Forwarded from ICoBi1
پنج شنبه، ۲۳ آذر، آخرین جلسه از اولین همایش بین المللی زیست شناسی محاسباتی، ICoBi، با حضور شما به پایان رسید.
از شما شرکت کنندگان و دنبال کنندگان عزیز بسیار سپاسگزاریم.
همچنین از "سرکار خانم دکتر فاطمه زارع " به جهت فراهم آوردن این همایش متشکریم.
و در نهایت، از تمام عوامل کادر اجرایی، که سعی در هر چه بهتر برگزار شدن این جلسات داشتند ممنونیم.
در ادامه گزارشی تصویری از سخنرانان آخرین جلسه، شرکت کنندگان و مراسم اختتامیه را خواهیم داشت.
@ICoBi
@CBRC_aut
از شما شرکت کنندگان و دنبال کنندگان عزیز بسیار سپاسگزاریم.
همچنین از "سرکار خانم دکتر فاطمه زارع " به جهت فراهم آوردن این همایش متشکریم.
و در نهایت، از تمام عوامل کادر اجرایی، که سعی در هر چه بهتر برگزار شدن این جلسات داشتند ممنونیم.
در ادامه گزارشی تصویری از سخنرانان آخرین جلسه، شرکت کنندگان و مراسم اختتامیه را خواهیم داشت.
@ICoBi
@CBRC_aut
#سمینارهای_دوهفتگی_بیوانفورماتیک
موضوع: سرهم سازی ژنوم
توسط: خانم شهره معصومی
تاریخ: سه شنبه، ۲۸ آذرماه، ساعت۱۶:۳۰
اتاق ۳۱۱
@CBRC_aut
موضوع: سرهم سازی ژنوم
توسط: خانم شهره معصومی
تاریخ: سه شنبه، ۲۸ آذرماه، ساعت۱۶:۳۰
اتاق ۳۱۱
@CBRC_aut
CBRC
#سمینارهای_دوهفتگی_بیوانفورماتیک موضوع: سرهم سازی ژنوم توسط: خانم شهره معصومی تاریخ: سه شنبه، ۲۸ آذرماه، ساعت۱۶:۳۰ اتاق ۳۱۱ @CBRC_aut
#خلاصه
در یک سیستم برای شناسایی هر عضو، یک شناسه یکتا به آن اختصاص می یابد. طبیعت نیز به هر موجود زنده یک شناسه داده است که به آن DNA می گویند. در نتیجه به دست آوردن DNA هر ارگانیسم یکی از مهم ترین راه ها برای شناخت آن موجود زنده است.
ایده آل ترین راه برای به دست آوردن DNA دستگاه هایی خواهند بود که یک سلول از یک ارگانیزم را به عنوان ورودی دریافت کرده و رشته DNA متعلق به آن را در اختیار ما قرار دهد.
اما در حال حاضر چنین تکنولوژی ای در دسترس نیست.
دستگاه های کنونی تکه های ناپیوسته ای از DNA را به عنوان خروجی به ما تحویل میدهند. در پروژه " مونتاژ ژنوم "، هدف به دست آوردن رشته اصلی DNA، از سر هم سازی این تکه هاست.
در یک سیستم برای شناسایی هر عضو، یک شناسه یکتا به آن اختصاص می یابد. طبیعت نیز به هر موجود زنده یک شناسه داده است که به آن DNA می گویند. در نتیجه به دست آوردن DNA هر ارگانیسم یکی از مهم ترین راه ها برای شناخت آن موجود زنده است.
ایده آل ترین راه برای به دست آوردن DNA دستگاه هایی خواهند بود که یک سلول از یک ارگانیزم را به عنوان ورودی دریافت کرده و رشته DNA متعلق به آن را در اختیار ما قرار دهد.
اما در حال حاضر چنین تکنولوژی ای در دسترس نیست.
دستگاه های کنونی تکه های ناپیوسته ای از DNA را به عنوان خروجی به ما تحویل میدهند. در پروژه " مونتاژ ژنوم "، هدف به دست آوردن رشته اصلی DNA، از سر هم سازی این تکه هاست.
Regulation of gene expression includes a wide range of mechanisms that are used by cells to increase or decrease the production of specific gene products (protein or RNA), and is informally termed gene regulation. Sophisticated programs of gene expression are widely observed in biology, for example to trigger developmental pathways, respond to environmental stimuli, or adapt to new food sources. Virtually any step of gene expression can be modulated, from trannoscriptional initiation, to RNA processing, and to the post-translational modification of a protein. Often, one gene regulator controls another, and so on, in a gene regulatory network.
___________________
@CBRC_aut
___________________
@CBRC_aut
#سمینارهای_دوهفتگی_بیوانفورماتیک
#موضوع پیشگویی ساختار RNAبه روش شبکه عصبی
#توسط لطفی-روزبهانی
امروز، ۶ دی، ساعت ۱۶:۳۰، اتاق ۳۱۱
@CBRC_aut
#موضوع پیشگویی ساختار RNAبه روش شبکه عصبی
#توسط لطفی-روزبهانی
امروز، ۶ دی، ساعت ۱۶:۳۰، اتاق ۳۱۱
@CBRC_aut
خلاصه:
تعیین توالی ژنوم موجودات با آنچه که تکنولوژیهای توالییابی نسل جدید در مقیاس انبوه نامیده میشود، یکی از مباحث داغ در زیستشناسی میباشد.
حجم زیاد دادههای حاصل و هزینهی کم این تکنولوژیها، بهدست آوردن توالی تعداد بسیار زیادی از قطعات کوتاه در ژنوم موجودات را امکان پذیر میسازد. با این وجود، بازسازی ژنوم با داشتن این قطعات کوتاه مسالهای دشوار است که بدون داشتن راهحل محاسباتی کارا برای آن نمیتوان از این دادهها استفاده نمود. از اینرو، مسالهی سرهمسازی ژنوم یکی از اساسیترین مسائل در بیوانفورماتیک است.
در یک دههی گذشته، الگوریتمهای مختلفی برای سرهمسازی ژنوم از ابتدا و بر اساس مرجع روی دادههای با طول کوتاه توسعه یافتند که تمرکز اصلی ما بر روی سرهمسازی ژنوم بر اساس مرجع میباشد. در این کار، چارچوب جدیدی ارایه میکنیم که کیفیت توالیهای ژنوم بازسازی شده را از طریق حل مشکل خوانشهای چندنگاشته، بهبود میبخشد.
برای دستیابی به این هدف، فضای جستجو برای خوانشهایی که به طور نادقیق روی ژنوم نگاشت میشوند را کاهش میدهیم تا احتمال نگاشت نادرست خوانشها کم شود. ارزیابی نتایج اجرای چارچوب روی مجموعههای داده شبیهسازی شده و واقعی نشان میدهد که نرخ خطای ژنومهای بازسازی شده کاهش یافته است. بنابراین میتوان از این چارچوب به عنوان یک ابزار پس پردازش در سرهمسازی ژنوم بهره برد.
تعیین توالی ژنوم موجودات با آنچه که تکنولوژیهای توالییابی نسل جدید در مقیاس انبوه نامیده میشود، یکی از مباحث داغ در زیستشناسی میباشد.
حجم زیاد دادههای حاصل و هزینهی کم این تکنولوژیها، بهدست آوردن توالی تعداد بسیار زیادی از قطعات کوتاه در ژنوم موجودات را امکان پذیر میسازد. با این وجود، بازسازی ژنوم با داشتن این قطعات کوتاه مسالهای دشوار است که بدون داشتن راهحل محاسباتی کارا برای آن نمیتوان از این دادهها استفاده نمود. از اینرو، مسالهی سرهمسازی ژنوم یکی از اساسیترین مسائل در بیوانفورماتیک است.
در یک دههی گذشته، الگوریتمهای مختلفی برای سرهمسازی ژنوم از ابتدا و بر اساس مرجع روی دادههای با طول کوتاه توسعه یافتند که تمرکز اصلی ما بر روی سرهمسازی ژنوم بر اساس مرجع میباشد. در این کار، چارچوب جدیدی ارایه میکنیم که کیفیت توالیهای ژنوم بازسازی شده را از طریق حل مشکل خوانشهای چندنگاشته، بهبود میبخشد.
برای دستیابی به این هدف، فضای جستجو برای خوانشهایی که به طور نادقیق روی ژنوم نگاشت میشوند را کاهش میدهیم تا احتمال نگاشت نادرست خوانشها کم شود. ارزیابی نتایج اجرای چارچوب روی مجموعههای داده شبیهسازی شده و واقعی نشان میدهد که نرخ خطای ژنومهای بازسازی شده کاهش یافته است. بنابراین میتوان از این چارچوب به عنوان یک ابزار پس پردازش در سرهمسازی ژنوم بهره برد.
CBRC
برگزاری سمینار های بیوانفورماتیک موضوع: drug repositioning توسط خانم دکتر فاطمه زارع دوشنبه۱۳ آبان، ساعت ۱-۳ دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر دانشگاه امیرکبیر اتاق 313 @cbrc_aut
Abstract
De novo drug discovery is a time-consuming and expensive process. Nowadays, drug repositioning is utilized as a common strategy to discover a new drug indication for existing drugs.
This strategy is mostly used in cases with a limited number of candidate pairs of drugs and diseases.
In other words, they are not scalable to a large number of drugs and diseases. Most of the in-silico methods mainly focus on linear approaches while non-linear models are still scarce for new indication predictions.
Therefore, applying non-linear computational approaches can offer an opportunity to predict possible drug repositioning candidates.
De novo drug discovery is a time-consuming and expensive process. Nowadays, drug repositioning is utilized as a common strategy to discover a new drug indication for existing drugs.
This strategy is mostly used in cases with a limited number of candidate pairs of drugs and diseases.
In other words, they are not scalable to a large number of drugs and diseases. Most of the in-silico methods mainly focus on linear approaches while non-linear models are still scarce for new indication predictions.
Therefore, applying non-linear computational approaches can offer an opportunity to predict possible drug repositioning candidates.
CBRC
برگزاری سمینار های بیوانفورماتیک موضوع: برهمکنش RNA-RNA توسط آقای فواد عبدی دوشنبه ۲۵ آذر، ساعت ۱-۳ دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر دانشگاه امیرکبیر اتاق 313 @CBRC_aut
#توجه
با توجه به تعطیلی مراکز آموزشی و دانشگاهی در روز ۲۵ آذر، جلسه فردا برگزار نخواهد شد
با توجه به تعطیلی مراکز آموزشی و دانشگاهی در روز ۲۵ آذر، جلسه فردا برگزار نخواهد شد