💻بهترین دوست یک دانشمند اُمیکس: EMBL-EBI🧬

✏️اگر در دنیای ژنومیکس، ترنسکریپتومیکس، پروتئومیکس یا متابولومیکس پژوهش می‌کنید، یکی از سایت‌هایی که حتما باید بشناسید «EMBL-EBI» هست؛ مرکز اروپایی بیوانفورماتیک که مانند یک هاب بزرگ داده‌های اُمیکس عمل می‌کند و دیتابیس و ابزارهای تحلیلی رایگان متعددی را در اختیار می‌گذارد.

⁉️سایت EMBL-EBI چیست و چه کاربردی دارد؟
سایت EMBL-EBI زیرمجموعه سازمان EMBL اروپاست و مأموریتش نگهداری، سازمان‌دهی و ارائه دسترسی آزاد به انواع داده‌های زیستی مثل توالی‌ها، بیان ژن، ساختار پروتئین، داده‌های تک‌سلولی و داده‌های بالینی-اُمیکس است.
برای تقریباً هر نوع داده اُمیکس (از RNA-seq و ChIP-seq تا متابولومیکس و پروتئومیکس)، یک پایگاه داده تخصصی در EMBL-EBI یافت می‌شود.

🖥چند مورد از مهم‌ترین دیتابیس‌ها و ابزارهای اُمیکس در EMBL-EBI:

1️⃣ ENA (European Nucleotide Archive)
آرشیو اصلی توالی‌های نوکلئوتیدی اروپاست؛ از پروژه‌های ژنوم تا RNA-seq و متاژنومیکس در آن ذخیره می‌شود و معادل اروپایی GenBank محسوب می‌شود.

2️⃣ ArrayExpress / Expression Atlas
این بخش داده‌های بیان ژن (microarray و RNA-seq) را ذخیره و به صورت پردازش‌شده در اختیار شما قرار می‌دهد. Expression Atlas به شما کمک می‌کند تا بررسی کنید یک ژن در کدام بافت، شرایط یا بیماری افزایش یا کاهش بیان دارد.

3️⃣ PRIDE
اگر در حوزه پروتئومیکس و Mass-spec پژوهش می‌کنید، PRIDE یکی از مهم‌ترین مخازن داده‌های پروتئومیکس آزمایشگاهی است.

4️⃣ MetaboLights
برای مطالعات متابولومیکس (NMR، LC–MS، GC–MS و …)، این دیتابیس اطلاعات تجربی، متابولیت‌ها و شرایط آزمایش را نگهداری می‌کند.

5️⃣ UniProt (با مشارکت EMBL-EBI)
یکی از جامع‌ترین پایگاه‌های اطلاعات پروتئینی است که شامل توالی، ساختار، عملکرد، جایگاه زیرسلولی و اصلاحات پس‌ترجمه‌ای پروتئین‌ها است.
برای لینک‌ کردن نتایج پروتئومیکس و داده‌های عملکردی/ساختاری، UniProt ابزار کاربردی و مهمی می باشد.

6️⃣ Open Targets
اگر روی بیولوژی بیماری و کشف دارو کار می‌کنید، Open Targets پلتفرمی برای کشف ارتباط بین ژن‌ها، واریانت‌ها، بیماری‌ها و داروهای بالقوه است.
این ابزار به‌ویژه برای انتخاب target در مطالعات اُمیکس بیماری‌ها بسیار کاربردی است.

❗️چرا EMBL-EBI برای اُمیکس مهم است؟
🔹دسترسی آزاد: تقریباً همه دیتابیس‌ها و ابزارها رایگان و به‌صورت Open Access در دسترس پژوهشگران هستند.
🔹متمرکز بر اُمیکس: بخش عمده‌ای از زیرساخت EMBL-EBI برای ذخیره و آنالیز داده‌های ژنومیکس، ترنسکریپتومیکس، پروتئومیکس و متابولومیکس طراحی شده است.
🔹استاندارد و قابل استناد: بسیاری از ژورنال‌های معتبر، بارگذاری داده‌ها در دیتابیس‌های EMBL-EBI را به عنوان شرط پذیرش مقاله در نظر می‌گیرند.

🌐چطور از EMBL-EBI استفاده کنیم؟
1️⃣وارد سایت اصلی EMBL-EBI شوید و از منوی Resources نوع داده مورد نظرتان (Genomics, Trannoscriptomics, Proteomics, Metabolomics) را انتخاب کنید.
2️⃣دیتابیس مناسب پروژه‌تان را پیدا کنید (مثلاً ENA برای توالی، PRIDE برای پروتئومیکس، MetaboLights برای متابولومیکس) و با جستجوی ژن، ارگانیسم، بیماری یا نوع آزمایش داده‌ها را فیلتر کنید.
3️⃣داده‌ها را دانلود کنید یا در صورت امکان، از ابزارهای آنالیز آنلاین خود سایت برای QC، آنالیز اولیه و مصورسازی استفاده کنید.

اگر دانشجوی زیست‌شناسی مولکولی، بیوتکنولوژی، بیوانفورماتیک یا حوزه‌های مرتبط با اُمیکس هستید، آشنایی با EMBL-EBI و دیتابیس‌های آن یک مهارت ضروری برای کار پژوهشی حرفه‌ای است.

#آموزش

🧬در کانال آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |

📚کتاب ارزشمند «Bioinformatics Data Skills»؛ پایه‌های ضروری کار با داده‌های اومیکس

⌨️این کتاب نوشته‌ی Vince Buffalo یک راهنمای روشن برای افرادی است که می‌خواهند داده‌های زیستی، به‌ویژه داده‌های اومیکس، را دقیق و قابل‌اعتماد تحلیل کنند. نویسنده به‌جای پرداختن به مفاهیم پیچیده محاسباتی، روی مهارت‌های عملی تمرکز می‌کند: کار با خط فرمان، مدیریت فایل‌های حجیم، کنترل کیفیت داده‌های توالی‌یابی، ثبت مراحل تحلیل و ساخت جریان‌کارهایی که قابل تکرار باشند.

👨‍💻اهمیت این کتاب در اومیکس از این‌جاست که بخش عمدهٔ تحلیل، پیش از مدل‌سازی، پیش از رسم نمودار، و حتی پیش از ورود به R یا Python، در مرحلهٔ آماده‌سازی داده انجام می‌شود. Buffalo دقیقاً همین بخش را هدف می‌گیرد و نشان می‌دهد چگونه می‌توان داده‌های ژنومیکس، ترنسکریپتومیکس و سایر شاخه‌های اومیکس را تمیز، استاندارد و آمادهٔ تحلیل کرد. این مهارت‌ها پایهٔ هر پژوهش معتبر در حوزهٔ اومیکس هستند.

👥این کتاب برای دانشجویان، پژوهشگران و علاقه‌مندان به بیوانفورماتیک و علوم اومیکس مناسب است. متن کتاب ساده، منظم و کاربردی است و خواننده را با اصولی آشنا می‌کند که در هر پروژهٔ داده‌محور، از آزمایشگاه تا تحلیل نهایی، مورد نیاز خواهد بود.

#کتاب

🧬در کانال آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |