سلول‌ها را بر اساس ویژگی‌هایشان به گروه‌های مختلف تقسیم می‌کنید.(Seurat)
5. بصری‌سازی داده‌ها: با استفاده از روش‌هایی مانند UMAP یا t-SNE، داده‌ها را به صورت گرافیکی نمایش می‌دهید.(Seurat)

🤓 این مراحل به شما کمک می‌کنند تا داده‌های سینگل سل را تحلیل و تفسیر کنید. 😊💐



🤓🖥️ آموزش پکیج سورات Seurat 👇

🟢 https://satijalab.org/seurat/


😍🌸 کانال تک سلول 👇👇
@singlecel

🔴🖥️ در مقاله "Single cell trannoscriptomics comes of age"، کاربردهای روش ترنسکریپتومیکس تک‌سلولی به طور جامع توضیح داده شده‌اند. این روش به عنوان یک ابزار قدرتمند برای تحلیل دقیق سلول‌ها و درک بهتر بیولوژی و بیماری‌ها معرفی شده است.

🔴 شناسایی انواع سلول‌ها در بافت‌های مختلف است. با استفاده از این روش، محققان می‌توانند انواع مختلف سلول‌ها را شناسایی کرده و تفاوت‌های آن‌ها را بررسی کنند. این امر به ویژه در بافت‌های پیچیده مانند مغز و سیستم ایمنی بسیار مفید است.

🟢 درک شبکه‌های تنظیمی یکی دیگر از کاربردهای مهم این تکنولوژی است. ترنسکریپتومیکس تک‌سلولی به محققان امکان می‌دهد تا شبکه‌های پیچیده تنظیمی و ارتباطات سلولی را بهتر درک کنند. این اطلاعات می‌تواند به شناسایی مسیرهای سیگنال‌دهی و تنظیم ژن‌ها کمک کند.

🌸 در زمینه پزشکی، این تکنولوژی برای تشخیص بیماری‌ها بسیار مفید است. با تحلیل سلول‌های بیمار، محققان می‌توانند تغییرات ژنتیکی و مولکولی را شناسایی کرده و به درک بهتری از مکانیسم‌های بیماری‌ها برسند. این اطلاعات می‌تواند به توسعه درمان‌های جدید و شخصی‌سازی شده کمک کند.

#مقاله
دانلود مقاله 👇👇

کانال تک سلول

🔴 دانلود مقاله
#مقاله

Single cell trannoscriptomics comes of age 💐😊

👨‍🏫 #آموزش

🔴 از کجا میتونم 📶 آنالیز single cell rnaseq رو یاد بگیرم؟ چه برنامه نویسی رو باید یاد بگیرم؟

⏮️ جواب سریع: پکیج Seurat


🔴 برنامه نویسی R
۱. مقدمات R
۲. پکیج Seurat
۳. پکیج Moncle
۴. پکیج Slingshot

🟢 برنامه نویسی پایتون
۱. پکیج Scanpy


کانال تک سلول👇
@singlecel

👨‍🏫 #آموزش

📶 پلات #umap در روش scRNASEQ چیست؟

🆕🔴 روشی برای خوشه بندی سلول هاست، برای اینکه بتونید جمعیت های سلولی رو بتونید پیدا کنید.

مثلاً در شکل بالا ۱۵ جمعیت سلولی مشخص شده است. این جمعیت‌ها بر اساس پروفایل بیان ژن مشابه وشه‌بندی یا کلاستر شدند و نرم‌افزار Seurat می‌تواند این گونه آنالیزها را انجام دهد.

💐کانال تک سلول👇
@singlecel

👨‍🏫 #آموزش

🔴 روش Single cell rnaseq چگونه کار میکند؟

🟢 در روش توالی یابی سینگل سل از دستگاه‌های بسیار کاربردی دستگاه 10x chromiume استفاده می شود. در این دستگاه هر سلول در یک قطره روغن به دام می‌افتد و در آن قطره روغن یک بارکد یکتا به هر سلول بصورت مجرا متصل می شود. در ادامه پروسه رونویسی از RNAها انجام می‌گیرد و بعد از آن به دستگاه توالی یابی سپرده می‌شود.

در ادامه از نحوه کار روش یک فیلم در کانال قرار میگیرد.

🌸 کانال تک سلول

@singlecel

👨‍🏫 #آموزش

🆕 یک فیلم آموزشی در مورد سینگل سل و چگونگی کارکرد آن

🌸🟢⚪🔴 کانال تک سلول👇👇

@singlecel

https://www.youtube.com/watch?v=6UVOdCc1Q7I