🆔@BioUT
👨🏫 Computational Biology Symposium
on behalf of Harvard university center of mathematical science and applications
✍️ Registration Link (Registration is free but required)
📆 May 3, 2021
⏰ 10:00 am - 3:50 pm
💻ZOOM PLATFORM
https://cmsa.fas.harvard.edu/computational-biology-symposium/
🆔@BioUT
👨🏫 Computational Biology Symposium
on behalf of Harvard university center of mathematical science and applications
✍️ Registration Link (Registration is free but required)
📆 May 3, 2021
⏰ 10:00 am - 3:50 pm
💻ZOOM PLATFORM
https://cmsa.fas.harvard.edu/computational-biology-symposium/
🆔@BioUT
🆔@BioUT
"A study in Nature generated single-cell atlases of 23 lung, 16 kidney, 16 liver and 19 heart COVID-19 autopsy donor tissue samples. The dataset explains the impact of severe SARS-CoV-2 infection, a key step towards new treatments."
https://www.nature.com/articles/s41586-021-03570-8?utm_source=twitter&utm_medium=social&utm_content=organic&utm_campaign=NGMT_USG_JC01_GL_Nature
🆔@BioUT
"A study in Nature generated single-cell atlases of 23 lung, 16 kidney, 16 liver and 19 heart COVID-19 autopsy donor tissue samples. The dataset explains the impact of severe SARS-CoV-2 infection, a key step towards new treatments."
https://www.nature.com/articles/s41586-021-03570-8?utm_source=twitter&utm_medium=social&utm_content=organic&utm_campaign=NGMT_USG_JC01_GL_Nature
🆔@BioUT
🆔@BioUT
https://www.ebi.ac.uk/training/events/guide-multi-omics-pathway-analysis/
Overview
How to attend
In this webinar we will discuss how to perform comparative multi-omics pathway analyses using the ReactomeGSA pathway analysis system. We will be comparing independent studies that use different 'omics approaches, as well as different 'omics measurements from the same study. Additionally, we will be looking at simple to use methods to integrate public datasets into one's own analysis. Finally, we will use the ReactomeGSA R package to improve the annotations of single-cell RNAseq data. During the webinar we will use Reactome's web interface as well as the ReactomeGSA Bioconductor R package.
🆔@BioUT
https://www.ebi.ac.uk/training/events/guide-multi-omics-pathway-analysis/
Overview
How to attend
In this webinar we will discuss how to perform comparative multi-omics pathway analyses using the ReactomeGSA pathway analysis system. We will be comparing independent studies that use different 'omics approaches, as well as different 'omics measurements from the same study. Additionally, we will be looking at simple to use methods to integrate public datasets into one's own analysis. Finally, we will use the ReactomeGSA R package to improve the annotations of single-cell RNAseq data. During the webinar we will use Reactome's web interface as well as the ReactomeGSA Bioconductor R package.
🆔@BioUT
www.ebi.ac.uk
A guide to multi-omics pathway analysis -
🆔@BioUT
خدمات و تعریف پروژه های بیوانفورماتیک در BioUT
1 diseased and healthy cell (inclusing metabolic and non-metabolic disease) simulation
2 Sequence assembly
3 Genome annotation
4 Computational evolutionary biology
5 Comparative genomics
6 Pan genomics
7 Genetics of disease
8 Analysis of mutations in cancer
9 Analysis of gene expression
10 Analysis of protein expression
11 Analysis of regulation
12 Analysis of cellular organization
13 Microscopy and image analysis
14 Protein localization
15 Nuclear organization of chromatin
16 Network and systems biology
17 Molecular interaction networks
18 Literature analysis (web scraping and text mining)
19 High-throughput image analysis
20 High-throughput single cell data analysis
21 Biodiversity informatics
22 Ontologies and data integration
23 Databases
24 Software and tools
25 Open-source bioinformatics software
26 Web services in bioinformatics
27 Bioinformatics workflow management systems
🆔@BioUT
خدمات و تعریف پروژه های بیوانفورماتیک در BioUT
1 diseased and healthy cell (inclusing metabolic and non-metabolic disease) simulation
2 Sequence assembly
3 Genome annotation
4 Computational evolutionary biology
5 Comparative genomics
6 Pan genomics
7 Genetics of disease
8 Analysis of mutations in cancer
9 Analysis of gene expression
10 Analysis of protein expression
11 Analysis of regulation
12 Analysis of cellular organization
13 Microscopy and image analysis
14 Protein localization
15 Nuclear organization of chromatin
16 Network and systems biology
17 Molecular interaction networks
18 Literature analysis (web scraping and text mining)
19 High-throughput image analysis
20 High-throughput single cell data analysis
21 Biodiversity informatics
22 Ontologies and data integration
23 Databases
24 Software and tools
25 Open-source bioinformatics software
26 Web services in bioinformatics
27 Bioinformatics workflow management systems
🆔@BioUT
Forwarded from ScImagtel: scientific illustration designing
5th series of BioUT private online-workshops
- R programming (5 compact practical session)
- Python programming (5 compact practical session)
- MATLAB programming (5 compact practical session)
- Julia programming (5 compact practical session)
- Git (1 compact practical session- on other products)
- Statistics (5 compact session)
- General Math (5 compact session)
- Constraint based metabolic networks modeling (5 compact practical session)
- Computational genomics (5 compact practical session)
- Machine learning (5 compact practical session)
🆔@BioUT
#Bioinformatics #computational_biology #ArtificialIntelligence #Python #MachineLearning #R #Julia #Git #Statistics #Math
- R programming (5 compact practical session)
- Python programming (5 compact practical session)
- MATLAB programming (5 compact practical session)
- Julia programming (5 compact practical session)
- Git (1 compact practical session- on other products)
- Statistics (5 compact session)
- General Math (5 compact session)
- Constraint based metabolic networks modeling (5 compact practical session)
- Computational genomics (5 compact practical session)
- Machine learning (5 compact practical session)
🆔@BioUT
#Bioinformatics #computational_biology #ArtificialIntelligence #Python #MachineLearning #R #Julia #Git #Statistics #Math
🆔@BioUT
Nature
Applications of single-cell multi-omics techniques in molecular biology, genetic...
Date: September 22, 2021 Time: 9am PDT / 12pm EDT / 5pm BST / 6pm CEST
Price: Free
https://www.nature.com/webcasts/event/applications-of-single-cell-multi-omics-techniques-in-molecular-biology-genetics-and-cancer-research/
🆔@BioUT
Nature
Applications of single-cell multi-omics techniques in molecular biology, genetic...
Date: September 22, 2021 Time: 9am PDT / 12pm EDT / 5pm BST / 6pm CEST
Price: Free
https://www.nature.com/webcasts/event/applications-of-single-cell-multi-omics-techniques-in-molecular-biology-genetics-and-cancer-research/
🆔@BioUT
Forwarded from JafaRiLab (Mohieddin Jafari)
#پادکست
اپیزود چهاردهم، چهارمین اپیزود از فصل دوم پادکست منتشر شد.
- برای شکل های مقاله یا پوسترهای کنفرانس از چه رنگ هایی استفاده کنم؟
- رنگ ها چه تاثیری در جذب مخاطب (شامل خواننده، شنونده، داور و ادیتور مجلات) دارد؟
این اپیزود، یک اجرای دو نفره است به کمک مهمان پادکست یعنی احسان زنگنه. مقاله ای از مجله PLOS Computational Biology انتخاب کردیم و دریافتمون از مقاله را به همراه تجربیات خودمون با شما به اشتراک گذاشتیم. این مقاله به بررسی ده قانون در انتخاب رنگ ها برای شکل هایی که در مقالات، پوستر ها یا سخنرانی ها انتخاب می شوند، می پردازد. امیدوارم مورد پسند شنوندگان پادکست قرار بگیره و نظراتتون از نحوه اجرا و محتوای این اپیزود را با ما در میان بگذارید.
عنوان قسمت دوازدهم:
ده قانون رنگی
مقاله اصلی این اپیزود از طریق این لینک در دسترس است.
شکل اول این مقاله در نسخه اولیه یه اشتباه لپی داشته که نسخه تصحیح شده شکل از طریق این لینک در دسترس است.
برای ارسال نظرات میتوانید از طریق ادمین کانال تلگرامی یا توییتر پادکست در تماس باشید.
لینک پادکست در Google Podcast و Spotify و Anchor:
t.ly/bTCc
t.ly/DkdI
t.ly/WNG6
@JafaRiLab
اپیزود چهاردهم، چهارمین اپیزود از فصل دوم پادکست منتشر شد.
- برای شکل های مقاله یا پوسترهای کنفرانس از چه رنگ هایی استفاده کنم؟
- رنگ ها چه تاثیری در جذب مخاطب (شامل خواننده، شنونده، داور و ادیتور مجلات) دارد؟
این اپیزود، یک اجرای دو نفره است به کمک مهمان پادکست یعنی احسان زنگنه. مقاله ای از مجله PLOS Computational Biology انتخاب کردیم و دریافتمون از مقاله را به همراه تجربیات خودمون با شما به اشتراک گذاشتیم. این مقاله به بررسی ده قانون در انتخاب رنگ ها برای شکل هایی که در مقالات، پوستر ها یا سخنرانی ها انتخاب می شوند، می پردازد. امیدوارم مورد پسند شنوندگان پادکست قرار بگیره و نظراتتون از نحوه اجرا و محتوای این اپیزود را با ما در میان بگذارید.
عنوان قسمت دوازدهم:
ده قانون رنگی
مقاله اصلی این اپیزود از طریق این لینک در دسترس است.
شکل اول این مقاله در نسخه اولیه یه اشتباه لپی داشته که نسخه تصحیح شده شکل از طریق این لینک در دسترس است.
برای ارسال نظرات میتوانید از طریق ادمین کانال تلگرامی یا توییتر پادکست در تماس باشید.
لینک پادکست در Google Podcast و Spotify و Anchor:
t.ly/bTCc
t.ly/DkdI
t.ly/WNG6
@JafaRiLab
Castbox
Episode 14 - Ten Colourful Rules (ده قانون رنگی)
<p>به پادکستی برای زیست شناسی محاسباتی و ترویج علم خوش آمدید</p><p>فصل دوم</p><p><br /></p><p>قسمت چهاردهم:</p><p>ده قانون رنگی</p><p>مقاله اصلی این اپی...
👍1
#مقاله_ما
🆔@BioUT
Systematic identification of novel cancer genes through analysis of deep shRNA perturbation screens * Systematic perturbation screens provide comprehensive resources for the elucidation of cancer driver genes. The perturbation of many genes in relatively few cell lines in such functional screens necessitates the development of specialized computational tools with sufficient statistical power. Here we developed APSiC (Analysis of Perturbation Screens for identifying novel Cancer genes) to identify genetic drivers and effectors in perturbation screens even with few samples. Applying APSiC to the shRNA screen Project DRIVE, APSiC identified well-known and novel putative mutational and amplified cancer genes across all cancer types and in specific cancer types. ...*
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab627/6329117
🆔@BioUT
🆔@BioUT
Systematic identification of novel cancer genes through analysis of deep shRNA perturbation screens * Systematic perturbation screens provide comprehensive resources for the elucidation of cancer driver genes. The perturbation of many genes in relatively few cell lines in such functional screens necessitates the development of specialized computational tools with sufficient statistical power. Here we developed APSiC (Analysis of Perturbation Screens for identifying novel Cancer genes) to identify genetic drivers and effectors in perturbation screens even with few samples. Applying APSiC to the shRNA screen Project DRIVE, APSiC identified well-known and novel putative mutational and amplified cancer genes across all cancer types and in specific cancer types. ...*
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab627/6329117
🆔@BioUT
JafaRiLab
#پادکست اپیزود چهاردهم، چهارمین اپیزود از فصل دوم پادکست منتشر شد. - برای شکل های مقاله یا پوسترهای کنفرانس از چه رنگ هایی استفاده کنم؟ - رنگ ها چه تاثیری در جذب مخاطب (شامل خواننده، شنونده، داور و ادیتور مجلات) دارد؟ این اپیزود، یک اجرای دو نفره است…
پادکست یکی از اعضای گروه @BioUT که در زمینه آشکار سازی داده فعال هستن
🆔@BioUT
با همکاری دانشمندان کشورمان و با حمایت شرکت سل تک فارمد اولین واکسن mRNA ایرانی علیه بیماری کووید۱۹ وارد مطالعه پیش بالینی(فاز حیوانی) شد.
در مطالعه حیوانی این واکسن، ۱۰۰ میکرولیتر لیپوفکتامین حاوی ۱۰ یا ۲۰ میکروگرم از mRNA کد کننده پروتئین اسپایک ویروس SARS-CoV-2 ( ۸ موش در هر گروه دریافت کننده واکسن و ۶ موش در گروه کنترل) به صورت IM تزریق شد و سپس سرم این موش ها جهت ارزیابی ایمنی هومورال ایجاد شده در روزهای ۲۱، ۲۸، و ۸۴ پس از تزریق جمع آوری شد.
همچنین در گام بعدی، کارایی واکسن ها در موش های Balb/c (۶ تا ۸ هفته)، و C57BL/6 ( ۶ تا ۸ هفته) و نهایتا در در میمون های رزوس ( ۴ الی ۶ سال) بررسی شد (۱۰۰ میکروگرم در میمون)
نتایج این مطالعه از کارایی قابل قبول، هم در تولید انتی بادی خنثی کننده و هم در ایجاد ایمنی سلولی (اندازه گیری اینترفرون گاما به عنوان مارکر سلول های T کمکی) حکایت دارد.
نتایج این مطالعه در ژورنال واکسن با ایمپکت فاکتور ۴/۴ (Q2) منتشر شده است.
تبریک فراوان به دانشمندان در گیر در این پروژه 💐
https://www.mdpi.com/2076-393X/9/9/1007/htm
🆔@BioUT
با همکاری دانشمندان کشورمان و با حمایت شرکت سل تک فارمد اولین واکسن mRNA ایرانی علیه بیماری کووید۱۹ وارد مطالعه پیش بالینی(فاز حیوانی) شد.
در مطالعه حیوانی این واکسن، ۱۰۰ میکرولیتر لیپوفکتامین حاوی ۱۰ یا ۲۰ میکروگرم از mRNA کد کننده پروتئین اسپایک ویروس SARS-CoV-2 ( ۸ موش در هر گروه دریافت کننده واکسن و ۶ موش در گروه کنترل) به صورت IM تزریق شد و سپس سرم این موش ها جهت ارزیابی ایمنی هومورال ایجاد شده در روزهای ۲۱، ۲۸، و ۸۴ پس از تزریق جمع آوری شد.
همچنین در گام بعدی، کارایی واکسن ها در موش های Balb/c (۶ تا ۸ هفته)، و C57BL/6 ( ۶ تا ۸ هفته) و نهایتا در در میمون های رزوس ( ۴ الی ۶ سال) بررسی شد (۱۰۰ میکروگرم در میمون)
نتایج این مطالعه از کارایی قابل قبول، هم در تولید انتی بادی خنثی کننده و هم در ایجاد ایمنی سلولی (اندازه گیری اینترفرون گاما به عنوان مارکر سلول های T کمکی) حکایت دارد.
نتایج این مطالعه در ژورنال واکسن با ایمپکت فاکتور ۴/۴ (Q2) منتشر شده است.
تبریک فراوان به دانشمندان در گیر در این پروژه 💐
https://www.mdpi.com/2076-393X/9/9/1007/htm
🆔@BioUT
🆔@BioUT
Wednesday, September 22nd 2021
9AM PDT | 12PM EDT | 5PM BST | 6PM CEST
Emerging single-cell multi-omics sequencing technologies allow the capture of multiple modalities from a cell, including its epigenome, trannoscriptome, epitrannoscriptome and proteome. This combination of multiple layers of information also requires tailor-made computational tools for integrative analyses. Multi-omics sequencing methods are ideally placed for molecular biology research (including tracing cell lineages, producing cell type atlases of various organs, and mapping cellular spatial information), and its disease relevance, specifically in cancer research (tumour heterogeneity, cancer progression and its interactions with the microenvironment, mechanisms of response or resistance to therapy) and complex disease genetics (causal genetic variants, genes, mechanisms, relevant cell types, and the discovery of drug targets).
🆔@BioUT
Wednesday, September 22nd 2021
9AM PDT | 12PM EDT | 5PM BST | 6PM CEST
Emerging single-cell multi-omics sequencing technologies allow the capture of multiple modalities from a cell, including its epigenome, trannoscriptome, epitrannoscriptome and proteome. This combination of multiple layers of information also requires tailor-made computational tools for integrative analyses. Multi-omics sequencing methods are ideally placed for molecular biology research (including tracing cell lineages, producing cell type atlases of various organs, and mapping cellular spatial information), and its disease relevance, specifically in cancer research (tumour heterogeneity, cancer progression and its interactions with the microenvironment, mechanisms of response or resistance to therapy) and complex disease genetics (causal genetic variants, genes, mechanisms, relevant cell types, and the discovery of drug targets).
🆔@BioUT
Forwarded from زيست هنر
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
BrainGate
این سامانه توسط یک رابط مغز-کامپیوتر امواج مغزی را از یک فرد معلول دریافت میکند. وقتی فرد به نوشتن حروف انگلیسی فکر میکند، امواج مغزی ثبتشده توسط #هوش_مصنوعی به صورت متن درمیآیند. سرعت این سامانه ۱۸ کلمه (۹۰ کاراکتر) بر دقیقه است و دقت آن ۹۴ درصد تخمین زده شده است.
#فیلم
#نوروساینس
@BioArts
این سامانه توسط یک رابط مغز-کامپیوتر امواج مغزی را از یک فرد معلول دریافت میکند. وقتی فرد به نوشتن حروف انگلیسی فکر میکند، امواج مغزی ثبتشده توسط #هوش_مصنوعی به صورت متن درمیآیند. سرعت این سامانه ۱۸ کلمه (۹۰ کاراکتر) بر دقیقه است و دقت آن ۹۴ درصد تخمین زده شده است.
#فیلم
#نوروساینس
@BioArts
🆔@BioUT
The US scientists who created the first living robots say the life forms, known as xenobots, can now reproduce -- and in a way not seen in plants and animals.
https://www.google.com/amp/s/amp.cnn.com/cnn/2021/11/29/americas/xenobots-self-replicating-robots-scn/index.html
🆔@BioUT
The US scientists who created the first living robots say the life forms, known as xenobots, can now reproduce -- and in a way not seen in plants and animals.
https://www.google.com/amp/s/amp.cnn.com/cnn/2021/11/29/americas/xenobots-self-replicating-robots-scn/index.html
🆔@BioUT
🆔@BioUT
The 2022 Hardiman Scholarship applications are now open
Who are these scholarships for?
Students starting their PhD in September 2022. The Hardiman PhD Scholarships are fully funded for four years, with a stipend of €18,500 p.a. plus fee waiver. High-achieving individuals, with drive and passion, who have an appetite for the research world and creativity, who thrive on intellectual excitement, and who will positively impact and shape the future for all in our society. Using your creative energy, your PhD journey at NUI Galway will be alive with possibilities and opportunities.
http://www.nuigalway.ie/hardiman-scholarships/
🆔@BioUT
The 2022 Hardiman Scholarship applications are now open
Who are these scholarships for?
Students starting their PhD in September 2022. The Hardiman PhD Scholarships are fully funded for four years, with a stipend of €18,500 p.a. plus fee waiver. High-achieving individuals, with drive and passion, who have an appetite for the research world and creativity, who thrive on intellectual excitement, and who will positively impact and shape the future for all in our society. Using your creative energy, your PhD journey at NUI Galway will be alive with possibilities and opportunities.
http://www.nuigalway.ie/hardiman-scholarships/
🆔@BioUT
🆔@BioUT
https://www.youtube.com/watch?v=9ksLuRoEq6A
Living brain cells in a dish can learn to play Pong when they are placed in what researchers describe as a "virtual game world".
🆔@BioUT
https://www.youtube.com/watch?v=9ksLuRoEq6A
Living brain cells in a dish can learn to play Pong when they are placed in what researchers describe as a "virtual game world".
🆔@BioUT