راه‌های ارتباطی با ما:

🎥 #آپارات:
http://www.aparat.com/bioinformatics_aut

📸 #اینستاگرام:
http://www.instagram.com/cbrc_aut

🌐 #وبسایت:
http://www.bioinformatics.aut.ac.ir

📧 #پست_الکترونیکی:
cbrc@aut.ac.ir

@CBRC_aut

📄 #پنجشنبه_و_معرفی_مقاله


#کرونا 🦠 و #بیان_ژن 🧬

ویروس #کرونا سراسر جهان را فرا گرفته است. پاتوژن این بیماری، SARS-Cov-2، از آنزیم تبدیل کننده آنژیوتنسین2(ACE2) به عنوان سلول میزبان خود استفاده میکند.
این آنزیم با تنظیم حجم مایعات بدن، فشار خون را کنترل می‌نماید و از این منظر با ویروس کرونایی که در سال 2003وجود داشت، عملکرد مشابهی دارد.
مطالعات اپیدمیولوژیک نشان میدهد که مردان کمی بیشتر از زنان در معرض این بیماری قرار دارند. همچنین افراد بالای 60 سال یا مبتلایان به بیماری قلبی و عروقی نیز، بیشتر در خطر هستند.
در این مقاله با تجزیه و تحلیل GTEx و سایر داده های زیستی بر روی 30 بافت از هزاران نمونه مختلف، به این نتیجه رسیدند که تغییر بیان ژن ACE2 در بافتهای مختلف، میتواند در نشان دادن حساسیت و عفونت ویروس کرونا متفاوت عمل کند. و این تغییر در زنان و جوانان آسیایی، افراد سالمند و مبتلایان به دیابت نوع دوم بیشتر مشاهده شده است. مسیر متابولیکی عملکرد این عفونت به گونه ای است که بر بیان ACE2 غلبه کند و این کار با قرار گرفتن در پثوی ژنهای سرکوب کننده بیان ACE2 صورت میگیرد.
در این مطالعه مشخص شده است که بین بیان ژن ACE2 و مرگ و میر ناشی از COVID-19 رابطه عکس وجود دارد.

#تهیه_و_تنظیم : #میلاد_بشارتی
@CBRC_aut

همچنین اگر به موضوع ویروس #کرونا علاقه مند هستید می توانید ویدئو زیر را مشاهده کنید :

https://www.aparat.com/v/WLNVK

#تهیه_و_تنظیم: #یاسین_رحمانی

@CBRC_aut

#یکشنبه_ها_و_بیوانفورماتیک

بیوانفورماتیک چیست؟؟🧬

بیوانفورماتیک دانش استفاده از علوم کامپیوتر، آمار و احتمالات در شاخه زیست شناسی مولکولی است و شامل روش‌ها و نرم افزارهایی جهت فهم اطلاعات زیستی است.

بیوانفورماتیک به عنوان یک دانش بین رشته ای،به منظور تجزیه و تحلیل و تفسیر اطلاعات زیست‌شناسی، از ترکیب علوم کامپیوتر، آمار، ریاضی و مهندسی استفاده می‌کند.

به عبارتی دیگر از بیوانفورماتیک برای تجزیه و تحلیل درون کامپیوتریِ مسائل زیست‌شناسی با استفاده از تکنیک‌های ریاضی و آمار به‌کار گرفته می‌شود.
#تهیه_و_تنظیم: #فاطمه_مردانی

@CBRC_aut

🔸️《برگزاری سمینار بیوانفورماتیک 》



📌موضوع: طراحی پروتئین

ارائه دهنده: #امین_رحمانی

📆 زمان: چهارشنبه، ۳۰ مهرماه ۱۳۹۹ ، ساعت ۱۸:۳۰

این سمینار به صورت مجازی برگزار خواهد گردید و حضور برای عموم آزاد است.

🌐جهت ثبت نام از لینک زیر اقدام فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/seminars/2020/register.php?seminar_id=5

جهت دریافت اطلاعات بیشتر، کانال CBRC را دنبال نمایید.

@CBRC_aut

#خلاصه_سمینار 🧬🧬

طراحی پروتئین‌‌، که یکی از درشت مولکول‌های اصلی در بدن ماست ، از جمله مسائل مهم بیوانفورماتیک به شمار می رود.
این مولکول دارای یک ساختار سه بعدی است و در بدن عملکرد‌های مختلفی نظیر کاتالیز فرایند شیمیایی و کمک به سیستم ایمنی را انجام می دهد.
میان عملکرد و ساختار پروتئین رابطه تنگاتنگی وجود دارد. هدف از این مساله، یافتن یک توالی آمینواسیدی مناسب برای ساختار موجود است.
در این سمینار به معرفی پروتئین و عملکرد آن می‌پردازیم، مساله طراحی پروتئین را بررسی می نماییم، با روش به دست آوردن داده‌های مورد نیاز آشنا می شویم و ابزار لازم برای بررسی آن‌ها را معرفی می‌کنیم.

#امین_رحمانی

@CBRC_aut

#پنجشنبه_و_معرفی_مقاله

به مناسبت پیش رو بودن روز جهانی CRISPR، در #پنجشنبه_و_معرفی_مقاله این هفته به معرفی این ابزار میپردازیم.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6286148/


اCRISPR یا به عبارتی Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats خانواده‌ای از توالی‌های DNA هستند که در ژنوم گونه‌های پروکاریوتی نظیر باکتری‌ها و آرکی دیده شده‌اند. این توالی‌ها از قسمت‌های DNA باکتریوفاژهایی که در گذشته پروکاریوت‌ها را آلوده کرده بودند، گرفته شده اند. باکتریوفاژها ویروس هایی هستند که باکتری‌ها و آرکی ها را آلوده کرده و در بستر آنها گسترش می‌یابند. نقش این توالی‌های یافت شده، شناسایی و تخریب قسمت‌های آلوده شده DNA توسط باکتریوفاژ در عفونت های آینده است. از این رو این توالی‌ها نقشی اساسی در سیستم ایمنی ضد ویروسی پروکاریوت‌ها دارند.
اCRISPR/CAS ، سیستم ایمنی ضد ویروسی پروکاریوتی است که در برابر عناصر ژنتیک خارجی مانند آنچه در پلاسمیدها و یا فاژها وجود دارد، مقاومت می کند و نوعی ایمنی اکتسابی ایجاد می نماید. RNA هایی که از spacer sequence برخوردار هستند، به پروتئین‌های CAS مربوط به CRISPR کمک می کنند تا DNAهای بیماری‌زای خارجی را تشخیص داده و برش دهند. بعضی از پروتئین‌های CAS هدایت شده با RNA، می توانند RNAهای خارجی را نیز برش دهند.
این سیستم‌های ذکر شده، سیستم ویرایش ژن CRISPR را ایجاد نموده اند که در این روش‌ها معمولا ازپروتئین‌های CAS بهره می‌برند. از این سیستم ویرایش ژنی در موضوعات متنوعی نظیر درمان بیماری‌ها، تحقیقات بیولوژیکی و توسعه محصولات بیوتکنولوژی استفاده می گردد. جنیفر داودنا و امانوئل شارپنیته به دلیل ابداع تکنیک ویرایش ژنوم CRISPR/CAS9 در سال 2020 جایزه نوبل شیمی را کسب نمودند. در این روش با دستکاری توالی نوکلئوتیدی RNA راهنما، می توان CAS9 مصنوعی را برای هدف قرار دادن هر توالی DNA جهت برش، برنامه ریزی نمود.
#تهیه_و_تنظیم : #زهرا_قربانعلی

@CBRC_aut

#یکشنبه_و_آموزش_بیوانفورماتیک

دیوکسی ریبو نوکلئیک اسید و یا به اختصار DNA، یکی از مهمترین درشت مولکول ها است و دارای اطلاعات ژنتیکی موجودات زنده و ویروس ها می باشد.
نقش اصلی مولکول دی‌ان‌ای ذخیره‌سازی طولانی مدت اطلاعات ژنتیکی و دستوری است.
دی‌ان‌ای پلیمری است که واحدهای سازنده آن اسید نوکلئوتیدی هستند.
یک نوکلئوتید شامل یک گروه فسفات و یک کربوهیدرات پنج کربنه ( دئوکسی ریبوز ) و یک باز آلی است به‌طوری که گروه فسفات و باز آلی با پیوند کووالانسی به دو سمت قند متصل هستند؛ و در نهایت نوکلئوتیدها با پیوند فسفودیستر  به هم متصل شده و درشت مولکول دی‌ان‌ای را پدیدمی‌آورند.
برای آشنایی بیشتر با مولکول DNA و عملکرد آن میتوانید ویدئو ضمیمه شده را مشاهده فرمایید.

#تهیه_و_تنظیم: #فاطمه_مردانی

@CBRC_aut

🔸️《برگزاری سمینار بیوانفورماتیک 》



📌موضوع: پیش‌بینی تعامل دارو

ارائه دهنده: #مهسا_سعادت

📆 زمان: چهارشنبه، ۷ آبان ۱۳۹۹ ، ساعت ۱۸:۳۰

این سمینار به صورت مجازی برگزار خواهد گردید و حضور برای عموم آزاد است.

🌐جهت ثبت نام از لینک زیر اقدام فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/seminars/2020/register.php?seminar_id=6

برای دریافت اطلاعات بیشتر، کانال CBRC را دنبال نمایید.

@CBRC_aut

#خلاصه_سمینار 🧬🧬


تولید دارو، فرآیندی دشوار و پرهزینه است. از این رو شناسایی تعامل دارو و هدف آن به مرحله مهمی در مراحل اولیه کشف دارو تبدیل شده است.
با استفاده از  رویکردهای محاسباتی میتوان تعامل بین دارو و هدف را با حداقل میزان خطا به طور چشم‌گیری کاهش داد. اگر قدرت اتصال بین دارو و هدف آن به اندازه کافی قوی نباشد، ممکن است چنین تعاملی بین دارو و هدف مفید نباشد. بنابراین روش‌های توسعه یافته ای که میزان تمایل اتصال دارو و هدف را ارزیابی می نمایند از اهمیت بالایی برخوردار هستند.
در این سمینار مروری بر مفاهیم اولیه پیش بینی تمایل اتصال دارو به هدف خواهیم داشت. در ادامه به معرفی روش‌های توسعه یافته با استفاده از یادگیری ماشین(به ویژه رویکردهای یادگیری عمیق) می پردازیم و درنهایت پایگاه داده های مربوطه را بررسی می‌کنیم.

#مهسا_سعادت

@CBRC_aut

🔹ورکشاپ بین المللی زیست شناسی محاسباتی

🔸 ICoBi 🔸

آزمایشگاه CBRC دانشگاه امیرکبیر، پس از برگزاری موفقیت آمیز اولین دوره ورکشاپ بین المللی ICoBi در سال ۱۳۹۶، دومین دوره این ورکشاپ را با حضور اساتیدی از دانشگاه های برجسته دنیا نظیر "هاروارد"، "استنفورد"، "پستدام"، "تهران"، "امیرکبیر"، "گوتینگن" و مراکز مطرحی از قبیل "EMBL-EBI" و "IPM " برگزار می نماید.

♦️مباحث این ورکشاپ عبارتند از :

💊 جایگزینی دارو
🧬 طراحی RNA
🔍 طراحی پروتئین
🧪 شبکه های زیستی
💉 تمایز سلول های بنیادی
🧫 تحلیل داده‌های بیان ژنی
🦠 تحلیل ژنوم Sars_cov2
🖥 یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک

📅 زمان برگزاری: ۱۹ آذر لغایت ۲۱ آذر ۱۳۹۹

📝 شروع ثبت نام: از ۱۵ آبان ۱۳۹۹


🌐جهت دریافت اطلاعات بیشتر و پیش ثبت‌نام میتوانید از لینک زیر اقدام فرمایید:

http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/

اخبار و اطلاعات تکمیلی را از کانال CBRC دنبال کنید:

@CBRC_aut

#یکشنبه_و_آموزش_بیوانفورماتیک
🧬
ریبونوکلئیک اسید یا به اختصار RNA، یک پلیمر از نوکلئوتید هاست که هر نوکلئوتید دارای یک قند ریبوز، یک گروه فسفات و یک باز است.

این بازها در RNA عبارتند از:
آدنین(A)، گوانین(G), تیمین(T) و یوراسیل(U).

مولکول RNA به صورت یک تک رشته‌ی مارپیچی از نوکلئوتید هاست که با پیوند فسفودیستری(Phosphodiester bond) به یکدیگر متصل شده‌اند.

سه نوع از مهم‌ترین RNAها عبارتند از:
mRNA
tRNA
rRNA

این درشت مولکول‌ها در تولید پروتئین، تسریع واکنش‌های شیمیایی و... نقش دارند.

از طرفی برخی از ویروس‌ها، به جای RNA ،DNA دارند، و RNA، اطلاعات ژنتیکی آن‌ها را دربر دارد.

تهیه و تنظیم: #فاطمه_مردانی #زهرا_سراج

@CBRC_aut

🔸از این پس هر شب به معرفی یکی از سخنرانان حاضر در #دومین_ورکشاپ_بین_المللی_ICoBi در هشتگ #با_سخنرانان_ICoBi خواهیم پرداخت.

این ورکشاپ به صورت آنلاین و در بستر Adobe Connect برگزار خواهد شد.

#2ndICoBi 🧬

@CBRC_aut

📌 #با_سخنرانان_ICoBi

#بورکارد_مورگنشترن از اساتید میکروبیولوژی و ژنتیک دانشکده بیوانفورماتیک از دانشگاه #گوتینگن آلمان است.



#علاقه‌مندی‌ها

🧬 همترازی توالی
👨‍👩‍👧‍👦 فیلوژنی
🖥 تحلیل الگوریتمی توالی
🧪 متاژنومیک
🔍 یافتن موتیف



برنامه AUGUSTUS یکی از مورداستفاده ترین ابزارهای طراحی شده توسط وی و همکارانش می باشد. از دیگر ابزارهای طراحی شده توسط این تیم می توان به "Filtered Spaced Word Matches"، "Rasbhari"، "Prot-SpaM"، "Multi-SpaM" و "Slope-SpaM" اشاره کرد.


🌐جهت دریافت اطلاعات بیشتر به وبسایت ما مراجعه فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/index.php/speaker/burkhard-morgenstern/


#2ndICoBi🧬


@CBRC_aut

📌 #با_سخنرانان_ICoBi

#مهدی_صادقی دانشیار و عضو هیئت علمی موسسه ملی مهندسی ژنتیک و بیوتکنولوژی، رئیس پژوهشکده علوم زیستی پژوهشگاه علوم بنیادی IPM و رئیس انجمن بیوانفورماتیک ایران است.


#علاقه‌مندی‌ها


🧬 بیوانفورماتیک
🧪 زیست ساختاری
🖥 زیست سیستمی
🎲 تئوری بازی

برنامه هایی نظیر "F-MAP" ، "MSeq-CNV" و "LogicNet" از ابزارهای کاربردی طراحی شده توسط دکتر #مهدی_صادقی و همکارانش می باشند.

🌐 جهت دریافت اطلاعات بیشتر به وبسایت ما مراجعه فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/index.php/speaker/mehdi-sadeghi/

#2ndICoBi

@CBRC_aut

🔸️《برگزاری سمینار بیوانفورماتیک 》



📌موضوع: پیش‌بینی واکنش‌های نامطلوب دارویی

ارائه دهنده: #میلاد_بشارتی_فرد

📆 زمان: چهارشنبه، ۱۴ آبان ۱۳۹۹ ، ساعت ۱۸:۳۰

این سمینار به صورت مجازی برگزار خواهد گردید و حضور برای عموم آزاد است.

🌐جهت ثبت نام از لینک زیر اقدام فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/seminars/2020/register.php?seminar_id=7

برای دریافت اطلاعات بیشتر، کانال CBRC را دنبال نمایید.

@CBRC_aut

#خلاصه_سمینار 🧬🧬


عارضۀ جانبی دارو، معیار مهمی برای ارزیابی ایمنی دارو است. ویژگی‌های ساختاری و شیمیایی داروها نیز، نقش مهمی در عملکرد داروها دارند. عدم شناسایی دقیق علائم و اثرهای جانبی دارو در طول دورۀ آزمایشگاهی آن، از عوامل اصلی بروز مکرر عارضه‌های دارویی می باشد.

بنابراین درک دقیق بر خواص ساختاری و بررسی ساختارهای موجود، می‌تواند کمک قابل توجهی در بررسی مکانیسم عمل دارو و به ویژه بررسی اثرات جانبی دارو داشته باشد.
بسیاری از محققان در حال توسعۀ روش‌هایی برای شناسایی عوارض جانبی داروها هستند. ما در این سمینار به بررسی روش‌های شناسایی عوارض جانبی داروها، پایگاه‌های اطلاعاتی رایج در این حوزه و چالش‌های موجود در آن می‌پردازیم.

#میلاد_بشارتی_فرد

@CBRC_aut

📌 #با_سخنرانان_ICoBi

#زوران_نیکولوسکی از اساتید موسسه زیست‌شناسی و بیوشیمی دانشگاه "پستدام" و رئیس گروه تحقیقاتی " مدلسازی ریاضی و زیست سیستمی " در موسسه فیزیولوژی مولکولی ماکس پلانک است.


#علاقه‌مندی‌ها


📊 شبکه‌های پیچیده
📚 مدلسازی مبتنی بر محدودیت
🧪 شبکه‌های سلولی


برنامه هایی نظیر "CytoSeg2.0" و "PlaNet" ابزارهای کاربردی طراحی شده توسط پروفسور #زوران_نیکولوسکی و همکارانش می باشند. از تالیفات او می توان به کتاب های " زیست مولکولی مبتنی بر شبکه " و " مهندسی متابولون های مصنوعی: از مدلسازی متابولیکی تا طراحی منطقی دستگاه‌های بیوسنتتیک " اشاره کرد.

🌐 جهت دریافت اطلاعات بیشتر به وبسایت ما مراجعه فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/index.php/speaker/zoran-nikoloski/


#2ndICoBi

@CBRC_aut

📌 #با_سخنرانان_ICoBi

#نیما_آقایی_پور استادیار دانشکده درمان های پس از جراحی، درد و بیهوشی در مرکز پزشکی دانشگاه استنفورد می باشد.



#علاقه‌مندی‌ها


🖥 یادگیری ماشین
🦠 ایمونولوژی
🩺 فنوتیپ بالینی
🕶 ابزارهای پوشیدنی
📚 ادغام داده های مولتی اومیک


از جدیدترین کارهای ارائه شده توسط #نیما_آقایی_پور و همکارانش می توان به روش "پیش‌بینی چند متغیره موثر در بیماری پارکینسون" و " بررسی واکنش سیستم ایمنی تعدیل شده به چالش های H1N1 در انسان " اشاره نمود.


🌐 جهت دریافت اطلاعات بیشتر به وبسایت ما مراجعه فرمایید:
http://bioinformatics.aut.ac.ir/2ndWorkshop/index.php/speaker/nima-aghaeepour/


#2ndICoBi

@CBRC_aut