🔸️《برگزاری سمینار بیوانفورماتیک 》



📌موضوع: تحلیل داده‌های بیان ژنی با استفاده از خواص توپولوژیکی شبکه‌های هم بیانی

ارائه دهنده: #مریم_رستگاری

📆 زمان: چهارشنبه، ۹ مهرماه ۱۳۹۹، ساعت ۱۸:۳۰

این سمینار به صورت مجازی برگزار خواهد گردید و حضور برای عموم آزاد است.

جهت دریافت اطلاعات بیشتر، کانال CBRC را دنبال نمایید.

@CBRC_aut

#خلاصه_سمینار 🧬🧬

داده های بیان ژنی بیانگر میزان بیان ژن ها در نمونه های مختلف می‌باشند. تعداد نمونه‌های این داده‌ها کم و در مقابل تعداد ویژگی‌های آن زیاد است. در این شرایط و باتوجه به روابط پیچیده ی ژن ها با یکدیگر، تحلیل داده‌های بیان ژنی کاری دشوار است.

شبکه های هم بیانی از خانواده شبکه های همبستگی هستند، که برای تحلیل داده‌های بیان ژنی، همبستگی و ارتباطات بین ژن ها را در نظر می‌گیرند. مطالعه ی خواص توپولوژیکی این شبکه ها می تواند در درک بهتر روابط بین ژن ها و شناخت بهتر عوامل تاثیرگذار در بیماری ها موثر واقع شوند.

#مریم_رستگاری

@CBRC_aut

جهت استفاده از سامانه برگزاری سمینارهای هفتگی، فایل راهنمای اتصالات را مطالعه نمایید.
@CBRC_aut

🔸️《برگزاری سمینار بیوانفورماتیک 》



📌موضوع: جایگزینی دارو

ارائه دهنده:#زهرا_قربانعلی

📆 زمان: چهارشنبه، ۱۶ مهرماه ۱۳۹۹، ساعت ۱۸:۳۰

این سمینار به صورت مجازی برگزار خواهد گردید و حضور برای عموم آزاد است.

جهت دریافت اطلاعات بیشتر، کانال CBRC را دنبال نمایید.

@CBRC_aut

#خلاصه_سمینار 🧬🧬

طراحی، کشف و توسعه دارو برای درمان بیماری های جدید یک فرآیند پرهزینه و زمان بر است. تکنیک هایی
مانند جایگزینی دارو، به معنای استفاده از یک داروی از قبل طراحی شده برای یک تشخیص جدید، می توانند
هزینه این فرآیند را کاهش دهند. در این جلسه ابتدا به معرفی مسئله جایگزینی دارو می پردازیم، سپس
پایگاه داده های متداول در این موضوع را بررسی می نماییم، در ادامه چند روش محاسباتی را معرفی می کنیم.

#زهرا_قربانعلی
@CBRC_aut

《برگزاری سمینارهای هفتگی بیوانفورماتیک 》

آزمایشگاه CBRC دانشگاه امیرکبیر در نظر دارد سمینارهای هفتگی با موضوع بیوانفورماتیک برگزار نماید.

جهت رعایت پروتکل های بهداشتی، تمامی جلسات به صورت‌ برخط و در بستر Adobe Connect برگزار خواهد شد.

همچنین حضور برای تمام علاقه مندان رایگان است.

📅 زمان: چهارشنبه ها، ساعت ۱۸:۳۰

🌐 آدرس سایت جهت ثبت نام:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/seminars/

اطلاعات بیشتر را در کانال CBRC دنبال نمایید.


@CBRC_aut

#آپارات

در کانال آپارات آزمایشگاه CBRC ویدئوهای زیر را مشاهده و دانلود کنید:

👩🏻‍💻سمینارهای هفتگی ارائه شده

🦠 آشنایی با کرونا ویروس

🖥 به کارگیری روش‌های یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک

🧬 اولین ورکشاپ بین المللی IcoBi

🔸و ...


🌐جهت دسترسی میتوانید از لینک زیر اقدام فرمایید:

https://www.aparat.com/bioinformatics_aut

@CBRC_aut

🔸️《برگزاری سمینار بیوانفورماتیک 》



📌موضوع: طراحی RNA

ارائه دهنده: #سارا_نوری_زاده

📆 زمان: چهارشنبه، ۲۳ مهرماه ۱۳۹۹ ، ساعت ۱۸:۳۰

این سمینار به صورت مجازی برگزار خواهد گردید و حضور برای عموم آزاد است.

جهت دریافت اطلاعات بیشتر، کانال CBRC را دنبال نمایید.

@CBRC_aut

#خلاصه_سمینار 🧬🧬

بررسی ساختارِ آر ان ای (RNA)، به عنوان یکی از درشت مولکول های اصلی در گونه های زیستی، من جمله مهمترین مسائل زیست محاسباتی است.
به عنوان مثال، فهم ساختار RNA ویروس کرونا و عملکردِ آن میتواند در یافتن روش درمان مناسب و از بین بردنِ بیماری کمک شایانی کند.
در این سمینار ساختار های RNA را شرح میدهیم، مهمترین مسائل این حوزه را بررسی می کنیم، چندی از اصلی ترین ابزارهای ارائه شده درحل این مسائل را مطرح می نماییم و در انتها به معرفی رویکردی جهت بررسی دقیق‌تر مسئله‌ی حل‌نشده "طراحی RNA" میپردازیم.

#سارا_نوری_زاده

@CBRC_aut

راه‌های ارتباطی با ما:

🎥 #آپارات:
http://www.aparat.com/bioinformatics_aut

📸 #اینستاگرام:
http://www.instagram.com/cbrc_aut

🌐 #وبسایت:
http://www.bioinformatics.aut.ac.ir

📧 #پست_الکترونیکی:
cbrc@aut.ac.ir

@CBRC_aut

📄 #پنجشنبه_و_معرفی_مقاله


#کرونا 🦠 و #بیان_ژن 🧬

ویروس #کرونا سراسر جهان را فرا گرفته است. پاتوژن این بیماری، SARS-Cov-2، از آنزیم تبدیل کننده آنژیوتنسین2(ACE2) به عنوان سلول میزبان خود استفاده میکند.
این آنزیم با تنظیم حجم مایعات بدن، فشار خون را کنترل می‌نماید و از این منظر با ویروس کرونایی که در سال 2003وجود داشت، عملکرد مشابهی دارد.
مطالعات اپیدمیولوژیک نشان میدهد که مردان کمی بیشتر از زنان در معرض این بیماری قرار دارند. همچنین افراد بالای 60 سال یا مبتلایان به بیماری قلبی و عروقی نیز، بیشتر در خطر هستند.
در این مقاله با تجزیه و تحلیل GTEx و سایر داده های زیستی بر روی 30 بافت از هزاران نمونه مختلف، به این نتیجه رسیدند که تغییر بیان ژن ACE2 در بافتهای مختلف، میتواند در نشان دادن حساسیت و عفونت ویروس کرونا متفاوت عمل کند. و این تغییر در زنان و جوانان آسیایی، افراد سالمند و مبتلایان به دیابت نوع دوم بیشتر مشاهده شده است. مسیر متابولیکی عملکرد این عفونت به گونه ای است که بر بیان ACE2 غلبه کند و این کار با قرار گرفتن در پثوی ژنهای سرکوب کننده بیان ACE2 صورت میگیرد.
در این مطالعه مشخص شده است که بین بیان ژن ACE2 و مرگ و میر ناشی از COVID-19 رابطه عکس وجود دارد.

#تهیه_و_تنظیم : #میلاد_بشارتی
@CBRC_aut

همچنین اگر به موضوع ویروس #کرونا علاقه مند هستید می توانید ویدئو زیر را مشاهده کنید :

https://www.aparat.com/v/WLNVK

#تهیه_و_تنظیم: #یاسین_رحمانی

@CBRC_aut

#یکشنبه_ها_و_بیوانفورماتیک

بیوانفورماتیک چیست؟؟🧬

بیوانفورماتیک دانش استفاده از علوم کامپیوتر، آمار و احتمالات در شاخه زیست شناسی مولکولی است و شامل روش‌ها و نرم افزارهایی جهت فهم اطلاعات زیستی است.

بیوانفورماتیک به عنوان یک دانش بین رشته ای،به منظور تجزیه و تحلیل و تفسیر اطلاعات زیست‌شناسی، از ترکیب علوم کامپیوتر، آمار، ریاضی و مهندسی استفاده می‌کند.

به عبارتی دیگر از بیوانفورماتیک برای تجزیه و تحلیل درون کامپیوتریِ مسائل زیست‌شناسی با استفاده از تکنیک‌های ریاضی و آمار به‌کار گرفته می‌شود.
#تهیه_و_تنظیم: #فاطمه_مردانی

@CBRC_aut

🔸️《برگزاری سمینار بیوانفورماتیک 》



📌موضوع: طراحی پروتئین

ارائه دهنده: #امین_رحمانی

📆 زمان: چهارشنبه، ۳۰ مهرماه ۱۳۹۹ ، ساعت ۱۸:۳۰

این سمینار به صورت مجازی برگزار خواهد گردید و حضور برای عموم آزاد است.

🌐جهت ثبت نام از لینک زیر اقدام فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/seminars/2020/register.php?seminar_id=5

جهت دریافت اطلاعات بیشتر، کانال CBRC را دنبال نمایید.

@CBRC_aut

#خلاصه_سمینار 🧬🧬

طراحی پروتئین‌‌، که یکی از درشت مولکول‌های اصلی در بدن ماست ، از جمله مسائل مهم بیوانفورماتیک به شمار می رود.
این مولکول دارای یک ساختار سه بعدی است و در بدن عملکرد‌های مختلفی نظیر کاتالیز فرایند شیمیایی و کمک به سیستم ایمنی را انجام می دهد.
میان عملکرد و ساختار پروتئین رابطه تنگاتنگی وجود دارد. هدف از این مساله، یافتن یک توالی آمینواسیدی مناسب برای ساختار موجود است.
در این سمینار به معرفی پروتئین و عملکرد آن می‌پردازیم، مساله طراحی پروتئین را بررسی می نماییم، با روش به دست آوردن داده‌های مورد نیاز آشنا می شویم و ابزار لازم برای بررسی آن‌ها را معرفی می‌کنیم.

#امین_رحمانی

@CBRC_aut

#پنجشنبه_و_معرفی_مقاله

به مناسبت پیش رو بودن روز جهانی CRISPR، در #پنجشنبه_و_معرفی_مقاله این هفته به معرفی این ابزار میپردازیم.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6286148/


اCRISPR یا به عبارتی Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats خانواده‌ای از توالی‌های DNA هستند که در ژنوم گونه‌های پروکاریوتی نظیر باکتری‌ها و آرکی دیده شده‌اند. این توالی‌ها از قسمت‌های DNA باکتریوفاژهایی که در گذشته پروکاریوت‌ها را آلوده کرده بودند، گرفته شده اند. باکتریوفاژها ویروس هایی هستند که باکتری‌ها و آرکی ها را آلوده کرده و در بستر آنها گسترش می‌یابند. نقش این توالی‌های یافت شده، شناسایی و تخریب قسمت‌های آلوده شده DNA توسط باکتریوفاژ در عفونت های آینده است. از این رو این توالی‌ها نقشی اساسی در سیستم ایمنی ضد ویروسی پروکاریوت‌ها دارند.
اCRISPR/CAS ، سیستم ایمنی ضد ویروسی پروکاریوتی است که در برابر عناصر ژنتیک خارجی مانند آنچه در پلاسمیدها و یا فاژها وجود دارد، مقاومت می کند و نوعی ایمنی اکتسابی ایجاد می نماید. RNA هایی که از spacer sequence برخوردار هستند، به پروتئین‌های CAS مربوط به CRISPR کمک می کنند تا DNAهای بیماری‌زای خارجی را تشخیص داده و برش دهند. بعضی از پروتئین‌های CAS هدایت شده با RNA، می توانند RNAهای خارجی را نیز برش دهند.
این سیستم‌های ذکر شده، سیستم ویرایش ژن CRISPR را ایجاد نموده اند که در این روش‌ها معمولا ازپروتئین‌های CAS بهره می‌برند. از این سیستم ویرایش ژنی در موضوعات متنوعی نظیر درمان بیماری‌ها، تحقیقات بیولوژیکی و توسعه محصولات بیوتکنولوژی استفاده می گردد. جنیفر داودنا و امانوئل شارپنیته به دلیل ابداع تکنیک ویرایش ژنوم CRISPR/CAS9 در سال 2020 جایزه نوبل شیمی را کسب نمودند. در این روش با دستکاری توالی نوکلئوتیدی RNA راهنما، می توان CAS9 مصنوعی را برای هدف قرار دادن هر توالی DNA جهت برش، برنامه ریزی نمود.
#تهیه_و_تنظیم : #زهرا_قربانعلی

@CBRC_aut

#یکشنبه_و_آموزش_بیوانفورماتیک

دیوکسی ریبو نوکلئیک اسید و یا به اختصار DNA، یکی از مهمترین درشت مولکول ها است و دارای اطلاعات ژنتیکی موجودات زنده و ویروس ها می باشد.
نقش اصلی مولکول دی‌ان‌ای ذخیره‌سازی طولانی مدت اطلاعات ژنتیکی و دستوری است.
دی‌ان‌ای پلیمری است که واحدهای سازنده آن اسید نوکلئوتیدی هستند.
یک نوکلئوتید شامل یک گروه فسفات و یک کربوهیدرات پنج کربنه ( دئوکسی ریبوز ) و یک باز آلی است به‌طوری که گروه فسفات و باز آلی با پیوند کووالانسی به دو سمت قند متصل هستند؛ و در نهایت نوکلئوتیدها با پیوند فسفودیستر  به هم متصل شده و درشت مولکول دی‌ان‌ای را پدیدمی‌آورند.
برای آشنایی بیشتر با مولکول DNA و عملکرد آن میتوانید ویدئو ضمیمه شده را مشاهده فرمایید.

#تهیه_و_تنظیم: #فاطمه_مردانی

@CBRC_aut

🔸️《برگزاری سمینار بیوانفورماتیک 》



📌موضوع: پیش‌بینی تعامل دارو

ارائه دهنده: #مهسا_سعادت

📆 زمان: چهارشنبه، ۷ آبان ۱۳۹۹ ، ساعت ۱۸:۳۰

این سمینار به صورت مجازی برگزار خواهد گردید و حضور برای عموم آزاد است.

🌐جهت ثبت نام از لینک زیر اقدام فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/seminars/2020/register.php?seminar_id=6

برای دریافت اطلاعات بیشتر، کانال CBRC را دنبال نمایید.

@CBRC_aut